Analyse des données de biologie moléculaire et biomarqueurs

Question 1

Quels sont les 3 types de marqueurs ?

Answer 1

• Marqueur diagnostique : identification sujets malades/sujets sains → dépistage, diagnostic. Permet de savoir quoi traiter.
• Marqueur pronostique : évolution de la maladie → survie, récidive. 3 types de survie : globale (quelle que soit la cause du décès), spécifique (en fonction d’une certaine pathologie) et sans rechute. Permet de savoir qui traiter (en fct signature moléculaire).
• Marqueur prédictif : survie en fonction d’un traitement. Permet de savoir comment traiter (selon le biomarqueur analysé).

Question 2

Quels sont les deux types d’analyse de données en lien avec les biomarqueurs ?

Answer 2

• Approche différentielle (gène par gène)

- Approche « profil d’expression » (globalité) :

Question 3

Quels sont les deux types de tests statistiques utilisés lors d’une approche différentielle ?

Answer 3

o Comparaison avec le coefficient de corrélation (Pearson ou Spearman).
o Comparaison par test du t de Student (paramétrique) ou test des rangs de Mann-Whitney (non-paramétrique).

Question 4

Pourquoi le risque de première espèce augmente dans tests multiples ?
Et comment le corriger ?

Answer 4

Nombre de sujets petits mais grand nombre de tests statistiques & de données → ↑ du risque d’erreur de type 1 (rejet de H0 → différence entre les groupes) car les données ne sont pas indépendantes.
Pour éviter cela : correction de Bonferroni : au lieu de faire des tests statistiques avec un risque α à 0.05, on fait m tests, chacun avec un risque α / m = α, de ce fait, il faut que la p-value soit plus petite que la nouvelle valeur α pour que le test soit significatif.