Aislamiento de Secuencias

Question 1

¿Para qué sirve el alineamiento de secuencias?

Answer 1

• Detecta mutaciones
• Causas de enfermedades
• Ancestría como procesos evolutivos
• Similitudes entre especies

Salmonella y Shigella tienen alineamiento muy similar. Pequeños cambios

Question 2

BLAST

Answer 2

• Plataforma con diversas versiones que permite hacer el alineamiento de secuencias
• Busca similitud entre secuencia de referencia y secuencia que se muestra
• Mejor resolución de secuenciamiento masivo

Question 3

Un alineamiento de secuencias es una

Answer 3

• Forma de organizar las secuencias de ADN, ARN, proteínas.
• Se pone una de consulta (“query”) **contra una de referencia **
• Identifica regiones similiares entre ellas que pueden ser debido relaciones, evolutivas, estructurales o funcionales entre ellas.

Question 4

Utilidad de alineamiento de secuencias

Answer 4

• Si dos secuencias en una alineación comparten un ancestro común, los desajustes se interpretan como mutaciones puntuales ** y las brechas (GAPs) como “INDELES”** (mutaciones de inserción o deleción) introducidos en uno o ambos linajes en el tiempo que divergieron entre si

Question 5

Las variaciones de sentido erróneo alteran

Answer 5

El marco de lectura

Missense mutación con cambio de sentido

Question 6

Características del alineamiento de secuencias

Answer 6

• Estima similitud
• Infiere relaciones evolutivas

Question 7

¿Con qué herramientas se analizan las secuencias con detalle?

Answer 7

• Más precisos
• Como diagramas de puntos para análisis gráfico
• Alineaciones globales o locales para análsiis de residuos

Question 8

Alineación de secuencias por pares

Answer 8

• Alineación que compara dos secuencias biológicas (ADN, ARN, proteínas)

Question 9

Alineación de secuencias múltiples

Answer 9

• Alineación que compara 3 o más secuencias

Question 10

Alineamiento global

Answer 10

• Permite ver las similitudes entre toda la secuencia de la genoma vs una de referencia

Question 11

Alineamiento local

Answer 11

• Encuentra alineamiento entre secciones muy particulares (ej. fenilalanina 4 hidroxilasa)

Question 12

¿Qué hacen las herramientas de alineamiento?

Answer 12

• Identifican regiones conservadas entre dos secuencias
• Busca similitud en relación a una base de datos de referenciar

BLAST, LAIGN, EMBOSS Needle, EMBOSS WATER

Question 13

FASTA

Answer 13

• Secuencia que se pide en BLAST

Question 14

Diferencia entre alineamiento global y local

Answer 14

Alineamiento local + específico para ver un gen (como insulina) y encontrar explicaciones evolutivas o variantes.
Global para ver secuencia de aminoácidos o nucleótidos completa. Identificar de quién es el genoma o comparar especies

Local- parte de ADN donde está el gen/variante, particular.

Question 15

Metodo de alineamiento Dot Plot

Answer 15

• Exploración general de secuencia
• Hallar grandes Indels
• Identificación de regiones para alineamiento múltiple posterior

Question 16

Alineamiento local vs global simple

Answer 16

El local es de alta calidad y analiza residuo por residuo
El global halla grandes indels, revisa calidad de datos e identifica mutaciones en tus secuencias

Question 17

Dot Plot

Answer 17

• Gráfica de puntos
• Se ve si hay match

Question 18

Alineamiento de secuencias múltiples características

Answer 18

• Alineación global por lo general
• Algoritmo complejo y sofisticado

Question 19

¿Para qué sirve alineamiento de secuencias múltiples?

Answer 19

• Detecta regiones de variabilidad o conservación de una familia de proteínas
• Análisis filogenético
• Detección de homología entre un gen recién secuenciado y una predicción de estructura de proteína de una familia de genes existentes
• Demostración de homología en familias multigénicas

Question 20

Programas que realizan alineamientos de secuencias múltiples

Answer 20