Cellebiologi Flashcards

1
Q

Gi to eksempler på kovalente bindinger som inngår i primær- sekundær- tertiær- og kvaternærstruktur

A
  1. Peptidbinding mellom aminosyrene i peptidkjeden
  2. Disulfidbinding mellom cysteiner. Kovalente bindinger mellom to polypeptidkjeder
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Hvilken type binding holder aminosyrene sammen i polypeptidkjedenes primærstruktur, og hva er spesielt med denne bindingen?

A

Bindingstype: Peptidbindingen er en kovalent binding mellom to aminosyrer (den dannes når karboksylgruppen (en del av en aminosyre) kobles sammen med en aminogruppe fra en annen aminosyre og vann frigjøres)
Spesielt med binding: Delvis dobbeltbindingskarakter. Gjør at peptidbindingen blir sterkere (hindrer rotasjon langs bindingen)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Hvilke bindingstyper er viktige for proteinfolding?

A
  • Ionebindinger
  • Hydrofobe krefter
  • Hydrogen bindinger
  • Van der Waalske krefter
  • Kovalente bindinger (disulfidbinding)
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Hva slags aminosyresidekjeder finner man flest av sentralt i tertiærstrukturen i globulære proteiner?

A

Aminosyrer med hydrofobe sidekjeder (vannavstøtende sidekjeder); slik at de vil bli holdt vekk fra det vandige miljøet på utsiden av proteinet (hjelper til med foldingen)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

Hvordan vil Vmax og Km være ved bruk av en kompetetiv hemmer?

A
  • Vmax vil forbli uendret (krysningen på y- aksen vil være på samme sted med og uten hemmer)
  • Km vil bli større (dette vil gjøre at linjen går lengre mot høyre - nærmere origo for enzymet med hemmer)
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Benevning for Vmax

A

μM/ min (maksimal reaksjonshastighet)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Hvordan finner man ut affiniteten mellom enzym og substrat?

A

Regner ut Km

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

Hvordan finner man Vmax ved Lineweaver-Burk plot?

A

Der linja krysser y- aksen er Vmax, så benytter man formelen 1/Vmax og regner ut verdien)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Hvordan vil Vmax og Km være ved bruk av en non- competetiv hemmer?

A
  • Vmax blir mindre
  • Km forblir uendret
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

Hvordan finner man Km ved Lineweaver-Burk plot?

A

Der linja krysser x- aksen (deretter benytter man formelen -(1/Km) og regner ut verdien)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Hva er benevningen til Km?

A

μM (substratkonsentrasjon ved 1/2 Vmax)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Dersom Km er lik for begge linjene og Vmax blir mindre med hemmer enn uten (er ulik med og uten hemmer), hva slags type hemmer er til stede?

A

Ikke-kompetitiv hemmer

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Hva kalles setet en kompetetiv hemmer binder til?

A

Aktive setet

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Hva kalles setet en ikke- kompetetiv hemmer binder til?

A

Allosterisk

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Dersom Km er ulik (blir større for den med hemmer enn uten) for begge linjene og Vmax er lik, hva slags type hemmer er til stede?

A

Kompetetiv inhibitor/ hemmer

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Hva menes med turnover- tall?

A

«Turnover-tallet» er det maksimale antall substratmolekyler som kan omdannes til produktmolekyl med 1 molekyl enzym i en gitt tidsperiode (minutter eller sekunder). “Turnover- tall” er en indikasjon på hvor effektivt et enzym er i stand til å katalysere en reaksjon. Jo høyere “turnover-tallet” betyr at enzymet er i stand til å omdanne flere substratmolekyler til produkt per tidsenhet

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

Hva kalles to forskjellige enzymer som katalyserer den samme reaksjonen?

A

Isoenzymer

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

Blir etanol oksidert eller redusert i denne reaksjonen?
Etanol + NAD+ –> Acetaldehyd + NADH + H+

A
  • Etanol blir oksidert
  • NAD+ blir redusert
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
19
Q

Dersom det er to ulike enzymer med samme enzymmengde, hvor den ene har høyere Vmax enn den andre. Hvilke av enzymene vil ha høyest “turnover- tall”? Den med laves eller høyest og hvorfor?

A

Den med høyest Vmax dersom det er benyttet samme mengde enzym vil ha et høyere “turnovertall”. Det er altså en indikasjon på hvor effektivt et enzym er i å katalysere en reaksjon. Et høyere turnovertall betyr at enzymet er i stand til å omdanne flere substratmolekyler til produkt per tidsenhet

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
20
Q

Definer begrepene reduksjon og oksidasjon, reduksjonsmiddel og oksidasjonsmiddel

A
  • Reduksjon: En reaksjon når et atom blir redusert i form av at det mottar elektroner.
  • Oksidasjon: En reaksjon som skjer når et stoff gir fra seg elektroner.
  • Reduksjonsmiddel: Det molekylet som reduserer et annet stoff (stoffet som gir fra seg e-)
  • Oksidasjonsmiddel: Det molekylet som tar til seg e- for å oksidere et annet stoff som selv blir redusert
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
21
Q

Hvorfor sammenstiller vi reduksjon og oksidasjon til ett ord – redoks(reaksjon)?

A

Dette gjøres da det alltid er et atom som blir oksidert og et som blir redusert. Elektroner forsvinner ikke bare: dersom det skjer en reduksjon, at et stoff blir redusert, er det et annet stoff som blir oksidert. Giver og mottaker utgjør et redokspar

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
22
Q

Hvor i periodesystemet finner du grunnstoffer som er sterke oksidasjonsmidler? Begrunn svaret

A

Oksidasjonsmidler: Det er de stoffene som tar til seg elektroner og oksiderer andre stoffer. Derfor er disse plassert øverst til høyre i det periodiske system. Disse har mange elektroner i det ytterste skallet og tar derfor gjerne imot elektroner fra de edle metallene helt til venstre i periodesystemet for å få fylt opp sitt ytterste skall (oktettregelen). To ting som bestemmer: Mengden protoner i kjernen og avstand til ytre skall. Jo lenger til høyre man kommer langs perioden (horisontalt) jo flere protoner, jo lenger nedover man kommer langs gruppene jo mer øker avstanden til ytre skall

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
23
Q

Hva betyr det når en reaksjon har positiv ΔG?

A
  • Reaksjonen går ikke spontant (krever energi)
  • Endergonisk
  • Reaksjonen går fra B –> A
  • Energi tilføres
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
24
Q

Hva betyr det når en reaksjon har negativ ΔG?

A
  • Reaksjonen er spontan
  • Eksergonisk (den vil skje - Exit)
  • Reaksjonen går fra A –> B
  • Energi frigjøres
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
25
26
Oppbygging av periodisk system (i forhold til oksidasjonsmiddel og reduksjonsmiddel)
Deler inn i: - Periode (horisontalt) * Sier noe om antall protoner i kjernen * Jo lengre til høyre jo flere protoner i kjernen * Økt elektronegativitet mot høyre - Grupper (loddrett) * Sier noe om avstand fra kjernen til det ytterste skallet * Jo lengre avstand det er, jo dårligere holder kjernen elektronene i det ytterste skallet * Dersom avstanden fra kjerne til ytterste skall er kort, kan atomet trekke elektroner fra andre atomer
27
Oksidasjonsmiddel
Elektronakseptorer: - Stoffer som tar til seg elektroner i en reaksjon og blir redusert selv - Dette er grunnstoffer som er elektronegative (sterk tiltrekningskraft på elektroner) - Kjernen har ofte mange protoner (høy elektronegativitet) --> Lengst mot høyre - Avstanden til det ytre skallet er kort --> øverst i det periodiske systemet
28
Reduksjonsmiddel
- Kjernen har færre protoner - Avstanden til det ytre skallet er større (elektronene i det ytterste skallet er derfor svakt bundet til kjernen og kan lett fjernes
29
Hva er Keq?
Likevektskonstant for en reaksjon
30
Hvordan vil reaksjonen være dersom Keq < 1
- Mer reaktant enn produkt ved likevekt - B --> A - Ikke spontan
31
Hvordan vil reaksjonen være dersom Keq > 1
- Mer produkt enn reaktant ved likevekt - A --> B - Reaksjonen skjer spontant
32
Hvilke to retninger har vi i metabolismen? (to metabolske veier)
1. Katabolsk vei 2. Anabolsk vei
33
Hva kjennetegner anabolismen? (4 punkter)
1. Krever energi (forbruker ATP fra katabolismen - går fra ATP til ADP + Pi) 2. Oppbygging av stoffer (syntese), går fra mindre molekyler til større mer komplekse 3. Reduksjon (får tilført e-) 4. Syntetisk prosess
34
Eksempler på anabolske prosesser (4 eksempler)
Syntese av: - Proteiner av aminosyrer - Lipider av fettsyrer - Glykogen fra glykose - DNA fra RNA
35
Hva kjennetegner katabolismen? (3 punkter)
1. Frigjør energi (ATP og NADH) 2. Nedbrytning av større og mer komplekse molekyler til små enkle molekyler 3. Oksidasjon (gir fra e-)
36
Kom med eksempler på katabolismen (3 eksempler)
Hydrolyse av: - Fra proteiner til aminosyrer - Fra karbohydrater til monosakkarider (glykose) - Fra fett til fettsyrer
37
Hva kalles reaksjonen som skjer ved katabolisme?
Hydrolyse av stoffer
38
Hva kalles reaksjonen som skjer ved metabolismen?
Syntese av stoffer
39
Hva gjør enzymet ENDOLASE?
Fjerner vann fra utgangsmolekylet
40
Hva gjør enzymet DEHYDROGENASE?
Fjerner H- atomer
41
Hva gjør enzymet KINASE?
Fosforylering (enten av utgangsstoffet eller ATP)
42
Hva gjør enzymet ISOMERASE?
Endrer på strukturen på utgangmolekylet, men ikke på selve kjemiske strukturen
43
Hva gjør enzymet MUTASE?
Endrer på en funksjonell gruppe - som regel en fosfatgruppe fra et karbonatom til et annet
44
Hva gjør enzymet ALDOLASE?
Spalter utgangsmolekylet i 2
45
Hva er det navnet på et enzym forklarer/ er oppkalt etter?
Navnet på utgangsmolekylet + oppgaven den gjør
46
Nevn alle de 10 enzymene som er benyttet i glykolysen?
1. Hexokinase og Glukokinase 2. Fosfoglukose isomerase 3. Fosfofruktokinase 4. Aldolase 5. Triosefosfat isomerase 6. Glyseraldehyd - 3 fosfat dehydrogenase 7. Fosfoglyserat kinase 8. Fosfoglyserat mutase 9. Enolase 10. Pyruvat kinase
47
Hvilke av de 10 reaksjonene i glykolysen er regulerbare (irreversible)
Reaksjon 1, 3 og 10
48
Hvilke to reaksjoner bruker ATP i glykolysen
Reaksjon 1 og 3 (de ikke reversible reaksjonene)
49
Hvilke to reaksjoner produserer ATP? Glykolysen
Reaksjon 7 og 10
50
Hvor mange ATP og NADH produseres i glykolysen og hvor?
4 ATP: 2 x ATP reaksjon 7 og 10 2 NADH: 2 x NADH reaksjon 6
51
Hva står DHAP (fra glykolysen) for?
Dihydoxyasetonfosfat
52
Hva står G3P for i glykolysen?
Glyceraldehyd- 3- fosfat
53
Hva er det som gjør at proteiner blir transportert til riktig sted?
Adresselapper/ Signalsekvenser (spesifikke signalsekvenser for proteinet)
54
Hva består signalsekvensene av?
Spesifikk aminosyresekvens
55
Hva heter sorteringssignalet til proteinene som skal transporteres fra cytosol til nuklear?
NLS (nuclear localization signal)
56
Hvor ligger sorteringssignalet til proteinene som skal transporteres fra cytosol til nuklear?
N- terminus
57
Hva kalles molekylere hjelpere i sammenheng med proteiner?
Chaperoner
58
Hva er penetrans?
Penetrans påvirker hvordan genetisk arv observeres i en familie
59
Hva vil det si at en autosomal dominant sykdom har 100 prosent penetrans?
Penetrans uttrykker hvor mange med en gitt sykdomsgivende mutasjon som utvikler den aktuelle sykdommen. Når penetransen er 100 % betyr det at alle som har arvet mutasjonen før eller senere blir syke
60
Hva er genetisk HETEROGENITET?
- Mutasjoner i ulike gener kan gi samme fenotype - Eks: Usher syndrom
61
Hva er PLEIOTROPI?
- Omvendt av heterotopi - Ett gen påvirker flere fenotyper - Eks: Albinisme
62
Hva kalles det dersom man har mutasjoner i flere gener som gir samme fenotype?
Genetisk heterogenitet
63
Hva heter det dersom mutasjon i et gen påvirker flere fenotyper (albinisme)?
Pleiotropi
64
Forklar hva polymorfisme betyr
- Genetisk variasjon - Vi mennesker har 99,9% identisk DNA -> det er kun 0,1% variasjon som skiller oss. Dette er disse 0,1% som vi kaller for polymorfisme
65
Hva er non- disjunction?
- Feil i celledeling der kromosomene eller søsterkromatidene ikke separeres riktig - Dette kan skje både under mitose og meiose (fase I og II)
66
Hva kalles de kromosomene hvor sentromeren ligger nær en ende? og gi eksempler på disse
- Akrosentriske kromosomer - Kromosom 13,14,15,21 og 22
67
Hva kan være to utfall ved Robertsonske translokasjonskromosomer?
1. Trisomi (eks: trisomi 21/ Downs syndrom) 2. Monosomi (ikke liv laga)
68
Nevn strukturelle kromosomavvik som kan føre til ubalanser karyotype hos avkom (5)
1. Delesjoner 2. Duplikasjoner 3. Translokasjoner (Robertsonske- og Resiproke translokasjoner 4. Inversjoner 5. Ringkromosomer
69
Hva kalles mutasjoner som skjer i kjønnsceller?
Germline- mutasjoner
70
Hva står mutasjonen SNV for og nevn de ulike SNV mutasjonene vi har (3 stk)
- SNV = Single Nucleotide Variant (enkelt nukleotid-variant) 1. Missens- mutasjon 2. Nonsens- mutasjon 3. Stille- mutasjon
71
Forklar hva Missens- mutasjon er:
Enkeltbasevariant --> Punktmutasjon. Endring i en enkelt base i en triplet/ kodon som endrer koden for den opprinnelige aminosyren
72
Forklar hva Nonsens- mutasjon er:
- Punktmutasjon der en enkelt nukleotidendring fører til et for tidlig STOPP- kodon (stoppsignal) i mRNA - Dette fører til et forkortet og ikke- funksjonelt protein
73
Forklar hva Stille- mutasjon er:
Punktmutasjon der nukleotidendring i DNA ikke fører til endringer i aminosyren som kodes
74
Nevn de tre konsekvensene for mutasjoner:
1. LOF ("Loss of funciton") 2. GOF ("Gain of function") 3. Dominant negative mutasjoner
75
LOF ("Loss of function") er en konsekvens av en mutasjon. Hva innebærer denne og hva slags sykdom kan denne føre til, er den dominant eller recessiv?
- Mutasjon som fører til tap av funksjon i proteinet - Cystisk fibrose (CFTR- genet) Feilfoldet CFTR- protein som ikke transporterer klorioner noe som fører til slim i lunger - LOF- mutasjoner er som regel recessive
76
GOF ("Gein of function") er en konsekvens av en mutasjon. Hva innebærer denne og hva slags sykdom kan denne føre til, er den dominant eller recessiv?
- Mutasjon som fører til endret eller økt proteinfunksjon - Kortvoksthet (Huntingtons sykdom) - Dominant mutasjon
77
Dominant negativ mutasjon er en konsekvens av en mutasjon. Hva innebærer denne og hva slags sykdom kan denne føre til, er den dominant eller recessiv?
- Et defekt protein som påvirker/ hemmer funksjonen til andre normale proteiner - Dominante sykdommer
78
Huntingtons sykdom skyldes et økt antall CAG-repetisjoner i en trinukleotidrepetisjon - (CAG)n - i genet som koder for proteinet huntingtin. Denne typen mutasjoner kalles dynamisk ustabile mutasjoner. Forklar hva dette innebærer og nevn en mekanisme som kan forklare at slike trinukleotidrepetisjoner er dynamisk ustabile.
- Mutasjoner som oppstår i repeterte DNA sekvenser (ofte trinukleotidrepetisjoner) som har en tendens til å mutere fra en generasjon til neste (dynamisk ustabile mutasjoner) - Denne typen mutasjon fungerer slik at den trinukleotidrepetisjonen øker eller minker i repetisjoner
79
4 hovedklasser av normal genetisk variasjon er følgende: Enkeltbasevariasjon, mikrosatelitter, minisatelitter og strukturell variasjon (inkludert kopitallsvariasjon). Forklar kort hva disse 4 innebærer
1. Enkeltbasevariant: SNV - endringer i et enkelt basepar 2. Mikrosatelitt: Short tandem repeat (STR) er korte repetisjonsenheter (ofte 1- 10 basepar) som er gjentatt etter hverandre i locus 3. Minisatelitt: Variable number of tandem repeat (VNTR) er lengre repetisjonsenheter (10- 100 bp) som er gjentatt etter hverandre i locus 4. Strukturell variasjon inneholder både inversjoner og kopitallsvariasjon. Ved kopitallsvariasjon er områder på opp til flere hundre tusen basepar kopiert to eller flere ganger på samme sted i genomet. Antall kopier varierer mellom individer i populasjonen
80
Hva er kopitallsvariasjon (CNV)?
CNV = Copy number variation Genetisk variasjon hvor et DNA- segment er kopiert varierende antall ganger i genomet EKS: Normalt individ: Har to kopier av et gen (én fra hver forelder). Person med CNV: Kan ha tre, fire eller flere kopier av det samme genet
81
Hva er Mikrosatelitt (fører til normal genetisk variasjon)?
- Short Tandem repeat (STR) - Korte repetisjonsenheter som er gjentatt etter hverandre i locus - 1- 10 basepar
82
Hva er Minisatelitt (fører til normal genetisk variasjon)
- Variable number of tandem repeat (VNTR) - Repetisjonsenheter på 10- 100 basepar som er gjentatt etter hverandre i locus
83
Hva er affinitet?
Beskriver hvor godt et enzym binder seg til et substrat
84
Hva menes med lav affinitet og hvordan er Km her?
Enzymet binder dårlig til substratet = Høy Km
85
Forklar sammenhengen mellom affinitet og Km
Affinitet = Hvor godt et enzym binder seg til substrat Km = Substratkonsentrasjonen ved 1/2 Vmax Sammenheng: Lav affinitet = høy Km Høy affinitet = lav Km Ved lav affinitet, binder enzymet dårligere til substratet og en trenger derfor mer substrat for å nå halvparten av Vmax Ved høy affinitet binder enzymet godt til substratet og trenger derfor lavere konsentrasjon (Km) for å nå halvparten av Vmax
86
Hva er Km?
1/2 x Vmax (en halv Vmax)
87
Hva er Vmax?
Maksimum reaksjonshastighet (avhenger av enzymmengde)
88
Hva er en kompetetiv inhibitor (hemmer)?
Aktivt setet: Inhibitoren konkurrerer med substratet om det aktive setet
89
Hva er en ikke- kompetetiv inhibitor (hemmer)?
Allosterisk setet: Inhibitoren binder seg et annet sted på enzymet (allosterisk setet). Påvirker derfor ikke enzymaktiviteten (blir ingen konkurranse mellom hemmer og substrat)
90
Hva er sammenhengen mellom en ikke- kompetetiv inhibitor, Vmax, Km og affinitet? (hvordan vil disse forholde seg til en ikke- kompetetiv inhibitor?
Ikke- kompetetiv inhibitor: binder seg ikke til det aktive setet (binder seg til det allosteriske setet), har derfor ikke påvirkning på mengden substrat som trengs for å nå 1/2 Vmax (Km forblir uendret), men Vmax reduseres (reaksjonshastigheten senkes da enzymene jobber dårligere når hemmeren er til stede)
91
Påvirker affiniteten Vmax?
Nei (ikke direkte)
92
Hva er sammenhengen mellom en kompetetiv inhibitor og Vmax og Km? (hvordan vil disse forholde seg til en kompetetiv inhibitor?
Kompetetiv inhibitor (hemmer): Fester seg til det aktive setet på et enzym, slik at substratet sliter med å feste seg (blir konkurranse mellom substrat og hemmer) - Km øker derfor (trenger mer substrat for å kompensere) - Affiniteten blir lavere (dårligere binding mellom enzym og substrat) - Vmax - Km: Km øker -> Trenger mer substrat for å nå Vmax - Vmax: uendret
93
Hva er det en inhibitor (hemmer) gjør med enzymaktiviteten?
Reduserer den. Enzymene jobber dårligere når hemmeren er til stede
94
Kompetetiv hemmer (inhibitor) -> Km og Vmax:
95
ikke- kompetetiv hemmer (inhibitor) -> Km og Vmax: