1. Trascrizione procarioti Flashcards
Componenti della RNA pol procariota
2α → C- term lega il DNA
β + β’ → core catalitico a chela di granchio
ω → f. ne regolatoria incerta
Fattore σ
Ne esistono vari tipi
I vari σ danno ≠ specificità al l. pol-DNA
Le seq -10 e -35 sono dette…
… sequenze consenso
Strutture dei promotori
Box -10 → pt di apertura dell’elica
Box -35 → seq di consenso + di l con la pol
Up element → stimola la trascrizione
Legame pol-promotore
(C-term)α +σ3 – Up element
σ4 – box -35
σ2 – box -10
→ si ha l’apertura del complesso binario
Fasi inizio trascrizione (4)
1) riconoscimento del DNA
2) legame con il DNA
3) melting del DNA
4) polimerizzazione
Meccanismo inizio trascrizione
- RNApol + σ sul promotore
- σ1.1 si stacca da σ2 e si inserisce nel core catalitico
- σ apre i filamenti di DNA in zone ricche di T e A
- rimozione di σ
- avvio trascrizione
Canali del core catalitico
Sono 3
- Canale per l’ingresso del DNA
- Canale per l’ingresso dei ribonucleotidi
- Canale per l’uscita della catena nascente di mRNA
Comportamento di σ all’inizio della trascrizione
0) polimerasi appoggiata al DNA
1) legame σ-pol
2) σpol si sposta sul promotore
4) distacco di σ che viene riciclata per un nuovo ciclo
Inizio abortivo
Blocco della polimerasi
Primi 8/10 nt che non riescono ad uscire dalla pol a causa della presenza di σ
Da cosa è composto il “complesso iniziale ternario”?
Filamenti di:
- DNA libero +
- DNA template +
- RNA trascritto
Che cosa può fare il “complesso di elongazione”
- svolgere il DNA (da trascrivere)
- riavvolgere il DNA (trascritto)
- stampare l’RNA
- agire come correttore di bozze
- separare l’ibrido DNA/mRNA
Cos’è la bolla di trascrizione?
È un complesso stabilizzato da lH tra prot e a nucleico che permette il movimento della pol
Come si muove la polimerasi?
0) la pol contatta l'a nucleico
(ponte proteico disteso)
1) viene inserito un nuovo rNTP
(ponte proteico deformato)
2) spostamento della pol
si ritorna al pt 0Correzioni
solo generalità + nomi
Ad opera di prot esterne alla pol
- editing pirofosfolitico
- editing idrolitico
Editing pirofosfolitico
Processo veloce
nt sbagliato rimosso
+ inserimento nt giusto
Editing idrolitico
Processo lento
- la pol si arresta + arretra (fino al nt sbagliato)
- delle endonucleasi rimuovono la parte di mRNA con il mismatch
- la pol ricomincia la trascrizione
Terminazione + terminatori (solo i nomi)
Terminazione =
- stop aggiunta nt +
- rottura lH ibrido +
- distacco mRNA-template
La terminazione usa sia seq in cis che fattori in trans
Terminatori:
- Rho indipendenti o intrinseci
- Rho dipendenti Terminazione =
- stop aggiunta nt +
- rottura lH ibrido +
- distacco mRNA-template
La terminazione usa sia seq in cis che fattori in trans
Terminatori:
- Rho indipendenti o intrinseci
- Rho dipendenti
Terminatori Rho indipendenti o intrinseci
Elem fondamentali:
- seq bipartita → struttura con simmetria bipartita, forma una forcina che dà ingombro sterico bloccando la pol
- stringa di uracili → ≡ stringa di poli A sul templeta, l U-A è un lH debole
Terminatori Rho dipendenti
1) Rho lega la rut seq
2) grazie all’attività elicasica, rho:
- separa mRNA- DNAtemplate
- rincorrere la pol
3) raggiunta la pol ne induce un cambiamento conformazionale
4) rilascio mRNA + distacco di rho+pol
Descrivi Rho
Rho = elicasi che riconosce la seq “rut” sull’mRNA
Ha il dominio:
N-term = RNA binding
C-term = ATPasico
Se Rho è mutata LOF non si ha una terminazione della trascr
!! Rho agisce solo sul suo cromatidio, in caso di diploide parziale la trascr termina solo dove l’allele è wt
Regolazione con σ
dì anche gli esempi che, nb, non sono scritti
- controllo di [σ] (σ32)
- sequestro di σ (legato a un anti-σ) (σE)
- sintesi di σ con affinità crescente per il core enzime
(σ28+24) - produzione di pro-σ (σE)
Trans/cis attivo e effettori
- Fattore trans attivo = prot/molec che agisce ovunqe
- Elemento cis attivo = seq di DNA che agiscono in situ
- Effettori = piccole molec extracell che agiscono in trans
Fattori trans attivi, controllo negativo e positivo
- Negativo: repressore lega l’operatore impedendo alla pol di avanzare
- Positivo: attivatore lega la seq di binding, permette alla pol di legare il promotore
