5- Intro à la protéomique Flashcards
Qu’est-ce que la protéomique ?
L’étude à grande échelle des protéines, incluant leur structure, fonction et interactions.
Quelle est la différence entre le génome et le protéome ?
Le génome est constant, tandis que le protéome varie selon les types cellulaires et les conditions environnementales.
Pourquoi la corrélation entre l’ARNm et le niveau des protéines est-elle imparfaite ?
En raison des régulations post-transcriptionnelles et traductionnelles, ainsi que des modifications post-traductionnelles.
Quels types de modifications post-traductionnelles (PTMs) existent (5) ?
- Phosphorylation
- Ubiquitination
- Acétylation
-Méthylation - Glycosylation
etc.
Quels sont les 2 types d’ionisation utilisés en spectrométrie de masse ?
- ESI (ElectroSpray Ionization)
- MALDI (Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization).
De quoi provient la complexité du protéome ?
- Expressions différentes
- Stabilité
- Modifications post-traductionelles
Que mesure le spectromètre de masse ?
Le ratio masse/charge
Comment fonctionne la méthode MALDI ?
Le laser frappe la matrice dans lequel l’échantillon est et va ioniser l’échantillon et le transformer en phase gazeuse. La méthode est utilisée pour éviter de fragmenter ou décomposer l’échantillon
Quels sont les 2 fragments peptidiques utilisés pour identifier des séquences en MS/MS ?
Ions b/y et c/z
Lors de la fragmentation d’un échantillon pour déterminer sa séquence peptidique, qu’est-ce qui est utilisé pour déduire quels acides aminés sont présents?
La difference de masse entre les pics
Quels sont les deux types d’analyse MS utilisés en protéomique?
- Méthode top-down
- Méthode bottom-up
Quelles sont les 7 grandes étapes de la méthode Bottom-up des analyses de MS?
- Préparation de l’échantillon
- Séparation des peptides par chromatographie
- Ionisation
- Analyse de la masse du précurseur
- Fragmentation
- Analyse de la masse des fragments (MS/MS)
- Recherche dans les bases de données
Quels sont les 4 types d’information générés par les MS?
- M/Z du peptide non-fragmenté
- M/Z des séquences peptidiques (Fragments)
- Spectral count
- Peak area
Quelle est la sequence covered lorsqu’on obtient les résultats d’un échantillon?
Proportion en % de la protéine pour laquelle nous avons des données provenant de l’analyse de MS
Quelles sont les 4 analyses quantitatives faisables par spectrométrie de masse?
- Full scan MS/MS
- MRM
- PRM
- DIA
Quelle sorte de quantification faite par MS est surtout utilisée en recherche?
Quantification relative
Quelle est la différence entre les résultats obtenus d’une quantification absolue et relative?
absolue: obtien ng/ul
relative: donne des proportions
Comment fonctionne la méthode de quantification absolue AQUA?
Un nombre connu de peptides marqués avec des isotopes stables sont mélangés avec l’échantillon. La mesure de peptides de notre échantillon est obtenue en comparant l’intensité de son pic à celui des peptides dont on connait la quantité
Comment fonctionne la méthode de quantification relative Tandem mass tag?
Plusieurs peptides sont étiquetés avec un étiquette chimique isobaric qui varie entre chaque échantillon, ces étiquettes chimiques sont désignés pour relâcher un ion rapporteur lorsqu’il est fragmenté dans le MS, le ratio observé de cette molécule rapporteuse représente l’abondance relative de la molécule taguée
Quelle est la définition de la protonique fonctionnelle ?
Une approche qui cherche à définir les mécanismes cellulaires au niveau moléculaire
Quelles sont les 2 techniques permettant d’identifier des protéines proches d’une cible sans interaction directe ?
BioID et APEX
Quelles sont les applications cliniques à la protéomique ?
Identification de biomarqueurs, analyse de modifications post-traductionnelles, et détection de pathogènes via la MS.
Qu’est-ce que l’AP-MS et pourquoi est-elle utilisée ?
La spectrométrie de masse par purification d’affinité, utilisée pour identifier les interactions protéine-protéine.
Comment fonctionne la purification d’affinité couplée au MS?
Nous avons une protéine (dont nous voulons voir ses interactions) qui est étiquetée avec une molécule rapporteuse servant d’apât. Elle est immobilisée dans une matrice où est-ce qu’on passe un mix de protéines par dessus. Elle lie et attrape toutes les protéines avec qui elle interagit. Ensuite, ces protéines capturées sont purifiées et identifiées grace à la MS
La biotinylation de proximité est une approche qui permet l’identification de quoi?
Des protéines d’interaction et des protéines à proximité de la protéine d’intérêt
Quel est l’avantage de la biotinylation de proximité?
Cette approche ne nécessite pas la préservation des interactions durant la procédure
Nommez un exemple de comment nous pouvons utiliser la protéomique en clinique
Utiliser le MS pour identifier un taux anormal de biomarqueurs signalant un problème
Qu’est-ce que la quantification absolue en protéomique ?
Mesure directe de la quantité de protéines, comme avec les méthodes AQUA et iBAQ.
En quoi consiste la quantification relative en protéomique ?
Comparaison de l’abondance des protéines entre échantillons, via des méthodes comme SILAC et TMT labelling.
Quels sont les défis de la protéomique ?
Coût élevé, complexité des analyses, besoin de bio-informatique pour l’analyse des données.
