11- uravnava podvojevanja plazmidne DNA

Question 1

načini uravnave podvojevanja

Answer 1

• z iteroni (G- ki imajo zapise za odpornost proti antibiotikom, razgradnjo različnih substanc in sintezo toksinov)
• uravnava s protismerno RNA (deluje po principu negativne povratne zanke)

Question 2

če se poveča število kopij plazmida se ….

Answer 2

se poveča koncentracija protismerne RNA (inhibicija delovanja encima, ki je nujno potreben za podvojevanje - iniciacijski protein, primaza) in zniža se frekvenca podvojevanja

Question 3

značilnosti protismerne RNA / antisense RNA

Answer 3

• zaznava spremembo koncentracije
• regulatorna molekula
• regulacija z inhibicijo: inhibicija translacije proteina nujnega za podvojevanje (rep protein - helikaza)

Question 4

plazmid R1 in pCol1b-P9

Answer 4

uravnava translacije proteina rep s komplementarno RNA
- proteini Rep so specifični in se vežejo na enaka mesta oriV na enakem tipu plazmidov (enaka zaporedja cis)
- količina razpoložljivega proteina Rep uravnava podvojevanje: več proteina –> več podvojevanja

Question 5

plazmid R1 - lncFll

Answer 5

• regulacija s kontraprepisno RNA
  repA, copB omogočata podvojevanje

????

Question 6

plazmid Collb-P9

Answer 6

uravnava s protismerno RNA
z inhibicijo translacije gena Rep

Question 7

plazmid pT181

Answer 7

s protismerno RNA

Question 8

kaj so iteroni

Answer 8

so kratka ponavljajoča se zaporedja v ori regiji, ki jih prepoznajo replikacjski proteini

DUE (tu pride do destabilizacije dsDNA)-iteroni-DnaA box (veže se DnaA in rep)

iniciatorski protein Rep in DnaA se vežeta na dsDNA in veriga se destabilizira

Question 9

uravnava podvojevanja plazmidov z iteroni

Answer 9

1. repA se veže na lastno promotorsko regijo in reprimira svojo transkripcijo (TRANSKRIPCIJSKA AVTOREGULACIJA)
2. povežejo se plazmidi z Rep
   ko je proteina repA dovolj se plazmidi preko njega povežejo med sabo
3. preprečeno je podvojevanje povezanih plazmidov

Question 10

dejavniki gostiteljske bakterije, ki sodelujejo pri uravnavi podvojevanja

Answer 10

• če potrebujejo za podvojevanje več proteinov od gostitelja je podvojevanje manj verjetno
• podvojujejo se v njim sorodnim bakterijah

Question 11

kako preprečimo izgubo plazmidov

Answer 11

z multimeri

plazmidi lahko med replikacijo (RC) zaradi rekombinacij tvorijo dimere ali multimere če terminacija ni uspešna.

če pride do nastanka multimer to razrešijo s sistemi za razdruževanje multimerov, ki temeljijo na mestno specifični rekombinaciji

Question 12

primer sistema za razdvojitev multimerov

Answer 12

Cre-loxP
gre za mestno specifično rekombinacijski sistem, ki razdvoji multimere

Question 13

sistemi za porazdelitev plazmidov

Answer 13

PAR SISTEMI
= to so sistemi, ki zagotavljajo, da je v vsaki hčerinski celici vsaj ena kopija plazmida
- pri plazmidih z nizkim številom kopij (low copy number) poznamo 2 različna sistema: za R1 in za F, P1 in RK
proteini par tvorijo različne tipe filamentov

Question 14

sistem par plazmida R1

Answer 14

parC - promotor
parM - tvori aktinu podobne filamente

1. parR se veže na parC in tvori kot nekakšno zaščito
2. parM polimerizira “aktinski” filament
3. molekuli se porivata narazen
4. poteče hidroliza ATP
5. filament se odcepi s par mesta (takrat sta plazmida že v različnih celicah)

en sam filament ki sega do konca celice

Question 15

sistem par za F, P1 in RK

Answer 15

1. parA-ATP se veže na naključna mesta v nukleoidu in polimerizira v obe smeri
2. parB se poveže s parS
3. interakcija med parB-parS in filamentom parA
4. hidroliza ATP
5. parA-ADP disocira s konca filamenta
6. parB-parS se poveže z naslednjim filamentom in tako “leze” po nukleoidu

Question 16

particija kromosoma B. subtilis

Answer 16

podobno F, P1 in RK
le da da je parA=soj
in parB= spo0J