Caractérisation et classification (exam 3)

Question 1

Qu’est ce que la taxonomie permet ?

Answer 1

Permet d’établir des groupes naturels d’organismes présentant des caractères communs.

Question 2

Qu,est ce qu’un TAXONS (ou TAXA) ?

Answer 2

Groupe taxonomique

Question 3

Comment se fait la hiérarchie des taxons ?

Answer 3

Selon la proportion des caractères communs.

Question 4

Pourquoi dit-on que c’est une hiérarchie non chevauchante (taxonomie)?

Answer 4

Un organisme fait partie d’un seul taxon à un niveau donné de la hiérarchie.

Question 5

Quelles caractéristiques sont présentées dans la taxonomie ?

Answer 5

Identification (description et caractérisation) + nomenclature (noms) + classification (arrangements et relations inter-groupes)

On a donc : espèce, genre, famille, ordre, classe, embranchement, sous-embranchement, règne et domaine.

Question 6

Qu’est-ce qu’une culture pure ?

Answer 6

Culture (population) de microorganismes où tous les individus ont les mêmes caractéristiques.

Question 7

Qu’est-ce qu’une souche (isolat) ?

Answer 7

Tous les descendants (sous-culture) d’une culture pure.

Question 8

Qu’est-ce qu’un espèce ?

Answer 8

Groupe de souches dont les caractéristiques sont (presque) identiques. Exemple : E.coli de différents individus.

Question 9

Qu’et ce qu’une souche type ?

Answer 9

Souche possédant toutes les caractéristiques représentatives de l’espèce (la 1ère, référence).

Question 10

Comment procède l’identification ?

Answer 10

Description et caractérisation, selon une culture pure.

Question 11

Quels caractères morphologiques est caractérisé lors de l’identification ?

Answer 11

• Taille, forme, arrangement
• structures cellulaire
• réaction aux colorants

Question 12

Quels caractères de la composition chimique est identifié ?

Answer 12

• Membrane : type de lipides, alcools (archae/eubact.)
• Parois cellulaire : polysaccharides, protéines (peptidoglycane:eubact., pseudomuréine:archae., cellulose :mycètes ou algues)

Question 13

Quels caractères physiologique sont identifiés ?

Answer 13

• Exigences nutritionnelles : milieux de culture (cource de carbone, facteur de croissance)
• Conditions d’incubation : T°, O2, lumière

Question 14

Quels caractères métaboliques sont identifiés ?

Answer 14

• Produits finaux de fermentation ; identification et quantités
• Enzymes extracellulaires : protéases, exotoxines, hémolysine

Question 15

quels caractères génétiques sont identifiées ?

Answer 15

• Composition en G+C% (plantes et animaux 30-50%, microorganismes 25-80%) : valeur typique de l’espèce mais pas exclusive, valeur intragenre très similaire.
• nombre de chromosomes (eucaryote)
• Plasmides : tailles, nombres, gènes plasmidique (molécule d’ADN extrachromosomique)

Question 16

Par quoi les interactions avec l’hôte sont identifiés ?

Answer 16

• Pathogénécité
• Capacité de provoquer une maladie chez différents hôtes (spécificité d’hôte : VIF, influenza)
• Symbiose : plante, poisson…

Question 17

Par quoi se fait l’identification écologique ?

Answer 17

Habitats d’où provient l’isolat.

Question 18

Comment l’identification moléculaire se fait-elle ?

Answer 18

• Comparaison de séquences : gènes conservés, protéines conservées, homologie des séquences (organismes apparentés)
• Hybridation ADN-ADN (complémentarité des séquences d’ADN chromosomiques)

Question 19

Que fait-on suite à l’identification des caractères ?

Answer 19

Compilation des caractères et comparaison avec espèces connues

Question 20

Comment savoir si une nouvelle espèce est identifiée ?

Answer 20

Nombre élevé de caractéristiques différentes des autres espèces connues (on peut lui attribuer un nom, selon les règles de nomenclature)

Question 21

Que comporte les règles de nomenclature linnéenne établis par Carl Von Linné ?

Answer 21

• Binominale (italique ou souligné)
• Genre 1ere lettre majuscule
• descriptif
• découvreur
• espèce 1ere lettre minuscule (latin ou grec, descriptif de ce qu’on va retrouver comme caractéristique importante)

Question 22

Qu,est ce que la classification ?

Answer 22

Arrangement en groupes et relations intergroupes : selon les caractères communs, liens évolutifs

Question 23

Quels sont les différents types de classification ?

Answer 23

• naturelle
• phénétique
• numérique
• phylogénétique
• polyphasique

Question 24

Qu’est ce que la classification naturelle ?

Answer 24

Nature biologique de organismes (anatomiques)

Question 25

Qu'est ce que la classification phénétique ?

Answer 25

Similarité de caractères phénotypiques : morphologiques, métaboliques, génétiques...

Question 26

Qu'est ce que la classification numérique ?

Answer 26

Comparaison de plusieurs organismes (2 par 2, nombre de caractères : minimum 50) -coefficients d'appariement Aujourd'hui on a matrice qui permet d'utiliser encore plus de caractères.

Question 27

Comment calculer le % de similarité ?

Answer 27

%S = (nombre de caractère similaires/nombre de caractères totaux)x100

Question 28

Quelle est la limite de la classification numérique ?

Answer 28

La pondération des caractères est uniforme (un présent, un absent) biologiquement lorsqu'on analyse un organisme, certains sont très important er d'autres sont plutôt accessoires. Exemple de limite : présence de capsule (critère accessoire) vs similarité fonctionnelle de l'ADN polymérase (important), le poids qu'on accorde à un critère peut être sujet à discussion.

Question 29

Qu'est ce qu'un dendogramme ?

Answer 29

Représentation graphique qui ressemble à un arbre. Embranchements relient les branches aux %S.

Question 30

1 espèce correspond à quoi?

Answer 30

1 groupe de souches que les caractéristiques sont PRESQUE identiques (peut avoir 20% de variation). Difficile de définir les bornes d'une espèce.

Question 31

Qu'est ce qu'une classification phylogénétique ?

Answer 31

C'est selon la race, génèse/origine. Relations évolutives probables (ancêtres communs, comparaison d'espèces distantes) Comparaison de séquences de gènes/protéines conservées.

Question 32

Que se passe-t-il lorsqu'il y a une mutation qui va nuire qui apparaît ?

Answer 32

Celle-ci va être éliminée.

Question 33

Pourquoi certaines régions sont-elles conservées chez le gène ARN ribosomal ?

Answer 33

Essentielles à la fonction. Si on les altère : ribosomes fonctionnent plus.

Question 34

Qu'est-ce qu'une région variable ?

Answer 34

C'est une région, qui, lorsqu'il y a mutation, sa fonction n'est pas altérée. Le nombre de divergence est proportionnel au temps depuis la divergence d'un ancêtre commun.

Question 35

Sur un schéma de classification, qu'est-ce que les noeuds et longueur des branches signifient ?

Answer 35

Noeuds : événement de divergence (mutation) Longueur des branches : proportionnel au nombre de changements moléculaire et donc, au temps qui sépare les organismes par rapport à leur ancêtre commun.

Question 36

Grâce à quels outils la classification phylogénétique peut-elle se faire ?

Answer 36

Outils bio-informatiques : disponibilité des séquences génomiques, développement constant (sujet à des interprétations différentes).

Question 37

Quelle est la classification contemporaine ?

Answer 37

Classification polyphasique

Question 38

Comment fonctionne la classification polyphasique ?

Answer 38

Analyse un lien entre les microorganismes - informations phénétiques et phylogénétiques : plus complète, remaniements continus - Ré-évaluations de la notion d'espèce (ex: % d'identité des séquences génomiques) En fonction du gène qu'on utilise, on a des arbres différents.

Question 39

Quelle a été la première classification ? Et que contenait-elle ?

Answer 39

Linnaeus (1753) - Anatomie (basée sur les caractères anatomiques) - 2 règnes : animaux et plantes

Question 40

Quelle a été la deuxième classification ? Et que contenait-elle ?

Answer 40

Haeckel (1865) - Les deux mêmes règnes que Linnaeus - Un 3e règne : les protistes (bactéries, levures, protozoaires, algues)

Question 41

Quelle a été la troisième classification ? et que compare-elle ?

Answer 41

``` Whittaker (1969) Nutrition + organisation cellulaire : - photosynthèse, absorption (de particules solubles), ingestion (de particules solides); - eucaryotes, procaryotes - unicellulaire, pluricellulaire ```

Question 42

Quels sont les 5 règnes de la classification Whittaker ?

Answer 42

- Plantes - Animaux - Mycètes (pas de photosynthèse, se nourrissent par absorption) - Protistes (protozoaires, algues, ...) - Monaires (procaryotes)

Question 43

Que c'est-il passé entre la deuxième et troisième classification pour qu'il y ait autant de changement ?

Answer 43

1940 : commencé à avoir de l'information sur les structures fines des microorganismes

Question 44

Quelle a été la quatrième classification ? Et que comprenait-elle ?

Answer 44

Woese (1977) Approche phylogénétique/ARNr Propose l'existence de 3 domaines (niveau hiérarchiques les plus élevés) : -Eucarya -Bacteria (procaryotes) -Archae (procaryotes)

Question 45

Qu'est ce que la théorie de l'endosymbiose ?

Answer 45

Mitochondries et chloroplastes des cellules eucaryotes proviennent de l'incorporation (endocytose) par certaines archeobactéries.