Brainscape's Knowledge GenomeTM

Browse over 1 million classes created by top students, professors, publishers, and experts.


See full index

2A1 > Colleges week 3 > Flashcards

Colleges week 3 Flashcards

1
Q

Bij welk type leukemie is bijna altijd sprake van een chromosoomafwijking?

A

CML > bij meer dan 90%

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Welke translocatie hebben de meeste CML-patiënten?

A

t9;22)
> Er is hierbij dus een uitwisseling van genetisch materiaal tussen chromosoom 9 en 22
> Blijkt bijna altijd om dezelfde uitwisseling te gaan; Het 9e chromosoom is vergroot en het 22e chromosoom is verkleind.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Philadelphiachromosoom

A

Het kleine chromosoom 22 bij CML

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Reactie van een cel op DNA schade

A
  • Aanzetten van DNA herstel-mechanismen
  • Incorrect DNA schade herstel: cel gaat dood
  • Incorrect DNA schade herstel/cel gaat niet dood: mutaties gevolgd door transformatie
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

Waarom zal polymerase niet stoppen op de grens tussen BCR en ABL?

A

Op dit chromosoom zit de promotor van BCR, maar de eindsequentie van BCR is verdwenen. Tijdens de transcriptie zal RNA-polymerase daarom niet stoppen op de grens tussen BCR en ABL, maar het enzym zal het ABL-gen aan het BCR-gen koppelen. Op ABL zit wel een eindsequentie, dus zo ontstaat het fusie-mRNA ABL-BCR. Op chromosoom 9 zit geen promotorregio meer, dus daar ontstaat geen fusiegen.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Welk deel van het fusie eiwit vanuit BCR-ABL is voornamelijk belangrijk voor zijn activiteit?

A

Het ABL-gedeelte

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Fusie-eiwit BCR-ABL

A

Het enzym is in staat om ATP te binden en te hydrolyseren, waarbij het een ander substraateiwit kan fosforyleren. Deze fosforylering leidt uiteindelijk tot de activatie van een transductiepad, resulterend in de vermenigvuldiging van de cel.
> Dit wordt normaalgesproken ook door het ABL-eiwit veroorzaakt, maar dan is er sprake van sterk gerereguleerde activiteit

De aanwezigheid van BCR zorgt ervoor dat het eiwit kan dimeriseren wat tot gevolg heeft dat de regulatie wegvalt en het eiwit ten alle tijden actief is en de cel zich continu kan delen.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

Hoe blokkeert imatinib de functie van het fusie eiwit BCR-ABL?

A

Het middel imatinib blokkeert de functie van het enzym,
doordat het kan binden in de ‘ATP binding pocket’. De bezetting van deze katalytisch actieve plaats in het eiwit voorkomt dat andere substraateiwitten gefosforyleerd worden. Sommige CML-patiënten ontwikkelen echter een mutatie in het ABL-gedeelte van het fusiegen, waardoor zij een resistentie
voor imatinib krijgen. Er zijn echter ook andere behandelingen beschikbaar, zoals met dasatinib, met nilotinib of aan de hand van een stamceltransplantatie.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Wat zijn imatinib, dasatinib en nilotinib?

A

Tyrosinekinase remmers (TKI)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

Wat is het gevolg van het niet onder controle kunnen houden van de CML?

A

AML > Is lastiger te behandelen . Er zijn namelijk nog meer chromosomale afwijkingen
> Wordt gekenmerkt door een enorme ophoping van blasten in het bloed en het beenmerg waardoor zelfs de normale cellen verdrongen kunnen worden

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Wanneer is de karakteristieke vorm van het chromosoom zichtbaar?

A

Alleen tijdens de mitose
> In andere fasen van de celcyclus moet het DNA namelijk niet gecondenseerd zijn, maar juist toegankelijk voor de transcriptie enzymen; transcriptie vindt dus niet tijdens de mitose plaats

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Celcyclus

A

G1: celgroei
S: verdubbeling van het DNA
G2: klaarmaken voor mitose
M: uitverdeling van de chromosomen over de dochtercellen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Mitose

A

Profase > Prometafase > metafase > anafase > telofase > cytokinese

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Fishtechniek

A

Fluorescente in situ hybridisatie
> Er wordt dan een fluorescente probe aan een DNA-mengsel toegevoegd, waardoor alleen het doelwitgen of het doelwitchromosoom zal aankleuren.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Hoe ontstaan numerieke afwijkingen?

A

In de metafase worden alle chromosomen vastgemaakt
Als een chromosoom niet vast zit voordat de uitverdeling
begint, dan kan er een chromosoom te veel of te
weinig in de dochtercel komen (non-disjunctie)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Hoe ontstaat een deletie?

A

-Eerst een dubbelstrengs breuk in het DNA
-Dan mitose
-Het stukje chromosoom zonder centromeer wordt niet goed
uitverdeeld
-Er ontstaat een cel die een (stuk) chromosoomarm mist

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

ORC

A

Origin of replication complex
> Hier begint replicatie van het DNA
> Kan normaalgesproken maar 1 keer geactiveerd worden, maar als dat meerdere keren gebeurt, wordt een gen dus meerdere keren gerepliceerd > amplificatie

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

Telomeren

A

De uiteinden van chromosomen worden telomeren genoemd. Telomeren zijn losse DNA-uiteinden die via een zogenaamde T-loop aan hun eigen sequenties kunnen binden.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
19
Q

Wat zou er gebeuren als de T-loop er niet zou zijn?

A

Als de T-loop er namelijk niet zou zijn, dan zou de cel de telomeren als gebroken stukken DNA interpreteren. Het herstelmechanisme van de NHEJ zou dan alle chromosomen
aan hun uiteinden met elkaar verbinden, waardoor polycentrische chromosomen ontstaan. Dit wordt door de T-loop voorkomen.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
20
Q

Waardoor kan een cel maar een beperkt aantal keren delen?

A

Bij iedere celdeling worden de telomeersequenties een stukje korter. Dit zorgt ervoor dat een cel maar een beperkt aantal keren kan delen, want zodra de telomeren te klein zijn, zal de cel in apoptose gaan. Als de telomeren kleiner zijn dan vijf- tot zevenduizend basenparen,dan wordt er een stopsignaal voor de celdeling afgegeven.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
21
Q

Telomerase

A

Kan het telomeer verlengen; in principe alleen in stamcellen aanwezig

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
22
Q

ALT-mechanisme

A

Ook is gebleken dat 10% tot 15% van de onderzochte tumoren geen telomeraseactivering vertoont, terwijl ze toch intacte telomeren hebben en onbeperkt kunnen delen.
Deze tumorcellen hebben blijkbaar alternatieve wegen gevonden om hun telomeren op lengte te houden. Dit mechanisme wordt daarom het ALT-mechanisme (‘alternative lengthening of telomers’) genoemd. Hoe dit mechanisme werkt. is nog niet opgehelderd.

23
Q

Hoe vindt klassiek cytogenetisch onderzoek plaats?

A

Door het zichtbaar maken van de chromosomen met banderingstechnieken

24
Q

Colcemid

A

Wordt gebruikt om na kweek de mitose te blokkeren

25
Q

Opbouw chromosoom

A

Een chromosoom bestaat uit een centromeer met aan de ene kant een korte arm (de p-arm) en aan de andere kant een lange arm (de q-arm). Het centromeer heeft voor ieder chromosoom een karakteristieke positie.

26
Q

Inversie

A

Een deel van het chromosoom is 180 graden gedraaid

27
Q

Wat geldt voor de ziekte AML betreft het karyotype?

A
  • Een complex karyotype gaat gepaard met een slechtere prognose
  • Een monosomaal karyotype gaat gepaard met een zeer slechte prognose. Voor dit karyotype moeten er
    ten minste twee autosomale monosomieën zijn, of een monosomie in combinatie met een andere structurele afwijking.
28
Q

MM

A

Multipel myeloom
> chromosoomonderzoek gaat erg moeizaam. Dit komt onder
andere door het lage percentage afwijkende cellen in het beenmergaspiraat en omdat de afwijkende cellen zich nauwelijks delen onder de omstandigheden in het laboratorium. Het aantal chromosoomafwijkingen is daardoor ook vaak niet zichtbaar.

29
Q

G1 fase

A

Fysieke celgroei

30
Q

S fase

A

Duplicatie van DNA

31
Q

G2 fase

A

Cel bereidt zich voor op celdeling

32
Q

M fase

A

Celdeling vindt plaats

33
Q

CDK

A

Cycline afhankelijke kinases
> Alleen actief als het aan een cycline gebonden is

34
Q

CKI

A

Cycline afhankelijke kinase remmers

35
Q

Cyclines

A

Regulerende kerneiwitten die kenmerkend hun piekexpressie in een fase van de celcyclus hebben
> Controleren de voortgang van de celcyclus door activering van cyclin-dependent kinase (CDK)
> Komen periodiek tot expressie, maar CDK’s juist continu

36
Q

Cycline D

A
  • Komt in de G1 fase als eerste tot expressie
  • ## Zorgt voor activatie van de celcyclus
37
Q

Cycline E

A
  • Komt in de overgang van G1 naar S fase tot expressie
  • Zorgt voor het verloop van de DNA-replicatie
38
Q

Cycline A

A
  • Komt gedurende de S fase steeds meer in de cel
  • Zorgt voor de progressie van de S fase
  • Heeft in de G2 fase piek bereikt
39
Q

Cycline B

A
  • Verantwoordelijk voor de overgang naar de M fase
40
Q

Checkpoints celcyclus

A
  • Restrictiepunt
    > G1 fase; hier wordt bepaald of de cel wel of niet in staat is om zicht te delen of te differentiëren
  • G1/S-checkpoint
    > Hier wordt de cel beoordeeld op DNA schade om te kijken of de cel klaar is om de S-fase te starten
  • G2/M-checkpoint
    > Er wordt gekeken of er DNA schade is en of de replicatie volledig is uitgevoerd
  • Anafase checkpoint
    > M fase; er wordt gecontroleerd of de chromosomen goed gerangschikt zijn
41
Q

SCN

A

suprachiasmatische kern
> Het orgaan dat de circadiane klok reguleert

42
Q

Core negative loop

A

De cryptogenen liggen in het DNA met als promotor de
zogenaamde E-box. De eiwitten clock en B-mal1
kunnen aan de E-box binden, waardoor de transcriptie en translatie van de cryptogenen gestart wordt. De Cry-
eiwitten remmen vervolgens de E-box en de eiwitten clock en B-mal1 in een negatieve terugkoppeling. Dit regelsysteem wordt de ‘core (negative) loop’ genoemd.

43
Q

Stabilising positive loop

A

Naast de cryptogenen heeft ook het Rev-Erb-α-gen een
E-box als promotor. De transcriptie wordt vanaf deze promotor gestart als het eiwit clock bindt. Het Rev-Erb-
α-eiwit activeert het B-mal1-gen, door de van nature aanwezige repressoreiwitten te remmen. Het eiwit B-
mal1 kan dan vervolgens ook binden aan de E-box, waardoor de cryptogenen tot expressie komen. Dit
systeem wordt de ‘stabilising (positive) loop’.

44
Q

Het nut van de circadiane klok

A
  • Stelt onze lichaamsfuncties in staat te anticiperen op de specifieke behoefte op bepaalde momenten van de dag
  • Geeft tijdstructuur aan onze cellen en organen
  • Is evolutionair geconserveerd
45
Q

Chronotoxiciteit

A

Dit houdt in dat een medicijn een toxisch effect kan hebben, afhankelijk van het tijdstip van de blootstelling. Ook lichaamscellen vermenigvuldigen hun DNA en delen zich op vaste momenten op een dag. Dit suggereert tevens een synchronie met de circadiane klok. Chronotherapie kan daarom toegepast worden bij tumorweefsel, omdat zulke cellen vaak asynchroon delen. Chronotherapie met
cytostatica werkt op bepaalde momenten op de dag het efficiëntst.

46
Q

Humane proteoom

A

Het totaalbeeld van eiwitten in de mens

47
Q

Waarom is de verhouding tussen mRNA en biologisch actieve eiwitten vrijwel nooit 1:1?

A

Een deel van het mRNA wordt al afgebroken,
voordat het bij een ribosoom kan komen. Bovendien krijgen niet alle gevormde eiwitten de kans om
actief te worden, omdat er vele eiwit-inactiverende processen mogelijk zijn in de cel.
> De hoeveelheid mRNA in de cel is dus geen goede maat voor de genexpressie

48
Q

Proteomics

A

Het bestuderen van het eiwitexpressieprofiel is het domein van de proteomics.

49
Q

Eiwitidentificatie met massa spectrometrie

A

Eiwit of eiwitmengsel > Trypsine digestie > Analyse met massaspectrometrie > Data vergelijking > Identificatie van het eiwit

50
Q

Pulselaser + werking massaspectrometrie

A

Deze laser ‘schiet’ een elektron van ieder fragment weg, waardoor de fragmenten een positieve lading krijgen. De massaspectrometer wordt vervolgens onder stroom gezet, waardoor er twee elektrisch geladen polen ontstaan. In een vacuümbuis zullen de geladen fragmenten aangetrokken worden door de negatieve pool, waardoor ze in beweging komen. De verschillende massa’s zorgen ervoor, dat de eiwitstukjes gescheiden worden. Lichtere fragmenten zullen namelijk sneller bewegen dan zwaardere fragmenten. Die bewegingssnelheid is een maat voor de massa die door de detector waargenomen wordt.

51
Q

Massa spectrometrie kan:

A
  • Eiwit identificeren
  • Eiwit kwantificeren
  • Bindende eiwitten identificeren
  • Eiwitmodificaties identificeren
52
Q

Metabolomics

A

Analyseert welke metabolieten voorkomen, bijvoorbeeld in het bloed

53
Q

miRNA

A

Zoals eerder vermeld, kan mRNA in de cel voor de translatie
afgebroken worden. Op dit niveau kan de translatie daardoor gereguleerd worden. Dit gebeurt met micro-RNA, oftewel miRNA.
Er zijn verschillende DNA-sequenties die coderen voor dit miRNA, maar bij de transcriptie zal eerst een voorloper ontstaan, namelijk primair micro-RNA (pri-miRNA). Bepaalde enzymen, waaronder het enzym DROSHA, knippen het pri miRNA op maat tot precursor micro-RNA (pre-miRNA). Via
transporteiwitten zal het pre-miRNA naar het cytoplasma bewegen, waar het door verschillende enzymen, waaronder DICER, tot miRNA bewerkt wordt. Als het miRNA ingebouwd wordt in een RISC-complex, dan ontstaat het actieve miRISC. Dit complex kan binden aan de 3’-UTR van mRNA, waardoor het mRNA niet langer getransleerd kan worden. Dit mRNA wordt dan afgebroken.

54
Q

siRNA

A
  • Silencing RNA
  • Synthetische vorm van miRNA
  • Kunnen specifiek gemaakt worden voor een bepaalde streng van het RNA zodat alleen dat RNA vernietigd wordt

2A1 (8 decks)

Brainscape helps you reach your goals faster, through stronger study habits.
© 2024 Bold Learning Solutions. Terms and Conditions