Caractérisation et classification (exam 3) Flashcards
Qu’est ce que la taxonomie permet ?
Permet d’établir des groupes naturels d’organismes présentant des caractères communs.
Qu,est ce qu’un TAXONS (ou TAXA) ?
Groupe taxonomique
Comment se fait la hiérarchie des taxons ?
Selon la proportion des caractères communs.
Pourquoi dit-on que c’est une hiérarchie non chevauchante (taxonomie)?
Un organisme fait partie d’un seul taxon à un niveau donné de la hiérarchie.
Quelles caractéristiques sont présentées dans la taxonomie ?
Identification (description et caractérisation) + nomenclature (noms) + classification (arrangements et relations inter-groupes)
On a donc : espèce, genre, famille, ordre, classe, embranchement, sous-embranchement, règne et domaine.
Qu’est-ce qu’une culture pure ?
Culture (population) de microorganismes où tous les individus ont les mêmes caractéristiques.
Qu’est-ce qu’une souche (isolat) ?
Tous les descendants (sous-culture) d’une culture pure.
Qu’est-ce qu’un espèce ?
Groupe de souches dont les caractéristiques sont (presque) identiques. Exemple : E.coli de différents individus.
Qu’et ce qu’une souche type ?
Souche possédant toutes les caractéristiques représentatives de l’espèce (la 1ère, référence).
Comment procède l’identification ?
Description et caractérisation, selon une culture pure.
Quels caractères morphologiques est caractérisé lors de l’identification ?
- Taille, forme, arrangement
- structures cellulaire
- réaction aux colorants
Quels caractères de la composition chimique est identifié ?
- Membrane : type de lipides, alcools (archae/eubact.)
- Parois cellulaire : polysaccharides, protéines (peptidoglycane:eubact., pseudomuréine:archae., cellulose :mycètes ou algues)
Quels caractères physiologique sont identifiés ?
- Exigences nutritionnelles : milieux de culture (cource de carbone, facteur de croissance)
- Conditions d’incubation : T°, O2, lumière
Quels caractères métaboliques sont identifiés ?
- Produits finaux de fermentation ; identification et quantités
- Enzymes extracellulaires : protéases, exotoxines, hémolysine
quels caractères génétiques sont identifiées ?
- Composition en G+C% (plantes et animaux 30-50%, microorganismes 25-80%) : valeur typique de l’espèce mais pas exclusive, valeur intragenre très similaire.
- nombre de chromosomes (eucaryote)
- Plasmides : tailles, nombres, gènes plasmidique (molécule d’ADN extrachromosomique)
Par quoi les interactions avec l’hôte sont identifiés ?
- Pathogénécité
- Capacité de provoquer une maladie chez différents hôtes (spécificité d’hôte : VIF, influenza)
- Symbiose : plante, poisson…
Par quoi se fait l’identification écologique ?
Habitats d’où provient l’isolat.
Comment l’identification moléculaire se fait-elle ?
- Comparaison de séquences : gènes conservés, protéines conservées, homologie des séquences (organismes apparentés)
- Hybridation ADN-ADN (complémentarité des séquences d’ADN chromosomiques)
Que fait-on suite à l’identification des caractères ?
Compilation des caractères et comparaison avec espèces connues
Comment savoir si une nouvelle espèce est identifiée ?
Nombre élevé de caractéristiques différentes des autres espèces connues (on peut lui attribuer un nom, selon les règles de nomenclature)
Que comporte les règles de nomenclature linnéenne établis par Carl Von Linné ?
- Binominale (italique ou souligné)
- Genre 1ere lettre majuscule
- descriptif
- découvreur
- espèce 1ere lettre minuscule (latin ou grec, descriptif de ce qu’on va retrouver comme caractéristique importante)
Qu,est ce que la classification ?
Arrangement en groupes et relations intergroupes : selon les caractères communs, liens évolutifs
Quels sont les différents types de classification ?
- naturelle
- phénétique
- numérique
- phylogénétique
- polyphasique
Qu’est ce que la classification naturelle ?
Nature biologique de organismes (anatomiques)
Qu’est ce que la classification phénétique ?
Similarité de caractères phénotypiques : morphologiques, métaboliques, génétiques…
Qu’est ce que la classification numérique ?
Comparaison de plusieurs organismes (2 par 2, nombre de caractères : minimum 50)
-coefficients d’appariement
Aujourd’hui on a matrice qui permet d’utiliser encore plus de caractères.
Comment calculer le % de similarité ?
%S = (nombre de caractère similaires/nombre de caractères totaux)x100
Quelle est la limite de la classification numérique ?
La pondération des caractères est uniforme (un présent, un absent) biologiquement lorsqu’on analyse un organisme, certains sont très important er d’autres sont plutôt accessoires.
Exemple de limite : présence de capsule (critère accessoire) vs similarité fonctionnelle de l’ADN polymérase (important), le poids qu’on accorde à un critère peut être sujet à discussion.
Qu’est ce qu’un dendogramme ?
Représentation graphique qui ressemble à un arbre. Embranchements relient les branches aux %S.
1 espèce correspond à quoi?
1 groupe de souches que les caractéristiques sont PRESQUE identiques (peut avoir 20% de variation).
Difficile de définir les bornes d’une espèce.
Qu’est ce qu’une classification phylogénétique ?
C’est selon la race, génèse/origine.
Relations évolutives probables (ancêtres communs, comparaison d’espèces distantes)
Comparaison de séquences de gènes/protéines conservées.
Que se passe-t-il lorsqu’il y a une mutation qui va nuire qui apparaît ?
Celle-ci va être éliminée.
Pourquoi certaines régions sont-elles conservées chez le gène ARN ribosomal ?
Essentielles à la fonction. Si on les altère : ribosomes fonctionnent plus.
Qu’est-ce qu’une région variable ?
C’est une région, qui, lorsqu’il y a mutation, sa fonction n’est pas altérée.
Le nombre de divergence est proportionnel au temps depuis la divergence d’un ancêtre commun.
Sur un schéma de classification, qu’est-ce que les noeuds et longueur des branches signifient ?
Noeuds : événement de divergence (mutation)
Longueur des branches : proportionnel au nombre de changements moléculaire et donc, au temps qui sépare les organismes par rapport à leur ancêtre commun.
Grâce à quels outils la classification phylogénétique peut-elle se faire ?
Outils bio-informatiques : disponibilité des séquences génomiques, développement constant (sujet à des interprétations différentes).
Quelle est la classification contemporaine ?
Classification polyphasique
Comment fonctionne la classification polyphasique ?
Analyse un lien entre les microorganismes
- informations phénétiques et phylogénétiques : plus complète, remaniements continus
- Ré-évaluations de la notion d’espèce (ex: % d’identité des séquences génomiques)
En fonction du gène qu’on utilise, on a des arbres différents.
Quelle a été la première classification ? Et que contenait-elle ?
Linnaeus (1753)
- Anatomie (basée sur les caractères anatomiques)
- 2 règnes : animaux et plantes
Quelle a été la deuxième classification ? Et que contenait-elle ?
Haeckel (1865)
- Les deux mêmes règnes que Linnaeus
- Un 3e règne : les protistes (bactéries, levures, protozoaires, algues)
Quelle a été la troisième classification ? et que compare-elle ?
Whittaker (1969) Nutrition + organisation cellulaire : - photosynthèse, absorption (de particules solubles), ingestion (de particules solides); - eucaryotes, procaryotes - unicellulaire, pluricellulaire
Quels sont les 5 règnes de la classification Whittaker ?
- Plantes
- Animaux
- Mycètes (pas de photosynthèse, se nourrissent par absorption)
- Protistes (protozoaires, algues, …)
- Monaires (procaryotes)
Que c’est-il passé entre la deuxième et troisième classification pour qu’il y ait autant de changement ?
1940 : commencé à avoir de l’information sur les structures fines des microorganismes
Quelle a été la quatrième classification ? Et que comprenait-elle ?
Woese (1977) Approche phylogénétique/ARNr
Propose l’existence de 3 domaines (niveau hiérarchiques les plus élevés) :
-Eucarya
-Bacteria (procaryotes)
-Archae (procaryotes)
Qu’est ce que la théorie de l’endosymbiose ?
Mitochondries et chloroplastes des cellules eucaryotes proviennent de l’incorporation (endocytose) par certaines archeobactéries.
