Chapitre 8 et 9 : Prédire la géométrie moléculaire, Construction d'une matrice en Z Flashcards
Vrai ou Faux: Prédire la géométrie moléculaire est une des fonctions primaires de la modélisation et c’est un processus trivial (simple).
Faux: C’est une des fonctions primaires de la modélisation, amis ce n’est pas absolument pas un processus trivial
Quelles sont les deux façons de définir une molécule (Particules de départ, leur position, les forces appliquées, …)?
- Matrice en Z (liste de distances, angles, angles dièdres : Modèle de pensée plutôt chimique)
- Coordonnées cartésiennes (classique pour les interfaces graphiques)
Que veut dire l’acronyme SMILES?
Simplified molecular input line entry specification (Façon d’écrire les molécules, Ex. Éthane: CC, C2, CH3-CH3)
Vrai ou Faux: La façon de définir les molécules en coordonnées cartésiennes résulte en une meilleure image de la molécule que l’utilisation d’une matrice en Z.
Faux: La matrice en Z donne une meilleure image
Quels types de programmes utilisent la matrice en Z?
- Ab initio
- Semi-empiriques
(modification semblable à la vibration, mais c’est moins efficace si la matrice est mal construite)
Quels types de programmes utilisent les coordonnées cartésiennes?
Programmes de mécanique moléculaire (moins efficace qu’une bonne matrice en Z)
Que sont les coordonnées internes redondantes?
Il s’agit d’une contraction de matrice en Z et des coordonnées cartésiennes (meilleure des deux mondes)
- À partir des coordonnées cartésiennes
- Construite comme une matrice en Z avec beaucoup plus de paramètres
- Pas idéal si on a des distances critiques (Ex. États de transition ou toutes données moins stables que l’état fondamental)
Que sont les algorithmes d’optimisation?
Il s’agit d’une séquence d’optimisation : Niveau de théorie rapide (MM), suivi d’un niveau plus élevé (Ab initio ou semi-empiriques) en partant du premier résultat comme nouveau point de départ
- Très payant en temps d’y allant en entonnoir comme ça
- Il en existe une grande variété qui utilisent des approches différentes et des temps de calculs différents
- Le plus populaire : Berny
Comment fonctionne les algorithmes d’optimisation?
Mesures des énergies et des gradients pour effectuer une convergence des calculs
Dans la construction d’une matrice en Z, pourquoi utilise-t-on parfois un atome bidon (X)?
Permet de définir les bons angles, ce qui est impossible pour l’ordinateur autrement (ex. angle de 180° dans une molécule de 3 atomes autour de C, ou définition correcte des angles entre les carbones dans un benzène)
