Begreper Flashcards
Mikrosatelitt (en av hovedklassene innenfor normal genetisk variasjon)
- STR: Short Tandem Repeat
- Repetisjonsenheter 1-10 basepar (bp) som blir gjentatt etter hverandre i locus (tandem)
Minisatelitt (en av hovedklassene innenfor normal genetisk variasjon)
- VNTR: Variable Number of Tandem Repeat
- Repetisjonsenheter 10-100 bp som gjentas etter hverandre i locus
Enkeltbasevariasjon/ enkeltbasevariant (en av hovedklassene innenfor normal genetisk variasjon)
- SNV (Single Nukleotid Variant)
- Endring i et enkelt basepar
Strukturell variasjon (en av hovedklassene innenfor normal genetisk variasjon):
- Inversjon
- Kopitallsvariasjon
Hva betyr kopitallsvariasjon?
- En type genetisk variasjon
- DNA- segment som er kopiert VARIERENDE antall ganger i genomet i forhold til ulike individer
EKSEMPEL: - Normalt individ: Har to kopier av et gen (én fra hver forelder).
- Person med CNV: Kan ha tre, fire eller flere kopier av det samme genet
For disse som får flere kopier enn det som er normalt, kan dette føre til variasjon i egenskaper eller føre til sykdomsrisiko
Hva er strukturell variasjon?
- Skaper genetisk variasjon fordi den endrer på genomets oppbygning
Forklar hva genetisk pregning (imprinting) går ut på
- Mekanisme som fører til at bare EN kopi av et gen er aktivt (enten mor eller far), mens den andre kopien er permanent skrudd av/ inaktiv
- Hvilken kopi som er aktiv, avhenger av om genet kommer fra mor eller fra far
Forklar hvilke to hovedmekanismer vi har for imprinting
- DNA- metylering
- Histonmodifikasjoner
Hva går DNA- metylering ut på, (sammenheng med genetisk imprinting) og hvor og når skjer DNA- metyleringen i imprinting?
- HVA: Metylgruppe (-CH3) festes til cytosin i DNA
- Metylering av promotorregionen til et gen fører til at genet slås av
- HVOR/ NÅR: Skjer under dannelsen av kjønnsceller (i gameten)
- Når embryoet utvikles, bevares disse metyleringsmønstrene, slik at bare én av foreldrenes genkopi forblir aktiv, mens den andre er skrudd av
Forklar hvordan histionmodifikasjoner fungerer i forhold til imprinting
- Histonene er proteinene som DNA kveiler seg rundt
- Hvordan DNA- et er pakket påvirker om gener er tilgjengelige for transkripsjon eller ikke
- De ulike modifikasjonene kan enten inaktivere eller aktivere gener
Nevn ulike typer for histonmodifikasjoner (3 typer):
- Metylering av histoner
- Acetylering av histoner
- Fosforylering av histoner
Nevn balanserte kromosomavvik (2 stk)
- Balanserte translokasjoner (Resiprok translokasjon)
- Inversjon
Hva er inversjon?
En del av et kromosom snus 180 grader, men blir sittende på samme kromosom
Hvilke to typer inversjon har vi og hvordan fungerer disse?
- Perisentriske inversjoner: Inversjonen omfatter sentromeren
- Paracentriske inversjoner: Inversjonen finnes sted utenfor sentromeren
Hva er resultatet av paracentrisk inversjon (inversjon som skjer utenfor sentromer):
- Et kromosom med 2 sentromerer (overlever ikke)
- Et kromosom uten sentromer (overlever ikke)
- Inversjon
- Inversjon
Hva er resultatet av perisentrisk inversjon (inversjonen inneholder sentromeren)?
- Dupliser D -> mangler A (overlever ikke)
- Duplisert A -> mangler D (overlever ikke)
- Inversjon
- Inversjon
Når kan man benytte Array CGH til å påvise kromosomavvik?
Når det mangler DNA- segmenter eller finnes for mange av de (at de har blitt kopiert)
- Delesjon (Mangler DNA- segment)
- Duplikasjon (Har en ekstra kopi av et DNA- segment)
- Amplifikasjoner (Har mange ekstra kopier av et DNA- segment)
Når kan man ikke påvise kromosomavvik med Array CGH?
Dersom det ikke er mangel på DNA- segmenter, men at det kun har skjedd en omrokkering i kromosomet (ingen genetisk informasjon går tapt)
- Balansert translokasjon (Resiprok translokasjon)
- Inversjon
Får man endring i kromosomtall ved kopitallsavvik?
NEI
- Påvirker bare deler av et kromosom og ikke hele kromosomet. Det er derfor dette kalles genetisk variasjon (evolusjon)
Hva er forskjell på nummeriske kromosomavvik og kopitallsavvik (strukturelle kromosomavvik)
Numeriske kromosomavvik: Endring i kromosomantall (mister eller får et ekstra kromosom) -> monosomi eller trisomi
(Strukturelle kromosomavvik) Kopitallsavvik: Duplikasjon (ekstra kopi av DNA- segment) eller delesjon (mangler DNA- sekvens)
Hva menes med at en genetisk variant finnes i et konservert området?
- DNA- sekvensen i dette området har vært uendret gjennom evolusjonen (lik hos mange arter)
- Sterkt konservert DNA er ofte funksjonelt viktig, fordi det feks koder for et viktig/ essensielt protein
Hva er genotypefrekvens?
Hvor vanlig en bestemt genotype er i en populasjon
Hva er formelen for genotypefrekvens?
Genotypefrekvens = Antall individer med en gitt genotype/ Totalt antall individer i populasjonen
Hva er allelfrekvens?
Hvor vanlig en bestemt allel er i en populasjon
Hvordan regner man ut allelfrekvens?
Allelfrekvens = Antall kopier av en gitt allel/ Totale antall alleler i en populasjon
Hva er sammenhengen mellom genotypefrekvens og allelfrekvens?
- Genotypefrekvensen påvirker allelfrekvens fordi genotypen består av to alleler
- Allelfrekvensen kan brukes til å forutsi genotypefrekvenser ved hjelp av Hardy- Weinberg- likevekt
Hva er formelen for Hardy- Weinberg- likevekt:
P^2 + 2qp+q^2= 1
Hva er formelen for beregning av mutasjonsfrekvens ved full penetrans og hva står betegnelsene for?
m = n/2n
m= mutasjonsfrekvens
n= Antall mutasjoner med friske foreldre
N = Totalt antall fødte/ antall fødsler
Eks. på dette med mutasjonsfrekvens. Regn ut følgende: Det blir født 100 000 barn. 12 av dem har mutasjon (sykdom) og 2 av disse har affiserte foreldre. Hva er mutasjonsfrekvensen?
m = 12 (antall barn med sykdom)- 2 (affiserte foreldre) / 2 x 100 000 (antall fødte barn)
m = 10/ 200 000
Ved metylering. Hvilken gruppe festes på?
-CH3
Ved acetylering, hvilken gruppe festes på?
- COOH3
Hva kalles den «tråden» som GAG og kjerneproteinet fester seg på for å danne proteoglykanaggregat?
Hyaluronsyre
Hva kalles de to formene for proteoglykan?
- Decorin
- Aggrecan
Hva kalles de to Glykoproteinene?
- Laminin
- Fibronektin
Hva er nukleering? Og hvordan fungerer dette for aktin og mikrotubuli?
Hva slags nukleeringsfaktor kan hjelpe aktin med å danne en stabil kjerne enklere?
Arp2/3- komplekset (danner raskere stabile kjerner) slik at polymeriseringen kan begynne)