1- Diagnostic moléculaire Flashcards
Les analyses du laboratoire de diagnostic moléculaire sont basées sur quelle technique?
technique d’amplification des acides nucléiques par PCR
Le diagnostic moléculaire est l’interrogation du matériel génétique présent dans un échantillon biologique pour:
- évaluer la prédisposition de développer une maladie génétique
- identifier le Type de tumeur et cancer
- évaluer pronostic pour un cancer
- identifier le meilleur traitement pour une tumeur
- suivre l’évolution du TRT et identifier les rechutes
- determiner la présence d’un pathogene
Quels sont les types d’outils disponible en diagnostic moléculaire?
- PCR (conventionnel et en temps réel)
- FISH et caryotype
- Séquencage
Quelle est la majeure différence entre le PCR conventionnelle et en temps réel?
le PCR en temps réel est quantitatif
Quelle sorte de PCR peut apporter des informations sur la présence de mutations?
PCR en temps réel
Quelles sont les 4 grandes étapes du PCR en temps réel?
- Des primers et une probe sont mis ensemble dans le tube (Lorsque quencher et rapporteur sont sur le probe ensemble aucune fluorescence est émise)
- Les brins d’ADN sont allongés après les primers
- Lorsque le brin s’approche du probe, la polymerase clive le probe libérant la molécule rapporteuse ce qui émet de la fluorescence
- Fluorescence est émise et prise en note pour faire une courbe
Comment est-ce que le FISH et le caryotype fonctionnent-ils?
FISH: chromosomes sont exposés a une molécule d’ADN qui est liée avec une molécule fluorescente (Probe), Lorsque le probe se lie il émet de la fluorescence nous démontrant que la séquence d’ADN est présente
Caryotype: regarde l’apparence des chromosomes voir s’ils sont normaux
Pourquoi est-ce qu’il serait mieux d’utiliser un PCR à la place du FISH ou caryotype lorsqu’on est à la recherche d’une mutation précise?
Parce-que le PCR est plus sensible, s’il ya 1/100000 qui ont la mutation on va être capable de l’observer en raison de l’amplification whereas avec le fish ou le caryotype il faudrait passer chaque cellule une après l’autre pour l’observer
Quelles sont les 6 étapes pré-analytiques du diagnostic moléculaire?
- obtient specimen
- fractionnement cellulaire si nécessaire
- lyse des cellules et purification des acides nucléiques
- dosage
- amplification
- detection et analyse
Quelles sont les 4 exigences d’une analyse en biologie moléculaire ?
- sensible
- spécifique
- reproductible
- robuste
Comment est-ce qu’on peut s’assurer de la sensibilité d’une analyse de biologie moléculaire?
en mettant un contrôle positif près de la limite de détection du test
Comment est-ce qu’on peut s’assurer de la spécificité d’un analyse en biologie moléculaire?
mettre des contrôles négatifs et des contrôles de contamination
Quels sont les moyens employables pour s’assurer de la robustesse d’une analyse?
Mesure de sensibilité à des changements potentiels
Quels sont les moyens pour s’assurer de la reproductibilité d’une analyse?
Suivre les contrôles sur plusieurs analyses avec des indicateurs quantifiable et avoir des procédures écrites qui doivent être suivie
Quels sont les 5 moyens de réduire les risques de contamination lors d’un PCR?
- zone de confinement avec ventilation adéquate avant et après le PCR
- Port de gants en tout temps
- utiliser du matériel jetable
- utiliser des aliquotes
- Nettoyer régulièrement
Que sont les néoplasies hématologiques ?
des maladies malignes qui sont dérivés des cellules myéloïdes ou lymphoïdes
Quelles sont les 3 sortes de néoplasies hématologiques?
- leucemie myeloide chronique
- leucémie myéloïde aigue
- néoplasies myeloproliferatives
La leucémie myéloïde chronique est causée par la translocation de quels chromosomes? Comment est-ce que ça s’appelle?
9 et 22, le chromosome de Philadelphie
Lors de la leucémie myéloïde chronique (LMC), la fusion du gène BCR avec le gene ABL cause quoi?
une tyrosine kinase qui est toujours actives ce qui promouvoir la proliferation cellulaire et réprime l’apoptose des cellules
Comment pouvons-nous suivre l’efficacité des traitements contre la LMC?
en mesurant les niveaux de BCR-ABL
Pourquoi est-ce que lorsqu’on suit le niveau de BCR-ABL en PCR, on utilise les ARNm et non les ADN?
Parce que dans l’ADN il y a beaucoup d’exon, donc le réarrangement des chromosomes peut être fait un petit peu n’importe ou, dans les ARNm il n’y a pas d’exonération donc il est facile de le repérer
La mutation V617F de la JAK2 est associée à quels 3 syndromes myéloproliferatifs?
- polycythémie vrai
- thrombocythemie essentielle
- myelofibrose
Que cause la mutation v617F de la protéine JAK2 ?
une maladie des cellules souches hématopoïétiques dans la moelle osseuse
Comment marche la détection par PCR allèle-specifique ?
Nous avons deux sets de primers, un set “muté” et un set non, les derniers nucleotides de ces primers sont soit le nt muté ou pas. on expose ensuite les allèles a ces deux différentes conditions. lorsque le primer muté est introduit avec les allèles et retrouve l’allele muté il se lie avec ce dernier mais pas avec le WT, l’allele muté sur donc amplifié. Meme chose pour le primer WT il amplifiera seulement l’allele WT. Ensuite nous faisons migrer dans deux différents puits ces deux différentes conditions et observons la position de la bande
Quelle est la grande différence entre la leucémie myéloïde chronique et aigue?
dans la aigue les cellules souches et progenitrices n’ont pas le temps de se différencier il y’a donc un manque de cellule immunitaire dans le sang
Quelle est l’avantage du séquençage à haut débit lorsqu’on parle d’une tumeur?
on peut faire une analyse pour plusieurs biomarqueurs (mutations)
Pourquoi est-ce qu’on effectue une analyse de chimisme pré et post greffe?
Pré: pour repère des allèles qui sont informatives, qui ont différentes mutations
Post: utilise les allèles trouvés pré-greffe pour distinguer les ADNs du donneur et receveur puisque s’il y a beaucoup d’ADN du receveur la maladie risque fortement de revenir, si non la maladie est toujours “disparu”
Qu’est-ce que le diagnostic moléculaire ?
L’analyse du matériel génétique (ADN ou ARN) pour identifier des prédispositions génétiques, diagnostiquer des cancers, suivre des traitements, et détecter des pathogènes.
Quels sont les objectifs principaux du diagnostic moléculaire ?
Identifier des mutations, déterminer le pronostic d’une maladie, choisir le meilleur traitement, et suivre l’évolution des maladies ou la présence de pathogènes.
Quelle est la différence entre la PCR conventionnelle et la PCR en temps réel ?
La PCR conventionnelle n’est pas quantitative et donne des informations sur la taille des fragments, tandis que la PCR en temps réel quantifie l’ADN et peut détecter des mutations.
Que permet la technique FISH (Fluorescence In Situ Hybridization) ?
Détecter et localiser des séquences d’ADN spécifiques sur les chromosomes pour analyser des anomalies génétiques.
Quels sont les avantages du séquençage Sanger ?
Fiabilité pour détecter des substitutions et de petites insertions/délétions, mais sensibilité limitée à environ 10 %.
Qu’est-ce que le séquençage à haut débit (NGS) et quelles sont ses étapes ?
Une méthode avancée de séquençage incluant la fragmentation de l’ADN, préparation de librairies, amplification, séquençage, et assemblage/alignement.
Pourquoi le diagnostic moléculaire doit-il être sensible et spécifique ?
Pour garantir des résultats précis et fiables, minimisant les faux positifs et négatifs.
Quelles sont les mesures pour éviter la contamination en PCR ?
Utiliser des zones séparées (pré- et post-PCR), porter des gants, utiliser du matériel jetable, et faire un nettoyage régulier.
Qu’est-ce que le chimérisme post-greffe ?
Analyse de la proportion d’ADN du donneur par rapport à celui du receveur après une greffe de cellules souches pour évaluer le succès de la greffe.
Quelles sont les précautions pour assurer la reproductibilité des analyses moléculaires ?
Suivi des contrôles sur plusieurs analyses, utilisation de procédures normalisées et d’indicateurs quantifiables (ex : courbes de Levey-Jennings).
Pourquoi la traçabilité est-elle importante en diagnostic moléculaire ?
Pour documenter chaque étape de l’analyse, garantir l’intégrité des résultats et assurer la qualité du processus.
Quels sont les exemples d’analyses spécifiques faites en onco-hématologie ?
Identification de la translocation BCR-ABL pour la leucémie myéloïde chronique et détection de la mutation JAK2 V617F pour les syndromes myéloprolifératifs.
Comment la mutation JAK2 V617F est-elle détectée ?
Par PCR allèle-spécifique, permettant de différencier l’allèle muté de l’allèle sauvage.
Quelles sont les particularités de la PCR en temps réel (qPCR) pour le suivi des maladies ?
Permet de quantifier l’ADN/ARN cible et de suivre des marqueurs de maladie, comme l’ARNm BCR-ABL pour la LMC.
Quelle est l’utilité des contrôles positifs et négatifs dans les analyses moléculaires ?
Ils garantissent que le test est sensible et spécifique, en vérifiant qu’il détecte correctement la cible et n’indique pas de faux positifs.
Quelles sont les techniques complémentaires au séquençage pour l’analyse génétique ?
FISH et caryotype, utilisées pour détecter des anomalies chromosomiques.
Quels sont les défis du séquençage à haut débit (NGS) ?
Gestion des données massives, coûts élevés, et nécessité d’une expertise en bioinformatique pour l’analyse.
Qu’est-ce que le HRM (High-Resolution Melting) et comment est-il utilisé ?
Une méthode pour détecter des mutations dans la PCR en temps réel grâce à l’analyse des courbes de dénaturation.
Comment le diagnostic moléculaire contribue-t-il au suivi des greffes ?
En mesurant le chimérisme et en identifiant d’éventuelles rejets ou complications post-greffe.
