8- rekombinacija Flashcards
kaj je rekombinacija
je fizična izmenjava odsekov med dvema različnima molekulama DNA
pomen rekombinacije
- nastanek novih kombinacij genov
- nastanek ene molekule DNA iz dveh
- prenos oz. izmenjava nečjih odsekov genoma
tipi rekombinacije
splošna oz. homologna rekombinacija
mestno specifična rekombinacija
splošna oz. homologna rekombinacija
- zgodi se med zaporedjema DNA, ki sta enaki ali zelo podobni
- dolžina enakosti dveh zaporedij je različna pri različnih organizmih
- daljša homologna zaporedja –> več dogodkov zamenjav Nu
pomen: evolucija, replikacija DNA
povezava homologne rekombinacije in replikacije
če vilice naletijo na prelome se lahko sesedejo .
v verigi DNA z zarezo (=nick) nastane dvoverižni prelom in replikacijske vilice se sesedejo. rekombinacija s kopijo kromosoma v drugi verigi tvori strukturo, ki omogoči nadaljevanje replikacije.
za ponovno vzpostavitev potrebujemo primosomske proteine, DnaT, DnaB in DnaC
shema rekombinacije
verigi DNA se prekineta na mestu homologije in se nato ponovno povežeta tako, da ima nastala molekula premešana zaporedja. pri tem nastanejo holideyeve strukture.
za rekombinacijo pomembni geni
recA
recBC
recD
recF
recJ
recN
recO
recQ
recR
recG
ruvA
reuB
ruvC
priABC, dnaT
recA
formacija sinaps
recBC
iniciacija rekombinacije z ločitvijo obeh verig
recD
razgradnja 3’ koncev
recF
vezava RecA na ss vrzeli
recJ
razgradnja DNA v ss vrzeli
recN
vezava RecA na ss vrzeli
recQ
vezava na ss vrzeli
recR
vezava RecA na ss vrzeli
recG
premik Hollidayeve strukture in razprtje rekombinacijske strukture
ruvA
premik Holidayeve strukture
ruvB
premik Holidayeve strukture
ruvC
razprtje Holidayeve strukture
priABC, dnaT
ponovna vzpostavitev replikacijskih vilic
rekombinacija s sistemom RecABCD pri E. coli
RecBCD je heterotrimer, ki deluje na specifičnih X-mestih
neredi zarez in DNA se začne odvijati
razgradita se obe verigi
ns 3’ verigo se veže RecA
parjenje homologne DNA (nastane heterodupleks in zanka D)
razprtje DNA
lepljenje DNA
torej ko maš dvoverižne prelome de veže na levo in desno stran. potem potuje vsak v svojo stran in tam kjer najprej pride do X-mesta se vežejo RecA (in nastanejo nove replikacijske vilce).. na drugi strani se to ne zgodi ker so ta mesta polarna in niso pravilno usmerjena.
rekombinacija s sistemom RecF
enoverižni prelomi –> sistem za pripravo ssDNA za vstop v D zanko
RecQ in RecJ se skupaj vežeta na mesto preloma
v vrzel se vežejo SSB proteini
v vrzel se vežejo RecFOR
recF omogoči zamenjavo SSB z RecA in potem nastane zanka D
nastanek sinapse
sinapsa nastane ko RecA ne najde homologno zaporedje.
RecA tvori NUKLEOFILAMENT na enojni DNA in ko najde homologno DNA nastane troverižna struktura.
hollidayeva struktura
vse 4 verige so med sabo povezane in prepletene
imamo 2 molekuli DNA
1. zarez in odvijanje DNA
2. vezava SSB proteinov
3. parjenje homologne DNA - nastanek heterodupleksa in zanke D
4. ligacija
5. razrešitev heterodupleksa
6. zarez
7. ligacija
