6- Maladies pédiatriques rares Flashcards
Qu’est-ce qu’une maladie rare ?
Une maladie qui touche moins de 1 personne sur 2000
environ combien de maladies rare sont répertoriées ?
7000
Quelle proportion de maladies rares touchent les enfants?
3/4
Quelle est la proportion des maladies rares d’origine génétique ?
80%
Quelle maladie a été la première maladie héréditaire importante pour laquelle nous avons trouvé le gène causal?
la fibrose kystique
Quels sont les défis principaux des patients atteints de maladies rares ?
- Retard de diagnostic
- Manque de traitement
- Soutien limité
- Impact social et financier
Pourquoi est-ce que les compagnies pharmaceutiques ne veulent pas faire de recherche pour développer des médicaments pour les maladies rares?
Parce que le marché est trop restreint pour justifier les couts et avoir un retour sur leurs investissements
Quel est l’objectif principal de PRISMES?
Identifier les causes génétiques des maladies rares et comprendre leurs mécanismes moléculaires.
Quelles 4 étapes suivent le séquençage de l’exome dans PRISMES ?
- Analyse bio-informatique
- Interprétation des variants
- Tests fonctionnels
- Confirmation des résultats
Quels types de mutations génétiques peuvent être identifiés dans le cadre de PRISMES ?
- Mutations ponctuelles
- Indels
- Mutations d’épissage
- Mutations régulatrices
- Expansions répétitives
Quels sont les 5 types de transmission des mutations ?
- Autosomique dominante
- Autosomique récessive
- Dominante liée à l’X
- Récessive liée à l’X
- Mitochondriale
Que permet l’analyse du caryotype ? Il évalue quoi?
l’examen de l’ensemble des chromosomes d’une cellule du patient à partir d’une vue microscopique, il évalue le nombre et la structure des chromosomes
Définir l’analyse CGH?
Analyse comparant le génome du patient à un génome de référence, identifie les différences entre les 2 génomes, et donc localise les régions de déséquilibre génomique chez le patient
Qu’est ce qu’une mutation ponctuelle silencieuse?
mutation dans laquelle un nucléotide est changé mais l’acide aminé ne change pas
Définir mutation non-sens
un nucléotide est changé et induit le changement de l’acide aminé en codon stop
Définir mutation faux-sens
Un nucléotide est changé et induit le changement de l’Acide aminé
Quels sont les 2 niveaux de vérification de la longeur d’une protéine?
- ARNm avec codon stop pre-mature sont dégradés
- si la protéine tronquée est synthétisée, elle sera la plupart du temps dégradée dans le reticulum endoblastique avant d’être livrée à la membrane
Quels outils sont utilisés pour l’analyse des variants génétiques dans PRISMES ?
Des outils bio-informatiques tels que dbSNP et gnomAD
vrai ou faux: les insertions/délétions peuvent seulement arriver avec décalage de cadre de lecture
faux ils peuvent aussi arriver sans décalage de cadre de lecture
une mutation ponctuelle splicing qui créer un nouveau site de splicing a quel effet sur l’ARN? une abolition d’un site?
création: perd un bout de l’ADN qui est supposé être codé
abolition: garde une region d’un intron qui n’est pas supposée être présente dans l’ARN
Quel est l’effet d’une mutation ponctuelle régulatrice?
augmentation ou diminution de l’expression d’un certain gène
Par quoi est causée une mutation d’expansion répétitive instable ?
un mécanisme appelé le slippage durant la réplication et/ou réparation de l’ADN
Les expansions répétitives instables causent la plupart du temps quelle sorte de maladie?
maladie neurodégénérative
Quelle est l’importance des analyses complémentaires après le séquençage ?
Confirmer les résultats et effectuer des tests fonctionnels pour valider l’impact des mutations identifiées.
Quelles sont les 5 façons que les mutations peuvent être sur un allele ?
- wild type: pas de mutation
- heterozygote: une mutation sur un allele
- homozygote: une meme mutation sur les deux alleles
- compound heterozygote (in trans): 2 différentes mutations sur les deux allèles du meme gene
- compound heterozygote (in cis): 2 différentes mutations mais sur le meme allele
Qu’est-ce que la transmission mitochondriale et qui peut la transmettre ?
Elle est transmise par la mère, car l’ADN mitochondrial est hérité maternellement.
Quel est le risque le l’enfant soit malade si on a une mutation autosomique dominante?
50%
Quel est le risque que l’enfant soit malade si on a une mutation autosomique récessive ?
25% MAIS les deux parents doivent avoir une mutation du meme gene
Si le père a une mutation dominante liée à l’allele X, quelles sont les chances que son gars ou sa fille soit malade?
gars: 0%
Fille: 100%
Si la mère a une mutation récessive liée à l’X, quels sont les chances que son gars ou sa fille soit malade?
Gars: 50%
Fille: 0% MAIS elle a 50% d’être conductrice
Pourquoi est-ce qu’une fille a 100% de chance d’être conductrice d’une mutation récessive lié à l’X venant de son père?
Parce-que son père a seulement un X a lui donner
Définir mutation de novo
mutation récente qui s’est produite dans une cellules sexuelle d’un des 2 parents
vrai ou faux: lors d’une mutation de novo le parent est toujours affecté par la mutation
Faux le parent est jamais affecté puisque c’est une maladie produite dans les cellules sexuelles du parent
Pourquoi est-ce que toutes les mitochondries d’un individu lui viennent de sa mere?
parce-qu’il n’y a pas de cytoplasme dans un spermatozoide donc ils ne peuvent pas être transmise à l’enfant
De quoi dépend la sévérité d’une maladie transmise par les mitochondries?
De la proportion de mitochondries d’un individu dans lesquelles le gène impliqué est muté
Quelles sont les 7 étapes de la méthodologie du projet prismes?
- Recrutement de patients
- Prélevement
- Traitement des échantillons pour une bio-banque
- Séquencage de l’exome
- Analyze des variants
- Analyse complémentaires
- Divulgation des résultats aux familles
Quels sont les critères d’inclusion pour le recrutement de patients?
- Patient vivant et membres apparentés biologiques atteints ou non
- Clientele pédiatrique est priorisée mais des jeunes adultes peuvent être recrutés
- Avoir obtenu un diagnostic de pathologie: neurodegenerative, neuromusculaire, syndrome polymalformatifs ou métaboliques
- Ne pas avoir obtenu l’identification de la cause de la maladie
- Avoir été identifié comme participant potentiel par le médecin responsable
Quelles sont les 4 sortes d’échantillons biologiques qui peuvent être prélevées et que pouvons nous faire avec ?
- Sang: extraction ADN, backup, immortalization des cellules B
- Urine: Extraction proteines
- Salive: extraction ADN
- Biopsie: ADN-ARN-protéines
Quels sont les trois échantillons crées avec l’extraction d’ADN?
un echantillon pour le NGS, un backup, et un stock
Quelles sont les 4 étapes à l’immortalisation de lymphocytes B?
- Isole les globules blancs
- On les infecte avec le virus Epstein-barr ce qui tue toutes sauf les cellules B, qui sont immortalisées
- On les mets en culture
- On les congèle à l’azote liquide
Pourquoi est-ce qu’on séquence seulement l’exome? pourquoi pas le génome?
Parce que le génome est beaucoup trop grand, si on le séquence tout on pourrait manquer une mutation présent dans l’exome qui est la partie la plus importante puisque les exons sont ceux qui sont codants
Pourquoi est-ce que on reconfirme la présence du variant par séquence Sanger?
pour s’assurer que le variant est bel et bien présent, Sanger séquence juste des petites parties il est donc plus précis
Pourquoi est-ce qu’on utilise le logiciel RedCap?
Parce que le logiciel peut contenir tout les données du projet du recrutement jusqu’au trouvailles
Dans le Cas-1 l’examen clinique du petit gars de 6 ans a démontré quoi?Quels étaient ses symptomes?
une atrophie musculaire généralisée, retard moteur durant sa première année de développement, a partir de 6 ans il ne pouvait pas courir, sauter et il avait des difficultés à monter les marches
Les parents du cas-1 étaient co-sanguin à quel niveau? ça laisse suspecter quelle sorte de transmission?
Leurs grand-mères étaient des soeurs donc une transmission autosomale
Dans le cas-1 qu’est-ce qu’ils ont trouvé dans la biopsie?
présence de corps de némaline en forme de bâtonnets indicatifs de myopathie à némaline
Qu’est-ce qu’il a été trouvée après le séquencage de l’exome du cas-1?
une nouvelle mutation homozygote dans l’intron 144 du gène de la nébuline
Des mutations dans le gène de la nébuline-NEB ont été associées à quoi?
à des myopathies à némaline
Où est principalement exprimée la nébuline.
muscle squelettique
Quels sont les 3 roles de la nébuline?
- Réguler la longueur des filaments d’actine
- Interaction actine-myosine-régulation
- Contractions musculaires
vrai ou faux: la nébuline est une des plus grosses protéines des vertébrés
vrai
Quels exons de la nébuline n’ont jamais été retrouvés dans le même transcrit?
143 et 144
Le gène de la nébuline est retrouvé sur quel chromosome?
2
La substraction dans l’intron du cas-1 pourrait créer quoi?
un nouveau site d’epissage qui afffectrait l’epissage naturel
Le nouveau site d’épissage dans le cas-1 a quoi comme répercussion?
la cellule a autant de probabilité de couper lui que le site original ce qui pourrait affecter le niveau des isoformes ainsi que leurs fonctions
L’ajout des 118 paires de base lorsque le nouveau site d’epissage du cas-1 est choisi cause quoi au niveau de l’ADN?
un décalage du cadre de lecture changeant ainsi la séquence d’acides aminés pour introduire un codon stop prématuré, ces ARNms sont dégradés et très peu de clones sont détectés
Les deux patients vivant du cas-2 présentaient quels phenotype?
- microcéphalie
- retard du développement
- crises d’épilepsie
- myeline anormale
- etc.
La mutation du cas-2 était retrouvée dans quel gène?
pyridoxal phosphate binding protein
À quoi est associée une déficience dans la PLPBP ?
épilepsie précoce dépendante à la vitamine B6
Quel était l’antécédent des 2 patients du cas-2 ?
Leurs mères avaient pris des suppléments prénataux contenant de haute dose de pyridoxine
Quelle était la mutation observée dans le cas-2? ça donnerait une protéine comment?
une délétion des nucléotides 370-373 (GACA), une protéine tronquée de 124 AA au lieu de 285
