1- Diagnostic moléculaire Flashcards
Les analyses du laboratoire de diagnostic moléculaire sont basées sur quelle technique?
technique d’amplification des acides nucléiques par PCR
Le diagnostic moléculaire est l’interrogation du matériel génétique présent dans un échantillon biologique pour:
- évaluer la prédisposition de développer une maladie génétique
- identifier le Type de tumeur et cancer
- évaluer pronostic pour un cancer
- identifier le meilleur traitement pour une tumeur
- suivre l’évolution du TRT et identifier les rechutes
- determiner la présence d’un pathogene
Quels sont les types d’outils disponible en diagnostic moléculaire?
- PCR (conventionnel et en temps réel)
- FISH et caryotype
- Séquencage
Quelle est la majeure différence entre le PCR conventionnelle et en temps réel?
le PCR en temps réel est quantitatif
Quelle sorte de PCR peut apporter des informations sur la présence de mutations?
PCR en temps réel
Quelles sont les 4 grandes étapes du PCR en temps réel?
- Des primers et une probe sont mis ensemble dans le tube (Lorsque quencher et rapporteur sont sur le probe ensemble aucune fluorescence est émise)
- Les brins d’ADN sont allongés après les primers
- Lorsque le brin s’approche du probe, la polymerase clive le probe libérant la molécule rapporteuse ce qui émet de la fluorescence
- Fluorescence est émise et prise en note pour faire une courbe
Comment est-ce que le FISH et le caryotype fonctionnent-ils?
FISH: chromosomes sont exposés a une molécule d’ADN qui est liée avec une molécule fluorescente (Probe), Lorsque le probe se lie il émet de la fluorescence nous démontrant que la séquence d’ADN est présente
Caryotype: regarde l’apparence des chromosomes voir s’ils sont normaux
Pourquoi est-ce qu’il serait mieux d’utiliser un PCR à la place du FISH ou caryotype lorsqu’on est à la recherche d’une mutation précise?
Parce-que le PCR est plus sensible, s’il ya 1/100000 qui ont la mutation on va être capable de l’observer en raison de l’amplification whereas avec le fish ou le caryotype il faudrait passer chaque cellule une après l’autre pour l’observer
Quelles sont les 6 étapes pré-analytiques du diagnostic moléculaire?
- obtient specimen
- fractionnement cellulaire si nécessaire
- lyse des cellules et purification des acides nucléiques
- dosage
- amplification
- detection et analyse
Quelles sont les 4 exigences d’une analyse en biologie moléculaire ?
- sensible
- spécifique
- reproductible
- robuste
Comment est-ce qu’on peut s’assurer de la sensibilité d’une analyse de biologie moléculaire?
en mettant un contrôle positif près de la limite de détection du test
Comment est-ce qu’on peut s’assurer de la spécificité d’un analyse en biologie moléculaire?
mettre des contrôles négatifs et des contrôles de contamination
Quels sont les moyens employables pour s’assurer de la robustesse d’une analyse?
Mesure de sensibilité à des changements potentiels
Quels sont les moyens pour s’assurer de la reproductibilité d’une analyse?
Suivre les contrôles sur plusieurs analyses avec des indicateurs quantifiable et avoir des procédures écrites qui doivent être suivie
Quels sont les 5 moyens de réduire les risques de contamination lors d’un PCR?
- zone de confinement avec ventilation adéquate avant et après le PCR
- Port de gants en tout temps
- utiliser du matériel jetable
- utiliser des aliquotes
- Nettoyer régulièrement
Que sont les néoplasies hématologiques ?
des maladies malignes qui sont dérivés des cellules myéloïdes ou lymphoïdes
Quelles sont les 3 sortes de néoplasies hématologiques?
- leucemie myeloide chronique
- leucémie myéloïde aigue
- néoplasies myeloproliferatives
La leucémie myéloïde chronique est causée par la translocation de quels chromosomes? Comment est-ce que ça s’appelle?
9 et 22, le chromosome de Philadelphie
Lors de la leucémie myéloïde chronique (LMC), la fusion du gène BCR avec le gene ABL cause quoi?
une tyrosine kinase qui est toujours actives ce qui promouvoir la proliferation cellulaire et réprime l’apoptose des cellules
Comment pouvons-nous suivre l’efficacité des traitements contre la LMC?
en mesurant les niveaux de BCR-ABL
Pourquoi est-ce que lorsqu’on suit le niveau de BCR-ABL en PCR, on utilise les ARNm et non les ADN?
Parce que dans l’ADN il y a beaucoup d’exon, donc le réarrangement des chromosomes peut être fait un petit peu n’importe ou, dans les ARNm il n’y a pas d’exonération donc il est facile de le repérer
La mutation V617F de la JAK2 est associée à quels 3 syndromes myéloproliferatifs?
- polycythémie vrai
- thrombocythemie essentielle
- myelofibrose
Que cause la mutation v617F de la protéine JAK2 ?
une maladie des cellules souches hématopoïétiques dans la moelle osseuse
Comment marche la détection par PCR allèle-specifique ?
Nous avons deux sets de primers, un set “muté” et un set non, les derniers nucleotides de ces primers sont soit le nt muté ou pas. on expose ensuite les allèles a ces deux différentes conditions. lorsque le primer muté est introduit avec les allèles et retrouve l’allele muté il se lie avec ce dernier mais pas avec le WT, l’allele muté sur donc amplifié. Meme chose pour le primer WT il amplifiera seulement l’allele WT. Ensuite nous faisons migrer dans deux différents puits ces deux différentes conditions et observons la position de la bande
