5- Intro à la protéomique

Question 1

Qu’est-ce que la protéomique ?

Answer 1

L’étude à grande échelle des protéines, incluant leur structure, fonction et interactions.

Question 2

Quelle est la différence entre le génome et le protéome ?

Answer 2

Le génome est constant, tandis que le protéome varie selon les types cellulaires et les conditions environnementales.

Question 3

Pourquoi la corrélation entre l’ARNm et le niveau des protéines est-elle imparfaite ?

Answer 3

En raison des régulations post-transcriptionnelles et traductionnelles, ainsi que des modifications post-traductionnelles.

Question 4

Quels types de modifications post-traductionnelles (PTMs) existent (5) ?

Answer 4

• Phosphorylation
• Ubiquitination
• Acétylation
  -Méthylation
• Glycosylation
  etc.

Question 5

Quels sont les 2 types d’ionisation utilisés en spectrométrie de masse ?

Answer 5

• ESI (ElectroSpray Ionization)
• MALDI (Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization).

Question 6

De quoi provient la complexité du protéome ?

Answer 6

• Expressions différentes
• Stabilité
• Modifications post-traductionelles

Question 7

Que mesure le spectromètre de masse ?

Answer 7

Le ratio masse/charge

Question 8

Comment est-ce que la méthode MALDI fonctionne?

Answer 8

LE laser frappe la matrice dans lequel l’échantillon est, et c’Est la matrice qui va ioniser l’échantillon et le transformer en phase gazeuse, ceci est utiliser pour éviter de fragmenté ou décomposé l’échantillon

Question 9

Quels sont les 2 fragments peptidiques utilisés pour identifier des séquences en MS/MS ?

Answer 9

Ions b/y et c/z

Question 10

Lors de la fragmentation d’un échantillon pour déterminer sa séquence peptidique, qu’est-ce qui est utilisé pour déduire quels acides aminés sont présents?

Answer 10

La difference de masse entre les pics

Question 11

Quels sont les deux types d’analyse MS utilisés en protéomique?

Answer 11

• Méthode top-down
• Méthode bottom-up

Question 12

Quelles sont les 7 grandes étapes de la méthode Bottom-up des analyses de MS?

Answer 12

1. Préparation de l’échantillon
2. Séparation des peptides par chromatographie
3. Ionisation
4. Analyse de la masse du précurseur
5. Fragmentation
6. Analyse de la masse des fragments (MS/MS)
7. Recherche dans les bases de données

Question 13

Quels sont les 4 types d’information générés par les MS?

Answer 13

• M/Z du peptide non-fragmenté
• M/Z des séquences peptidiques (Fragments)
• Spectral count
• Peak area

Question 14

Quelle est la sequence covered lorsqu’on obtient les résultats d’un échantillon?

Answer 14

Proportion en % de la protéine pour laquelle nous avons des données provenant de l’analyse de MS

Question 15

Quelles sont les 4 analyses quantitatives faisables par spectrométrie de masse?

Answer 15

• Full scan MS/MS
• MRM
• PRM
• DIA

Question 16

Quelle sorte de quantification faite par MS est surtout utilisée en recherche?

Answer 16

Quantification relative

Question 17

Quelle est la différence entre les résultats obtenus d’une quantification absolue et relative?

Answer 17

absolue: obtien ng/ul
relative: donne des proportions

Question 18

Comment fonctionne la méthode de quantification absolue AQUA?

Answer 18

Un nombre connu de peptides marqués avec des isotopes stables sont mélangés avec l’échantillon. La mesure de peptides de notre échantillon est obtenue en comparant l’intensité de son pic à celui des peptides dont on connait la quantité

Question 19

Comment fonctionne la méthode de quantification relative Tandem mass tag?

Answer 19

Plusieurs peptides sont étiquetés avec un étiquette chimique isobaric qui varie entre chaque échantillon, ces étiquettes chimiques sont désignés pour relâcher un ion rapporteur lorsqu’il est fragmenté dans le MS, le ratio observé de cette molécule rapporteuse représente l’abondance relative de la molécule taguée

Question 20

Quelle est la définition de la protonique fonctionnelle ?

Answer 20

Une approche qui cherche à définir les mécanismes cellulaires au niveau moléculaire

Question 21

Quelles sont les 2 techniques permettant d’identifier des protéines proches d’une cible sans interaction directe ?

Answer 21

BioID et APEX

Question 22

Quelles applications cliniques à la protéomique ?

Answer 22

Identification de biomarqueurs, analyse de modifications post-traductionnelles, et détection de pathogènes via la MS.

Question 23

Qu’est-ce que l’AP-MS et pourquoi est-elle utilisée ?

Answer 23

La spectrométrie de masse par purification d’affinité, utilisée pour identifier les interactions protéine-protéine.

Question 24

Comment fonctionne la purification d’affinité couplée au MS?

Answer 24

Nous avons une protéine (dont nous voulons voir ses interactions) qui est étiquetée avec une molécule rapporteuse servant d’apât. Elle est immobilisée dans une matrice où est-ce qu’on passe un mix de protéines par dessus. Elle lie et attrape toutes les protéines avec qui elle interagit. Ensuite, ces protéines capturées sont purifiées et identifiées grace à la MS

Question 25

La biotinylation de proximité est une approche qui permet l’identification de quoi?

Answer 25

Des protéines d’interaction et des protéines à proximité de la protéine d’intérêt

Question 26

Quel est l’avantage de la biotinylation de proximité?

Answer 26

Cette approche ne nécessite pas la préservation des interactions durant la procédure

Question 27

Nommez un exemple de comment nous pouvons utiliser la protéomique en clinique

Answer 27

Utiliser le MS pour identifier un taux anormal de biomarqueurs signalant un problème

Question 28

Qu’est-ce que la quantification absolue en protéomique ?

Answer 28

Mesure directe de la quantité de protéines, comme avec les méthodes AQUA et iBAQ.

Question 29

En quoi consiste la quantification relative en protéomique ?

Answer 29

Comparaison de l’abondance des protéines entre échantillons, via des méthodes comme SILAC et TMT labelling.

Question 30

Quels sont les défis de la protéomique ?

Answer 30

Coût élevé, complexité des analyses, besoin de bio-informatique pour l’analyse des données.