Chapitre 2 - La matrice extracellulaire et la membrane plasmique - Cours 2 de 2 - Intra Flashcards
2.4 : La diffusion des protéines 2.5 : Les protéines transmembranaires 2.6 : La perméabilité sélective 2.7 : Les pompes ATP-dépendantes 2.8 : Le potentiel électrique
De quoi dépend la diffusion des protéines à travers une membrane?
- Des agrégats protéiques
- Des radeaux lipidiques
- Des jonctions cellulaires
- Du cytosquelette
Qu’est-ce qu’un agrégat protéique? Donner un exemple.
C’est un gros ensemble de plusieurs protéines, ensemble elles fonctionnent sous forme de gros complexes. Donc, une fois ancrée dans la membrane, l’agrégat ne peut plus bouger (même si la membrane est fluide). Par exemple, les protéines s’occupant de la photosynthèse.
Qu’est-ce qu’un MFA? À quoi ça sert? Comment ça fonctionne?
Un Microscope à Force Atomique. Ça sert à analyser le relief de la surface d’un échantillon. Une pointe montée sur un microlevier balaie une surface. Un laser est envoyé sur la pointe du microlevier, et ce rayon est reflété. Le reflet est enregistré et son angle indique la hauteur de la pointe (donc si l’échantillon est plus ou moins « épais » à cet endroit-là).
Qu’est-ce qu’un radeau lipidique?
C’est un peu comme un agrégat protéique, sauf que ce qui se regroupe ensemble, ce ne sont pas des protéines, mais un type de PGL par rapport à un autre. Prenons une membrane artificielle formée de phosphatidylcholine, de sphingomyéline, de cholestérol et de protéines. Les sphingomyélines ont une queue hydrophobe plus longue que celle des phosphatidylcholines, ce qui fait que les sphingomyélines se regroupent ensemble pour former des radeaux lipidiques.
Qu’est-ce qui fait que les radeaux lipidiques ne se dissipent pas?
La longueur des queues hydrophobes des différents PGL n’est compatible qu’avec des PGL ayant la même longueur de queue hydrophobe, donc le même type de PGL (ici les sphingomyélines). Les sphingomyélines ne peuvent donc pas se « défaire », car elles ne sont tout simplement pas compatibles avec les autres PGL.
Par quoi sont stabilisés les radeaux lipidiques?
Par les stérols (ex. cholestérol).
Comment les protéines faisant partie de radeaux lipidiques restent-elles dedans?
Les protéines faisant partie de radeaux lipidiques peuvent rester dedans à cause de la longueur de leur partie hydrophobe qui n’est compatible qu’avec celle des radeaux lipidiques. Elles ne peuvent donc pas en sortir car elles ne sont tout simplement pas compatible avec les autres PGL de la membrane.
Qu’est-ce que la bactériorhodopsine?
C’est une protéine membranaire faisant partie de l’archéobactérie nommée Halobacterium. Cette bactérie a des taches de couleurs sur sa membranes, lesquelles sont causées par un pigment, le rétinal, accroché à la bactériorhodopsine. La bactériorhodopsine se regroupe dans les radeaux lipidiques, créant ainsi des taches de rétinal.
Qu’est-ce qu’une jonction étanche?
Ce sont des protéines transmembranaires, possédant des domaines extracellulaires autocomplémentaires, qui unissent les cellules épithéliales, rendant ainsi les jonctions imperméables.
Les protéines membranaires peuvent-elles diffuser à travers les jonctions étanches?
Non, à moins que les jonctions soient défaites.
Quel type de lien unie les protéines membranaires qui forment les jonctions étacnches?
Des liens faibles.
Où peut-on retrouver des jonctions étanches?
Dans l’estomac, la vessie, les intestins, etc.
Comment la liaison au cytosquelette influe sur la diffusion des protéines?
Les protéines ayant accès au cytoplasme peuvent interagir avec le cytosquelette. Celles attachées au cytosquelette sont ancrées à un endroit précis dans la membrane et donc ne peuvent pas diffuser. C’est le contraire pour celles qui n’y sont pas attachées.
Qu’a de spécial le cytosquelette des globules rouges?
Il possède des filaments protéiques spéciaux appelés spectrine. Ils s’assemblent en réseau sous la membrane plasmique et donnent leur forme caractéristique aux globules rouges.
Quelle protéine précise peut être ancrée dans la membrane des globules rouges?
La protéine band 3.
VrAi oU fAuX. Les protéines transmembranaires doivent avoir de courtes régions non polaires.
VrAi. Pour pouvoir s’ancrer dans la membrane.
Quel est le minimum d’acides aminés hydrophobes consécutifs que doit avoir une hélice alpha pour accepter de rester dans une membrane?
Minimum 10 acides aminés.
Une hélice alpha traversant une membrane contient combien d’acides aminés en tout?
De 15 à 20 acides aminés.
Que signifie l’échelle d’hydrophobicité?
C’est une échelle indiquant le niveau d’hydrophobicité d’un acide aminé selon si il est hydrophobe (ΔG -) ou hydrophile (ΔG +).
Quel est le calcul utilisé pour calculer l’hydrophobicité d’un acide aminé?
On met l’acide aminé dans l’eau, puis on note son énergie libre. On le met ensuite dans le gras et on note encore son énergie libre. Le ΔG de l’acide aminé est obtenu en faisant son son énergie libre dans le gras, moins son énergie libre dans l’eau.
Donner l’exemple de calcul de l’énergie libre de l’acide glutamique. (sans chiffre, juste la manière de procéder)
Dans l’eau, Glu fait beaucoup de liens (il est polaire), donc en faisant des liens, il « bouge moins » et donc perd (dégage) de l’énergie. Dans le gras, il bouge beaucoup plus, car il essaie par tous les moyens de mettre son groupement hydrophile en dehors du milieu hydrophobe, il acquiert donc plus d’énergie libre. Si on fait G gras - G eau = +G - (-G) = +G + G = +G.
Qu’est-ce que l’index d’hydropathie?
C’est une échelle qui classe les acides aminés selon leur hydrophobicité. Plus un acide aminé est hydrophobe, plus son index est élevé (attention à ne pas confondre avec l’échelle d’hydrophobicité), donc, si un acide aminé est hydrophobe, son index se trouvera au-dessus de la barre du « zéro ».
Comment peut-on détecter les hélices α (alpha) hydrophobes d’une protéine transmembranaire?
Avec l’index d’hydropathie. On fait glisser une fenêtre pouvant comporter 10 acides aminés sur la séquence de la protéine transmembranaire, puis on observe ensuite le graphique indiquant l’hydropathie. Lorsqu’on observe qu’une séquence de 10 acides aminés (donc remplissant la fenêtre) ou plus sont hydrophobes (donc ayant un index élevé), on peut alors supposer que cette partie de la protéine est une hélice α (alpha) hydrophobe.
Qu’est-ce qu’un feuillet β (beta) amphiphile?
On parle alors d’un feuillet β (beta) composant une protéine transmembranaire ayant en alternance un acide aminé hydrophobe, puis un acide aminé hydrophile. Ces feuillets β (beta) s’enroulent en cylindre et orientent leurs chaînes latérales (R) vers l’extérieur de la membrane. Ils peuvent avoir un intérieur hydrophile pour servir de passage à travers la membrane.