chap 6 - maturation de l'ARNm Flashcards

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1
Q

utilisation ARNm proca (3)

A
  • utilisation telle quelle
  • traduction co-transcriptionnelle
  • pas env nucléaire -> recrutement ARNm par ribosomes pour traduction avant fin de transcription
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2
Q

utilisation ARNm euca (4)

A
  • modif° plupart des ARN (ARNm, ARNr, ARNt) avant utilisation
  • modif ARNr et ARNt -> prise bonne confo 3D
  • forme finale -> protection contre nucléases + fonction
  • modif° ARNm -> protection + sortie introns => noyau permet finalisation ARN avant utilisation
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3
Q

régulation : prod° quelle prot, à quel moment et combien (2)

A
  • bcp régulation au niv transcriptionnel : élongation -> 1) déroulement promoteur de euchrtine / 2) force promoteur / 3) facteurs transcription (activateurs et inhibiteurs) -> généraux et spQ
  • régulation post transcriptionelle -> série modif° complexes des ARNm euca pdt et après transcription -> exportation du noyau avant traduction
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4
Q

3 processus ds noyau (6)

A
  • Cf diapo 4
  • au fur et à mesure que production transcrit primaire par transcriptase-II
  • 1) lien 3-P non reconnu par nucléases = début ARNm protégé / accrochement ribosome sur coiffe
  • 2) épissage -> début dès 1er codon transcrit et jusqu’à fin de transcription
  • 3) protection temporaire -> temps de détacher A = temps pour traduction
  • coiffe 5’ et queue poly-A => exportation du noyau
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5
Q

coiffe en 5’ (7)

A
  • Cf diapo 5
  • coiffe = 7-méthylguanylate (GTP méthylé en position 7) ajoutée au transcrit initial qd atteint 25-30 nt
  • 1) phosphatase retire phosphate γ du 1er nt transcrit
  • 2) ajout 1 GMP en liaison inverse par guanylyltransférase -> 5’-5’ avec 1 pont phosphate (pas 1lien phosphodiester)
  • 3) ajout CH3 sur G par méthyltransférase et parfois sur sucres des nt adjacents
  • ajout CH3 sur sucres -> enlèvement groupement fonctionnel (OH) + position CH3 vis à vis de liaison phosphodiester -> cache exonucléases
  • CH3 VS CH -> CH3 groupement seulement VS CH liens covalents non polaires donc pas liens actifs (apporte plus liens + stabilité)
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6
Q

fonctions coiffe grâce aux interactions avec autres prot (9)

A
  • CBC (cap binding complex) = point départ de ttes fonctions => fonction CBC dépend de à quoi il est lié
  • 1) blocage exonucléases
  • 2) recrutement FT sur promoteur pour prochaine fois
  • 3) recrutement pour épissage 1er exon
  • 4) recrutement pour stimulation de maturation en 3’ (coupure et polyA)
  • 5) recrutement pour exportation du noyau
  • 6) attachement ribosome + contrôle de qualité au début de trad° (destruction ARNm si ça marche pas bien)
  • 7) si codon STOP vient trop vite -> dégradation ARNm
  • 8) recrutement pour prod° µARN (impliqués dans régulation post-transcriptionelle) à partir de ARNm
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7
Q

extremité 3’ : fin de ARNm (16)

A
  • Cf diapos 7 et 8
  • transcrits primaires continuent au delà du site où commence séQ polyA => clivage extrémité 3’ avant ajout adénines
  • ARNm primaire -> 2 signaux de chQ coté de endroit du clivage : AAUAAA et G/U -> signaux reconnus et liés par CPF (clivage polyA facteur)
  • 1) ARNm plié + stabilisé -> recrutement PAP
  • pr ajout A -> coupure nécessaire
  • CPF peuvent couper en présence de PAP uniquement -> protection dés que coupure faite -> pas bouts libres mangés par exonucléases
  • 2) PAP stimule clivage par CFI-II
  • implication PAP ds coupure -> coordination ajout A
  • coupure lien phosphodiester
  • 3) départ (relâchement) bout AR
  • ATP (ADÉNINE-tri-phophate) -> A ajoutés par PAP
  • 4) ajout lent A sur 3’-OH par PAP -> PAP fait lien phosphodiester, pas besoin matrice car tjs A -> adaptation site catalytique
  • 5) chQ 12 A recrutent PABPII (polyA binding protein)
  • 6) PABPII accélère PAP (ajout A rapide)
  • 7) aprés 200-250 A, détachement PAP du complexe par instabilité donc arrêt génération des A
  • cytoplasme -> dégradation plupart ARNm en commençant par queue polyA => longueur polyA det QT prot produites
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8
Q

3 étapes de formation coiffe (3)

A
  • 1) phosphatase
  • 2) guanylyltransferase
  • 3) méthyltransferase
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9
Q

4 utilités de coiffe

A
  • 1) protection
  • 2) bcp recrutement -> coordination étapes maturation ARN
  • 3) sortie noyau
  • 4) recrutement ribosomes
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10
Q

CTD : impce et fonctionnement (2)

A
  • phosphorylation différente progressive -> recrutement bonnes choses au bon moment
  • recrutement pour terminaison
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11
Q

étapes et acteurs clivage ARN et polyadénylation ()

A
  • 1) signal polyA
  • 2) CPF
  • 3) PAP
  • 4) clivage
  • 5) couverture PABP
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12
Q

3 utilités poly A

A
  • protection temporaire
  • sortie noyau -> coiffe et polyA nécessaires
  • régulation durée vie ARNm (et QT ADN produit par ribosomes)
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13
Q

Rtt103 et Rat : pourquoi transcription continue après fin gène

A

polyA lu par CPF, transcriptase reconnait pas signal pour les A donc sait pas pas que c’est fini

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14
Q

comment se fait arrêt transcriptase (3)

A
  • attachement et détachement enz -> changement forme donc transcription stoppe
  • modèle torpedo
  • modèle allostérique
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15
Q

def modèle allostérique

A

transfert prot du CTD vers l’ARNm -> changement conformation de transcriptase et elle se détache

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16
Q

épissage chez euca (6)

A
  • Cf diapo 10
  • majT gènes euca codant des prot contiennent introns qui doivent être enlevés de ARNm
  • humain -> ~95% gènes multi-exons font épissage alternatif
  • épissage normal -> 1 séQ = 1 prot
  • épissage alternatif -> régulation/choix d’exons + leur ordre en fonction de envt ou devt
  • omettre 1 exon = difficile
17
Q

principe épissage (6)

A
  • Cf diapo 11
  • début épissage dès 1ers exons et 1ers introns
  • jonctions intron-exon : 30-40 nt à chQ bout des introns nécessaires pour permettre épissage
  • GU et AG impts pr reconnaissance intron
  • ID intron
  • transestertification 1 (Cf transposon ADN) et transestertification 2 (attaque fin intron par exon n1 = OH attaque phosphate)
18
Q

transesterification en détails : vol lien phosphodiester par intron, et après par exon (6)

A
  • Cf diapo 12
  • réactions nécessitent 1 spliceosome (complexe d’épissage) ~150 prot
  • reconnaissance sites épissage -> GU et AG -> complémentarité ARN-ARN
  • rapprochement sites -> prot doivent être complémentaires et faire liaisons faibles, groupements fonctionnels compatibles
  • catalysation transfert du lien -> activation OH et ions + qui enlèvent H du OH
  • épissage alternatif peut omettre 1 exon -> 2e transesterification -> 1 exon attaque fin de intron -> coïncide avec début exon suivant
19
Q

participation 5 snARN riches en Uracile à épissage (7)

A
  • Cf diapo 13
  • U1, U2, U4, U5, U6
  • asso de chacun de ces snARN à 6-10 prot nucléaires -> formation particules ribonucléoprotéiques (snRP)
  • appariement bases -> dictage assemblage du spliceosome par snARN U1-2
  • U6 et U2 -> catalysation transferts liens
  • U1 et U2 -> extrémités intron
  • voir schéma
20
Q

interactions pdt assemblage du spliceosome (9)

A
  • Cf diapo 14
  • ARN/ARN (snARN/snARN; snARN/snARNm)
  • ARN/prot (snRNP; prot auxiliaires/ARNm)
  • prot/prot (sRNP/snRNP; prot auxiliaires/snRNP)
  • snARN riches en U -> changement place fréquent des U / nécessité reconnaissance, attachement et détachement facile -> besoin - liens H / possibilité G-U ou A-U et pas G-C
  • 1) asso U1 et U6 au 5’ de intron par complémentarité ARN-ARN
  • 2) asso U2 au site de branchement par complémentarité ARN-ARN -> se lier et faire ressortir le A (préparation pour attaque)
  • 3) asso des U entre eux par complémentarité ARN-ARN / lien U6-U2 -> approchement A à sa cible (1ère attaque) + les exons (2e attaque)
  • 4) interaction prot auxiliaires (non-snRNP) avec ARNm selon séQ
21
Q

régions codantes et non codantes ARNm mature (3)

A
  • délimitation région codante par codon initiation (AUG) et codon STOP
  • régions non-codantes aux extrémités : 5’-UTR (untranslated region) et 3’-UTR
  • 3’/5’-UTR peuvent contenir éléments régulateurs surtout pr dégradation ARNm
22
Q

concentration ARNm ds cell (7)

A
  • C° ARNm ds cell dépend taux de transcription + stabilité (taux dégradation)
  • ARNm stables -> traduction continue après arrêt transcriptase
  • ARNm non stables -> arrêt rapide production de prot
  • stabilité ARNm -> contrôle arrêt synthèse d’1 prot (ARNm dégradé = arrêt transcription)
  • durée vie courte pour bact -> pas protection ARNm donc dégradation très rapide
  • levure unicelR VS humain multicelR
  • bcp régulation fine chez humains donc long à trouver donc nécessité que ça dure longtemps, alors 1 cell chez levure donc + simple
23
Q

3 mécanismes de dégradation ARNm (6)

A
  • Cf diapo 17
  • exonucléases à partir de 5’
  • exonucléases à partir de 3’ -> déadénylase / voie + fréquente / exosome (complexe exonucléases 3’) + rapide pr dégradation ARNm
  • endonucléase au milieu
  • prédestination chQ ARNm à 1 type dégradation
  • choix méthode dépend prot liées à ARNm -> reconnaissance certaines séQ ds 5’-UTR ou 3’-UTR / protection bout 5’ et/ou 3’ OU recrutement endo/exonucléases
24
Q

ARNm à dégradation ultrarapide ()

A
  • Cf diapo 18
  • ARNm à dégradation ultrarapide -> pl. séQ AUUUA ds 3’-UTR + sont dégradés des 2 cotés
  • 1) reconnaissance signal par coordinateur
  • 2) enlèvement queue polyA
  • 3 et 4) recrutement enz qui enlève coiffe -> recrutement exonucléases
  • 3bis et 4bis) recrutement exosome -> avancement exosome