Conception rationelle Flashcards

1
Q

Nombre de règles de Lipinski
( et utilisation)

A

5 règles

qui permettent de déterminer un domaine médicamenteux

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Criblage à haut débit

( High throught Screening )

Capacité de test :
Capacité de synthèse :

A

Capacités de test du robot =
Plus de 100 000 molécules par jour

Capacité de synthèse du robot =
Jusqu’à 1-2 millions

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Trois Grandes étapes du développement d’un médicament

A

– Recherche et développement (in vitro)

  • La partie préclinique (in vivo)

–la partie clinique (chez l’homme )

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Nombre de succès, grâce a la technique de modélisation moléculaire

A

+ de 100

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

Trois Étapes de la recherche et du développement d’une molécule.

A

–Modélisation, moléculaire
(propose une structure chimique à la synthèse )

–La synthèse chimique
(propose une molécule synthétiser à l’évaluation biologique )

–Évaluation biologique
(test in vitro)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Utilité de la modélisation moléculaire

A

Mise au point de molécule bio active

Simulation d’interaction Entre :
–petite molécule et bio polymère
–2 bio polymère

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

But de la mécanique quantique

A

Détermination des orbitales moléculaires

Détermination de l’ordre des liaisons chimiques

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

Application de la mécanique quantique

A

Optimisation, géométrique

Réactivité moléculaire

Calcul de propriétés physico-chimiques

Calcul des propriétés RMN et IR

Étude du Dischroisme circulaire

Se limite à la description de plusieurs milliers d’atome

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Trois Sous méthode de la mécanique quantique.

A

Semi empirique :
-À moitié quantique, à moitié empirique
-rapide mais peu précis

Ab-Initio :
- toutes les orbital sont recalculé
- Pas corrélative
Hartree Fock (HF) très précise
Post Hartree Fock ( MPn ) ultra précise

DFT ( density functional theory) :

–Calcul de la densité de gaz de électron
-Méthode ultra précise
-Corrélative
–Méthode de référence en chimie quantique

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

But de la mécanique moléculaire

A

Ça franchir de la réalité chimique :

  • Atome = boule indéformable chargé
  • liaison = ressorts
  • affectation des types d’atome
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Application de la mécanique moléculaire

A
  • Optimisation, géométrique.

–pas de réactivité moléculaire

–étude des mouvements moléculaire

–simulation d’arrimage des petites molécules ( docking )

–simulation des interaction électrostatique

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Caractéristiques de la mécanique moléculaire

A

–Paramètres, se trouvant dans un champ de force

Champ de force généraliste : valable pour tous mes résultats médiocre

Champ de force spécialisé : certains types de molécules mais meilleurs résultats

Création d’un système mathématique et calcul puis minimisation de l’énergie interne

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Champ de force AMBER

A

Acides Nucléiques

Acides aminé

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Champ de force CHARMM

A

Acide aminé

Protéines

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Champ de force COMPASS

A

Matériaux en phase condensé

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Champ de force MMFF94

A

Petite molécule d’intérêt pharmacologique

(Merck en 1994 )

17
Q

Trois Algorithme de minimisation

A

Simplex :
Procéder simples (très mauvais, résultat)

Gradient conjugué :
Bonne méthode (la plus utilisée )

Newton-Raphson:
Méthode de finition (calcul très lourd, mais très précis )

18
Q

Comment étudier la flexibilité d’une molécule ou d’un bio polymère ?

A

Relation de Newton:

Fi(t)=mi.ai(t)

19
Q

NPT

A

Pression et température constante

20
Q

NVT

A

Volume et température constante

21
Q

NVE

A

Énergie et volume constant

22
Q

NEH

A

Énergie et enthalpie constante

23
Q

NPH

A

Pression et entalpie constante

24
Q

En quoi consiste la Cristallographie de protéines

A

Bombardement par des rayons X et Mesures de la diffraction

25
Signification de RMN-2D
Résonance magnétique bi-dimensionnel
26
En quoi consiste la CRYO-EM
Technique, la plus récente microscope électronique, qui reconstruit la molécule
27
Quelle est cette base de données et combien de séquence à ce jour ? Uniprot
Base de données monodimensionnel +de 550 000
28
Quelle est cette base de données et combien de séquence à ce jour ? Protein Data Bank -PDB
Base de données de structure 3D, + de 170 000 structure
29
Différents taux d’identité et correspondance
10 % = bruit de fond 30% = modèle par homologie 60-70 % = Docking
30
3 étapes du Docking
- Caractérisation du site Actif. –positionnement du Ligand dans le site Actif –évaluation des interactions liguan protéines.
31
Trois propriétés des AINS
Antalgique ou analgésique = réduise la douleur Antipyrétique =réduisent la fièvre Anti-inflammatoire = réduit l’inflammation
32
Cox-1
Enzyme essentiel pour la protection gastrique
33
Cox-2
Responsable de l’inflammation
34
Méthode statistique pour trouver la relation, structure activité: Simples
Régression linéaire simple : rapide, mais résultats moins bon
35
Méthode statistique pour trouver la relation, structure activité: PLS ( partial Least Square )
Très bonne méthode pour les variables corrélés
36
Méthode statistique pour trouver la relation, structure activité: Méthode génétique ( GPLS )
Excellente méthode
37
Deux. Phase de l’approche structure activité.
Phase de calibration. Phase de validation des molécules