Brainscape's Knowledge GenomeTM

Browse over 1 million classes created by top students, professors, publishers, and experts.


See full index

mikrobna izpit > 5- transkripcija > Flashcards

5- transkripcija Flashcards

1
Q

kaj je transkripcija

A

je prepis informacije iz DNA v RNA

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

koliko genov v E. coli se v vsakem trenutku prepisuje

A

1000 genov
–> sprememba razmer v okolju lahko spremeni transkripcijo genov

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

kako se imenujejo geni, ki se stalno prepisujejo

A

housekeeping geni
to so geni, ki so stalno potrebni za zgradbo in delovanje celice

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

kdaj se geni prepisujejo

A

geni se prepisujejo takrat, ko jih celica potrebuje (razen housekeeping geni)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

od česa je odvisna transkripcija

A

od regulatornih dejavnikov (npr. proteini in RNA molekule)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

glavni razliki transkripcije pri E in P

A

v iniciaciji
v regulaciji

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

kje poteka prepisovanje

A

poteka samo na določenih odsekih (CDS), ki se prepišejo ali v mRNA ali v nekodirajoče molekule (rRNA, tRNA)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

transkripcija E

A

DNA-promotor-strukturni gen (=CDS/cistron .. nosi zapise za mRNA, proteine, nekodirajočo RNA)
s transkripcijo nastane monocistronska RNA
ni operona
RNA polimeraza ll, ko se veže sama ne naredi nič, ampak potrebuje regulatorne proteine za delovanje
nastane 1 protein

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

transkripcija P

A

DNA-promotor-operon
operon je sestavljen iz več strukturnih genov, ki se prepišejo v 1 policistronsko mRNA, ki se prevede in nastane več ločenih proteinov
ena RNA polimeraza, ki s pomočjo sigma faktorja prepozna različne strukturne gene. ko se veže se začne transkripcija (ni aktivatorjev)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

opiši RNA molekulo

A

uracil
riboza (dodatna OH skupina - reaktivnost)
prvotni svet je RNA svet
zelo nestabilna in reaktivna- težko je z njo delati zato jo s pomočjo REVERZNE TRANSKRIPTAZE prepišemo v cDNA-transkript
uporabimo ko preučujemo kako se geni izražajo
nikoli ni raztegnjena ampak se spremeni v sekundarno/terciarno strukturo zaradi tvorbe H vezi med komplementarnimi bazami na isti verigi.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

zakaj je DNA hraniteljica dednega zapisa in ne RNA

A

ker je DNA manj reaktivna. RNA je zaradi dodatne OH skupine bolj nestabilna in reaktivna

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

zakaj je pomembno da se RNA zloži v sekundarno/terciarno strukturo

A

ker je za molekulo to bolj termodinamsko stabilno. če se RNA ne zloži pravilno se lahko ne more vezat nekam kam se sicer veže in če gre za regulatorno molekulo se spremeni izražanje genov

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

terciarne strukture RNA

A

deteljica, lasnica
sestavljena je iz debla in dela na koncu, kjer ni komplementarnosti
nastane iz obrnjenih ponovitev
pomembne pri regulaciji genske ekspresije

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

sekundarne strukture RNA

A

pogoste so ne Watson-Crikove povezave npr. gvanin se pari z uracilom in med njima sploh ne nastane vez

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

kaj je funkcija RNA polimeraze

A

prepiše DNA v RNA

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

zgradba bakterijske RNA polimeraze

A

imajo 1 polimerazo
sestavljena je iz osrednjega dela in sigma faktorja
osrednji del + sigma faktor = HOLOENCIM

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

osrednji del encima RNA polimeraze

A

osrednji del polimeraze je zgrajen iz 5 podenot: 2x alfa, 2x beta in omega.
alfa: za sestavljanje encima in za prepoznavanje promotorja
beta: katalitični del, mesto transkripcije
omega: stabilizacija in sestavljanje encimskega kompleksa

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

sigma faktor

A

to je vbistvu protein
prepozna določeno zaporedje v promotorju in s tem uravnava vezavo, usmerja RNA polimerazo na promotor .. torej določa kateri gen se bo prepisal

v določenih primerih prevladujejo različni sigma faktorji - odvisno od okolja/stresa celice. različni sigma faktorji prepoznajo različne promotorje in tako je odvisno tudi prepisovanje

najpogostejši je sigma 70. s sigma 70 se prepisujejo housekeeping geni.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
19
Q

RIFAMICINI

A

povežejo se z polimerazo in preprečijo povezavo s promotorjem

20
Q

RNA polimeraza E in A

A

evkariontska in arhejska ima več podenot (tako sigma kot teh osrednjih)

osrednji encim + sigma podenote/domene = holoencim

21
Q

matrična in kodirajoča veriga

A

matrična (antisense) veriga: poteka sinteza RNA (5-3)
kodirajoča (sense) veriga: paralelna nastajajoči verigi. isto zaporedje samo namesto U je T in ista orientacija
katera je matrična in katera kodirajoča se med geni razlikuje

22
Q

transkripcijski mehurček

A

ni potrebna helikaza za razprtje verige

DNA-promotor-strukturni geni
DNA, promotor = regulatorna regija, ki se ne prepiše (UPSTREAM REGION -)
strukturni geni = se prepišejo (DOWNSTREAM REGION +)

23
Q

kateri sta ključni regiji v promotorju za vezavo polimeraze

A

KONSENZURSNA ZAPOREDJA - skupna zaporedja v bakterijskih promotorjih
-35: TTGACA
-10 (pribnow box): TATAAT

24
Q

opiši transkripcijsko enoto

A

prepisujejo se strukturni geni (downstream regija .. regija bližje 3’ koncu).
downstram regija se začne z oznako +1 (to je začetek transkripcije)

slika!

25
Q

konsenzusna zaporedja

A

so zaporedja, ki imajo na določenih pozicijah vedno isti nukleotid, kar pomeni, da so ti nukleotidi zelo pomembni. vplivajo na stabilnost vezave RNA polimeraze. prepoznajo jih sigma faktorji

26
Q

kako poteka vezava sigma faktorja na promotor

A

RNA polimeraza prepozna dsDNA. s sigma4 podenoto se poveže na promotor na mestu -35, s sigma2 pa na mestu -10 (pribnow box) kar omogoči razprtje verige DNA. ZAPRT KOMPLEKS se spremeni v ODPRT KOMPLEKS .. temu rečemo izomerizacija
alfa enota polimeraze se veže na upstream regijo in utrdi povezavo polimeraze na verigo DNA

27
Q

POTEK TRANSKRIPCIJE

A
  1. prepoznavanje promotorja
  2. začetek transkripcije
  3. elongacija
  4. terminacija transkripcije
28
Q

prepoznavanje promotorja

A
  1. sestavi se holoencim: osrednji encimski kompleks + sigma faktor
  2. vezava sigma 4 na -35 mesto (prepozna promotor)
  3. vezava sigma 2 na -10 mesto (pribnow box), ki olajša razprtje verige zaradi šibkih vezi
  4. razklenitev verige (izomerizacija)
  5. nastanek odprtega kompleksa
29
Q

začetek transkripcije

A

ko je RNA dolga 10nt pride do zanke sigma 3.2, ki zablokira exit channel.
traskripcija poteka ko rastoča veriga odrine blokado in se izloči skozi exit kanal (potem se odcepi tudi sigma faktor) ALI pa se zaradi blokade ustavi (=abortivna iniciacija, če je transkript manjši od 9nt)

30
Q

kako lahko ustavimo transkripcijo

A

Rifampicin
abortivna iniciacija (<9nt)

31
Q

elongacija; hitrost; ustavitev RNA polimeraze

A

hitrost: 30-100nt/sekundo
ustavitev polimeraze: zaradi sekundarnih struktur se lahko ustavi ali pa začne delovati nazaj - BACKTRACK (če pride do tega lahko zablokira kanal po katerem pridejo nukleotidi)

32
Q

terminacija transkripcije

A

antiterminator: naredi terminator neaktiven in s tem prepreči zaključek transkripcije

terminatorsko zaporedje (terminator):
1. INTRINZIČNI
2. OD FAKTORJEV ODVISNA TERMINACIJA

33
Q

INTRINZIČNI terminatorji

A
  • obrnjena ponovitev
  • zaporedni uracili
    tu nastanejo ZANKE, ki upočasnijo delovanje RNA polimeraze. RNA in RNAP disocirata.
34
Q

od faktorjev odvisna terminacija

A

to je protein Rho
ta način je pogost ko ni sočasne translacije

protein Rho prepozna zaporedje na RNA, se veže, poteče hidroliza ATP in RNA odtrga stran od RNAP.

35
Q

vezava RNA polimeraze pri E

A

kompleksen proces, več RNA polimeraz
regulatorna regija je zgrajena iz regulatornega promotorja (ker se ne prepišejo vsi geni) + osnovnega promotorja
polimeraza ll prepiše protein-kodirajoče gene

PROMOTOR: tata box + initiator box
na tata box se vežejo tata box proteini (TBP), na njih pa transkripcijski faktorji in potem RNA polimeraza

36
Q

transkripcija pri arhejah, podobnosti z P in E

A
  • mehanizem transkripcije podoben E:
    podobni polimerazi, promotorji
  • uravnava pa podobna P

zgradba promotorja: BRE-TATA-INIT

37
Q

potek vezave polimeraze pri arhejah

A
  1. na tata box se vežejo tata box proteini
  2. na B spoznavni element (BRE) se veže transkripcijski faktor B (TFB) na eni strani, na drugi pa z iniciacijskim elementom (INIT)
  3. DNA se upogne
  4. veže se RNA polimeraza
38
Q

RNA je nestabilna kaj pa tRNA in rRNA?

A

so bolj stabilne zaradi modificiranih baz
pseudouracil ali dihidrouracil

39
Q

zgradba tRNA

A

vodikove vezi, v obliki deteljice
antikodon: 3 baze, ki so v interakciji z mRNA
D zanka
dodatna roka
TYC roka
akceptorska roka
mesto za pritrditev AK: CCA

40
Q

ncRNA (nekodirajoče) pri bakterijah

A

uravnavajo prevzem hranil, odziv na stres, tvorbo biofilma, vplivajo na izražanje genov preko povezovanja z mRNA, stabilnost mRNA, imajo pomembno vlogo pri adaptaciji na okoljske spremembe (iniciacija transkripcije in translacije, posttranslacijske modifikacije)

41
Q

katera je ncRNA pri E.coli

A

6S RNA

42
Q

značilnosti 6S RNA

A

odporna proti hidrolizi
v vseh sevih E. coli
količinsko primerljiva z rRNA
uravnava RNAP (jo titrira)
matrica za de novo sintezo kratkih RNA

43
Q

kako nastanejo ncRNA

A

lahko jih kodirajo 3’UTR regije
nastanejo kot razpadni produkt mRNA

44
Q

stabilnost, uporaba RNA molekul

A

rRNA in tRNA: stabilni
mRNA: nestabilna
16S rRNA: iniciacija in terminacija translacije

45
Q

kako razgradimo RNA molekule

A

z ribonukelazami

mikrobna izpit (17 decks)

Brainscape helps you reach your goals faster, through stronger study habits.
© 2024 Bold Learning Solutions. Terms and Conditions