5- Intro structure des acides nucléiques

Question 1

4 types généraux de transcrits d’ARN

Answer 1

-ARNm; ~20 000;
-ARN ribosomaux (rRNA)
-Petits non-codants (sRNA);
pseudogènes;
-long non-codants (lncRNA).

Question 2

Décris les longs ARN non-codants (lncRNA)
(4)

Answer 2

-200 bases
-parmi les moléc les moins bien caractérisées
-associées à un grand nombre de maladies (cancer, MCV, maladie neurodégénératives)
-forment structures complexes par interactions moléculaires (ARN-protéines, ARN-ARN, etc)

Question 3

Quel est le précurseur de la vie sur terre?

Answer 3

ARN car stockage info génétique et catalyse rx chim.

Question 4

Que sont les acides nucléiques?

Answer 4

Polymères de nucléotides

Question 5

C’est quoi un nucléotide?

Answer 5

Phosphate + Pentose + Base

Question 6

Pyrimidines et leurs structures

Answer 6

Question 7

Purines et leurs structures

Answer 7

Question 8

De quoi sont composés les nucléosides?

Answer 8

Pentose + Base azotée

Question 9

Donne les caractéristiques des nucléosides (5)

Answer 9

-base liée au pentose par liaison glycosidique

-carbone de la liaison glycosidique est anomérique

-nomenclature: on ajoute idine pour pyrimidine et osine pour purine

-conformation syn ou anti

-pentose permet + grande solubilité dans l’eau pour le nucléoside comparativement à la base

Question 10

Qu’est-ce qui donne aux nucléotides et aux nucléosides leur absorption de la lumière uv?

Answer 10

Leur structure aromatique.

Question 11

pKa des NMPs

Answer 11

Question 12

Par quoi est déterminé la capacité de l’ARN d’exercer sa fonction physio?

Answer 12

Sa structure 3D/conformation

Question 13

Combien d’angles de torsion définissent le trajet de la chaîne d’acides nucléiques?

Answer 13

-Angles ribose-phosphate (6) * cest eux qui definissent*
-Angles de torsion glycosidiques (2)
-Angles de torsion du furanose (5)

Question 14

Définition des angles de torsion : projections de Newman

Answer 14

Question 15

Conformations adoptées par le ribose

Answer 15

-enveloppe E
-forme tordue twist T (- fréquent(
-pas en conformation éclipsée **

Question 16

Forme enveloppe E

Answer 16

Question 17

Forme twist T

Question 18

Conformations idéales du Furanose pour l’ARN A et l’ADN B

Answer 18

Question 19

Angle glycosidique X (Chi)

Answer 19

Question 20

Paires de bases canoniques

Answer 20

Watson-Crick: A-U, G-C (612-432)
Wobble: G-U

Question 21

Paires de bases non canoniques

Answer 21

Hoogsteen (657-456)
Sheared G-A (6(5)7-32)

Question 22

À quoi sert la compilation géométrique de Leontis et Westhof

Answer 22

-Classifier les pb selon la géométrie des bases tel qu’observé dans les structures d’ARN.
-Donne une emphase sur l’isostéricité (occupation similaire d’espace 3D)

1) Décrit précisément les structures d’ARN
2) Identifie les motifs basés sur les séquences d’ARN

Question 23

Paramètres de la méthode de Leontis Westhof

Answer 23

Paramètres importants:
1) Faces d’interaction des bases (3 faces: WC, H et S)
2) Orientation relative des liaisons glycosidiques (cis ou trans)

Paramètres accessoires:
1) Orientation syn ou anti
2) Orientation locale relative des brins

Question 24

Quelles sont les trois faces d’interaction des purines?

Answer 24

WC: 6-1-2
H: 6-7
S: 2-3 et RO2’ du sucre

Question 25

Quelles sont les trois faces d’interaction des pyrimidines?

Answer 25

WC: 4-3-2
H: 4-5-6
S: 2 et RO2’ du sucre

Question 26

Hélice de Type A

Answer 26

Typique de l’ARN
Hélice droite
Angle chi anti

Sillon majeur:
largeur: 2.7 A
profondeur: 13.5 A

Question 27

Hélice de Type B

Answer 27

Typique de l’ADN
Hélice droite
Angle chi anti

Sillon majeur:
largeur 11.7 A
profondeur: 8.5 A

Question 28

Propriétés du sillon majeur (4)

Answer 28

• • grand potentiel pour la reconnaissance de séquence d’acide nucléique

-l’helice a et le feuillet b à 2 brins atteignent sillon maj pr reconnaitre seq specif d’ADN

-sillon maj ARN trop etroit pr permettre penetration de helice a et feuillet b

-perturbations de l’hélice d’ARN (pb non canoniques, bulge, boucle terminale boucle interne) permettent d’élargir le sillon majeur pour la reconnaissance par hélice a ou feuillet b

Question 29

Qu’est-ce qui détermine les associations entre les bases?

Answer 29

-empilement des bases (dominent dans les structures hélicoidales)
-liens hydrogène