Chapitre 5 - Nucléotides Flashcards
Différence entre nucléoside et nucléotide
- Nucléoside = le pentose et la base azotée (purine ou pyrimidine)
- Nucléotide = nucléoside avec 1, 2 ou 3 phosphates
Comment se nomment le premier, deuxième et troisième phosphates accrochés à un nucléoside?
1 = Alpha
2 = Beta
3 = Gamma
1 est collé au nucléoside et 3 est le plus éloigné
Quelles sont les sortes de purines (R)?
- Guanine (G)
- Adénine (A)
Quelles sont les sortes de pyrimidines (Y)?
- Cytosine (C)
- Thymine (T)
- Uracile (U)
Entre T et U, lequel est dans l’ARN et lequel est dans l’ADN?
T = ADN
U = ARN
De quel sens se fait la polymérisation de l’ADN
5’ à 3’
Quelle sorte de ponts (et combien) se forment entre les pyrimidines et les purines de l’ADN?
Des ponts hydrogènes.
- A et T (ou U) en font 2
- G et C en font 3
Décrire la structure de l’ADN
- 2 brins
- Chaque brin complémentaire à son voisin
- Les 2 brins sont antiparallèles
- Les 2 brins forment une hélice de pas droit
Comment mesurer l’ADN en longueur?
On calcule ne nombre de paires de bases (pb) ou le millier de paires de bases (kb).
Le génome humain fait à peu près 3x10*9 pb
Comment calculer la masse de l’ADN?
On compte, par pb, 660g/mol (en moyenne)
Comment mesurer la concentration d’ADN en solution?
L’ADN absorbe les rayons UV.
Une densité optique = 1 correspond à 50ng/microlitre d’ADN double brin.
Si la densité optique = 1,5 la concentration sera de 75ng/microlitre
Quelle sorte de lien est plus faible que l’autre dans l’ADN?
Les liens A-T car ont juste 2 ponts H
Comment faire pour dénaturer l’ADN?
On sépare les 2 brins en brisant les ponts H en chauffant, par exemple.
Comment faire pour renaturer de l’ADN dénaturé?
Quand on le refroidit.
Il peut soit;
- S’annéliser s’il rejoint son partenaire ou
- S’hybrider s’il rejoint un autre brin de séquence convenable
Qu’est-ce que le Tm?
Température à laquelle 50% d’un bout d’ADN est séparé (dénaturé)
Quelle substance est essentielle à la réaction de synthèse du dTMP à partir du dUMP et qu’est-ce que cette situation implique?
Acide folique
C’est de l’uridine (U) qui synthétise de la thymine (T)
Quelle lettre correspond à la position ambigüe entre A ou G
R (purines)
Quelle lettre correspond à la position ambigüe entre C ou T
Y (pyrimidines)
Quelle lettre correspond à la position ambigüe entre A ou C
M (mac)
Quelle lettre correspond à la position ambigüe entre A ou T
W (weak car 2 ponts H)
Quelle lettre correspond à la position ambigüe entre C ou G
S (strong car 3 ponts H)
Quelle lettre correspond à la position ambigüe entre G ou T
K (KGT)
Quelle lettre correspond à la position ambigüe entre C, G ou T
B (non A)
Quelle lettre correspond à la position ambigüe entre A, G ou T
D (non C)
Quelle lettre correspond à la position ambigüe entre A, C ou T
H (non G)
Quelle lettre correspond à la position ambigüe entre A, C ou G
V (non T et on skip U car existe déjà)
Quelle lettre correspond à la position ambigüe entre A, C, G ou T
N (nucléotide, n’importe quoi…)
Différence entre synthèse naturelle et artificielle de l’ADN
- Naturelle = Enzymes polymérisent les désoxyribonucléotides en utilisant un brin d’ADN pré-existant comme modèle
- Artificielle = Désoxyribonucléotides sont polymérisés par une série de réactions chimiques répétées encore et encore. L’ADNp synthétise un bout d’ADN en ligant des nucléotides en direction 5’ - 3’ en utilisant un brin complémentaire comme modèle (besoin d’une amorce au bout 5’). Sujette aux erreurs (système de relecture)
Grands types d’ARN et leur fonction
- ARNm (messager) = Message codé pour la structure primaire des protéines
- ARNt (transfert) = Transporteur d’acides aminés vers le ribosome, où les polypeptides sont synthétisés
- ARNr (ribosomique) = Infrastructure du ribosome, en coopération avec plus de 80 protéines.
Méthode utilisée pour la synthèse chimique de l’ADN
Méthode des phosphoramidites;
- Technique automatisée
- Peu dispendieux
- Ne fait qu’un brin à la fois
- Il y a des phosphoramidites pour chaque nucléotide
Que sont les endonucléases et leurs particularités?
Enzymes qui coupent l’ADN.
- Reconnaissent et coupent une séquence précise
- Laissent un bout 3’-OH et un bout 5’-PO4
- Peuvent couper dans la séquence de reconnaissance ou en dehors
- Coupures presque toujours symétriques
Que sont les ligases?
Enzymes qui recollent l’ADN coupé
- Besoin d’une extrémité 3’-OH et 5’-PO4
- Plusieurs sites de restriction existent
Combien de paires de bases environ compte un tour d’ADN
10
Que fait la puromycine?
- Transfère chaîne sur acide aminé pas rapport
- Empêche la synthèse des protéines
- Agit comme antibiotique (inhibe la traduction de l’ARNm)
Sur quels carbones sont accrochés ensemble le pentose et la base azotée d’un nucléoside de purine?
1’ du pentose et 9’ de la purine
Sur quels carbones sont accrochés ensemble le pentose et la base azotée d’un nucléoside de pyrimidines?
1’ du pentose et 1’ de la pyrimidine
