chap 1 - structure de l'ADN Flashcards
1
Q
unité de construction de l’ADN
A
nucléotide
2
Q
composition atome
A
protons + neutrons + électrons
3
Q
atomes + utilisés pour construction molécules du vivant (6)
A
C, O, H, S, P, N
4
Q
def électronégativité d’un atome
A
force avec laquelle atome tient ses e- ensemble et attire les autres alentours / capacité attraction des e-
5
Q
2 facteurs influant électronégativité
A
- nb protons
- distance (+ couches = + e- loin)
6
Q
composante de l’atome qui participe dans formation liens chimiques
A
e- de valence (sur dernière couche de atome)
7
Q
formation lien entre 2 atomes libres -> nécessite ou dégage NRJ ?
A
formation lien dégage NRJ VS brisure lien nécessite NRJ
8
Q
liens chQ utilisés dans molécules du vivant (5)
A
- liaisons covalentes polaires (- stables)
- liaisons covalentes non-polaires (+ stables)
- liaisons ioniques
- liaisons H
- interaction hydrophobe
9
Q
lieu des liens covalents non-polaires
A
dans la molécule
10
Q
lieu interactions hydrophobes
A
interaction hydrophobe entre molécules
11
Q
lieu des liens covalents polaires + charges pleines
A
dans la molécule -> permettent liaisons H et ioniques
12
Q
macromolécules (2)
A
- forme 3D -> fonction
- complémentarité (interaction) entre macromol. par liens non covalents
13
Q
structure de ADN (5)
A
- ADN + stable car double brin
- ARN -> pas stable par nécessité
- si ADN - stable -> - liens
- si ARN + stable -> + atomes = + liens
- attention atomes ajoutés -> ajout - groupements fonctionnels car portent charges + lourds
14
Q
compo nucléotide
A
1 groupe phosphate + 1 sucre pentose + 1 BA
14
Q
pyrimidine (3)
A
- 1 cycle formé de 2C + 2N
- mémo : forme soleil/cercle
- pour C, U, T
15
Q
purine (3)
A
- 2 cycles formés de 5C + 4N
- pour G et A
- mémo : 4 “pattes” + “purr” = chat
16
Q
lien stabilité ADN VS ARN (4)
A
- ARN = OH
- ADN = H
- détachement des P car + stables qd détachés
- qd détachement = founit NRJ VS qd attachement = nécessite NRJ
- nucléotides avec 3 P -> NRJ -> détachement P -> dégagement NRJ et balance positive
17
Q
nucléotide = sucre + BA + grpe phosphate
liens assos de ces 3 éléments ? (4)
A
- lien phosphoester entre grpe phosphate et sucre (5’ utilisé pour groupement phosphate)
- lien glycosidique entre BA et sucre
- réaction condensation -> lib° 1 mol. H2O
- réaction inverse de condensation = hydrolysation (ajout 1 mol. H2O)
18
Q
fonctions nucléotide (4)
A
- molécule de base de ADN
- source NRJ chQ -> liaison entre grouprments phosphate facilement hydrolysable
- asso avc différents groupements chQ -> formation coenzymes
- mol. signalisation intracelR / 2nd messager
19
Q
lien ester
A
à travers un -O-
20
Q
lien diester
A
à travers un -O- de chaque coté
21
Q
liaison phosphodiester
A
phosphore entre 2 O
22
Q
polymétysation (3)
A
- nécessité enzyme polymérase + dNTP
- dNTP = désoxyribonucléotides triphosphate, pas info sur BA
- TJS du 5’ vers 3’
23
Q
caractéristiques ADN (4)
A
- ADN bicaténaire = 2 chaines complémentaires, antiparallèles et hélicoïdales
- appariements AT et CG dictés par position groupements fonctionnels de chaque BA
- H doit être en ligne droite entre 2 atomes électronégatifs
- appariement purine-pyrimidine -> nb idéal groupements phosphate pour ADN
24
pourquoi mvmt rotation de ADN (3)
- minimisation accès d'eau aux appariements -> pas hydrolysation + dérangement liens dejà en place (eau polaire + fait liens H -> déplacement liens H de ADN)
- donne + d'espace aux atomes -> présence angle permet mvmt rotation
- liens impliqués dans formation nucléotide -> oblique + dispo antiparallèle favorise rotation
25
structures primaire, secondaire, tertiaire et quaternaire de ADN (5)
- structure primaire -> ordre des nucléotides, écrit séquence du 5' vers 3'
- règle (G+C)% : % G+C sur total bases d'1 génome dépend de espèce / impt car + % élevé = ADN + stable et résistant
- structure secondaire -> double hélice avec liaisons hydrogène / complémentarité BA essentielle à réplication
- structure tertaire -> forme chr / linéaire chez eucaryotes et circulaire chez procaryotes
- structure quaternaire -> asso avec prot de structure / histones chez eucaryotes
26
interactions avec protéines : sillons (2)
- sillon majeur -> accès facile aux grpes fonctionnels des BA
- alternance entre sillons majeurs et mineurs car ADN tourne
27
interation ADN-prot (6)
- séquence spQ grâce aux grpements différents ds sillons majeurs
- groupement accepteur lien H (charge patielle - )
- groupement donneur lien H (charge partielle + )
- groupement non polaire
- groupement méthyl (non polaire)
- différence entre CG-GC; TA-AT par sillons majeurs -> au niv des points d'ancrage pour matcher prot
28
def dénaturation
perte structure quaternaire, tertiaire ou secondaire présente ds forme "native" de molécule (structure primaire doit être conservée sinon prot détruite)
29
influence T° / temps dénaturation
pas identique pour tous les ADN car dépend de taille de molécule
30
principe hybridation
entre 2 brins initiaux OU entre 1 brin de départ et 1 brin ajouté
31
principe de la "sonde" (3)
- détection présence d'une séquence/gène spQ ds 1 échantillon
- marquage des sondes pour reconnaissance -> radioactivité / fluorescence / anticorps
- dénaturation sondes marquées puis hybridation avec échantillon ADN
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spécificité de l'hybride (3)
- spécificité = degré complémentarité entre 2 mol. dépend de complémentarité de formes + nb liens chQ formés
- spécificité hydride déterminé par T° hybridation -> + T° élevée, + hybride spQ car il faut faire tous liens H pr rester -> chaleur déplace liens H
- T° impte pr maintien dénaturation et hybridation
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techniques hybridation sur mbrane : électrophorèse sur gel (5)
- visualisation + séparation par taille fragments ADN (ou ARN ou prot)
- courant électrique -> migration -> tamis moléculaire
- déplacement ADN du pôle (-) vers (+) avc courant car ADN a charge + à cause de groupement phosphate
- influence taille fragment et vitesse -> + morceau petit = + arrivera rapidement à fin
- ségrégation fragments selon taille
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analyse : southern (ADN) et northern (ARN) (5)
- migration par capillarité
- hybridation de la sonde liés avec complémentarité : gene -> 5'-CCCG-3' / sonde -> 3'-GGGC-5'
- chaque bande = 1 fragment où échantillon trouvé
- southern -> observation potentiel génétique
- northern -> observation utilsation concrète des gènes
35
northern avec radioactivité (3)
- sonde marquée à radioactivité visible = bandes noires -> émission radioactivité par sonde
- QT gènes utilisés variable selon tissus -> spQ !
- impce épaisseur bande -> montre impce affinité avec tissus visé (+ bande épaisse = + ARN utilisé)
