9- plazmidi

Question 1

kaj omogočajo plazmidi

Answer 1

• bakterijam omogočajo preživetje v selekcijskem okolju in hitrejšo adaptacijo. adaptacije so posledice plastičnosti genomov in se obdržijo ker izboljšajo fitnes
• omogočajo rekombinacijo
• uporabljamo jih kot vektorje

Question 2

velikost plazmidov

Answer 2

velikost je odvisna od genov ki so na plazmidu
1. minimalno veliki plazmidi: nimajo eklatantnega fenotipskega znaka (=neka lastnost, ki bi jo lahko na ne do sedaj znani način spremljali)
2. mega plazmidi: težko je ločiti med mega plazmidi in mini kromosomi (za ločevanje se pogleda ori mesto, ker je različno - oriC in oriT)

Question 3

kako se plazmidi integrirajo v kromosom

Answer 3

s homologno rekombinacijo

Question 4

ali imajo housekeeping gene

Answer 4

ne

Question 5

acinetobakter

Answer 5

razmnožena po bolnišnicah ker je motorični nabiralec rezistenčnih genov

Question 6

koliko plazmidov imajo bakterije

Answer 6

enega lahko tudi 6-7 majhnih
pomembno je da so iz različnih inkompatibilnostnih skupin

majhni plazmidi so pogosto nekonjugativni. ni nujno da so taki plazmidi niso ključni za prenos rezistence ker lahko prevzamejo rezistenčne proteine.

Question 7

pomembne regije plazmidov

Answer 7

oriV
backbone - plazmidno ogrodje
oriT: za spoznavanje proteina za tvorbo konjugacijskega mostička
virulenčni geni
geni, ki omogočajo razgradnjo toksičnih komponent

Question 8

kaj je plazmid

Answer 8

• plazmidi so izvenkromosomski genetski elementi, ki se lahko vključijo v kromosom. - - vključitev poteče s homologno rekombinacijo na mestih homologije.
• običajno so ekstrakromosomalni elementi
• ko je plazmid integriran v kromosom se lahko iz njega izreže in seboj vzame housekeeping gene
• so samostojni replikoni, kar pomeni da se samostojno podvajajo - ključno za ohranitev

Question 9

kako se podvajajo plazmidi

Answer 9

ker so replikoni se samostojno podvajajo
(neodvisno od kromosoma)
- izkoriščajo kromosomske proteine ali pa imajo v svoji DNA kodiane proteine za podvajanje
- morajo imeti vsaj eno ori mesto in ustrezne proteine
bolj razširjen plazmid –> več proteinov potrebuje za podvojevanje
- imajo lahko več načinov podvojevanje (odvisno od ori mesta)

Question 10

gostiteljsko območje (host range)

Answer 10

definira vrste bakterij v katerih se plazmid lahko pomnožuje
gostiteljsko območje definira mesto ori
(mi lahko ga vstavimo v celico ampak je pomembno da se v celici podvojuje)
poznamo plazmide z ozkim in širokim gostiteljskim območjem

Question 11

ozko gostiteljsko območje

Answer 11

ozko gostiteljsko območje pomeni da se lahko plazmid podvojuje le v gostiteljski vrsti oz določenem rodu
imajo plazmidi ColE1 (npr. pUC serija)
taki plazmidi se uspešno podvojujejo npr v sevih salmonele

Question 12

široko gostiteljsko območje

Answer 12

• pomembni za resistenčnost, saj se široko širijo skozi populacijo
• to so RK2, RC,..
• taki plazmidi morajo imeti lasten zapis za vse za replikacijo potrebne proteine in geni za take proteine se morajo izražati tudi v nesorodnih vrstah

Question 13

kako ugotovimo gostiteljsko območje plazmida

Answer 13

elektraporacija
konjugacija

Question 14

chromobacterium violaceum

Answer 14

kanamicinska rezistenca Tn5 deluje v vrsti C.V.

Question 15

število kopij plazmida - pomen

Answer 15

na tem temelji regulacija replikacije. regulacija pa je odvisna od ori mesta.đ
- low copy number - večinoma večji
- high copy number - večinoma manjši

poznamo relaxed plazmide - podvojevanje se zaključi ko jih je dovolj in običajno jih je veliko
in stringent plazmide- malo jih je zato je njihovo podvojevanje uravnavano

Question 16

kaj je inkompatibilnost

Answer 16

je nezmožnost stabilnega soobstoja dveh vrst plazmidov v isti bakterijski celici
uvrstitev v inkompatibilnostno skupino je odvisna od ori mesta
dva plazmida iz iste inkompatibilnostne skupine na dolgi rok ne moreta soobstajati v isti celici

Question 17

zakaj so plazmidi inkompatibilni

Answer 17

• ker imajo enak mehanizem uravnave podvojevanja
• zaradi načina porazdelitve na hčerinski celici

… plazmidi iz različnih inkompatibilnostnih skupin so različni v različnih okoljih

Question 18

razloži to da so plazmidi inkompatibilni ker imajo enak mehanizem uravnave podvojevanja

Answer 18

če imata plazmida enak mehanizem uravnave podvojevanja, proteini ne prepoznajo različnih plazmidov in se en lahko podvoji večkrat. ko se bo celica delilaa bo v eni dosti plazmidov v drugi pa malo in ta ki jih ima malo jih lahko z delitvami izgubi

Question 19

razloži to da so plazmidi inkompatibilni zaradi načina porazdelitve na hčerinski celici

Answer 19

če imata plazmida enak Par bo pri razdelitvi na hčerinski celici se zgodilo to da se ne ločijo posamezne vrste plazmida. ena celica lahko dobi eno vrsto druga pa drugo

Question 20

razlika med konjugativnim plazmidom in s konjugacijo prenesenim plazmidom

Answer 20

konjugativni plazmid: ima vse zapise tudi za prenos
s konjugacijo prenesen plazmid: ne rabi encimov in sestavnih delov pilusa, ponavadi mora biti iz druge inkompatibilnostne skupine, potrebuje mesto za razklenitev

Question 21

kako ugotovimo inkompatibilnostno skupino

Answer 21

in silico: sekvenciramo genom in potem z primerjalno analizo ugotovimo čemu je podobna replikacijska imparticijska regija

in vivo: analiza izgube plazmidov pri gojenju

plazmidi se izgubijo če ni selekcijskega pritiska zato dodajamo antibiotike

Question 22

kako ugotovimo da sta dva plazmida inkompatibilna

Answer 22

s pomočjo precepljanja brez selekcije.
če ugotovimo da se hitrost izgubljanja rezistenc teh dveh plazmidov približno enaka pomeni da en izriva drugega. oba se izgubljata z isto frekvenco kar pomeni da lahko soobstajata v isti celici in da sta iz različnih inkompatibilnostnih skupin

Question 23

plazmidi z iteroni

Answer 23

• G- bakterije
• modelni sistemi za študije začetka podvojevanja plazmidov in analizo uravnave števila plazmidov
• imajo direktne ponovitve (=ITERONI) v regiji ori
• Rep protein interagira z iteroni kar sproži začetek sinteze DNA, z obrnjenimi ponovitvami - sproži transkripcijsko avtosupresijo