BM9 bis 3) Mécanismes de transposition Flashcards
Comment se fait le déplacement d’un transposon à ADN?
Par l’excision du transposon de son site et intégration à un nouveau site (couper-coller)
Comment se fait la recombinaison suite au déplacement d’un transposon?
La transposase se lie aux séquences terminales répétées et inversées pour former un complexe ADN-Protéine stable.
Comment se nomme le complexe ADN-Protéine stable formé par la liaison de la transposase aux séquences terminales répétées et inversées?
Le transposome (complexe synaptique)
Que fait le transposome?
Maintient les sites de recombinaison ensemble
Protège l’ADN des enzymes de dégradation
Comment se déroule le déplacement d’un transposon à ADN?
- Attaque d’un pont phosphodiester d’un site d’insersion de l’ADN cible par une des 2 extrémités 3’-OH libres du transposon.
- Liaison covalente Transposon-ADN cible
- Chacune des 2 réactions de trans-estérification provoque 1 incision dans l’ADN cible
- Les sous-unités de la transposase clivent 1 brin d’ADN à chaque extrémité du transposon exactement à la jonction avec l’ADN hôte flanquant en générant 2 extrémités 3’-OH.
- Ces 2 extrémités 3’OH sont libérées en premier par la transposase et attaquent les ponts phosphodiesters du site d’insertion de l’ADN cible.
Comment est la liaison transposon-ADN cible?
Covalente
Qu’est-ce que la trans-estérification?
Le transfert de brin
Qu’assure la structure en fer à cheval du transposome?
L’insertion des séquences flanquantes au même site cibl
Combien y a-t-il d’incisions produites lors du transfert de brin?
2
De quoi est dépendante la taille des protions d’ADN simple brin des 2 incisions produites lors du transfert de brin?
Du nombre de bases qui séparent les 2 sites d’insertion du transposon (c’est-à-dire des séquences flaquantes)
À quoi serviront les 2 autres extrémités 3’OH dans le déplacement d’un transposon à ADN?
D’Amorce pour être élongées par une ADN polymérase de la cellule
Quelle est la caractéristique des brins non-transférés?
Leurs extrémités 5’-P ne se lient pas directement à l’ADN cible lors de la réaction de transfert
quels sont les 2 mecanismes pour catalyser la coupure du 2e brin non transféré?
a) une enzyme autre que la transposase peut-être utiliée
b) utilisation de la transestérification de la transposase (similaire à celui permettant le transfert de brin)
Donnez un exemple d’une enzyme autre que la transposase peut-être utiliée pour catalyser la coupure du 2e brin non transféré?
Tn7 possède une protéine à fonction endonucléase, la TnsA qui coopère avec la transposase TnsB pour exciser Tn7 de son site de départ
Donnez un exemple de l’utilisation de la transestérification de la transposase (similaire à celui permettant le transfert de brin) pour catalyser la coupure du 2e brin non transféré?
Tn5 et TN10 utilisent la transposase elle-même pour transférer les 2 brins à extrémité 5’-p.
Ils génèrent une double épingle à cheveux en raboutant les 3’-OH avec les 5’-P du Brin complémentaire (liaison covalente)
Puis l’épingle double est clivée par la transposase qui libère alors les 2 extrémités 3’OH qui attaquent les ponts phosphodiesters du site d’insertion de l’ADN cible
Quelle est la particularité du transposon Hermes?
Utilise aussi la double épingle, mais sur l’ADN hôte et non aux extrémités transposables.
À quelle fréquence est dupliqué un transposon à ADN chez une bactérie?
à chaque cycle de transposition
À quoi est semblable le mécanisme de réplication d’un transposon à ADN chez une bactérie?
Semblable au «Couper-Coller» pour l’étape d’assemblage du transposome.
Pourquoi l’étape du clivage lors de la réplication d’un transposon à ADN est-elle différente du mécanisme d’Assemblage du transposome chez une bactérie?
Car le transposon reste à son site d’origine
Qu’arrive-t-il si les extrémités 3’-OH se lient aux sites de l’ADN cible par réaction de transfert de brin?
les extrémités 5’-P restent liées aux sites de l’ADN d’origine, ce qui crée une structure de 2 fourches de réplication
Avec une structure de 2 fourches de réplications, sur combien de fourches la machinerie de réplication s’assemble-t-elle?
Sur une seule fourche
Qu’est-ce qui sert d’amorce pour la synthèse d’ADN lors de la réplication d,un transposon à ADN?
L’extrémité 3’-OH libérée de l’ADN cible
Pourquoi le mécanisme de réplicatioon d’un transposon à ADN est risqué pour l’intégrité de l’ADN hôte?
Car il génère souvent des inversions ou des délétions de grande taille dans les chromosomes
Comment se fait la réplication par intermédiaire à ARN des rétrotransposons et rétrovirus?
1) la transcription de leur séquence d’ADN se fait par une ARN polymérase de la cellule
2) le transcrrit (ARN) est ensuite rétro-transcrit en ADN complémentaire double brin (ADNc)
3) L’ADNc est reconnu par l’intégrase qui, en se liant aux 2 extrémités de l’ADNc va cliver quelques nucléotides terminaux aux extrémités 3’
4) ce extrémités vont attaquer directement l’ADN cible.
4) L’intégrase catalyse la réaction de transfert des brins à extrémités 3’-Oh libres à l’ADN cible
Que comprend le transcrit d’un Rétrotransposon ou d’un rétrovirus?
- Le promoteur (LTR en 5’)
- Les gènes de la région centrale: intégrase et transcriptase inverse
- Se termine avec la séquence LTR en 3’
Y a-t-il une spécificité de site d’intégration pour la réplication par intermédiaire à ARN?
Non
Comment la cellule hôte répare ses propres segments délétés lors de la réaction de transfert des brins?
ADN polymérase +LIgase
Que contiennent les LTRs dans la réplication par intermédiaire à ARN?
3 types de séquences:
Unique U3’ et U5’
Répétée R
Qu’utilise le rétrovirus comme amorce pour la synthèse du 1er brin d’ADNc?
ARN de transfert
Avec quoi s’apparie l’ARNt du rétrovirus et que donne cet apparaiement?
Avec PBS
Synthétiser une ADNc 5’-U5-R-3’
Quelles sont les activités qu’exerce la transcriptase inverse
Polymérase et RNase H
Comment la transcriptase inverse sépare l’hybride ADN/ARN?
En dégradant le segment d’ARN 5’-R-U5
Avec quoi la séquence répétée 3’ de l’ARN va s’hybrider
La copie ADNc 3’-R-U5-ARNt (ADNc= ADN copie)
Que fait la transcriptase inverse une fois la copie d’ADNc 3’-R-U5-ARNt est hybridée à la séquence répété 3’?
Copie l’ARN de son extrémité 3’ vers 5’ avec l’Ajout en 5’ de la séquence U5 jusqu’à la séquence de PBS en 3’
Que fait l’action RNase H de la transcriptase inverse?
Dégrade L’ARN à mesure que sa rétro-transcription progresse mais garde la séquence PPT intacte
À quoi sert la séquence PPT intacte?
d’Amorce ARN pour la synthèse du brin complémentaire de l’ADN copie par la transciptase inverse, ce qui permet de générer 5’-U3-R-U5-3’
Que fait l’extrémité contenant la séquence PBS lorsque l’ARNt est retiré du premier brin d’ADNc?
Il vient s’hybrider avec la séquence PBS complémentaire sur le 2e brin de l’ADNc, formant ainsi une molécule intermédiaire circulaire
Que se passe-t-il après l’hybridation avec la séquence PBS complémentaire sur le 2e brin de l’ADNc, formant ainsi une molécule intermédiaire circulaire?
Élongation du brin circulaire en 3’-OH de PBS jusqu’AU 5’-U3-R-U5-3’
Qu’est-ce qui achève la synthèse de l’ADN copie double brin?
L’extension de l’extrémité 3’-OH du 2e brin
Est-ce que les transposases et les intégrases sont de la même famille de protéine?
Oui
Que contiennent les intégrases et les transposases?
- 1 site catalytique pour clivage en 3’-OH et transfert de brin
- Régions de reconnaissance de site
De quoi est fait le site catalytique pour clivage en 3’-OH et transfert de brin?
2 aspartates et 1 glutamate qui coordonnent l’action des ions métalliques Zn2+ et/ou MN2+
Quelles sont les 2 régions de reconnaissance de site?
site de liaison à l’ADN
Site d’intéraction protéines-protéines
Pourquoi les régions de reconnaissance de sites sont très différentes?
Les transposases et intégrases sont spécifiques aux éléments qui les portent
Quelle proportion du génome humain représente les rétrotransposons à poly-A de type Line?
20%
Où s’effectue la rétro-transcription des rétro-transposons à poly-A de type line?
Sur le site d’insertion du transposon
à quoi les protéines ORF1 et ORF2 restent liées?
à la séquence ARN du transposon (ne peuvent être recrutées par d’autres transposons)
Quelles sont les 2 fonctions d’ORF2?
Endonucléase et Transcriptase inverse
Où ORF2 fait son incision?
Région poly-t de l’ADN cible (pour faciliter l’hybridation de la queue poly-A de l’ARN)
À quoi sert l’extrémité 3’-OH d’un brin d’ADN générée par l’incision?
d’Amorce pour la rétro-transcription de l’ARN de l’élément
