5- Intro structure des acides nucléiques Flashcards
4 types généraux de transcrits d’ARN
-ARNm; ~20 000;
-ARN ribosomaux (rRNA)
-Petits non-codants (sRNA);
pseudogènes;
-long non-codants (lncRNA).
Décris les longs ARN non-codants (lncRNA)
(4)
-200 bases
-parmi les moléc les moins bien caractérisées
-associées à un grand nombre de maladies (cancer, MCV, maladie neurodégénératives)
-forment structures complexes par interactions moléculaires (ARN-protéines, ARN-ARN, etc)
Quel est le précurseur de la vie sur terre?
ARN car stockage info génétique et catalyse rx chim.
Que sont les acides nucléiques?
Polymères de nucléotides
C’est quoi un nucléotide?
Phosphate + Pentose + Base
Pyrimidines et leurs structures
Purines et leurs structures
De quoi sont composés les nucléosides?
Pentose + Base azotée
Donne les caractéristiques des nucléosides (5)
-base liée au pentose par liaison glycosidique
-carbone de la liaison glycosidique est anomérique
-nomenclature: on ajoute idine pour pyrimidine et osine pour purine
-conformation syn ou anti
-pentose permet + grande solubilité dans l’eau pour le nucléoside comparativement à la base
Qu’est-ce qui donne aux nucléotides et aux nucléosides leur absorption de la lumière uv?
Leur structure aromatique.
pKa des NMPs
Par quoi est déterminé la capacité de l’ARN d’exercer sa fonction physio?
Sa structure 3D/conformation
Combien d’angles de torsion définissent le trajet de la chaîne d’acides nucléiques?
-Angles ribose-phosphate (6) * cest eux qui definissent*
-Angles de torsion glycosidiques (2)
-Angles de torsion du furanose (5)
Définition des angles de torsion : projections de Newman
Conformations adoptées par le ribose
-enveloppe E
-forme tordue twist T (- fréquent(
-pas en conformation éclipsée **
Forme enveloppe E
Forme twist T
Conformations idéales du Furanose pour l’ARN A et l’ADN B
Angle glycosidique X (Chi)
Paires de bases canoniques
Watson-Crick: A-U, G-C (612-432)
Wobble: G-U
Paires de bases non canoniques
Hoogsteen (657-456)
Sheared G-A (6(5)7-32)
À quoi sert la compilation géométrique de Leontis et Westhof
-Classifier les pb selon la géométrie des bases tel qu’observé dans les structures d’ARN.
-Donne une emphase sur l’isostéricité (occupation similaire d’espace 3D)
1) Décrit précisément les structures d’ARN
2) Identifie les motifs basés sur les séquences d’ARN
Paramètres de la méthode de Leontis Westhof
Paramètres importants:
1) Faces d’interaction des bases (3 faces: WC, H et S)
2) Orientation relative des liaisons glycosidiques (cis ou trans)
Paramètres accessoires:
1) Orientation syn ou anti
2) Orientation locale relative des brins
Quelles sont les trois faces d’interaction des purines?
WC: 6-1-2
H: 6-7
S: 2-3 et RO2’ du sucre
Quelles sont les trois faces d’interaction des pyrimidines?
WC: 4-3-2
H: 4-5-6
S: 2 et RO2’ du sucre
Hélice de Type A
Typique de l’ARN
Hélice droite
Angle chi anti
Sillon majeur:
largeur: 2.7 A
profondeur: 13.5 A
Hélice de Type B
Typique de l’ADN
Hélice droite
Angle chi anti
Sillon majeur:
largeur 11.7 A
profondeur: 8.5 A
Propriétés du sillon majeur (4)
- grand potentiel pour la reconnaissance de séquence d’acide nucléique
-l’helice a et le feuillet b à 2 brins atteignent sillon maj pr reconnaitre seq specif d’ADN
-sillon maj ARN trop etroit pr permettre penetration de helice a et feuillet b
-perturbations de l’hélice d’ARN (pb non canoniques, bulge, boucle terminale boucle interne) permettent d’élargir le sillon majeur pour la reconnaissance par hélice a ou feuillet b
Qu’est-ce qui détermine les associations entre les bases?
-empilement des bases (dominent dans les structures hélicoidales)
-liens hydrogène
