Apunte transcripción Flashcards
primer paso de la transcripción y qué determina su secuencia de nucleótidos
síntesis de una molécula de RNA
determinada por la secuencia de nucleótidos presentes en la
hebra de DNA que se expresa (hebra molde o templado)
dónde ocurre proceso de síntesis de RNA
núcleo de célula eucarionte
mitocondria
A qué se le denomina “procesamiento” del RNA.
conjunto de serie de modificaciones que tiene el transcrito
(así se le llama también a la molécula de RNA), antes de salir del núcleo,
A partir de 20.000 genes se forman aproximadamente cuántas proteínas
100 mil proteínas.
Tipos de RNA formados
mRNA, tRNA o rRNA
el único RNA
al que denominamos “codificante” es el… y por qué
el mRNA
alude al hecho que l RNA
mensajero es el que en el citoplama es “leído” o decodificado por el mecanismo que lleva a la
síntesis de proteínas
El RNA es un….
polímero de nucleótido
Diferencias químicas entre en el DNA y RNA
- Los nucleótidos del RNA contienen el azúcar ribosa, en lugar de
desoxirribosa (esta diferencia se observa en el carbono 2’ (OH) - El RNA contiene nucleótidos con la base nitrogenada Uracilo, en
lugar de Timina. - El RNA es una hebra en lugar de dos (aunque al interior de esta
hebra se pueden formar estructuras secundarias a partir de
complementariedad de bases intra-hebra)
La síntesis de RNA requiere de la unión mediante enlace covalente, entre dos
nucleótidos. Este enlace covalente se denomina…
enlace fosfodiéster
entre qué se forma un enlace fosfodiéster durante la transcripción
entre 2 nucleótidos:
un nucleótido trifosfato libre y el C3’ de la pentosa presente en la cadena de RNA en síntesis.
Enzima que cataliza enlace fosfodiéster
enzima RNA Polimerasa
La cadena de RNA crece respecto al DNA templado o molde de manera…? y qué significa eso?
antiparalela
RNA crece de 5 a 3`
la hebra de DNA molde es recorrida por la RNA Pol desde 3’ a 5
Crecimiento en síntesis de RNA es de y por qué
crecimiento 5’a 3’
(El nucleótido trifosfato se agrega al Carbono 3’ de
la cadena, por lo tanto, la cadena de RNA inicia
en 5’ y va creciendo hacia 3’)
Tipos de RNA polimerasa en eucariontes y función
I, II, III
catalizar la formación del enlace fosfodiéster, pero generan RNAs diferentes
RNA Polimerasas tipo de RNA que producen
RNA pol I sintetiza el rRNA (5.8S, 18,S y 28S),
La RNA pol II sintetiza el mRNA
y la RNA pol III, el
tRNA y el rRNA5S
(Reirse I, Mejor II, Trae III Risa III)
Cómo es el inicio de la transcripción y qué pasa en las cercanías
del sitio de inicio de la transcripción
La RNA Pol se une y comienza a polimerizar en lugares del DNA específicos.
En las cercanías
del sitio de inicio de la transcripción se encuentran secuencias de nucleótidos que actúan como
señales moleculares para la transcripción
A qué se le denomina promotores basales
. El conjunto de nucleótidos que son imprescindibles
para que ocurra transcripción (aunque a tasas bajas)
Qué hay presente en los promotores basales
diversos motivos, uno de los más
mencionados, caja TATA
Por qué se le denomina caja TATA y dónde se encuentra presente
por su secuencia de timinas y
adeninas
presente en promotores de
genes transcritos por la Pol II, y se ubica un par de decenas de nucleótidos río arriba o antes
del primer nucleótido transcrito.
Qué se une a regiones promotoras basales
no se une la RNA polimerasa,
sino
un conjunto de proteínas denominadas factores generales o basales de trancripción (TF).
Entre
factores de transcripción basal, la proteína que directamente se une a TATA, se denomina
TBP
(TATA-box Binding Protein o proteína de unión a caja TATA).
Cómo es la forma de la TBP y qué le permite
TBP tiene una forma que le
permite introducirse en los surcos de la doble hebra del DNA (aún no se ha separado la doble hebra),
dejando a ciertos átomos de ciertos
aminoácidos de la proteína a una distancia lo suficientemente corta
como para que se establezcan interacciones intermoleculares tipo
puentes de hidrógeno, por ejemplo, con las bases nucleotídicas
presentes en la secuencia TATA
Dónde se encuentran las bases de TATA
hacia el interior de la doble hélice, por lo que no es trivial
la posibilidad de establecer interacciones químicas con ellas.
TBP forma parte de un TF (factor de
transcripción basal), denominado
TFIID (II porque es factor de
transcripción de la RNA Pol II).
. Entonces, el promotor es reconocido por… y qué pasa luego
el promotor es reconocido por
TBP formando parte de TFIID y luego se unen otros TF hasta que se une
la RNA Pol II.
Qué es TFIIH y función
Factor de transcripción basal
activdad helicasa y kinasa
TFIIH qué hace en su actividad helicasa
ocasiona la separación de las hebras de DNA, lo que permitirá que la
RNA polimerasa acceda a la secuencia de la hebra molde de DNA.
TFIIH qué hace en su actividad kinasa
fosforila la cola carboxilo terminal de la RNA Polimerasa produciendo
en ella un cambio que permite que la RNA polimerasa se libere de su
unión a los factores de transcripción en el promotor y avance por el
DNA sintetizando RNA de secuencia complementaria.
Qué pasa con RNA pol I y III
son atraídas a otras regiones
de DNA debido a que existen otras secuencias promotoras que se unen
a otros factores de transcripción (TF I y TFIII)
En el núcleo el DNA se encuentra principalmente
como … Y qué pasa en el proceso de transcripción
fibra nucleosomal
esta estructura se modifica
durante el proceso de transcripción, mediante serie de enzimas que se unen a la cromatina y son capaces de remodelarla modificando las colas de las histonas que permiten la
interacción entre nucleosomas, como la acetil transferasa
acetil transferasas de
histonas (HAT) qué son y qué hacen
enzimas que agregan grupos acetilo a las colas de algunas histonas, dificultando la interacción entre nucleosomas
Qué permiten modificaciones químicas en histonas en proceso de transcripción? Y a qué subyacen ?
una asociación más laxa entre nucleosomas, pero
también entre el DNA y las histonas al interior del nucleosoma.
subyacen a la descompactación del DNA
Qué permite descompactación de DNA
acceso de la maquinaria de
transcripción al DNA, como a la progresión de la RNA polimerasa por entre nucleosomas.
La transcripción basal puede ser reprimida o estimulada, dependiendo de
A nivel pre transcripcional:
el estado de
compactación o accesibilidad de la cromatina
A nivel transcripcional:
la presencia de factores activadores o represores de la transcripción
En la regulación transcripcional participan…
otras secuencias de DNA y otros factores de
transcripción.
Entre las secuencias de DNA que participan en la regulación de la transcripción encontramos:
promotores proximales
potenciadores (enhancers)
silenciadores (silencers)
Dónde se encuentran los promotores proximales
cercanas al promotor basal (pocos cientos de pares de bases)
Dónde se encuentran los potenciadores (enhancers)
muy lejanas del sitio de
inicio de la transcripción (250 mil pares de bases hasta 1 millón de pares de bases
silenciadores (silencers) están involucradas en la… y qué es necesario paras su funcionamiento
inhibición de la
transcripción
NO sola presencia de estas secuencias, sino que se requiere de la presencia y unión
a ellas de factores específicos de transcripción.
Qué elementos de la transcripción son comunes a múltiples genes
promotores basales
TF basales (factores de transcripción)
Al unirse los factores de transcripción específicos a las secuencias potenciadoras
(enhancers)….
activan la transcripción basal mediante la participación de otro complejo proteico
denominado mediador
Qué elementos de la transcripción son
específicos para un grupo de genes y a qué se relacionan
secuencias regulatorias de los
promotores específicos: potenciadores (enhancer) y
silenciadores
Y factores de
transcripción que se unen a ellas
se relacionan directamente con la
regulación diferencial de la expresión génica.
A qué se refiere la regulación diferencial de la expresión génica.
A que la maquinaria basal se requiere para la transcripción estas otras secuencias
regulatorias y sus factores proteicos,
permitirán aumentar o disminuir la
transcripción de grupos específicos de genes
de manera diferencial, dependiendo de las
señales del medio
Cómo es el PROCESAMIENTO DEL RNA MENSAJERO y cuáles son
Modificaciones del RNA antes de salir del núcleo
co-transcripcionales y otras se completan después de finalizada la
transcripción.
-1. Adición de capuchón (CAP) en extremo 5’
-2. Splicing o corte y empalme: Remoción de intrones
-3. Poliadenilación (cola Poli A) en extremo 3’
En qué consiste la Adición de capuchón (CAP) en extremo 5’ y es…
Consiste en la adición de un nucleótido de guanina
metilado (7- metil guanilato) al extremo 5’ del mRNA
Es co-transcripcional
Unión 5’-
5` del capuchón es catalizada por
enzimas asociadas a
la cola de la RNA Pol II
Funciones del captuchón
1 una mayor vida media del
mRNA por disminución de su degradación
2 reconocimiento en el proceso de la traducción, ya
que hay un factor de traducción que se une
específicamente al capuchón
El transcrito inicial de los mRNAs
contienen secuencias que son
removidas en el núcleo y que se
denominan
“intrones”
Las zonas que
se mantienen en splicing, se denominan
“exones”
Durante el
proceso de splicing, qué ocurre
se corta el RNA
en el límite de inicio del intrón y al
término del mismo,
de tal manera
que luego, los segmentos de RNA que se encontraban hacia 5’ del primer corte y 3’ del segundo corte, se unen,
manteniéndose una molécula lineal,
pero más corta, de RNA
Cortes de RNA no son al azar, si no regulados x
señales moleculares
constituidas por secuencias de RNA y una maquinaria de reconocimiento de estas. (spliceosoma)
spliceosoma está formada por
-RNA pequeños (snRNA small nuclear RNA) )
-y proteínas
asociados en un complejo ribunucleo-proteico
FUNCIÓN DE proteínas
asociados en un complejo ribunucleo-proteico en spliceosoma
-como nucleasa (corta
enlaces fosfodiéster) en regiones
específicas del mRNA
-realiza la unión de
los exones (empalme)
Dónde ocuure la Poliadenilación (cola Poli A) y a qué se asocia
ocurre en el extremo 3’ del mRNA y está asociada al término de la
transcripción.
En qué consiste Poliadenilación (cola Poli A) en extremo 3
n la adición de una serie de Adeninas (200-300), no codificadas en el
DNA que se agregan por la acción catalítica de una enzima diferente a la RNA polimerasa, la
PoliA polimerasa
PoliA polimerasa por qué se caracteriza
se caracteriza por adicionar Adeninas sin necesidad leer DNA molde.
Cómo se lleva a cabo la poliadenilación (cola Poli A) en extremo 3’
1 a RNA Pol II sintetiza una secuencia de nucleótidos AAUAAA
2 se unen al RNA
en esta región una serie de proteínas que producen un corte en el RNA en
síntesis
3 la enzima Poli A Polimerasa adiciona las adeninas
Qué pasa con la RNA polimerasa mientras la enzima poli a polimerasa adiciona las adeninas
RNA Pol II, sigue transcribiendo durante un breve período y
luego se libera del templado debido a que el corto segmento de RNA que lleva unido comienza
a ser degradado por una RNAsa
Función de cola poli A
-protege al RNA de la degradación y, por ello, se relaciona con la vida
media del mRNA
- rol en proceso de traducción
Mecanismos que explican que de 20.000 genes se generen 100.000 proteínas
1 Promotores Alternativos
2 Splicing Alternativo
3 Corte y Poliadenilación alternativa
A qué se refiere el mecanismo de promotores alternativos
Para algunos genes se ha descrito la existencia de más de un promotor basal, y, por tanto,
más de un sitio de inicio de la transcripción.
Ejemplo de promotores alternativos
, en dos tejidos
distintos se puede iniciar la transcripción reconociendo una secuencia promotora distinta en
cada uno de ellos.
Frecuencia de splicing alternativo
proceso que ocurre muy
frecuentemente en células normales
A qué se refiere el mecanismo de splicing alternativo
Corresponde a diferentes lecturas de un mRNA por parte de la maquinaria de splicing, de manera que genera transcritos maduros con diferentes secuencias.
“lectura” por parte de la maquinaria de splicing puede constituir un intrón, en otra “lectura”
puede constituir un exón.
Qué es un exón alternativo
segmento de RNA que en una alternativa es eliminado como intrón y en la otra,
permanece como exón.
aproximadamente un…presenta splicing alternativo. y en qué % el splicing alternativo genera proteínas distintas?
40% de los ARNm
70%
Splicing alternativo es regulado por
distintos estímulos en un mismo tejido, o distintos tejidos
no aleatorio
En qué consiste Corte y Poliadenilación alternativa
Otro proceso que puede generar variación en la proteína generada a partir de un
mismo gen
reconocimiento diferencial del sitio de corte (NO SPLICING PQ NO HAY EMPALME POSTERIOR) y adición de la
Cola Poli A del mRNA.
Los genes o cistrones ribosomales (rDNA), en la
especie humana se encuentran en
cromosomas 13,
14, 15 y 22,
en región denominada
NOR (regiones organizadoras del nucléolo).
cómo se organizan repeticiones de genes ribosomales
en tándem, es decir, una a continuación de la siguiente.
en cromosomas 13,
14, 15 y 22, los genes ribosomales se encuentran
repetidos,
la misma secuencia de nucleótidos se
repite una y otra vez, hasta un número estimado de 400.
procesos en relación a rRNA que ocurren el el nucleolo
transcripción de los genes ribosomales por la RNA pol I,
el procesamiento de los transcritos
y
ensamblaje de las subunidades ribosomales
Cada gen origina un largo transcrito denominado
rRNA 45S
Q ocurre con rRNA 45S y por quién y dónde es procesado
será procesado por corte y eliminación de secuencias hasta dar origen a segmentos más cortos de rRNA (18s, 28s y 5,8s).
El procesamiento del transcrito es realizado en el nucléolo por
una maquinaria ribonucleoproteica.
Qué formará subunidades menores
rRNA 18s que se asocia con proteínas ribosomales
Qué formará subunidades mayores
los rRNA 28s y 5,8s
que se asocian con un rRNA 5S
y con múltiples proteínas ribosomales
rRNA 5S dónde es sintetizado
sintetizado fuera del
nucléolo
Por dónde sale del núcleo cada subunidad ribosomal
por los complejos de poro nuclear.
Función del tRNA (RNA de transferencia)
en proceso de síntesis de proteínas actúa como traductor entre idioma de los nucleótidos en mRNA al de aminoácidos.
A qué corresponde el tRNA y quién lo sintetiza
múltiples
moléculas diferentes pequeñas y se pliegan en forma
de trébol estabilizado por complementariedad
de bases,
sintetizadas por la RNA
pol III a partir de genes para tRNA.
Qué incluye el procesamiento del tRNA
● Remoción de segmentos de tRNA.
● Modificaciones químicas de algunos nucleótidos:
conversión de adenina (A)
a pseudouridina (𝛹); de adenina a inosina (I); y de uridina a dihidrouridina (D).
● Modificación del extremo 3’ (se le agrega la secuencia CCA).
Qué da lugar a lugar a un aminoacil-tRNA
el q en el extremo 3’ del tRNA se una covalentemente un aminoácido
Función de enzimas Aminoacil tRNA sintetasas
permiten especificidad entre tRNA y aminoácido, es decir, que el aminoácido que se agrega a cada tipo de tRNA es
diferente
sitios de unión que tienen enzimas aminoacil tRNA sintetasas
sitios de unión para:
-tRNA con sitios de reconocimiento específicos para la región del anticodón
(cuya secuencia es diferente entre los distintos tipos de tRNA),
un sitio de unión para un aminoácido en específico
un sitio de unión de ATP
A qué se refiere la expresión génica
a la cantidad de producto final (proteína en el caso de los
genes que codifica para ellas) que se encuentre en la célula, por tanto, incluye no sólo a la
transcripción.
la expresión génica se regula mediante diversos mecanismos que actúan a
diferentes niveles los cuales corresponden a:
nivel pre
transcripcional,
transcripcional,
post
transcripcional,
traduccional,
y post traduccional
mecanismos que afectan a la expresión génica a nivel pre transcripcional
estructura de
la cromatina
mecanismos que afectan a la expresión génica a nivel transcripcional
(aumento o disminución de la
transcripción, promotores
alternativos
mecanismos que afectan a la expresión génica a nivel post transcripcional
vida media
de los mensajeros, splicing
alternativo y otros
mecanismos que afectan a la expresión génica a nivel traduccional
aumento o
disminución de la traducción
mecanismos que afectan a la expresión génica a nivel post traduccional
vida
media de la proteína y,
algunos también se incluyen
las modificaciones químicas,
por ejemplo fosforilaciones)
mecanismos que afectan a la expresión génica a nivel post traduccional
vida
media de la proteína y, para
algunos también se incluyen
las modificaciones químicas,
por ejemplo fosforilaciones)
Productos finales de la expresión génica
RNAs y proteínas
niveles traduccional y post traduccional aplican para
sólo para
los genes codificantes de proteínas
Qué es la transcripción
proceso en el cual las secuencias nucleotídicas del DNA son
transcritas en RNA a partir de una secuencia molde de DNA
Dónde ocurre la transcripción y de qué requiere
ocurre en el núcleo y requiere de
la actividad de la RNA polimerasa (I, II o III)
Qué pasará una vez se transcriba DNA en RNAm. Qué regula este proceso
es exportado al citosol por los complejos
de poro nucleares donde los ribosomas traducirán este mensaje a secuencias aminoacídicas
que formarán una proteína.
está regulado por señales
extracelulares e intracelulares que modifican la expresión génica
Qué pasa en inicio de transcripción
sitios llamados promotores basales son reconocidos
por proteínas denominadas factores de transcripción basales o generales
Cómo son procesados los transcritos
al mRNA se le adiciona un capuchón (CAP) en extremo 5’,
se remueven intrones
y se agrega una cola de adeninas en el extremo 3’
Función de capuchón y cola poli A
protección a la degradación y participan en la posterior unión de factores de traducción.
Cómo la transcripción basal puede aumentarse o disminuirse
dependiendo de la unión de
factores de transcripción específicos a secuencias enhancer, silenciadores y promotores
específicos
Formas de regulación de la expresión génica a nivel post transcripcional
promotores, splicing alternativo y poliadenilación
alternativa
A qué nivel se regula las variaciones en la vida media del
mRNA.
a nivel post transcripcional
Dónde ocurre la transcripción de rRNA por la RNA Polimerasa I y el posterior ensamblaje de las
subunidades ribosomales
nucléolo
La transcripción de tRNA lo realiza la
RNA Polimerasa III
Qué son los aminoacil-t-RNAs
son
moléculas de tRNA a las cuales se les unen aminoácidos covalentemente. Esta unión tRNA es
específica para cada tRNA y aminoácido
En la traducción se sintetiza una proteína cuya secuencia aminoacídica es producto de…
la decodificación de la secuencia nucleotídica del mRNA
Dónde ocurre la traducción
ribosomas
Por qué están formados los ribosomas
rRNAs y proteínas
De qué requiere la participación la traducción
requiere de la participación de los aminoacil
tRNAs
Qué es más apropiado para depósito permanente de información genética y por qué
DNA antes que RNA
la desoxirribosa de su esqueleto
azúcar-fosfato forma cadenas de DNA químicamente mucho más estables que las de RNA, de
modo que se puede mantener mayor longitudes de DNA sin ruptura
Qué es más fácil de reparar ADN o RNA y por qué
la presencia
de timina en lugar de uracilo- aumentan aun más la estabilidad del DNA al hacer que la
molécula sea más fácil de reparar.
Qué es la desaminación y dónde es más fácil de detectar RNA o DNA
, uno de
los cambios químicos no deseados más comunes que presentan los polinucleótidos es mucho
más fácil de detectar y reparar en el DNA que en el RNA.
RNA precedió a DNA
sí
