chap 1 - structure de l'ADN Flashcards
unité de construction de l’ADN
nucléotide
composition atome
protons + neutrons + électrons
atomes + utilisés pour construction molécules du vivant (6)
C, O, H, S, P, N
def électronégativité d’un atome
force avec laquelle atome tient ses e- ensemble et attire les autres alentours / capacité attraction des e-
2 facteurs influant électronégativité
- nb protons
- distance (+ couches = + e- loin)
composante de l’atome qui participe dans formation liens chimiques
e- de valence (sur dernière couche de atome)
formation lien entre 2 atomes libres -> nécessite ou dégage NRJ ?
formation lien dégage NRJ VS brisure lien nécessite NRJ
liens chQ utilisés dans molécules du vivant (5)
- liaisons covalentes polaires (- stables)
- liaisons covalentes non-polaires (+ stables)
- liaisons ioniques
- liaisons H
- interaction hydrophobe
lieu des liens covalents non-polaires
dans la molécule
lieu interactions hydrophobes
interaction hydrophobe entre molécules
lieu des liens covalents polaires + charges pleines
dans la molécule -> permettent liaisons H et ioniques
macromolécules (2)
- forme 3D -> fonction
- complémentarité (interaction) entre macromol. par liens non covalents
structure de ADN (5)
- ADN + stable car double brin
- ARN -> pas stable par nécessité
- si ADN - stable -> - liens
- si ARN + stable -> + atomes = + liens
- attention atomes ajoutés -> ajout - groupements fonctionnels car portent charges + lourds
compo nucléotide
1 groupe phosphate + 1 sucre pentose + 1 BA
pyrimidine (3)
- 1 cycle formé de 2C + 2N
- mémo : forme soleil/cercle
- pour C, U, T
purine (3)
- 2 cycles formés de 5C + 4N
- pour G et A
- mémo : 4 “pattes” + “purr” = chat
lien stabilité ADN VS ARN (4)
- ARN = OH
- ADN = H
- détachement des P car + stables qd détachés
- qd détachement = founit NRJ VS qd attachement = nécessite NRJ
- nucléotides avec 3 P -> NRJ -> détachement P -> dégagement NRJ et balance positive
nucléotide = sucre + BA + grpe phosphate
liens assos de ces 3 éléments ? (4)
- lien phosphoester entre grpe phosphate et sucre (5’ utilisé pour groupement phosphate)
- lien glycosidique entre BA et sucre
- réaction condensation -> lib° 1 mol. H2O
- réaction inverse de condensation = hydrolysation (ajout 1 mol. H2O)
fonctions nucléotide (4)
- molécule de base de ADN
- source NRJ chQ -> liaison entre grouprments phosphate facilement hydrolysable
- asso avc différents groupements chQ -> formation coenzymes
- mol. signalisation intracelR / 2nd messager
lien ester
à travers un -O-
lien diester
à travers un -O- de chaque coté
liaison phosphodiester
phosphore entre 2 O
polymétysation (3)
- nécessité enzyme polymérase + dNTP
- dNTP = désoxyribonucléotides triphosphate, pas info sur BA
- TJS du 5’ vers 3’
caractéristiques ADN (4)
- ADN bicaténaire = 2 chaines complémentaires, antiparallèles et hélicoïdales
- appariements AT et CG dictés par position groupements fonctionnels de chaque BA
- H doit être en ligne droite entre 2 atomes électronégatifs
- appariement purine-pyrimidine -> nb idéal groupements phosphate pour ADN
pourquoi mvmt rotation de ADN (3)
- minimisation accès d’eau aux appariements -> pas hydrolysation + dérangement liens dejà en place (eau polaire + fait liens H -> déplacement liens H de ADN)
- donne + d’espace aux atomes -> présence angle permet mvmt rotation
- liens impliqués dans formation nucléotide -> oblique + dispo antiparallèle favorise rotation
structures primaire, secondaire, tertiaire et quaternaire de ADN (5)
- structure primaire -> ordre des nucléotides, écrit séquence du 5’ vers 3’
- règle (G+C)% : % G+C sur total bases d’1 génome dépend de espèce / impt car + % élevé = ADN + stable et résistant
- structure secondaire -> double hélice avec liaisons hydrogène / complémentarité BA essentielle à réplication
- structure tertaire -> forme chr / linéaire chez eucaryotes et circulaire chez procaryotes
- structure quaternaire -> asso avec prot de structure / histones chez eucaryotes
interactions avec protéines : sillons (2)
- sillon majeur -> accès facile aux grpes fonctionnels des BA
- alternance entre sillons majeurs et mineurs car ADN tourne
interation ADN-prot (6)
- séquence spQ grâce aux grpements différents ds sillons majeurs
- groupement accepteur lien H (charge patielle - )
- groupement donneur lien H (charge partielle + )
- groupement non polaire
- groupement méthyl (non polaire)
- différence entre CG-GC; TA-AT par sillons majeurs -> au niv des points d’ancrage pour matcher prot
def dénaturation
perte structure quaternaire, tertiaire ou secondaire présente ds forme “native” de molécule (structure primaire doit être conservée sinon prot détruite)
influence T° / temps dénaturation
pas identique pour tous les ADN car dépend de taille de molécule
principe hybridation
entre 2 brins initiaux OU entre 1 brin de départ et 1 brin ajouté
principe de la “sonde” (3)
- détection présence d’une séquence/gène spQ ds 1 échantillon
- marquage des sondes pour reconnaissance -> radioactivité / fluorescence / anticorps
- dénaturation sondes marquées puis hybridation avec échantillon ADN
spécificité de l’hybride (3)
- spécificité = degré complémentarité entre 2 mol. dépend de complémentarité de formes + nb liens chQ formés
- spécificité hydride déterminé par T° hybridation -> + T° élevée, + hybride spQ car il faut faire tous liens H pr rester -> chaleur déplace liens H
- T° impte pr maintien dénaturation et hybridation
techniques hybridation sur mbrane : électrophorèse sur gel (5)
- visualisation + séparation par taille fragments ADN (ou ARN ou prot)
- courant électrique -> migration -> tamis moléculaire
- déplacement ADN du pôle (-) vers (+) avc courant car ADN a charge + à cause de groupement phosphate
- influence taille fragment et vitesse -> + morceau petit = + arrivera rapidement à fin
- ségrégation fragments selon taille
analyse : southern (ADN) et northern (ARN) (5)
- migration par capillarité
- hybridation de la sonde liés avec complémentarité : gene -> 5’-CCCG-3’ / sonde -> 3’-GGGC-5’
- chaque bande = 1 fragment où échantillon trouvé
- southern -> observation potentiel génétique
- northern -> observation utilsation concrète des gènes
northern avec radioactivité (3)
- sonde marquée à radioactivité visible = bandes noires -> émission radioactivité par sonde
- QT gènes utilisés variable selon tissus -> spQ !
- impce épaisseur bande -> montre impce affinité avec tissus visé (+ bande épaisse = + ARN utilisé)
