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DIVERSITÉ MICROBIENNE (3984) > COURS 05 > Flashcards

COURS 05 Flashcards

1
Q

Qu’est-ce qu’une communauté?

A

L’ensemble des micro-organismes qui habitent une niche écologique particulière.
–> Multiespèces.

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Q

Définir le terme population.

A

Groupe d’individus de la même espèce défini dans le temps et dans l’espace.
–> 1 seule espèce.

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Q

Est-ce que les populations et communautés sont dynamiques?

A

Oui.

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4
Q

Décrivez les interactions microbiennes.

A
  • Communication inter-espèce et intra-espèce.
  • Le langage est universel.
  • Les bases du fonctionnement du microorganisme et les voies de signalisation moléculaire demeurent les mêmes.
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5
Q

Comment est-ce possible que le langage est universal au niveau des MO?

A
  • Acides aminés sont identiques
  • Bases azotées sont identiques
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6
Q

Nommez les différentes interactions conflictuelles.

A
  • Compétition
  • L’amensalisme
  • Prédation
  • Parasitisme
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7
Q

Décrivez la compétition.

A
  • Interaction dans laquelle les partenaires utilisent la même ressource
  • Compétition intra-espèce est très forte
  • Compétition entre des niveaux trophiques différents
  • Compétition entre des règnes différents
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8
Q

Pour quelle raison la compétition est plutôt la ‘‘règle’’ dans le monde microbien?

A

Dans un même biotype, les MO utilisent souvent les mêmes voies métaboliques d’utilisation des ressources.

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9
Q

Qu’est-ce que peut favoriser un apport de ressources nutritives?

A

Va favoriser les MO capables de cataboliser ce nutriment : modification de la communauté.

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10
Q

Décrivez l’amensalisme.

A
  • Interaction de type négative neutre
  • Guerre chimique avec production de composés toxiques
  • Production de l’agent toxique a parfois un coût pour le MO producteur
  • Distinction DIFFICILE entre compétition et amensalisme
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11
Q

Qu’est-ce que la prédation?

A
  • Élimination instantanée d’un organisme par un autre
  • Peu de bactéries prédatrices.
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12
Q

Donnez des exemples de bactéries prédatrices.

A
  • Vampirococcus
  • Daptobacter
  • Agromyces ramosus
  • Quelques Sinorhizobium
  • Pseudomonas
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13
Q

'’Décrivez’’ la prédation chez Vampirococcus.

A
  • Prédateur de la bactérie pourpre photosynthétique Chromatium minus
  • S’attachent à la surface des bactéries proies via des pilis et aspire le cytoplasme
  • Processus nécessaire à sa multiplication
  • Fait l’objet de recherche comme potentiel agent antitumoral
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14
Q

Décrivez le parasitisme.

A
  • Interaction durable négative pour l’hôte parasité
  • Définitive OU temporaire (cycle de reproduction)
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15
Q

Nommez les différentes interactions bénéfiques.

A
  • Commensalisme
  • Pro-coopération
  • Mutualisme
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16
Q

Qu’est-ce que le commensalisme?

A
  • Seule interaction bénéfique pour laquelle les effets positifs ne s’exercent que sur l’un des 2 partenaires
  • AUCUN effet négatif pour les 2 partenaires
    –> E.coli intestinaux
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17
Q

Qu’est-ce que la pro-coopération?

A
  • Relation FACULTATIVE à bénéfice réciproque
  • Les 2 partenaires collaborent pour survivre dans certains milieux ou certaines conditions seulement
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18
Q

Qu’est-ce que le mutualisme?

A

Relation OBLIGATOIRE à bénéfice réciproque

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19
Q

Définissez adaptation, adaptabilité et Fitness.

A
  • Adaptation : ensemble des caractéristiques morphologiques et physiologiques qui permet aux organismes de se multiplier dans un biotype donné.
  • Adaptabilité : capacité à l’adaptation
  • Fitness : capacité d’un organisme à se reproduire et à transmettre ses gènes
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20
Q

Qu’est-ce que le Quorum Sensing?

A
  • Système de communication bactérienne relié à la densité cellulaire.
  • Permet la communication intra et inter-espèce.
  • Fait intervenir des molécules appelées auto-inducteurs (AI)
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21
Q

Pour quelles raisons le Quorum Sensing est important?

A
  • Virulence
  • Colonisation de l’hôte
  • Formation de biofilms
  • Défense contre les concurrents
  • Adaptation à des environnements changeants
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22
Q

Décrivez les AHL (AI-1).

A
  • Plusieurs familles d’AHL synthases : LuxI, LuxM et HdtS
  • AHL sont NON-spécifiques à une espèce bactérienne
  • Interférence ou ‘‘quorum-quenching’’
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23
Q

Décrivez l’interférence des AHL.

A
  • Par pH basique et température élevée
  • Par dégradation enzymatique
  • Par productions de composés mimant les AHL
24
Q

Décrivez les PAI.

A
  • Forte diversité structurelle
  • Sont très SPÉCIFIQUES et reconnu par UNE SEULE ESPÈCE
  • Communication INTRA-ESPÈCE SPÉCIFIQUE
  • Récepteur peut être présent chez différentes espèces
25
Q

Qu’est-ce que les canaux ioniques?

A
  • Sont responsables de signaux électriques longue distance dans les biofilms bactériens
  • Signaux envoyés par ondes qui se propagent du centre aux extrémités des biofilms
26
Q

Quels sont les systèmes de réception et de transduction des signaux?

A
  • Systèmes à 2 composantes
  • Porines
  • Systèmes à messager secondaire : c-di-GMP et AMPc
27
Q

Décrivez les systèmes à 2 composantes.

A
  • Systèmes à transduction du signal les + répandus
  • Système de cascade de phosphorylation
  • Plus rares chez les eucaryotes mais identifiés chez les levures.
27
Q

Quelles sont les 2 protéines impliquées dans les systèmes à 2 composantes?

A
  • Histidine protéine kinase
  • Régulateur de réponse
28
Q

Quel est le fonctionnement d’OmpU de Vibrio cholerae dans le cas des porines?

A

1) Peptides antimicrobiens (P2)
2) Modification de OmpU (YDF)
3) Activation de DegSs
4) Dégradation de RseA
5) Libération de Sigma-E

29
Q

Nommez les 2 types de systèmes à messagers secondaires.

A

1) c-di-GMP
2) AMPc

30
Q

Décrivez le système c-di-GMP.

A
  • c-di-GMP = messager secondaire
  • Fait intervenir 2 enzymes : diguanylate cyclase et phosphodiesterase A
  • Largement distribué chez les bactéries mais inexistant chez les archaea et les eucaryotes
  • Rôle important dans la mobilité et dans la formation de biofilms
31
Q

Décrivez le système AMPc.

A
  • Adénylates cyclases
  • Conversion ATP en AMPc
  • Liaison AMPc avec des protéines de liaison (CRP)
32
Q

Qu’est-ce que le CRP?

A

Régulateur majeur du catabolisme et de nombreuses voies métaboliques et phénotypiques.

33
Q

Qu’est-ce que la polymyxine B?

A
  • Nonapetide antimicrobien cyclique et cationique : interactions avec les membranaires
34
Q

Décrivez les modifications bactériennes en présence de polymyxine B.

A
  • Cibles : membrane et chaine respiratoire
  • Produite par B.polymyxa
35
Q

Quel est le but de la modification du LPS en présence de polymyxine B chez Salmonella?

A

Diminuer les interactions électrostatiques avec la membrane.
–> Diminution de la charge de la membrane.

36
Q

Qu’est-ce que la variation de phase?

A
  • Conduit à la coexistence de types cellulaires différents au sein d’une même population, dont certains ont un avantage sélectif important
  • Modulation de l’expression d’un phénotype
  • Fréquence 100X plus élevé que la mutation spontanée
  • Presque toujours réversible
37
Q

Nommez les 5 sous-types de la variation de phase par modification du génome.

A
  • Conversion génique
  • Inversion site-spécifique
  • Insertion-excision
  • Duplication
  • Délétion
38
Q

Décrivez la conversion génique.

A

Évènement de recombinaison entre une copie silencieuse et une copie exprimée d’un gène.
- Conduit à la formation d’un gène chimère.

39
Q

Décrivez l’inversion site-spécifique.

A
  • Évènement de recombinaison qui implique la présence de séquences répétées et d’une recombinase.
  • Avantage pour la pathogenèse.
40
Q

Qu’est-ce que l’insertion-excision?

A
  • Nécessite la présence d’un élément génétique mobile comme une séquence d’insertion conduisant à l’activation d’un gène.
41
Q

Qu’est-ce que doit contenir une séquence d’insertion?

A
  • Une séquence enzymatique codant pour l’enzyme qui lui permettent de s’intégrer ou de s’exciser du génome
  • Des séquences répétées aux 2 extrémités nécessaires à son excision du génome.
42
Q

Décrivez la duplication.

A
  • Implique la duplication d’une partie d’un gène entraînant la perte de la fonction du gène.
  • Duplication est ensuite excisée de manière précise au moment de la réversion.
43
Q

Décrivez la délétion.

A
  • Phénomène NON RÉVERSIBLE qui consiste en l’excision et la suppression d’un gène.
44
Q

Qu’est-ce que la variation de phase par régulation épigénétique?

A
  • Ne modifie PAS la séquence génomique
  • Régulation par méthylation des séquences dans les zones régulatrices : affecte la fixation du facteur de transcription
  • Initialement décrite chez les E.coli uropathogènes.
45
Q

Qu’est-ce que les bactéries tricheuses?

A

Bactéries qui utilisent les ressources produites par la population sans participer à sa production.

46
Q

Comment les bactéries coopératives font pour se défendre contre les tricheuses?

A

Elles produisent un autre type de molécule reconnu par les tricheuses qui vont alors produire la ressource.

47
Q
A
48
Q

Dans quelles ‘‘conditions’’ sont favorisées les bactéries tricheuses?

A
  • En présence d’antibiotique.
49
Q

Que se passe-t-il lorsque les tricheuses sont en présence d’antibiotiques?

A
  • Leur proportion augmente
  • Coopérateurs sont + sensibles aux atb à cause du coût énergétique de la coopération
  • Tricheuses ne participent pas à la coopération ont plus d’E disponible pour leur croissance
50
Q

Quels sont les facteurs qui influencent les communautés?

A
  • Facteurs biotiques
  • Facteurs abiotiques
51
Q

Donnez des exemples de facteurs abiotiques.

A
  • Environnementaux : pH, salinité, température, disponibilité en nutriments.
  • Humains : exploitation, antibiothérapie.
52
Q

Donnez des exemples de facteurs biotiques.

A
  • Animaux
  • Bactéries : transfert de gènes, mutation, nouvelles espèces
53
Q

Que se passe-t-il lorsque les protéines Hsp répondent aux stress abiotiques?

A

Lorsque la température augmente, les vitesses des réactions enzymatiques et chimiques augmentent jusqu’à une température maximale au-delà de laquelle les composants cellulaires sont dénaturés.

54
Q

Décrivez les protéines Hsp.

A
  • Exprimées en cas de choc thermique
55
Q

Donnez des exemples de protéines Hsp

A
  • Hsp70 (DnaK)
  • Hsp60 (GroEL)
  • Hsp40 (DnaJ)
    –> Sous la régulation de Sigma32
56
Q
A

DIVERSITÉ MICROBIENNE (3984) (6 decks)

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