1. Trascrizione procarioti

Question 1

Componenti della RNA pol procariota

Answer 1

2α → C- term lega il DNA
β + β’ → core catalitico a chela di granchio
ω → f. ne regolatoria incerta

Question 2

Fattore σ

Answer 2

Ne esistono vari tipi
I vari σ danno ≠ specificità al l. pol-DNA

Question 3

Le seq -10 e -35 sono dette…

Answer 3

… sequenze consenso

Question 4

Strutture dei promotori

Answer 4

Box -10 → pt di apertura dell’elica
Box -35 → seq di consenso + di l con la pol
Up element → stimola la trascrizione

Question 5

Legame pol-promotore

Answer 5

(C-term)α +σ3 – Up element
σ4 – box -35
σ2 – box -10
→ si ha l’apertura del complesso binario

Question 6

Fasi inizio trascrizione (4)

Answer 6

1) riconoscimento del DNA
2) legame con il DNA
3) melting del DNA
4) polimerizzazione

Question 7

Meccanismo inizio trascrizione

Answer 7

• RNApol + σ sul promotore
• σ1.1 si stacca da σ2 e si inserisce nel core catalitico
• σ apre i filamenti di DNA in zone ricche di T e A
• rimozione di σ
• avvio trascrizione

Question 8

Canali del core catalitico

Answer 8

Sono 3

• Canale per l’ingresso del DNA
• Canale per l’ingresso dei ribonucleotidi
• Canale per l’uscita della catena nascente di mRNA

Question 9

Comportamento di σ all’inizio della trascrizione

Answer 9

0) polimerasi appoggiata al DNA
1) legame σ-pol
2) σpol si sposta sul promotore
4) distacco di σ che viene riciclata per un nuovo ciclo

Question 10

Inizio abortivo

Answer 10

Blocco della polimerasi

Primi 8/10 nt che non riescono ad uscire dalla pol a causa della presenza di σ

Question 11

Da cosa è composto il “complesso iniziale ternario”?

Answer 11

Filamenti di:

• DNA libero +
• DNA template +
• RNA trascritto

Question 12

Che cosa può fare il “complesso di elongazione”

Answer 12

• svolgere il DNA (da trascrivere)
• riavvolgere il DNA (trascritto)
• stampare l’RNA
• agire come correttore di bozze
• separare l’ibrido DNA/mRNA

Question 13

Cos’è la bolla di trascrizione?

Answer 13

È un complesso stabilizzato da lH tra prot e a nucleico che permette il movimento della pol

Question 14

Come si muove la polimerasi?

Answer 14

0) la pol contatta l'a nucleico
          (ponte proteico disteso)
1) viene inserito un nuovo rNTP 
          (ponte proteico deformato)
2) spostamento della pol
          si ritorna al pt 0

Question 15

Correzioni

solo generalità + nomi

Answer 15

Ad opera di prot esterne alla pol

• editing pirofosfolitico
• editing idrolitico

Question 16

Editing pirofosfolitico

Answer 16

Processo veloce
nt sbagliato rimosso
+ inserimento nt giusto

Question 17

Editing idrolitico

Answer 17

Processo lento

• la pol si arresta + arretra (fino al nt sbagliato)
• delle endonucleasi rimuovono la parte di mRNA con il mismatch
• la pol ricomincia la trascrizione

Question 18

Terminazione + terminatori (solo i nomi)

Answer 18

Terminazione =

• stop aggiunta nt +
• rottura lH ibrido +
• distacco mRNA-template

La terminazione usa sia seq in cis che fattori in trans

Terminatori:

• Rho indipendenti o intrinseci
• Rho dipendenti Terminazione =
• stop aggiunta nt +
• rottura lH ibrido +
• distacco mRNA-template

La terminazione usa sia seq in cis che fattori in trans

Terminatori:

• Rho indipendenti o intrinseci
• Rho dipendenti

Question 19

Terminatori Rho indipendenti o intrinseci

Answer 19

Elem fondamentali:

• seq bipartita → struttura con simmetria bipartita, forma una forcina che dà ingombro sterico bloccando la pol
• stringa di uracili → ≡ stringa di poli A sul templeta, l U-A è un lH debole

Question 20

Terminatori Rho dipendenti

Answer 20

1) Rho lega la rut seq
2) grazie all’attività elicasica, rho:
- separa mRNA- DNAtemplate
- rincorrere la pol
3) raggiunta la pol ne induce un cambiamento conformazionale
4) rilascio mRNA + distacco di rho+pol

Question 21

Descrivi Rho

Answer 21

Rho = elicasi che riconosce la seq “rut” sull’mRNA
Ha il dominio:
N-term = RNA binding
C-term = ATPasico
Se Rho è mutata LOF non si ha una terminazione della trascr
!! Rho agisce solo sul suo cromatidio, in caso di diploide parziale la trascr termina solo dove l’allele è wt

Question 22

Regolazione con σ

dì anche gli esempi che, nb, non sono scritti

Answer 22

• controllo di [σ] (σ32)
• sequestro di σ (legato a un anti-σ) (σE)
• sintesi di σ con affinità crescente per il core enzime
  (σ28+24)
• produzione di pro-σ (σE)

Question 23

Trans/cis attivo e effettori

Answer 23

• Fattore trans attivo = prot/molec che agisce ovunqe
• Elemento cis attivo = seq di DNA che agiscono in situ
• Effettori = piccole molec extracell che agiscono in trans

Question 24

Fattori trans attivi, controllo negativo e positivo

Answer 24

• Negativo: repressore lega l’operatore impedendo alla pol di avanzare
• Positivo: attivatore lega la seq di binding, permette alla pol di legare il promotore

Question 25

Effettori, regolazione inducibile e reprimibile

Answer 25

• Inducibile: YES trascription
  l’induttore puo legare:
  ~ un attivatore → ind+att può legare il sito di binding
  (controllo positivo)
  ~ un repressore → ind+ repr si staccano dall’operatore
  (controllo negativo)
• Reprimibile: NO trascription
  il repressore può legare:
  ~ un attivatore → repr+att si staccano dal sito di binding
  (controllo positivo)
  ~ un repressore → repr+repr si attaccani all’operatore
  (controllo negativo)

Question 26

Elementi cis attivi

Answer 26

• sito di legame per l’attivatore
• promotore
• operatore

Question 27

Attenuatori

Answer 27

Sono dei terminatori intrinseci → cis attivi
Sono seguiti da una seq di poliA → stringa di poliU → lH debole
Bloccano la trascr precocemente

Question 28

Anti-terminatori

Answer 28

Fattori trans attivi che permettono di proseguire la trascr

Ribosomi → coprono le rut seq, anche quelle criptiche, impedendo uno stop trascr precoce