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BIO1101 - bio moléculaire > chap 7 part 1 - traduction et protéines > Flashcards

chap 7 part 1 - traduction et protéines Flashcards

1
Q

≠ parties du ribosome (11)

A
  • Cf diapo 2
  • grande et petite sous-unités ribosomales
  • ARNt (attaché à extrémité C)
  • glissement de ARNm de 3’ vers 5’
  • 5’ = début ARNm + endroit où ribosome accroche
  • ribosome ne sait pas distinguer 1 ARNt correctement chargé et 1 ARNt qui aurait lié mauvais AA
  • 1 type ARNt spq à 1 type AA
  • ARNt asso au bon AA par AAS (aminoacyl ARNt synthétase)
  • ARNt -> complémentarité codon-anticodon, pas parfaire (2/3)
  • ARNt attaché seulement au 3’
  • activation OH nécessaire pour que O aillent chercher bon AA
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2
Q

réutilisation des AA grâce aux AAS (7)

A
  • Cf diapo 3
  • AAS = aminoacyl ARNt synthétase
  • AA accroché par AAS <-> AA enlevé par ribosome
  • nécessité accrocher 1 AA sur 1 nt de ARNt -> groupements fonctionnels pas favorables à cette réaction
  • solution = passer par 3 groupements phophate = énergiser AA
  • adaptation site catalytique pour l’AA
  • qd NRJ absorbée -> AA-AMP instable
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3
Q

adaptation au moins 1 ARNt ≠ par type d’AA (5)

A
  • Cf diapo 4
  • si adaptation au - 1 ARNt ≠ par type AA => 1 AAS ≠ par couple ARNt-AA spq
  • site catalytique d’1 AAS adapté à AA spq (au niv de chaine R variable) + ARNt spq + ATP
  • reconnaissance bon ARNt : 1) bras accepteur (3’-OH de ARNt) = distinction par séq / 2) boucle de anticodon = distinction par séq / 3) boucles variables = distinction par forme
  • ≠ bras accepteurs = pas mêmes séq en 3’-OH
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4
Q

ribosome = moitié prot + moitié ARNr (5)

A
  • ribosome euca = 1 petite sous unité (~33 prot) + 1 grande sous unité (~49 prot)
  • union petite + grosse sous unités sur 1 ribosome seulement
  • but ribosome = faire liaison peptidique (entre bons AA dictés par gènes + par ARNm)
  • formation 3 sites pour ARNt -> site E (site sortie, départ ARNt car pas compatible) + site P (tunnel sortie, canaux pour AA) + site A (site liaison de AAS, parfait pour ARNt qui porte 1 AA)
  • arrivée dans A puis se plie jusque P
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5
Q

traduction : étape initiation euca VS proca (4)

A
  • Cf diapo 6
  • euca : 1) eIF (eucaryotic initiation factor) nécessaire sur coiffe / queue polyA / 2) complexe initiation avance de 5’ vers 3’ jusque codon initiation (AUG) / 3) complémentarité codon-anticodon / 4) ARNt dans position P, 2e AA ds position A
  • proca : 1 et 2) RBS (ribosome binding site) nécessaire, petite sous-unité positionnée directement au bon endroit puis accueille Met avec ARNt / alternance codon initiation et codon stop / 3 et 4) idem euca
  • proca ->fonctionnement par operon (ttes enz de même voie métabolique dans même operon = transcription ttes prot ensemble = gain temps et place == favorable ++
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6
Q

traduction : étape élongation (6)

A
  • Cf diapo 7
  • 1) si arrivée ARNt avec bon polypeptide = liaison codon-anticodon
  • 2) hydrolyse GTP
  • 3) formation liaison peptidique = lien covalent entre groupements carboxyle (site P) et amine (site A) (OH attaque amine du A)
  • 4) translocation = déplacement physique ARNt et ARNm d’1 place vers E
  • 5) site E trop petit pour ARNt -> part vers AAS pour 1 ‘refill’ d’AA
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7
Q

traduction : étape terminaison (6)

A
  • 1) codon STOP sur ARNm (pas ARNt complémentaire)
  • 2) facteur terminaison nécessaire (ensemble de prot compatibles avec codon STOP)
  • 3) hydrolysation GTP au niv codon arrêt
  • 4) hydrolysation liaison ester = départ ARNt
  • 5)polypeptide libre
  • 6) hydrolysation ATP et dissociation ribosome
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8
Q

résumé ARNm

A

contient info génétique sous forme de codons ordonnés selon cadre de lecture précis

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8
Q

résumé ARNt (2)

A
  • intermédiaire entre codon-AA via anticodon correspondant
  • rechargement AA effectué par AAS
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8
Q

résumé ribosome

A

grand complexe riboprotéique catalysant formation lien peptidique

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8
Q

schéma ribosome

A

CF diapo 9

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9
Q

reconnaissance codon initiateur proca (2)

A
  • séq conservée RBS en 5’ d’AUG complémentaire à ARNr-16S (petite sous unité)
  • AUG seul -> Met au lieu de prot
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9
Q

reconnaissance initiateur euca (5)

A
  • Cf diapo 10
  • “avancement” petite sous unité avec Met-ARNt sur ARNm (5’ vers 3’) jusqu’à AUG
  • système ne fonctionne pas chez proca -> à cause ARNm polycistonique, chQ proca porte pl. gènes donc attachement à pl. endroits
  • 90% cas : 1er AUG en 5’ = définition cadre lecture +1er AA des prot
  • bon AUG bien entouré de séq optimale (consensus) -> nécessaire -> C-A/G-CCaugG
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9
Q

de quoi a besoin initiation proca et euca (2)

A
  • bcp facteurs initiation -> bon positionnement + compléter ribosome
  • facteurs initiation euca -> action à tour de rôle, recrutement, font bon positionnement des ribosomes
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10
Q

≠ formes de ARNm euca pdt traduction (2)

A
  • forme circulaire -> inhibition traduction, pdt stress celR permet d’aller + vite que prot nécessaires à résistance
  • forme +/- linéaire reste du temps
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11
Q

sélection bon ARNt-AA en fonction du codon lu sur ARNm (8)

A
  • Cf diapo 13
  • sélection effectuée par ribosome
  • centre peptidyl-transférase (PTC) -> catalysation liaisons peptidiques
  • centre décodage (DC) -> asso anticodon (ARNt) au codon (ARNm)
  • besoin DC en position A sur anticodon
  • EF-G (EF2 chez proca) = facteur élongation -> impt pr translocation
  • attachement chaine peptidique à ARNt du dernier AA
  • ARNt-AA arrivent 1 par 1 dans ribosome
12
Q

3 étapes clés élongation (similaires proca-euca) (11)

A
  • Cf diapo 14
  • 1) entrée des ≠ ARNt-AA dans site A
  • test dans DC: anticodon-codon
  • hydrolysation GTP pour positionnement
  • bon appariement -> AA tourne de autre coté quand match codon-anticodon VS mauvais appariement -> diffusion hors du site
  • 2) catalysation liaison peptidique dans PTC par ARNs 28S (bouge légèrement et permet accrochage)
  • chaine peptidique de ARNt en P transfert vers ARNt en A
  • 3) translocation interne d’1 codon
  • E petit -> éjection -> part prendre AAS pour faire autre AA
  • contrôle du mvmt pour pas perte cadre de lecture
  • EF1 euca = EF-tu proca / EF2 euca = EF-G porca
13
Q

possibilité translocation (8)

A
  • Cf diapo 15
  • grâce à architecture dynamique -> plie/tire ARNr (déformations élastiques)
  • petite sous unité tourne-glisse légèrement sur grande sous unité à cause de forme sites EPA -> formation hybrides
  • hydride (A/P et P/E) -> 1 ARNt, occupation 2 places en diagonale
  • EF2 stabilise hybride
  • tête de petite sous unité tourne sur son corps grâce à hydrolysation GTP par EF2 (EFG)
  • pousse anticodon, changement place des SRNt, départ EF2 permet à petite sous unité de détwister (tourner dans sens ≠)
  • ARNm bouge en même temps : anticodons tirent sur codons
14
Q

bras L1 de grande sous unité (11)

A
  • Cf diapos 16 et 17
  • accompagne ARNt pdt translocation
  • donne appui + aide préservation cadre de lecture
  • petite tourne sur grande car chaine veut sortir
  • bras L1 bouge pour rattraper ARNt qui tombent
  • EF-G lie hybride
  • rotation 18° de tête + corps de petite grâce à pression + NRJ apportées par facteur élongation
  • besoin L1 pour pas perdre cadre de lecture
  • insertion EF-G au niv de A ds DC pour soulever codon-anticodon puis pousser
  • ARNt au site E sort et vas vers AAS -> replacement bras L1 en position initiale pr prochaine translocation
  • flexibilité ribosome -> ARNr
15
Q

terminaison traduction dépend 2 facteurs protéiques (5)

A
  • eRF1 (euca release factor 1), forme ~ARNt -> entre en position A du ribosome en face du codon STOP sur ARNm
  • eRF3 (euca release factor 3), enz GTPase -> hydrolysation GTP = NRJ
  • ARNt-AA.eRF1A -> anticodon complémentaire au codon-sens
  • eRF1.eRF3 -> AA compatibles avec codon non-sens (STOP), prot qui lie ARNm de façon spq
  • eRF1 et eRF3 -> rupture lien ester entre chaine AA et ARNt en position P
16
Q

mécanisme eRF1-3 (7)

A
  • Cf diapo 19
  • codon STOP en position A
  • hydrolyse GTP sur RF3
  • ABCE1 (ATP binding cassette subfamily E) aide à pousser eRF1 si détachement pas fonctionné du 1er coup
  • ABCE1 hydrolyse ATP et défait ribosome -> détachement grande sous unité
  • asso facteurs initiation permet détacher ce qui reste sur petite sous unité
  • insertion 1 doigt d’eRF1 dans PTC et détachement chaine AA
17
Q

AA non standards (6)

A
  • pas codons spq -> codage sur codon STOP avec séq insertion -> prot continue
  • incorporation co-traductionnelle via codons STOP + en présence séq insertion
  • indirectement codés par code génétique
  • sélenocystéine ~cystèine mais sélénium au lieu de soufre (25 gènes chez humain) / insertion avec 1 ARNt particulier qd : STP(UGA) + SEGIS (selenocysteine insertion sequence)
  • pyrrolysine (chez proca seulement) -> insertion avec 1 ARNt particulier qd : STOP (UAG) + PYLIS (pyrrolysine insertion sequence)
  • formation de tige-boucle par séq insertion -> reconnue par machinerie enzq + détournement terminaison pour incorporation de ces AA
18
Q

schéma résumé traduction

A

Cf diapo 21

19
Q

évènements et acteurs clés initiation de traduction (4)

A
  • trouver cadre de lecture : euca (AUG, + que 1 cadre de lecture, dépend séq consenus qui entourent) VS proca (RBS, possibilité pl. cadre de lecture)
  • reconnaissance codon initiateur -> besoin ARNt avec Met
  • arrivée petite sous unité puis grande sous unité
  • bcp facteurs initiation (surtout euca)
20
Q

évènements et acteurs clés élongation (4)

A
  • site A = centre décodage qui accepte EF1 avec ARNt avec 1 AA
  • AAS -> recharger ARNt
  • DC dans site A du ribosome, entre tête et corps de petite sous unité / PTC dans grande sous unité -> liens peptidiques
  • translocation : besoin EF-2 et bras L1 de grande sous unité
21
Q

évènements et acteurs clés terminaison (4)

A
  • codon STOP en position A
  • arrivée eRF1 (doigt) et eRF3 (GTP)
  • ABCE1 repositionne doigt au besoin + NRJ
  • insertion AA non standard avec codon STOP + séq insertion

BIO1101 - bio moléculaire (10 decks)

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