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Biologie Moléculaire Examen II > BM9 bis 3) Mécanismes de transposition > Flashcards

BM9 bis 3) Mécanismes de transposition Flashcards

1
Q

Comment se fait le déplacement d’un transposon à ADN?

A

Par l’excision du transposon de son site et intégration à un nouveau site (couper-coller)

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Q

Comment se fait la recombinaison suite au déplacement d’un transposon?

A

La transposase se lie aux séquences terminales répétées et inversées pour former un complexe ADN-Protéine stable.

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3
Q

Comment se nomme le complexe ADN-Protéine stable formé par la liaison de la transposase aux séquences terminales répétées et inversées?

A

Le transposome (complexe synaptique)

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4
Q

Que fait le transposome?

A

Maintient les sites de recombinaison ensemble

Protège l’ADN des enzymes de dégradation

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5
Q

Comment se déroule le déplacement d’un transposon à ADN?

A
  • Attaque d’un pont phosphodiester d’un site d’insersion de l’ADN cible par une des 2 extrémités 3’-OH libres du transposon.
  • Liaison covalente Transposon-ADN cible
  • Chacune des 2 réactions de trans-estérification provoque 1 incision dans l’ADN cible
  • Les sous-unités de la transposase clivent 1 brin d’ADN à chaque extrémité du transposon exactement à la jonction avec l’ADN hôte flanquant en générant 2 extrémités 3’-OH.
  • Ces 2 extrémités 3’OH sont libérées en premier par la transposase et attaquent les ponts phosphodiesters du site d’insertion de l’ADN cible.
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6
Q

Comment est la liaison transposon-ADN cible?

A

Covalente

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7
Q

Qu’est-ce que la trans-estérification?

A

Le transfert de brin

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8
Q

Qu’assure la structure en fer à cheval du transposome?

A

L’insertion des séquences flanquantes au même site cibl

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9
Q

Combien y a-t-il d’incisions produites lors du transfert de brin?

A

2

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10
Q

De quoi est dépendante la taille des protions d’ADN simple brin des 2 incisions produites lors du transfert de brin?

A

Du nombre de bases qui séparent les 2 sites d’insertion du transposon (c’est-à-dire des séquences flaquantes)

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11
Q

À quoi serviront les 2 autres extrémités 3’OH dans le déplacement d’un transposon à ADN?

A

D’Amorce pour être élongées par une ADN polymérase de la cellule

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12
Q

Quelle est la caractéristique des brins non-transférés?

A

Leurs extrémités 5’-P ne se lient pas directement à l’ADN cible lors de la réaction de transfert

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13
Q

quels sont les 2 mecanismes pour catalyser la coupure du 2e brin non transféré?

A

a) une enzyme autre que la transposase peut-être utiliée

b) utilisation de la transestérification de la transposase (similaire à celui permettant le transfert de brin)

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14
Q

Donnez un exemple d’une enzyme autre que la transposase peut-être utiliée pour catalyser la coupure du 2e brin non transféré?

A

Tn7 possède une protéine à fonction endonucléase, la TnsA qui coopère avec la transposase TnsB pour exciser Tn7 de son site de départ

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15
Q

Donnez un exemple de l’utilisation de la transestérification de la transposase (similaire à celui permettant le transfert de brin) pour catalyser la coupure du 2e brin non transféré?

A

Tn5 et TN10 utilisent la transposase elle-même pour transférer les 2 brins à extrémité 5’-p.
Ils génèrent une double épingle à cheveux en raboutant les 3’-OH avec les 5’-P du Brin complémentaire (liaison covalente)
Puis l’épingle double est clivée par la transposase qui libère alors les 2 extrémités 3’OH qui attaquent les ponts phosphodiesters du site d’insertion de l’ADN cible

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16
Q

Quelle est la particularité du transposon Hermes?

A

Utilise aussi la double épingle, mais sur l’ADN hôte et non aux extrémités transposables.

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17
Q

À quelle fréquence est dupliqué un transposon à ADN chez une bactérie?

A

à chaque cycle de transposition

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18
Q

À quoi est semblable le mécanisme de réplication d’un transposon à ADN chez une bactérie?

A

Semblable au «Couper-Coller» pour l’étape d’assemblage du transposome.

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19
Q

Pourquoi l’étape du clivage lors de la réplication d’un transposon à ADN est-elle différente du mécanisme d’Assemblage du transposome chez une bactérie?

A

Car le transposon reste à son site d’origine

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20
Q

Qu’arrive-t-il si les extrémités 3’-OH se lient aux sites de l’ADN cible par réaction de transfert de brin?

A

les extrémités 5’-P restent liées aux sites de l’ADN d’origine, ce qui crée une structure de 2 fourches de réplication

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21
Q

Avec une structure de 2 fourches de réplications, sur combien de fourches la machinerie de réplication s’assemble-t-elle?

A

Sur une seule fourche

22
Q

Qu’est-ce qui sert d’amorce pour la synthèse d’ADN lors de la réplication d,un transposon à ADN?

A

L’extrémité 3’-OH libérée de l’ADN cible

23
Q

Pourquoi le mécanisme de réplicatioon d’un transposon à ADN est risqué pour l’intégrité de l’ADN hôte?

A

Car il génère souvent des inversions ou des délétions de grande taille dans les chromosomes

24
Q

Comment se fait la réplication par intermédiaire à ARN des rétrotransposons et rétrovirus?

A

1) la transcription de leur séquence d’ADN se fait par une ARN polymérase de la cellule
2) le transcrrit (ARN) est ensuite rétro-transcrit en ADN complémentaire double brin (ADNc)
3) L’ADNc est reconnu par l’intégrase qui, en se liant aux 2 extrémités de l’ADNc va cliver quelques nucléotides terminaux aux extrémités 3’
4) ce extrémités vont attaquer directement l’ADN cible.
4) L’intégrase catalyse la réaction de transfert des brins à extrémités 3’-Oh libres à l’ADN cible

25
Q

Que comprend le transcrit d’un Rétrotransposon ou d’un rétrovirus?

A
  • Le promoteur (LTR en 5’)
  • Les gènes de la région centrale: intégrase et transcriptase inverse
  • Se termine avec la séquence LTR en 3’
26
Q

Y a-t-il une spécificité de site d’intégration pour la réplication par intermédiaire à ARN?

A

Non

27
Q

Comment la cellule hôte répare ses propres segments délétés lors de la réaction de transfert des brins?

A

ADN polymérase +LIgase

28
Q

Que contiennent les LTRs dans la réplication par intermédiaire à ARN?

A

3 types de séquences:
Unique U3’ et U5’
Répétée R

29
Q

Qu’utilise le rétrovirus comme amorce pour la synthèse du 1er brin d’ADNc?

A

ARN de transfert

30
Q

Avec quoi s’apparie l’ARNt du rétrovirus et que donne cet apparaiement?

A

Avec PBS

Synthétiser une ADNc 5’-U5-R-3’

31
Q

Quelles sont les activités qu’exerce la transcriptase inverse

A

Polymérase et RNase H

32
Q

Comment la transcriptase inverse sépare l’hybride ADN/ARN?

A

En dégradant le segment d’ARN 5’-R-U5

33
Q

Avec quoi la séquence répétée 3’ de l’ARN va s’hybrider

A

La copie ADNc 3’-R-U5-ARNt (ADNc= ADN copie)

34
Q

Que fait la transcriptase inverse une fois la copie d’ADNc 3’-R-U5-ARNt est hybridée à la séquence répété 3’?

A

Copie l’ARN de son extrémité 3’ vers 5’ avec l’Ajout en 5’ de la séquence U5 jusqu’à la séquence de PBS en 3’

35
Q

Que fait l’action RNase H de la transcriptase inverse?

A

Dégrade L’ARN à mesure que sa rétro-transcription progresse mais garde la séquence PPT intacte

36
Q

À quoi sert la séquence PPT intacte?

A

d’Amorce ARN pour la synthèse du brin complémentaire de l’ADN copie par la transciptase inverse, ce qui permet de générer 5’-U3-R-U5-3’

37
Q

Que fait l’extrémité contenant la séquence PBS lorsque l’ARNt est retiré du premier brin d’ADNc?

A

Il vient s’hybrider avec la séquence PBS complémentaire sur le 2e brin de l’ADNc, formant ainsi une molécule intermédiaire circulaire

38
Q

Que se passe-t-il après l’hybridation avec la séquence PBS complémentaire sur le 2e brin de l’ADNc, formant ainsi une molécule intermédiaire circulaire?

A

Élongation du brin circulaire en 3’-OH de PBS jusqu’AU 5’-U3-R-U5-3’

39
Q

Qu’est-ce qui achève la synthèse de l’ADN copie double brin?

A

L’extension de l’extrémité 3’-OH du 2e brin

40
Q

Est-ce que les transposases et les intégrases sont de la même famille de protéine?

A

Oui

41
Q

Que contiennent les intégrases et les transposases?

A
  • 1 site catalytique pour clivage en 3’-OH et transfert de brin
  • Régions de reconnaissance de site
42
Q

De quoi est fait le site catalytique pour clivage en 3’-OH et transfert de brin?

A

2 aspartates et 1 glutamate qui coordonnent l’action des ions métalliques Zn2+ et/ou MN2+

43
Q

Quelles sont les 2 régions de reconnaissance de site?

A

site de liaison à l’ADN

Site d’intéraction protéines-protéines

44
Q

Pourquoi les régions de reconnaissance de sites sont très différentes?

A

Les transposases et intégrases sont spécifiques aux éléments qui les portent

45
Q

Quelle proportion du génome humain représente les rétrotransposons à poly-A de type Line?

A

20%

46
Q

Où s’effectue la rétro-transcription des rétro-transposons à poly-A de type line?

A

Sur le site d’insertion du transposon

47
Q

à quoi les protéines ORF1 et ORF2 restent liées?

A

à la séquence ARN du transposon (ne peuvent être recrutées par d’autres transposons)

48
Q

Quelles sont les 2 fonctions d’ORF2?

A

Endonucléase et Transcriptase inverse

49
Q

Où ORF2 fait son incision?

A

Région poly-t de l’ADN cible (pour faciliter l’hybridation de la queue poly-A de l’ARN)

50
Q

À quoi sert l’extrémité 3’-OH d’un brin d’ADN générée par l’incision?

A

d’Amorce pour la rétro-transcription de l’ARN de l’élément

Biologie Moléculaire Examen II (20 decks)

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