13- Interaction Proteine Proteine Flashcards
nommer trois mechanismes de proteines et ses partenaires
1- interaction avec partenaires differents dans compartiments differents
2- partenaire diff apres modif post trad
3- competition entre concentration 2 prot
4- partenaire different pr chq domaine proteique
3 forces determinant les interactions
forces electrostatiques (ionique typique ou modification post trad)
forces ioniques
forces hydrophobes
Interactions ioniques typiques et modif post trad
typiques: Lys Glu
Lys Asp
Arg Glu
Arg Asp
His Glu
His Asp
Autres exemples (MPT): pSer Lys, pSer Arg
pTyr Lys pTyr Arg
phosphorylation vs serylation
phospho ajout phosphate
seryl ajout serine
pourquoi interaction dipole dipole important
sont sur la surf entre domaines proteiques pr favoriser contact avec molecule liee
interactions cation pi, anion pi, soufre pi et amine pi
combinaison entre d-d et interactions ioniques
cation pi: noyau aromatique + lys ou arg
anion-pi: noyau aromatique + asp ou alu
soufre-pi: noyau aromatique + cys ou met
amine-pi: noyau aromatique + gln asn
cest quoi les double interactions sur un noyau aromatique?
sur les deux cotes du noyau aromatique il peut faire deux types differents dinteractions cation pi, anion pi amine pi
role de leau dans les forces hydrophobes
les aa non polaires ou hydrophobes veulent minimiser leur contact avec leau. eau = endothermique, aa non polaires = athermiques delta H = 0
effet forces hydrophobes sur lentropie
qd aa hydrophobes se rassemblent lentropie autout augmente
2 types dinteraction proteine ADN
seq ADN specif: p53
seq ADN non specif : histone
quel type de proteine interagit avec des seq specif d adn, structure, ou sur l helice adn
regulateurs transcription
dimeres ayant helice a
sur le sillon maj
pq dimerisation? (3)
1- augmente affinite de liaison
2- augmente diversite sites liaisons
3- augmente diversite regulation transcriptionnelle
exemple homodimere
exemple heterodimere
ADN palyndromique
recepteurs dhormones steroides
pk helice a cm ligand a lADN
entre bien ds sillon majeur presque mm diametre
v ou f plus de 2/3 des interactions sont electrostatiques
v et se font avec le squelette de lADN (sucres et phosphates)
but des interactions electrostatiques
stabilisent liaison proteine ADN (+affinite)
mais n augmentent pas specificite
trois types de liaisons hydrogenes entre les prot et adn
bidente (+frequent)
simple
complexe
v ou f les liaisons hydrogenes simples augmentent specificite
f elles augmente affinite de liaison et stabilite
donneur et receveur de LH
donneur donne proton
receveur recoit proton (N,O)
cest quoi une liaison hydrogene bidentee
chaine lat aa (Arg, Lys, Asn, Gln) + base ADN (2 LH ou +)
cest quoi une liaison hydrogene complexe
chaine lat aa + 2 bases ADN (2 LH ou +)
exemple de LH complexe
Arg avec deux G et un C ou Arg avec TG en diagonale
resume des types de liaisons H
Liaisons hydrogène simples: pas specificite
*Liaisons hydrogène bidentées: Cruciales pour la reconnaissance de bases simples à des positions spécifiques.
Souvent effectuées par arginine
- Liaisons hydrogène complexes: Ne reconnaissent pas de simples bases, mais de petites séquences d’ADN.
Ce sont elles qui confèrent une spécificité universelle
pourquoi arginine frequent en LH bident
geometrie structure geometrie longueur
quels aa nont pas de modif post trad
G, P, A, V, L, I, F, W, H
quels aa sont oxydes (sulfoxyde)
C, M
quels aa sont phospho
S, T, Y
quels aa sont methyles ou acetyles
K, R
