2.1 COURS_Mécanismes de base de la génétique moléculaire Flashcards
que retrouve-t-on dans toutes les bases ? donner les 2 types de bases
désoxyribose et phosphate
- purines :adénine + guanine
- pyrimidines : thymine + cytosine
donner le nombre de ponts H formés entre les bases
AT : 2 ponts
CG : 3 ponts
qu’assurent les ponts H ?
assurent la spécificité et la stabilité de l’ADN
pour quoi est essentielle la complémentarité des brins ? (3)
- réplication
- transcription
- réparation
grâce à quoi est condensé l’ADN ?
nucléosomes
décrire un nucléosome et dire combien de fois l’ADN s’enroule autour
octamère : H2A, H2B H3 et H4 2 fois
ADN s’enroule 2 fois
VRAI ou FAUX : les histones sont fixes
FAUX : peuvent avoir des modifications post-traductionnelles pour modifier le niveau de condensation de l’ADN
donner les 2 autres niveaux (supérieurs) de condensation de l’ADN
- solénoïde : fibre de 30nm
- boucles d’ADN lors que l’interphase
à quel moment la condensation de l’ADN est-elle la plus grande ?
métaphase
la condensation varie d’une région de l’ADN à une autre, donner le facteur principal de cette variation
contenu riche en CG (3 ponts H) : régions plus condensées donc moins exprimées
donner une modification épigénétique et la décrire
méthylation : ajout de groupement méthyle (CH3) sur la cytosine
où se fait souvent la méthylation ?
arrangements CPG : îlots avec des séquences AG en continu
quelle principale enzyme est responsable de la méthylation ?
ADN-méthyltransférase
quel est l’effet de la méthylation des C sur la région ? l’acétylation ?
méthylation : rend la région inactive
acétylation : rend la région active
l’épigénétique est un processus dynamique, quelle XP le prouve ?
jumeaux identiques : 1 envoyé dans l’espace, crée des différences épigénétiques qui parfois sont renversées quand le jumeau revient sur Terre
que peut causer l’épigénétique ?
mutations dans le génome
que peut-il se passer lorsqu’il y a une mutation dans une région codante ?
changements dans la protéine finale donc causer des problèmes physiologiques ou lors du développement
donner 5 variations épigénétiques
- désaminations : méthyle-C devient T, C devient U, A devient hypoxanthine et s’associe avec C plutôt que T
- akylation : G s’apparie avec T
- bases analogues
- dépurination (perte de la base, mène à sa délétion)
- dimères de T : provoqué par UV, peuvent être réparés par la machinerie de réparation mais devient insuffisant quand en trop grand nombre
définir un chromosome
molécule continue d’ADN condensée en chromatine
définir un télomère
séquence répétée du chromosome retrouvé à chaque extrémité pour maintenir ses parties codantes
qui crée les télomères et quel est le risque de ces protéines ?
télomérases : leur activation peut causer des cancers
comment varie le contenu génétique ?
plus les chromosomes sont grands plus ils ont de contenu génétique et inversement
quels chromosomes ont le moins de gènes (3) ? que remarque-t-on ?
13, 18 et 21 : souvent observés en trisomie (viables) dû à leur faible nombre de gènes
définir un gène
unité d’information du génome qui mène à la production d’un produit fonctionnel : ensemble ils forment le génome
qu’est-ce que le protéome ?
ensemble des protéines codées par le génome
que permet la redondance du code génétique ?
marge de manoeuvre pour la traduction
donner les 6 zones d’un gène
- promoteur
- régions transcrites et non-traduites en 5’ et 3’
- codon d’initiation et terminaison
- exons
- introns
- signal de polyadénylation
définir le promoteur
initie la transcription, plusieurs séquences peuvent l’initier
définir un exon
région traduite et codante du gène, responsable de la structure d’une protéine
définir un intron (3)
- région non traduite
- entre les exons
- peut avoir des séquences régulatrices qui peuvent influencer l’expression d’un gène
donner les autres noms pour le brin transcrit et non-transcrit
transcrit : brin non codant / antisens
non-transcrit : brin codant / sens
définir la transcription
synthèse d’un ARN complémentaire au brin transcrit
que fait la boîte TATA et donner sa localisation
peut réguler le niveau de transcription des gènes
en amont du promoteur
quels sont les modifications de l’ARN pendant la transcription ?
ajout de la coiffe (G méthylé) en 5’ et queue poly-A en 3’
quel est le rôle de la coiffe ?
rôle dans la dégradation de l’ARNm et le recrutement des ribosomes
décrire l’épissage d’un ARNm
retire les introns et garder les exons pour la traduction
de quoi dépend l’épissage ? qu’est-ce que ça implique ?
jonctions intron-exon : plusieurs sites d’épissage possibles dans un même ARN donc 1 ARN peut être traduit en plusieurs protéines
comment sont appelés des sites d’épissage régulièrement utilisés ? que se passe-t-il s’ils sont modifiés ?
forts
modifie l’épissage donc la protéine résultante
définir les pseudogènes
concept théorique qui sert surtout dans l’évolutionnaire : séquence de gène similaire aux gènes connus mais sans utilité définie
donner les théories sur l’origine des pseudogènes (4)
- duplication
- transcription inverse
- perte de fonction d’une gène autrefois actif
- gène non fonctionnel de la séquence de référence
définir un ARN non-codant
séquence qui ne code pas pour une protéine mais interfère dans les processus moléculaires / cellulaires
que font les ARN longs non-codants ? (3)
- modifie la chromatine
- joue dans la modulation de la polymérase II
- interfère avec la transcription
que font les miARN ? (4)
- change l’épissage
- changements post-transcriptionnels
- initiation de la transcription
- stabilité de l’ARNm
définir la technique en génétique moléculaire de PCR
amplification par réaction de polymérase
donner les étapes du PCR (3) et ce qu’elle permet
- dénaturation
- liaison de l’amorce
- élongation du brin complémentaire
permet d’augmenter exponentiellement la séquence donc mieux détecter la séquence d’intérêt
qu’est-ce que la ‘construction d’une librairie’ ?
intégrer des segments d’ADN d’intérêt dans des plasmides de bactéries
que permet la construction de librairie ?
permet de répliquer les plasmides avec le vecteur de clonage
que permet le southern blot ?
détecter les séquences d’intérêt
comment est fait un southern blot ?
digestion partielle de l’ADN crée des milliers de fragments qui sont séparés sur un gel suivant un gradient puis transfert du gel sur un membrane par capillarité puis utilise une sonde qui se lie à la séquence d’intérêt
définir une sonde
séquence d’ADN simple brin marqué radioactivement ou par fluorescence
que permet un caryotype ?
visualiser les chromosomes au microscope
donner les 3 étapes pour faire un caryotype
- synchroniser le cycle cellulaire (mutagènes qui influencent et arrêtent le cycle cellulaire)
- étale sur une lame
- colore (région GC généralement plus foncées)
décrire la technique FISH (fluorescent in situ hybridization)
hybridization d’une sonde fluorescente à l’ADN : localise les séquences sur les chromosomes
–> voit aussi les translocations ou amplifications anormales
définir la technique des micropuces chromosomiques
même que FISH mais en multiplex
donner et définir les 2 types de cellules possibles pour les micropuces chromosomiques
- CGH : 2 sondes en compétition (une contrôle l’autre sujet) puis compare la quantité relative des 2
- SNP : processus similaire mais compare les base polymorphiques dans le génome
définir le séquençage
ressemble à l’amplification par PCR mais utilise des nucléotides marqués : émettent une fluorescence différente selon la base