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SBM-3002 Médecine moléculaire (Champ 2) > 6- Maladies pédiatriques rares > Flashcards

6- Maladies pédiatriques rares Flashcards

1
Q

Qu’est-ce qu’une maladie rare ?

A

Une maladie qui touche moins de 1 personne sur 2000

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2
Q

environ combien de maladies rare sont répertoriées ?

A

7000

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3
Q

Quelle proportion de maladies rares touchent les enfants?

A

3/4

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4
Q

Quelle est la proportion des maladies rares d’origine génétique ?

A

80%

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5
Q

Quelle maladie a été la première maladie héréditaire importante pour laquelle nous avons trouvé le gène causal?

A

la fibrose kystique

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6
Q

Quels sont les défis principaux des patients atteints de maladies rares ?

A
  • Retard de diagnostic
  • Manque de traitement
  • Soutien limité
  • Impact social et financier
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7
Q

Pourquoi est-ce que les compagnies pharmaceutiques ne veulent pas faire de recherche pour développer des médicaments pour les maladies rares?

A

Parce que le marché est trop restreint pour justifier les couts et avoir un retour sur leurs investissements

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8
Q

Quel est l’objectif principal de PRISMES?

A

Identifier les causes génétiques des maladies rares et comprendre leurs mécanismes moléculaires.

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9
Q

Quelles 4 étapes suivent le séquençage de l’exome dans PRISMES ?

A
  • Analyse bio-informatique
  • Interprétation des variants
  • Tests fonctionnels
  • Confirmation des résultats
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10
Q

Quels types de mutations génétiques peuvent être identifiés dans le cadre de PRISMES ?

A
  • Mutations ponctuelles
  • Indels
  • Mutations d’épissage
  • Mutations régulatrices
  • Expansions répétitives
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11
Q

Quels sont les 5 types de transmission des mutations ?

A
  • Autosomique dominante
  • Autosomique récessive
  • Dominante liée à l’X
  • Récessive liée à l’X
  • Mitochondriale
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12
Q

Que permet l’analyse du caryotype ? Il évalue quoi?

A

l’examen de l’ensemble des chromosomes d’une cellule du patient à partir d’une vue microscopique, il évalue le nombre et la structure des chromosomes

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13
Q

Définir l’analyse CGH?

A

Analyse comparant le génome du patient à un génome de référence, identifie les différences entre les 2 génomes, et donc localise les régions de déséquilibre génomique chez le patient

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14
Q

Qu’est ce qu’une mutation ponctuelle silencieuse?

A

mutation dans laquelle un nucléotide est changé mais l’acide aminé ne change pas

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15
Q

Définir mutation non-sens

A

un nucléotide est changé et induit le changement de l’acide aminé en codon stop

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16
Q

Définir mutation faux-sens

A

Un nucléotide est changé et induit le changement de l’Acide aminé

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17
Q

Quels sont les 2 niveaux de vérification de la longeur d’une protéine?

A
  1. ARNm avec codon stop pre-mature sont dégradés
  2. si la protéine tronquée est synthétisée, elle sera la plupart du temps dégradée dans le reticulum endoblastique avant d’être livrée à la membrane
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18
Q

Quels outils sont utilisés pour l’analyse des variants génétiques dans PRISMES ?

A

Des outils bio-informatiques tels que dbSNP et gnomAD

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19
Q

vrai ou faux: les insertions/délétions peuvent seulement arriver avec décalage de cadre de lecture

A

faux ils peuvent aussi arriver sans décalage de cadre de lecture

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20
Q

une mutation ponctuelle splicing qui créer un nouveau site de splicing a quel effet sur l’ARN? une abolition d’un site?

A

création: perd un bout de l’ADN qui est supposé être codé
abolition: garde une region d’un intron qui n’est pas supposée être présente dans l’ARN

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21
Q

Quel est l’effet d’une mutation ponctuelle régulatrice?

A

augmentation ou diminution de l’expression d’un certain gène

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22
Q

Par quoi est causée une mutation d’expansion répétitive instable ?

A

un mécanisme appelé le slippage durant la réplication et/ou réparation de l’ADN

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23
Q

Les expansions répétitives instables causent la plupart du temps quelle sorte de maladie?

A

maladie neurodégénérative

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24
Q

Quelle est l’importance des analyses complémentaires après le séquençage ?

A

Confirmer les résultats et effectuer des tests fonctionnels pour valider l’impact des mutations identifiées.

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25
Q

Quelles sont les 5 façons que les mutations peuvent être sur un allele ?

A
  • wild type: pas de mutation
  • heterozygote: une mutation sur un allele
  • homozygote: une meme mutation sur les deux alleles
  • compound heterozygote (in trans): 2 différentes mutations sur les deux allèles du meme gene
  • compound heterozygote (in cis): 2 différentes mutations mais sur le meme allele
26
Q

Qu’est-ce que la transmission mitochondriale et qui peut la transmettre ?

A

Elle est transmise par la mère, car l’ADN mitochondrial est hérité maternellement.

27
Q

Quel est le risque le l’enfant soit malade si on a une mutation autosomique dominante?

A

50%

28
Q

Quel est le risque que l’enfant soit malade si on a une mutation autosomique récessive ?

A

25% MAIS les deux parents doivent avoir une mutation du meme gene

29
Q

Si le père a une mutation dominante liée à l’allele X, quelles sont les chances que son gars ou sa fille soit malade?

A

gars: 0%
Fille: 100%

30
Q

Si la mère a une mutation récessive liée à l’X, quels sont les chances que son gars ou sa fille soit malade?

A

Gars: 50%
Fille: 0% MAIS elle a 50% d’être conductrice

31
Q

Pourquoi est-ce qu’une fille a 100% de chance d’être conductrice d’une mutation récessive lié à l’X venant de son père?

A

Parce-que son père a seulement un X a lui donner

32
Q

Définir mutation de novo

A

mutation récente qui s’est produite dans une cellules sexuelle d’un des 2 parents

33
Q

vrai ou faux: lors d’une mutation de novo le parent est toujours affecté par la mutation

A

Faux le parent est jamais affecté puisque c’est une maladie produite dans les cellules sexuelles du parent

34
Q

Pourquoi est-ce que toutes les mitochondries d’un individu lui viennent de sa mere?

A

parce-qu’il n’y a pas de cytoplasme dans un spermatozoide donc ils ne peuvent pas être transmise à l’enfant

35
Q

De quoi dépend la sévérité d’une maladie transmise par les mitochondries?

A

De la proportion de mitochondries d’un individu dans lesquelles le gène impliqué est muté

36
Q

Quelles sont les 7 étapes de la méthodologie du projet prismes?

A
  1. Recrutement de patients
  2. Prélevement
  3. Traitement des échantillons pour une bio-banque
  4. Séquencage de l’exome
  5. Analyze des variants
  6. Analyse complémentaires
  7. Divulgation des résultats aux familles
37
Q

Quels sont les critères d’inclusion pour le recrutement de patients?

A
  • Patient vivant et membres apparentés biologiques atteints ou non
  • Clientele pédiatrique est priorisée mais des jeunes adultes peuvent être recrutés
  • Avoir obtenu un diagnostic de pathologie: neurodegenerative, neuromusculaire, syndrome polymalformatifs ou métaboliques
  • Ne pas avoir obtenu l’identification de la cause de la maladie
  • Avoir été identifié comme participant potentiel par le médecin responsable
38
Q

Quelles sont les 4 sortes d’échantillons biologiques qui peuvent être prélevées et que pouvons nous faire avec ?

A
  • Sang: extraction ADN, backup, immortalization des cellules B
  • Urine: Extraction proteines
  • Salive: extraction ADN
  • Biopsie: ADN-ARN-protéines
39
Q

Quels sont les trois échantillons crées avec l’extraction d’ADN?

A

un echantillon pour le NGS, un backup, et un stock

40
Q

Quelles sont les 4 étapes à l’immortalisation de lymphocytes B?

A
  1. Isole les globules blancs
  2. On les infecte avec le virus Epstein-barr ce qui tue toutes sauf les cellules B, qui sont immortalisées
  3. On les mets en culture
  4. On les congèle à l’azote liquide
41
Q

Pourquoi est-ce qu’on séquence seulement l’exome? pourquoi pas le génome?

A

Parce que le génome est beaucoup trop grand, si on le séquence tout on pourrait manquer une mutation présent dans l’exome qui est la partie la plus importante puisque les exons sont ceux qui sont codants

42
Q

Pourquoi est-ce que on reconfirme la présence du variant par séquence Sanger?

A

pour s’assurer que le variant est bel et bien présent, Sanger séquence juste des petites parties il est donc plus précis

43
Q

Pourquoi est-ce qu’on utilise le logiciel RedCap?

A

Parce que le logiciel peut contenir tout les données du projet du recrutement jusqu’au trouvailles

44
Q

Dans le Cas-1 l’examen clinique du petit gars de 6 ans a démontré quoi?Quels étaient ses symptomes?

A

une atrophie musculaire généralisée, retard moteur durant sa première année de développement, a partir de 6 ans il ne pouvait pas courir, sauter et il avait des difficultés à monter les marches

45
Q

Les parents du cas-1 étaient co-sanguin à quel niveau? ça laisse suspecter quelle sorte de transmission?

A

Leurs grand-mères étaient des soeurs donc une transmission autosomale

46
Q

Dans le cas-1 qu’est-ce qu’ils ont trouvé dans la biopsie?

A

présence de corps de némaline en forme de bâtonnets indicatifs de myopathie à némaline

47
Q

Qu’est-ce qu’il a été trouvée après le séquencage de l’exome du cas-1?

A

une nouvelle mutation homozygote dans l’intron 144 du gène de la nébuline

48
Q

Des mutations dans le gène de la nébuline-NEB ont été associées à quoi?

A

à des myopathies à némaline

49
Q

Où est principalement exprimée la nébuline.

A

muscle squelettique

50
Q

Quels sont les 3 roles de la nébuline?

A
  • Réguler la longueur des filaments d’actine
  • Interaction actine-myosine-régulation
  • Contractions musculaires
51
Q

vrai ou faux: la nébuline est une des plus grosses protéines des vertébrés

A

vrai

52
Q

Quels exons de la nébuline n’ont jamais été retrouvés dans le même transcrit?

A

143 et 144

53
Q

Le gène de la nébuline est retrouvé sur quel chromosome?

A

2

54
Q

La substraction dans l’intron du cas-1 pourrait créer quoi?

A

un nouveau site d’epissage qui afffectrait l’epissage naturel

55
Q

Le nouveau site d’épissage dans le cas-1 a quoi comme répercussion?

A

la cellule a autant de probabilité de couper lui que le site original ce qui pourrait affecter le niveau des isoformes ainsi que leurs fonctions

56
Q

L’ajout des 118 paires de base lorsque le nouveau site d’epissage du cas-1 est choisi cause quoi au niveau de l’ADN?

A

un décalage du cadre de lecture changeant ainsi la séquence d’acides aminés pour introduire un codon stop prématuré, ces ARNms sont dégradés et très peu de clones sont détectés

57
Q

Les deux patients vivant du cas-2 présentaient quels phenotype?

A
  • microcéphalie
  • retard du développement
  • crises d’épilepsie
  • myeline anormale
  • etc.
58
Q

La mutation du cas-2 était retrouvée dans quel gène?

A

pyridoxal phosphate binding protein

59
Q

À quoi est associée une déficience dans la PLPBP ?

A

épilepsie précoce dépendante à la vitamine B6

60
Q

Quel était l’antécédent des 2 patients du cas-2 ?

A

Leurs mères avaient pris des suppléments prénataux contenant de haute dose de pyridoxine

61
Q

Quelle était la mutation observée dans le cas-2? ça donnerait une protéine comment?

A

une délétion des nucléotides 370-373 (GACA), une protéine tronquée de 124 AA au lieu de 285

SBM-3002 Médecine moléculaire (Champ 2) (7 decks)

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