COURS 05 Flashcards
Qu’est-ce qu’une communauté?
L’ensemble des micro-organismes qui habitent une niche écologique particulière.
–> Multiespèces.
Définir le terme population.
Groupe d’individus de la même espèce défini dans le temps et dans l’espace.
–> 1 seule espèce.
Est-ce que les populations et communautés sont dynamiques?
Oui.
Décrivez les interactions microbiennes.
- Communication inter-espèce et intra-espèce.
- Le langage est universel.
- Les bases du fonctionnement du microorganisme et les voies de signalisation moléculaire demeurent les mêmes.
Comment est-ce possible que le langage est universal au niveau des MO?
- Acides aminés sont identiques
- Bases azotées sont identiques
Nommez les différentes interactions conflictuelles.
- Compétition
- L’amensalisme
- Prédation
- Parasitisme
Décrivez la compétition.
- Interaction dans laquelle les partenaires utilisent la même ressource
- Compétition intra-espèce est très forte
- Compétition entre des niveaux trophiques différents
- Compétition entre des règnes différents
Pour quelle raison la compétition est plutôt la ‘‘règle’’ dans le monde microbien?
Dans un même biotype, les MO utilisent souvent les mêmes voies métaboliques d’utilisation des ressources.
Qu’est-ce que peut favoriser un apport de ressources nutritives?
Va favoriser les MO capables de cataboliser ce nutriment : modification de la communauté.
Décrivez l’amensalisme.
- Interaction de type négative neutre
- Guerre chimique avec production de composés toxiques
- Production de l’agent toxique a parfois un coût pour le MO producteur
- Distinction DIFFICILE entre compétition et amensalisme
Qu’est-ce que la prédation?
- Élimination instantanée d’un organisme par un autre
- Peu de bactéries prédatrices.
Donnez des exemples de bactéries prédatrices.
- Vampirococcus
- Daptobacter
- Agromyces ramosus
- Quelques Sinorhizobium
- Pseudomonas
'’Décrivez’’ la prédation chez Vampirococcus.
- Prédateur de la bactérie pourpre photosynthétique Chromatium minus
- S’attachent à la surface des bactéries proies via des pilis et aspire le cytoplasme
- Processus nécessaire à sa multiplication
- Fait l’objet de recherche comme potentiel agent antitumoral
Décrivez le parasitisme.
- Interaction durable négative pour l’hôte parasité
- Définitive OU temporaire (cycle de reproduction)
Nommez les différentes interactions bénéfiques.
- Commensalisme
- Pro-coopération
- Mutualisme
Qu’est-ce que le commensalisme?
- Seule interaction bénéfique pour laquelle les effets positifs ne s’exercent que sur l’un des 2 partenaires
- AUCUN effet négatif pour les 2 partenaires
–> E.coli intestinaux
Qu’est-ce que la pro-coopération?
- Relation FACULTATIVE à bénéfice réciproque
- Les 2 partenaires collaborent pour survivre dans certains milieux ou certaines conditions seulement
Qu’est-ce que le mutualisme?
Relation OBLIGATOIRE à bénéfice réciproque
Définissez adaptation, adaptabilité et Fitness.
- Adaptation : ensemble des caractéristiques morphologiques et physiologiques qui permet aux organismes de se multiplier dans un biotype donné.
- Adaptabilité : capacité à l’adaptation
- Fitness : capacité d’un organisme à se reproduire et à transmettre ses gènes
Qu’est-ce que le Quorum Sensing?
- Système de communication bactérienne relié à la densité cellulaire.
- Permet la communication intra et inter-espèce.
- Fait intervenir des molécules appelées auto-inducteurs (AI)
Pour quelles raisons le Quorum Sensing est important?
- Virulence
- Colonisation de l’hôte
- Formation de biofilms
- Défense contre les concurrents
- Adaptation à des environnements changeants
Décrivez les AHL (AI-1).
- Plusieurs familles d’AHL synthases : LuxI, LuxM et HdtS
- AHL sont NON-spécifiques à une espèce bactérienne
- Interférence ou ‘‘quorum-quenching’’
Décrivez l’interférence des AHL.
- Par pH basique et température élevée
- Par dégradation enzymatique
- Par productions de composés mimant les AHL
Décrivez les PAI.
- Forte diversité structurelle
- Sont très SPÉCIFIQUES et reconnu par UNE SEULE ESPÈCE
- Communication INTRA-ESPÈCE SPÉCIFIQUE
- Récepteur peut être présent chez différentes espèces
Qu’est-ce que les canaux ioniques?
- Sont responsables de signaux électriques longue distance dans les biofilms bactériens
- Signaux envoyés par ondes qui se propagent du centre aux extrémités des biofilms
Quels sont les systèmes de réception et de transduction des signaux?
- Systèmes à 2 composantes
- Porines
- Systèmes à messager secondaire : c-di-GMP et AMPc
Décrivez les systèmes à 2 composantes.
- Systèmes à transduction du signal les + répandus
- Système de cascade de phosphorylation
- Plus rares chez les eucaryotes mais identifiés chez les levures.
Quelles sont les 2 protéines impliquées dans les systèmes à 2 composantes?
- Histidine protéine kinase
- Régulateur de réponse
Quel est le fonctionnement d’OmpU de Vibrio cholerae dans le cas des porines?
1) Peptides antimicrobiens (P2)
2) Modification de OmpU (YDF)
3) Activation de DegSs
4) Dégradation de RseA
5) Libération de Sigma-E
Nommez les 2 types de systèmes à messagers secondaires.
1) c-di-GMP
2) AMPc
Décrivez le système c-di-GMP.
- c-di-GMP = messager secondaire
- Fait intervenir 2 enzymes : diguanylate cyclase et phosphodiesterase A
- Largement distribué chez les bactéries mais inexistant chez les archaea et les eucaryotes
- Rôle important dans la mobilité et dans la formation de biofilms
Décrivez le système AMPc.
- Adénylates cyclases
- Conversion ATP en AMPc
- Liaison AMPc avec des protéines de liaison (CRP)
Qu’est-ce que le CRP?
Régulateur majeur du catabolisme et de nombreuses voies métaboliques et phénotypiques.
Qu’est-ce que la polymyxine B?
- Nonapetide antimicrobien cyclique et cationique : interactions avec les membranaires
Décrivez les modifications bactériennes en présence de polymyxine B.
- Cibles : membrane et chaine respiratoire
- Produite par B.polymyxa
Quel est le but de la modification du LPS en présence de polymyxine B chez Salmonella?
Diminuer les interactions électrostatiques avec la membrane.
–> Diminution de la charge de la membrane.
Qu’est-ce que la variation de phase?
- Conduit à la coexistence de types cellulaires différents au sein d’une même population, dont certains ont un avantage sélectif important
- Modulation de l’expression d’un phénotype
- Fréquence 100X plus élevé que la mutation spontanée
- Presque toujours réversible
Nommez les 5 sous-types de la variation de phase par modification du génome.
- Conversion génique
- Inversion site-spécifique
- Insertion-excision
- Duplication
- Délétion
Décrivez la conversion génique.
Évènement de recombinaison entre une copie silencieuse et une copie exprimée d’un gène.
- Conduit à la formation d’un gène chimère.
Décrivez l’inversion site-spécifique.
- Évènement de recombinaison qui implique la présence de séquences répétées et d’une recombinase.
- Avantage pour la pathogenèse.
Qu’est-ce que l’insertion-excision?
- Nécessite la présence d’un élément génétique mobile comme une séquence d’insertion conduisant à l’activation d’un gène.
Qu’est-ce que doit contenir une séquence d’insertion?
- Une séquence enzymatique codant pour l’enzyme qui lui permettent de s’intégrer ou de s’exciser du génome
- Des séquences répétées aux 2 extrémités nécessaires à son excision du génome.
Décrivez la duplication.
- Implique la duplication d’une partie d’un gène entraînant la perte de la fonction du gène.
- Duplication est ensuite excisée de manière précise au moment de la réversion.
Décrivez la délétion.
- Phénomène NON RÉVERSIBLE qui consiste en l’excision et la suppression d’un gène.
Qu’est-ce que la variation de phase par régulation épigénétique?
- Ne modifie PAS la séquence génomique
- Régulation par méthylation des séquences dans les zones régulatrices : affecte la fixation du facteur de transcription
- Initialement décrite chez les E.coli uropathogènes.
Qu’est-ce que les bactéries tricheuses?
Bactéries qui utilisent les ressources produites par la population sans participer à sa production.
Comment les bactéries coopératives font pour se défendre contre les tricheuses?
Elles produisent un autre type de molécule reconnu par les tricheuses qui vont alors produire la ressource.
Dans quelles ‘‘conditions’’ sont favorisées les bactéries tricheuses?
- En présence d’antibiotique.
Que se passe-t-il lorsque les tricheuses sont en présence d’antibiotiques?
- Leur proportion augmente
- Coopérateurs sont + sensibles aux atb à cause du coût énergétique de la coopération
- Tricheuses ne participent pas à la coopération ont plus d’E disponible pour leur croissance
Quels sont les facteurs qui influencent les communautés?
- Facteurs biotiques
- Facteurs abiotiques
Donnez des exemples de facteurs abiotiques.
- Environnementaux : pH, salinité, température, disponibilité en nutriments.
- Humains : exploitation, antibiothérapie.
Donnez des exemples de facteurs biotiques.
- Animaux
- Bactéries : transfert de gènes, mutation, nouvelles espèces
Que se passe-t-il lorsque les protéines Hsp répondent aux stress abiotiques?
Lorsque la température augmente, les vitesses des réactions enzymatiques et chimiques augmentent jusqu’à une température maximale au-delà de laquelle les composants cellulaires sont dénaturés.
Décrivez les protéines Hsp.
- Exprimées en cas de choc thermique
Donnez des exemples de protéines Hsp
- Hsp70 (DnaK)
- Hsp60 (GroEL)
- Hsp40 (DnaJ)
–> Sous la régulation de Sigma32
