6. Vie di trasduzione del segnale Flashcards

1
Q

Cosa sono i geni homebox?

A

Sono geni che codificano per dei TF che forniscono alle cellule le corrette positional information

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Cos’è la posterior prevalence dei geni HOX?

A

Una mutazione dei geni a monte (3’) sopprime/influenza l’espressione dei geni a valle (5’)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Come sono strutturati i geni HOX?

A

3 eliche:
- Elica 3 →nel major groove
- Eliche 1 e 2 →sopra il DNA

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Come funzionano i geni HOX?

A

Hanno un meccanismo a matrioska:
nei tessuti W, X, Y e Z vengono espressi:
- Gene I ovunque
- Gene II in X, Y e Z
- Gene III in Y e Z
- Gene IV solo in Z

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

Cosa sono i check point immunitari e quali tipi esistono?

A

Sono dei punti di stallo/controllo della risposta immunitaria

2 tipi:
- C-p attivatori → intensificano la risposta immunitaria
- C-p inhibitors → meccanismi che limitano la funzione dei linfo T

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Come funziona il meccanismo di PDL1-PD1?

A

È un meccanismo di c-p inhibitors usato dalle c tumorali

La c tumorale espone sulla membr PDL1 che lega il recettore PD1 dei linfo T
Il legame PDL1-PD1 impedisce al linfo T di attivare la risp immunitaria nonostante riconosca la cellula come patogena

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Quali sono i 2 tipi di risp immunitaria e quali sono le loro caratteristiche?

A
  • Innata
  • Adattiva → riconosce più antigeni diversi dell’innata e può generare cellule della memoria
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

Cosa sono le cellule dendritiche?

A

Sono cellule dell’immunità innata

Ne esistono di 2 tipi:
- Residenti → tipici di un certo tessuto, espongono i recettori DAMP + PAMP
- Circolanti → viaggiano nel sangue, fagocitano i patogeni, vanno ai linfonodi dove stimolano la maturazione dei linfo naive

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Descrivi i Tall-like receptors (TLR)

A

Sono attivati da DAMP + PAMP
Legano antigeni virali + batterici

Ne esistono 3 tipi:
- Sulla membr plasmatica → riconoscono lipoprot/peptigoglicani/lipopeptidasi sulla membr batterica
- Sulle membr intracellulari (RE+endosomi) → riconoscono DNA/dsRNA/ssRNA
- Nel citosol → riconoscono il dsDNA

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

Cos’è e come funziona la via di cGAS-STING?

A

È una barriera intrinseca che attiva i meccanismi anti-tumorali riconoscendo il dsDNA nel citosol

1) Interazione cGAS-dsDNA citosolico → cGAS dimerizza (= attivo)
2) cGAS converte GTP e ATP in cGAMP
3) cGAMP attiva STING
4) STING attivo recluta TBK-1 + IKK (2 chinasi)
5) TBK-1 fosforila IRF-3
IKK fosforila I-kβ → I-kβ si stacca da NF-kβ → NF-kβ attivo
6) IRF-3 + NF-kβ traslocano nel nucleo per attivare la trascr degli interferoni

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Quali possono essere le cause delle interferonopatie

A
  • Iperattivazione della pathway
  • LOF della prot Trex (prot che degrada il dsDNA presente nel citosol
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Descrivi la struttura dei recettori di TGF-β

A

All’arrivo del ligando formano un eterodimero
- Recettore di tipo 1 → chinasi che viene attivata dal recettore 2
- Recettore di tipo 2 → chinasi costitutivamente attiva, fosforila il recettore 1

Ha attività serin-treonin chinasica e agisce direttamente sui TF → no intermedi = no amplificazione del segnale

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Cosa sono le SMAD?

A

È una famiglia di TF che modulano l’attività di TGF-β

3 classi:
- R-SMAD → SMAD regolate dall’attività del recettore di TGF-β, da inattive sono legate ad ancore citoplasmatiche
- co-SMAD → solo SMAD4, interagisce con le R-SMAD nel nucleo
- I-SMAD → SMAD che inibiscono l’attivita di co+R-SMAD
Struttura di 2 domini uniti da una regione linker:
- Dominio MH1 → lega il DNA a liv della seq CAGA
- Dominio MH2 → è bersaglio del recettore 1
Possono dare effetto pleiotropico interagendo con altri TF

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Descrivi il meccanismo della via di TGF-β

A

1) TGF-β arriva → recettore dimerizza → attivazione recettore 1
2) Recettore 1 fosforila le R-SMAD
3) Le R-SMAD entrano nel nucleo → formazione complesso 2 R-SMAD+1 co-SMAD

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

In caso di tumore cosa succede alla via di TGF-β e che effetti si hanno?

A

La via perde la sua capacità di onco-soppressore
2 effetti:
- Cell autonomus → si ha una MET, ovvero una transizione epitelio-mesenchima
- Non cell autonomus → si ha la formazione di noduli

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Come funzionano i morfogeni?

A

I morfogeni sono dei fattori in grado di dare un segnale in base a quanto fattore arriva alla cellula, si creano dei gradienti morfogenici che seguono un modello detto a bandiera francese
Si ha una sorgente del segnale (quantità massima di fattore) e un sink (pt in cui il segnale è distrutto per impedirne l’accumulo

17
Q

Come funziona la segnalazione di BMP con chordin e nogging?

A

Chording e nogging sono molecole in grado di intrappolare BMP, hanno anche loro un gradiente (stessa sorgente circa di BMP)
BMP + chording + nogging sono coinvolte nella differenziazione tra piastra neurale ed epitelio
- Piastra neurale → [BMP libero] bassa = [chordin] alta
- Epitelio → [BMP librero] alta = [chording] bassa
Eventuali mutazioni LOF di BMP e/o chording danno:
- BMP – → tutta piastra neurale
- Chording – tutto epitelio
- BMP– + chording– → tutta piastra neurale

18
Q

Cos’è la hippo pathway?

A

È una via che permette alla cell di rispondere ai segnali strutturali, controlla infatti proliferazione + dimensioni cellulari
È una via di trasduzione inibitoria, quando la via è accesa i TF sono inattivi + fuori dal nucleo

È presente sia in mammiferi che negli indertebrati con molecole diverse
- Invertebrati → hippo + YORKIE
- Mammiferi MST1, MST2 + YAP, TAZ

19
Q

Cosa sono YAP e TAZ?

A

Sono dei cofattori trascrizionali
Hanno 2 domini:
- T binding doman → (c-term) è un dominio di transattivazione, interagisce con TEAD per legare il DNA
- WW domain → permette l’interazione di Y/T con le prot regolatorie (last1+2)

20
Q

Cos’è TEAD e che funzione ha nei confronti di YAP e TAZ?

A

TEAD è una prot legante il DNA
È una sorta di TF incompleto → necessita di Y/T per promuovere la trascrizione

21
Q

Descrivi il meccanismo della hippo pathway nei mammiferi
(HP on e HP off)

A
  • HP on
    1) MST1+2 fosforilano last1+2 che fosforilano Y/T
    2) P-Y/T (=Y/T off) permette la ritenzione nel citosol con una prot scaffold
    3) La scaffold richiama un’ubiquitina ligasi → biquitinazione + degradazione nei proteasomi di Y/T
  • HP off
    1) Cascata chinasica spenta → Y/T attive
    2) Y/T nel nucleo + legame con TEAD
    3) Trascrizione on
22
Q

Come viene regolata la hippo pathway?

A
  • sav1 + mob1 → sav1 lega MST stimolandola, mob1 lega P-last stimolandola
  • elementi upstream
  • condizioni meccaniche della MEC
  • forze tensionali della MEC → substrato rigido (= HPon) o morbido (=HPoff)
  • caderine presenti nella MEC → permettono il reclutamento in membrana di merlin che attiva la HP
23
Q

Com’è coinvolta la HP nel differenziamento cellulare?

A

Nell’ICM la HP è accesa, nel trofoectoderma la HP è spenta
- k-o di TEAD + HP off → si ha tutta ICM
- k-o di last1+2 → si ha tutto trofoblasto

24
Q

Cos’è WNT?

A

È una glicoproteina lipidata morfogena presente nello spazio extracellulare

È importante per l’induzione dell’asse dorso-ventrale → si hanno i gemelli con 2 teste se la via non funziona

25
Q

Cos’è Frizzled? (WNT)

A

È il recettore di WNT
Ha 2 domini:
- extracellulare → recettore di WNT
- intracellare → attivata da legame di WNT + LRP56 → recluta il complesso di degradazione
LRP56 è il co-recettore di frizzled, contribuisce alla formazione del recettore attivo

26
Q

Descrivi la β catenina e il suo rapporto con la via di WNT

A

È un TF che attiva la trascr di chording
Ha 3 domini:
- C-term → dominio di transattivazione
- Armadillo → 13 domini ripetuti che permettono l’interazione con APC + E-caderina + TCF
- N-term → hai siti per le fosforilazioni regolative

È costitutivamente inibita → viene attivata dal legame WNT – frizzled – complesso di degradazione

27
Q

Cos’è TCF è come è coinvolto nella via di WNT con la β catenina?

A

È una prot legante il DNA
Ha 2 domini:
- HMG box → è il dominio di DNA binding, lega enhancer/promotori con la seq WRE
- N-term → presenta il sito di legame per la β catenina
Quando la via di WNT è spenta TCF è legato a gruncho (= repressore)

28
Q

Cos’è il complesso di degradazione della via di WNT?

A

È un complesso multiproteico che degrada la β catenina
È composto da APC + Axin + CK1 + GSK3 + PP2 (= regolatore)

29
Q

Come funziona nei confronti della β catenina il complesso di degradazione della via di WNT?

A

1) APC+Axin reclutano la β catenina
2) CK1 fosforila la ser45
3) GSK3 fosforila 2ser + 1thr → formazione fosfodegrone
4) Fosfodegrone riconosciuto da un’ubiquitina ligasi → degradato

Il meccanismo è finemente regolato da PP2

30
Q

Come funziona la via di WNT?

A

1) Legame WNT – recettore → cambio forma del recettore
2) Il recettore recluta il complesso di degradazione + DSH
3) DSH inibisce GSK3 → no degradazione della β catenina
4) β cat si accumula → entra nel nucleo per scalzare gruncho + legare TCF → attivare la trascr

31
Q

Cos’è la lateral inhibition?

A

È un meccanismo adottato dalle cell in fase di differenziamento, si crea una scacchiera in cui le cellule con 2 f.ni diverse si alternano

32
Q

Cos’è e come funziona la via di Notch-Delta?

A

È una via che permette la lateral inhibition
Si basa sull’interazione in trans di 2 cellule:
- C segnalatrice → ha Delta in membrana
- C ricevente → ha Notch in membrana

1) Interazione Delta – Notch → Notch cambia forma
2) Delta tira verso di è Notch → notch espone 2 siti di taglio
3) Doppio taglio di Notch:
~ Extracellulare → ad opera di ADAM10
~ Intracellualre → ad opera di unna γ-secretasi, si libera NICD
4) NICD entra nel nucleo + lega CSL → scalza le HDAC
5) CSL-NICD interagisce con MAM → reclutamento HAT

33
Q

Quali sono le molecole coinvolte nella via di Hedgehog?

A
  • Hedgehog → morfogeno che dà fenotipo ruvido, presente nei mammiferi soprattutto come “sonic”, è prodotto da un precursore che si autolisa a cui vengono aggiunti colesterolo + gruppi palmitati
  • Patched (Ptc) → è un recettore transmembrana di HH
  • Smoothed (Smo) → prot transmembrana che ha fenotipo liscio (opposto a HH)
34
Q

Cosa succede in presenza e in assenza di Hedgehog?

A
  • HH on
    1) HH lega Ptc → Ptc cambia forma → non riesce a inibire Smo
    2) Smo liberato + attivato → inibisce la fosforilazione di slimb (= slimb off)
    3) Con slimb off Cos2 + Fused vengono fosforilati (= non sequestrano CI)
    4) CI non fosforilato entra nel nucleo nella forma full lenght
    5) CI recluta HAT → attivazione dei geni
  • HH off
    1) Ptc inibisce Smo
    2) Cos2+Fused (= prot adattatrici) sequestrano CI (= TF) + lo legano ai microtubuli
    3) CI viene fosforilato + tagliato → viene privato del dominio di transattivazione
    4) CI entra nel nucleo ma non può attivare la trascr
35
Q

Qual è il ruolo biologico della via di Hedgegog?

A
  • Regionalizzazione dei tessuti embrionali → tubo neurale, mesoderma, endoderma
  • Morfogenesi cranio-facciale → HHP mutata porta a un bimbo ciclope-unicorno
  • Colesterolo → ne serve una quantità minima per la diffusione di HH
36
Q

Quali sono gli scopi dell’ipossia?

A
  • Promozione della neoangiogenesi
  • Mantenimento tessuto-specifico delle cs
  • Formazione della placenta
37
Q

Cosa sono gli HIF?

A

Cosa sono gli HIF?
= Hipoxia inducible factors
Sono dei TF che agiscono sugli O2-sensitive genes
È un dimero formato da HIF1α + HIF-1β
HIF1α in normossia viene degradato da: PHD (idrossila HIF1α) + VHL (ubiquitina HIF1α idrossilato)

38
Q

Cos’è l’effetto Warburg?

A

Cos’è l’effetto Warburg?
È un meccanismo usato dalle cellule tumorali per consumare meno O2 e più glucosio
È dato da un’attivazione costitutiva di HIF