Biology Flashcards
Adaptina
Adenilato ciclasi
Aminoacil-tRNA
tRNA carico → RNA legato covalentemente al suo specifico aminoacido
Aminoacil-tRNA sintetasi
Enzima (20) deputato al legame di uno specifico aminoacido al suo tRNA.
AMP ciclico
Adenosinmonofosfato ciclico
adenina + fosfato
Legame fosfato con carbonio 5 e 3.
Anticodone
La sequenza di RNA complementare al codone, e che consente di appaiare un tRNA ad una specifica tripletta sull’mRNA
Antiporto
Apo proteina B 100
LDL
Assemblaggio tubulina
Dimeri - oligomeri - protofilamento - foglietto di protofilamenti - microtubulo
ATP sintasi
Enzima mitocondriale, proteina di membrana (interna), pompa ionica.
Avery, MacLeod & McCarty
1944
Identificano il DNA come “fattore trasformante”
Caderina
Proteina transmembrana delle giunzioni aderenti, che interagisce con il connettore proteico.
Capping
Il processo di aggiunta di una metilguanosina al 5’ fosfato libero dell’RNA
Caratteristiche degli enzimi
Specificità di reazione
di substrato
di gruppo
Caratteristiche richieste ad un composto che sia il depositario dell’informazione genetica (6)
→ Essere presente in tutte le cellule;
→ Avere una struttura che gli consenta di contenere una grande quantità di informazione;
→ Avere una struttura che gli consenta di essere duplicato con facilità;
→ Essere una molecola sufficientemente stabile;
→ Essere presente nelle cellule di un dato organismo in quantità costante, indipendentemente dalle condizioni ambientali, dall’età, etc;
→ Se introdotto, in opportune condizioni, in una cellula deve essere in grado di modificarne le caratteristiche genetiche.
Cellule HeLa
Cellule umane che derivano da un tumore e sono cellule immortali → sono capaci di restare in coltura per un tempo infinito. (qui la telomerasi è espressa)
Che tipo di proteine sintetizza il RER? (3)
Le proteine che devono essere secrete, le proteine di membrana, e le proteine che vanno nei lisosomi.
Chi è responsabile della curvatura della vescicola?
Chi forma il primo legame fosfodiesterico?
La primasi
Chinasi
Enzima che aggiunge un gruppo fosfato (spesso dall’ATP) a specifici substrati.
Ciclo cellulare
Serie ordinata di eventi che portano la cellula alla duplicazione e divisione.
Citoscheletro
Microtubuli, microfilamenti e filamenti intermedi.
Citoscheletro
Microtubuli, microfilamenti e filamenti intermedi.
Clatrina
Proteina che riveste le vescicole che gemmano dal trans Golgi o dalla membrana plasmatica in seguito a endocitosi.
Codone
La tripletta sull’mRNA
Coefficiente S
Coefficiente Svedberg → coefficiente di sedimentazione adimensionale, che indica la velocità di sedimentazione di un corpo ideale (sfera) e quella del corpo in esame a parità di condizione di riferimento.
Come si chiama il complesso di membrane che avvolge il nucleo?
Involucro nucleare. Membrana interna e membrana esterna.
Come si forma l’autofagosoma
Come vengono sintetizzate le subunità ribosomiali?
Sono sintetizzate indipendentemente l’una dall’altra. Escono dal nucleo attraverso i pori nucleari, arrivano nel citosol, e rimangono dissociate.
Come vengono sintetizzate le subunità ribosomiali?
Sono sintetizzate indipendentemente l’una dall’altra. Escono dal nucleo attraverso i pori nucleari, arrivano nel citosol, e rimangono dissociate.
Come viene creato il legame fosfodisterico dalla polimerasi?
Legge la base complementare sul templato, quindi trova la base da legare, forma il legame tra le due basi, quindi crea il legame fosfodiestere tra il 3’ OH dell’ultimo nucleotide della catena e il 5’ fosfato del nucleotide da legare.
Come viene detossificata l’acqua ossigenata dai perossisomi?
Connessone
Pori presenti sulla membrana plasmatica della giunzioni comunicanti che mettono in comunicazione due cellule adiacenti.
COP I
Proteine che rivestono le vescicole gemmate dall’apparato di Golgi.
COP II
Proteine che rivestono le vescicole gemmate dal reticolo endoplasmatico.
Cosa comporta l’aumento delle dimensioni della cellula?
Comporta la suddivisione dello spazio all’interno del citoplasma in sottoregioni (nucleo, RER, REL, mitocondri, Golgi).
Cosa consente la suddivisione dello spazio citoplasmatico?
Consente la specializzazione dei sottospazi.
Cosa regolano gli ormoni?
Il metabolismo energetico, la pressione sanguigna, il bilancio elettrolitico, il differenziamento sessuale, lo sviluppo e la riproduzione.
Cosa si può trasportare con il trasporto
Sinporto
Cromatina
DNA + proteine strutturali.
Ha la funzione di compattare il DNA.
Da quante membrane è delimitato il nucleo?
Due. Membrana interna e membrana esterna.
Di cosa ha bisogno il RER?
Di una superficie grande (per ospitare un grande numero di ribosomi), ma non di un grande volume.
Dinamina
Distanza tra le basi (tra i carboni 1’)
1,08 nanometri
DNA mitocondriale
Molecola circolare di DNA, 16569 paia di basi, 37 geni (22 geni per tRNA, 2 per rRNA)
Dove avviene l’assemblaggio degli rRNA e le proteine ribosomiali?
Nel nucleolo.
Le proteine vengono trascritte dalla RNA polimerasi II, il trascritto è maturato, nel citoplasma vengono tradotte da altri ribosomi, e poi torna nel nucleolo.
Gli rRNA vengono trascritti e maturati nel nucleolo.
A questo punto vengono assemblati.
Dove avviene la maturazione dell’rRNA?
Nel nucleolo.
Dove si posizionano i tRNA carichi?
Nel sito P
Dove sono prodotti i ribosomi?
Nel nucleolo
Dove vanno le proteine sintetizzate completamente nel citosol?
Rimangono nel citosol, o vengono trasportate nel nucleo, nei mitocondri, nei perossisomi o nei cloroplasti.
Durante la mitosi e la meiosi l’involucro nucleare… (2)
in parte viene temporaneamente assorbito dal RER, e in parte si frammenta in tante piccole vescicole.
Elementi necessari alla comunicazione cellulare (4)
Messaggio / segnale - ricezione - trasduzione - risposta.
Elementi regolatori distali
Regioni del cromosoma che regolano l’attività del promotore stesso. Interagiscono con regioni del promotore per renderlo più o meno forte, coordinando le informazioni necessarie perché un certo gene venga trascritti in certi tessuti, in certi momenti e sottotipi cellulari.
(Regolazione della trascrizione tessuto - specifica)
Emidesmosomi
Giunzioni aderenti che ancorano i filamenti di cheratina alla lamina basale.
Emivita
Tempo di dimezzamento
Tempo dopo il quale la concentrazione di una sostanza si dimezza.
Eterocromatina
Porzioni di cromatina più condensate e compatte (quando non deve essere trascritto)
Eucromatina
Porzioni di cromatina più aperta e meno condensata, più raggiungibile dalla macchina trascrizionale.
Fattore di liberazione
Proteina che occupa il sito A quando il ribosoma arriva ad un codone di stop. Quando il sito A rimane vacante per un tempo superiore rispetto al solito, si lega il fattore di liberazione. La sua struttura è compatibile con quella del sito A e la sua presenza consente il distacco della subunità minore e maggiore.
Fibronectine e laminine
Sono proteine nella matrice che sono capaci di legare delle specifiche proteine di membrana tra cui le integrine, proteine transmembrana che collegano l’emidesmosoma alla lamina basale.
Forme di segnalazione tra cellule (4)
Endocrino
Paracrino
Neuronale
Contatto dipendente
Frederick Griffith
1928
Dimostra che esiste una sostanza presente nel ceppo virulento che può modificare in modo permanente, trasformare il ceppo innocuo.
Funzione proteoglicani
CREANO LA MATRICE IN CUI SONO COLLAGENE ED ELASTINA INTRAPPOLANO MOLTISSIMA ACQUA, ANCHE 50 VOLTE IL LORO PESO.
Funzioni del capping (2)
1) Conferisce stabilità all’RNA, proteggendo dalla degradazione da parte di nucleasi;
2) Posiziona l’mRNA sul ribosoma per l’inizio della sintesi proteica.
Funzioni lamina nucleare (2)
1) Conferisce la struttura sferica e tondeggiante del nucleo
2) Organizza le cromatina all’interno del nucleo, e posizione diverse porzioni di cromosoma.
Funzioni poliadenilazione (2)
1) Conferisce stabilità all’mRNA, la protegge dalla degradazione ad opera delle nucleasi.
2) Favorire l’export dal nucleo (la “coda” è riconosciuta da alcune proteine coinvolte nell’export)
Funzioni spliceosoma (3)
1) Riconoscimento sequenza DNA per il taglio (il bordo dell’esone)
2) Rottura dei legami fosfodiesterici tra esoni e introni
3) Formazione legami fosfodiesterici tra esoni
Gene
Un’intera sequenza polinucleotidica necessaria per la sintesi di una proteina. Anche le regioni di DNA che codificano per RNA sono geni. Sono disposti tra zone di DNA non funzionale che non codificano per proteine. Possono contenere al loro interno introni.
Geni espressi in tutti i tessuti
Geni housekeeping / geni a espressione ubiquitaria
Geni housekeeping / a espressione ubiquitaria
Geni espressi in tutti i tipi cellulari sempre allo stesso livello.
Geni inducibili
Geni potenzialmente possono essere espressi in qualsiasi tessuto/momento, ma vengono trascritti solo in risposta ad uno specifico segnale.
Geni tessuto specifici / specializzati
Geni specifici di un tessuto o fase di sviluppo, e non espressi in altri tessuti / fasi dello sviluppo.
Giunzioni cellulari
Strutture macromolecolari che si trovano sulla membrana plasmatica e che consentono di tenere saldamente unite due giunzioni cellulari.
Giunzioni comunicanti cosa fanno
Consentono che la concentrazione nelle cellule venga modificata in maniera sincrona (permettendo per esempio la contrazione del muscolo).
Glut 1
Glut 2
Glut 5
Gruppi terminali nei recettori a 7 domini transmembrana (associati a proteine G)
Gruppo amminico extracellulare, gruppo carbossilico citosolico.
Hershey & Chase
1952
Il DNA è la molecola responsabile dell’ereditarietà, non le proteine.
I principali componenti della cellula eucariotica
Membrana, nucleo, organelli e citoplasma.
Il codice genetico è … (4)
1) a triplette
2) ridondante → (la maggiorparte degli) aminoacidi sono codificati da più di una tripletta
3) universale → le triplette hanno lo stesso significato in tutti gli organismi viventi
4) lineare → ogni nucleotide è letto una sola volta
Il codice genetico è … (4)
1) a triplette
2) ridondante → (la maggior parte degli) aminoacidi sono codificati da più di una tripletta
3) universale → le triplette hanno lo stesso significato in tutti gli organismi viventi
4) lineare → ogni nucleotide è letto una sola volta
Il nucleo separa… (2)
1) Il DNA dal citosol
2) La trascrizione dalla traduzione
In che modo vengono prodotti gli rRNA?
In tandem. Vengono prodotti da un unico trascritto.
Inosina
Purina modificata, presente solo nel tRNA. In terza posizione si appaia a uracile, citosina e adenina.
Interfase
Tutte le fasi della vita della cellula che non sia mitosi.
Involucro nucleare
Struttura membranosa, derivante dal RER, che delimita il nucleo, formata da cisterne appiattite di doppio strato fosfolipidico, piena di ribosomi.
Istone H1
Piccola proteina che si inserisce all’interno del nucleosoma e stabilizza il DNA avvolto intorno all’ottetto istonico, posizionandosi nel punto in cui il DNA entra ed esce dalla struttura.
Johan Friedrich Miescher
Isolò per la prima volta gli acidi nucleici. Egli evidenziò per primo nel 1869, la presenza di vari composti chimici ricchi in fosfato all’interno dei nuclei dei leucociti che chiamò NUCLEINA.
La separazione fisica delle diverse classi di enzimi nelle cisterne del Golgi consente…
… una corretta maturazione delle proteine, essendo modificate in maniera sequenziale.
Lamina nucleare
Rete di filamenti intermedi (laminine) adesa alla membrana interna del nucleo.
(Si interrompe laddove sono presenti pori nucleari)
Legame del capping
Ponte trifosfato 5’ - 5’ (l’unico caso di legame 5’-5’)
5’ fosfato della guanosina interagisce con il 5’ fosfato del trascritto.
Legame peptidico
Gruppo aminico + gruppo carbossilico
(NH2) (COOH)
Legami del DNA
Tra le basi: legami H
Tra i nucleotidi: legami fosfodiesterici (covalenti)
Loop dell’anticodone
Loop in basso del tRNA, sul quale è presente l’anticodone dell’aminoacido associato.
Meccanismo del segnale di importazione nel RER
1) La SRP si lega alla sequenza segnale per il RE e blocca la traduzione (il ribosoma non si stacca)
2) La SRP si lega al suo recettore; il ribosoma si arresta sulla sua membrana;
3) Il GTP si lega a SRP + recettore e apre il poro, il polipeptide entra nel poro;
4) Idrolisi del GTP, induce il distacco di SRP;
5) La sequenza segnale viene tagliata dalla peptidasi del segnale, mentre il polipeptide si allunga e trasloca nel lume del RER;
6) Il polipeptide completo è rilasciato nel lume del RE, il ribosoma si dissocia e il poro si chiude.
Metilguanosina
Guanosina trifosfato metilata
(Guanosina trifosfato = nucleotide, guanina + anello di ribosio + 3 gruppi fosfato)
mRNA
RNA messaggero, codifica per le proteine.
Determina la sequenza aminoacidica dei polipeptidi.
Mutazione missenso
Mutazione del primo nucleotide. Cambia l’aminoacido per il quale codifica la tripletta. Potenzialmente patologica.
Mutazione nonsenso
Mutazione che trasforma un’aminoacido in codone di stop (o viceversa). Può interrompere la produzione della proteina o produrre una proteina più lunga.
Mutazione silente
Mutazione del terzo nucleotide di un aminoacido codificato da 4 codoni. Non ha conseguenze, l’aminoacido rimane lo stesso.
Nucleasi
DNasi e RNasi
Enzimi in grado di scindere il DNA e l’RNA. Idrolizzano i legami fosfodiestere fra le subunità nucleotidiche degli acidi nucleici.
Nucleo caratteristiche (4)
- Membrana esterna
- Membrana interna
- Pori nucleari
- Nucleolo
Nucleolo
Sottoregione del nucleo (interfasico) nella quale vengono prodotti i ribosomi. Nel nucleolo si trovano le porzioni dei cromosomi che contengono gli rRNA.
Nucleoside
Nucleotide senza gruppo fosfato: zucchero (ribosio o desossiribosio) + base azotata
Nucleosoma
Struttura base della cromatina; ottetto istonico + i due giri di DNA; 147 paia di basi.
Nucleotide
Unità ripetitive costitutive degli acidi nucleici. Formati da uno zucchero (desossiribosio o ribosio), un gruppo fosfato e una base azotata.
Occorrente per la trascrizione
RNA polimerasi
Promotore
Terminatore
(Filamento stampo di DNA)
Organismi chemiotrofi
Organismi fototrofi
Ottetto istonico
Struttura cilindrica costituita da 8 proteine uguali a 2 a 2. Il DNA li si avvolge intorno 2 volte
Passo dell’elica
10 paia di basi
3,5 nanometri
Diametro 2 nanometri
Peptidasi del segnale
Per quanto tempo scompare l’involucro nucleare?
Per il tempo necessario alla separazione dei cromosomi, quindi alla divisione cellulare.
Perché le reazioni che producono acqua ossigenata vengono fatte avvenire nei perossisomi?
Piruvato
Poliadenilazione
Aggiunta di una coda di poli(A) all’estremità 3’ dell’RNA (senza filamento stampo). La coda di adenine si trova solo sull’mRNA, e non sul gene.
Pompa Na+ / K+
grosso complesso multiproteico che si trova sulla membrana plasmatica
FINISH
Posizione Golgi
Iuxtanucleare
Posizione iuxtanucleare
Prossima al nucleo
Processi della maturazione mRNA
- Capping
- Splicing
- Poliadenilazione
Secrezione (esocitosi) costitutiva
Secrezione di proteine non soggetta a regolazione.
Promotore
Sequenza di DNA situata a monte del gene e alla quale si lega l’RNA polimerasi per iniziare la trascrizione. Il promotore contiene informazioni che determinano quale dei due filamenti di DNA deve essere trascritto e il sito da cui iniziare la trascrizione.
Proteoglicani
Il proteoglicano è una macromolecola composta da un asse proteico (core) a cui sono unite
covalentemente lunghe catene di disaccaridi o glicosamminoglicani.
Qual’è il target della subunità alfa della proteina G
L’adenilato ciclasi
Quale enzima polimerizza gli mRNA?
La RNA polimerasi II
Quale enzima polimerizza gli rRNA?
La RNA polimerasi I
Quale enzima polimerizza i tRNA?
La RNA polimerasi III
Quale enzima polimerizza l’rRNA 5s?
La RNA polimerasi III
Quale proteina fa parte delle giunzioni aderenti?
La caderina, il connettore proteico e il filamento intermedio.
Quali sono gli unici aminoacidi codificati da una sola tripletta?
Metionina AUG
Triptofano UGG
Quali sono le giunzioni cellulari? (3)
- Giunzioni occludenti/strette
- Giunzioni ancoranti/aderenti
- Giunzioni comunicanti
Quali sono le principali differenze tra cellule eucariotiche e procariotiche? (2)
1) La presenza del nucleo
2) Le dimensioni
Quando si associano le due subunità?
Le due subunità si associano SOLO una volta partita la traduzione. Una volta formato il complesso subunità minore + mRNA + primo tRNA si associa anche la subunità maggiore.
Quando si stacca la clatrina?
Una volta che si è formata la vescicola.
Quante coppie di basi ci sono intorno all’ottetto?
147 paia di basi (due giri)
Quante proteine nei mitocondri sono codificate dal genoma mitocondriale e quante dal genoma nucleare (e poi importate) ?
13 proteine mitocondriali, 1500 proteine nucleari.
Quante sono le eccezioni per il codice genetico dei mitocondri?
4.
UGA non è uno stop codon, ma codifica per il triptofano.
AGA e AGG sono stop codons.
AUA non codifica per la isoleucina, ma per la metionina.
Come spiega la teoria endosimbiotica dell’origine dei mitocondri la doppia membrana dei mitocondri?
Si pensa che il mitocondrio sia stato un batterio fagocitato dalla cellula, e che quindi una membrana sia la membrana del batterio e una la membrana del fagosoma.
(DNA circolare)
Recettore adrenalina
Recettore adrenergico
Recettore di importazione nucleare
Regioni UTR
3’ e 5’, sono porzioni della regione trascritta di DNA che non sono tradotte.
Ribosoma
Macrostruttura costituita da RNA e proteina, composto da una subunità minore e una maggiore, associate solo nel momento della traduzione dell’mRNA. Al suo interno avviene la sintesi proteica.
Risultato splicing alternativo
Produzione di molecole diverse di mRNA, ognuna della quali codifica per una proteina differente. Un unico gene può così dare origine a delle isoforme di splicing con funzioni leggermente diverse. Contribuisce alla variabilità e alla regolazione fine delle funzioni delle proteine (REGOLAZIONE TESSUTO - SPECIFICA)
RNA polimerasi
Enzima che polimerizza i ribonucleotidi
RNA polimerasi I
Polimerasi che si concentra nel nucleolo, e polimerizza gli rRNA.
rRNA
RNA ribosomiale, formano la struttura base dei ribosomi. è la componente dei ribosomi che serve come sito della sintesi proteica.
Secrezione (esocitosi) regolata
Secrezione regolata, in risposta a stimoli / segnali
Segnale di poliadenilazione
Sequenza consensus AAUAA
Segnale per la localizzazione nucleare
Segnali
Ormoni idrosolubili peptidici
Ormoni idrosolubili nonpeptidici
Ormoni liposolubili
Neurotrasmettitori
Sequenze critiche per l’inizio della trascrizione negli eucarioti
- 100 (GC box)
- 80 (CAAT / CAT box)
- 25 (TATA box)
Spessore membrana plasmatica
75 Angstrom
Spliceosoma
Grosso complesso RNA + proteine, responsabile dello splicing del pre-mRNA.
Splicing
Modifica del pre-mRNA nella quale gli introni sono rimossi e gli esoni vengono uniti.
Splicing alternativo
Processo che consente di ottenere molecole di mRNA maturo differenti partendo dallo stesso trascritto primario (taglio “non standard” degli esoni e introni).
SRP
T-SNARE
Terminatore
Sequenza di regolazione, localizzata all’estremità distale di un gene, che segnala la fine della trascrizione.
Triskelion
tRNA
RNA transfer. Adattatore tra mRNA e aminoacidi.
Si lega agli aminoacidi e li porta alle posizioni corrette nella catena polipeptidica in fase di sintesi.
tRNA carico
tRNA legato al suo specifico aminoacido. è la molecola che consente di tradurre il linguaggio scritto sotto forma di triplette ad un linguaggio scritto sotto forma di aminoacidi.
Tubulina
Proteina globulare che compone i microtubuli.
Unità di trascrizione
Sequenza di DNA trascritta in un singolo RNA, che inizia da un promotore e finisce ad un terminatore. Viene ripetuta un numero elevatissimo di volte (circa 300-400 ripetizioni sul genoma, distribuite su 5 cromosomi).
V-SNARE
Vacillamento dell’appaiamento codone - anticodone
Appaiamenti alternativi della terza posizione, che permette che 32 (31) tRNA leggano 61 triplette.
Via di trasduzione
Subunità alfa - adenilato ciclasi - AMP ciclico - protein chinasi A -
Replicazione semiconservativa
Teoria proposta da Watson e Crick nel 1953. I due filamenti della doppia elica parentale si srotolano generando ciascuno un filamento figlio secondo le regole dell’appaiamento.
Telomerasi
DNA polimerasi I
DNA polimerasi III
RNA
Singolo filamento poli - ribo - nucleotidico (tende a ripiegarsi su se stesso).
Poli(A) polimerasi
Enzima che si lega al 3’OH del pre-mRNA e attacca la coda di poli(A) SENZA FILAMENTO STAMPO.
Qual è la differenza più importante tra i ribosomi eucariotici e procariotici?
La presenza di un rRNA in più, e il numero più grande di proteine (55 e 82)
Citocromo P450
Enzima presente nel REL, che favorisce l’eliminazione di un substrato (es. farmaco) aumentandone la solubilità, trasferendo un atomo di ossigeno dall’ossigeno molecolare. Catalizza l’idrossilazione del substrato.
Chinesina
Motori molecolari che consentono il movimento sulle piste molecolari (microtubuli) in una specifica direzione; la chinesina consente il movimento verso il polo positivo del microtubulo.
Dineina
Motore molecolare che consente il movimento verso il polo negativo del microtubulo.
Come si muovono chinesina e dineina?
Chinesina e dineina si muovono sui microtubuli idrolizzando ATP; l’idrolisi dell’ATP fa cambiare conformazione alla proteina inducendo il movimento.
Integrine
Proteine presenti sulla membrana delle cellule epiteliali come dimeri, che interagiscono con proteine che fanno da connettore, legando la cellula epiteliale alla lamina basale.
Connessoni
Canali presenti sulle membrane di cellula adiacenti che formano le giunzioni comunicanti; formati da 6 connessine, si posizionano davanti ad un altro connessone e consentono il passaggio di molecole.
Che cosa definisce la selettività dei connessoni?
Gli amminoacidi che rivestono la parte centrale del connessone.
