8- rekombinacija Flashcards

1
Q

kaj je rekombinacija

A

je fizična izmenjava odsekov med dvema različnima molekulama DNA

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

pomen rekombinacije

A
  • nastanek novih kombinacij genov
  • nastanek ene molekule DNA iz dveh
  • prenos oz. izmenjava nečjih odsekov genoma
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

tipi rekombinacije

A

splošna oz. homologna rekombinacija
mestno specifična rekombinacija

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

splošna oz. homologna rekombinacija

A
  • zgodi se med zaporedjema DNA, ki sta enaki ali zelo podobni
  • dolžina enakosti dveh zaporedij je različna pri različnih organizmih
  • daljša homologna zaporedja –> več dogodkov zamenjav Nu

pomen: evolucija, replikacija DNA

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

povezava homologne rekombinacije in replikacije

A

če vilice naletijo na prelome se lahko sesedejo .
v verigi DNA z zarezo (=nick) nastane dvoverižni prelom in replikacijske vilice se sesedejo. rekombinacija s kopijo kromosoma v drugi verigi tvori strukturo, ki omogoči nadaljevanje replikacije.
za ponovno vzpostavitev potrebujemo primosomske proteine, DnaT, DnaB in DnaC

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

shema rekombinacije

A

verigi DNA se prekineta na mestu homologije in se nato ponovno povežeta tako, da ima nastala molekula premešana zaporedja. pri tem nastanejo holideyeve strukture.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

za rekombinacijo pomembni geni

A

recA
recBC
recD
recF
recJ
recN
recO
recQ
recR
recG
ruvA
reuB
ruvC
priABC, dnaT

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

recA

A

formacija sinaps

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

recBC

A

iniciacija rekombinacije z ločitvijo obeh verig

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

recD

A

razgradnja 3’ koncev

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

recF

A

vezava RecA na ss vrzeli

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

recJ

A

razgradnja DNA v ss vrzeli

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

recN

A

vezava RecA na ss vrzeli

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

recQ

A

vezava na ss vrzeli

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

recR

A

vezava RecA na ss vrzeli

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

recG

A

premik Hollidayeve strukture in razprtje rekombinacijske strukture

17
Q

ruvA

A

premik Holidayeve strukture

18
Q

ruvB

A

premik Holidayeve strukture

19
Q

ruvC

A

razprtje Holidayeve strukture

20
Q

priABC, dnaT

A

ponovna vzpostavitev replikacijskih vilic

21
Q

rekombinacija s sistemom RecABCD pri E. coli

A

RecBCD je heterotrimer, ki deluje na specifičnih X-mestih
neredi zarez in DNA se začne odvijati
razgradita se obe verigi
ns 3’ verigo se veže RecA
parjenje homologne DNA (nastane heterodupleks in zanka D)
razprtje DNA
lepljenje DNA

torej ko maš dvoverižne prelome de veže na levo in desno stran. potem potuje vsak v svojo stran in tam kjer najprej pride do X-mesta se vežejo RecA (in nastanejo nove replikacijske vilce).. na drugi strani se to ne zgodi ker so ta mesta polarna in niso pravilno usmerjena.

22
Q

rekombinacija s sistemom RecF

A

enoverižni prelomi –> sistem za pripravo ssDNA za vstop v D zanko
RecQ in RecJ se skupaj vežeta na mesto preloma
v vrzel se vežejo SSB proteini
v vrzel se vežejo RecFOR
recF omogoči zamenjavo SSB z RecA in potem nastane zanka D

23
Q

nastanek sinapse

A

sinapsa nastane ko RecA ne najde homologno zaporedje.
RecA tvori NUKLEOFILAMENT na enojni DNA in ko najde homologno DNA nastane troverižna struktura.

24
Q

hollidayeva struktura

A

vse 4 verige so med sabo povezane in prepletene
imamo 2 molekuli DNA
1. zarez in odvijanje DNA
2. vezava SSB proteinov
3. parjenje homologne DNA - nastanek heterodupleksa in zanke D
4. ligacija
5. razrešitev heterodupleksa
6. zarez
7. ligacija

25
Q

sistem RuvABC

A
  1. tetramer RuvA se veže na Hollidayevo strukturo
  2. dva RuvB se vežeta na kompleks RuvA tako da nastane prstan okoli verige DNA
  3. na kompleks RuvAB se veže RuvC in naredi rez v dveh verigah
26
Q

recG

A

omogoča premik HS v smeri 3–>5 s pomočjo proteina PriA

27
Q

rekombinacija med dvema krožnima molekulama DNA

A

imamo 2 krožni molekuli DNA
poteče rekombinacija
dobimo: ali 1 veliko krožno molekulo (npr. vektor se je vključil v kromosom) ali 2 molekuli z izmenjanimi geni

28
Q

rekombinacija med krožno in linearno molekulo DNA

A

imamo eno krožno DNA in eno linearno DNA
dobimo: ali linearni kromosom –> propade ali krožno in linearno molekulo z izmenjanimi geni

29
Q

homologna rekombinacija linearnih fragmentov DNA in kromosoma

A
30
Q

mestno specifična rekombinacija

A

značilna za bakteriofag lambda
integraza omogoči mestno specifično rekombinacijo med attP in attB

31
Q

odziv SOS

A

geni, ki se vklopijo v stresnih razmerah in ko pride do poškodb DNA
represor je lexA