2 COURS_R transmembranaires Flashcards
donner les 3 classes de R transmembranaires et 1 type de voie qui utilise un R transmembranaire
- domaine kinase
- canal ionique
- lié aux protéines G
- dégradation des protéines quand le R est activé
décrire un R avec un domaine kinase
R à l’extérieur de la cellule, domaine transmembranaire et domaine kinase à l’intérieur de la cellule
il y a 2 types de kinases qui agissent sur des molécules spécifiques, les donner
- kinase spécifique à la sérine et thréonine
- kinase spécifique à la tyrosine
expliquer le fonctionnement d’une kinase
kinase prend un P d’un ATP et l’ajoute sur une protéine ce qui change sa conformation (active ou inactive la protéine)
quel type de protéines sont majoritairement les kinases Tyr ? kinases Ser/Thr ?
kinases Tyr : majoritairement des R
kinases Ser/Thr : majoritairement des protéines cytoplasmiques
décrire la partie transmembranaire du R kinase et le problème qu’elle pose
hélice-alpha : très hydrophobe mais ne change pas de conformation donc ne peut pas transmettre le signal côté intracellulaire, mais peut bouger dans la membrane
face au problème posé par les propriétés de l’hélice-alpha, que font les R kinase ? expliquer
dimérisation autophosphorylation : signal se lie à 2 protéine (= dimérisation) donc approche les 2 domaines kinase côté intracellulaire qui donc peuvent se phosphoryler l’un l’autre (= autophosphorylation)
décrire la voie TGF-β
type de R de kinase Ser/Thr : dimérisation des 2 protéines transmembranaires donc autophosphorylation donc kinase activée active ensuite le FT Smad (normalement inactif) qui entre dans le noyau et commence la transcription
que lient la grande majorité des R de kinases Tyr ?
facteur de croissance (GF)
expliquer l’inhibition dominante négative avec les TyrK
si un R TyrK ne fonctionne pas et qu’il fait la dimérisation avec un R TyrK sauvage fonctionnel alors il inhibe la fonction du type sauvage
décrire les 2 types de R TyrK
- 2 sous unités qui se jumellent sont identiques
- 2 sous unités qui se jumellent ont des ID différentes (résultat est le même)
décrire le domaine qui se fait phosphoryler chez TyrK et dire ce que ça permet
beaucoup de domaines tyrosine à phosphoryler donc permet à beaucoup de protéines de se lier aux P-Tyr et de devenir actives
donner la voie de signalisation de Src (TyrK)
R TyrK activé par un GF, domaine SH2 se lie à 1 P-Tyr en particulier (à cause de sa séquence) et SH3 se lie à sa protéine cible
donner la voie de signalisation de Ras (TyrK)
GF active R donc active GEF qui remplace GDP de Ras en GTP donc Ras activé et active MAP3K qui agit sur MAP2K qui agit sur MAPK qui permet l’activation de la mitose
résumer en 2 étapes le fonctionnement des TyrK
- dimérisation des R Tyr suivit par autophosphorylation des TyrK
- P-Tyr lient des adaptateurs qui activent des protéines cibles
quelle est la différence entre les kinases Tyr et Ser/Thr et la kinase JAK/STAT ?
pour JAK/STAT le R et la kinase sont 2 protéines séparées
comment démontrer si l’autophosphorylation est croisée ou sur soi-même ?
forme dimère entre :
- sauvage et sans domaine kinase (phosphorylation des 2)
- sauvage et sans domaine tyrosine (phosphorylation de sauvage)
- sans domaine kinase et sans domaine tyrosine (phosphorylation du sans domaine kinase)
comment faire disparaître une protéine d’une cellule ?
ubiquitination puis reconnue par le protéasome donc digérée
que permet le contrôle de la dégradation des protéines ?
permet de contrôler la quantité des protéines dans la cellule
décrire le processus d’ubiquitination
complexe formé de 2 Ub ligases (10n E2 et 100n E3) dont chaque combinaison reconnaît une protéine différente : transfert de façon covalente Ub sur la protéine pour former une chaîne poly-Ub
décrire la voie wingless (Wnt/Wg) quand le R n’est pas lié à un ligand (inactif)
gros complexe cytoplasmique phorphoryle β-caténine (agit sur cytosquelette et comme FT) donc reconnue par l’Ub-ligase donc se fait dégrader par le protéasome
décrire la voie Wnt/Wg quand le R est lié à Wg (actif)
R frizzled active disheveled qui défait le complexe de phosphorylation de β-caténine donc β-caténine n’est plus dégradée donc peut aller au noyau et transcrire des gènes
décrire la voie Hedgehog en absence de signal
complexe phosphoryle Ci donc ajout d’Ub donc dégradé, une partie de Ci après dégradation se lie à un inhibiteur dans le noyau ce qui inhibe la transcription d’un gène
décrire la voie Hedgehog en présence du signal
Hedgehog active le R patched donc défait le complexe qui phosphoryle Ci donc n’est pas dégradé donc va au noyau et agit comme un FT donc transcription de gène
décrire les R liés à des canaux ioniques
protéine transmembranaire qui ouvre la membrane et laisse passer des ions en présence du signal
rappeler la situation ionique de part et d’autre des membranes des cellules animales (3)
- chargé + côté externe et - côté interne
- canaux de fuite K+ laissent sortir les K+
- pompe fait entrer des K+ dans la cellule et fait sortir des Na+
donner les 2 mécanismes pour enlever le Ca2+ du cytoplasme
- pompe dans la membrane plasmique fait sortir le Ca2+
- pompe importe le Ca2+ dans un compartiment de rétention du Ca2+
à quoi sert de garder Ca2+ en basse concentration dans le cytoplasme ?
permet de l’utiliser comme messager 2aire
décrire la structure du R d’ACH (canal ionique) (2)
- 5 sous-unités dont 2 identiques qui lient l’ACH
- partie transmembranaire : hélice-alpha avec des charges - à l’entrée et la sortie du pore et un collier hydrophobe au milieu
décrire le changement de conformation quand ACH se lie à son R
rotation de l’hélice dont le collier hydrophobe donc laisse passer les ions
décrire la suite d’actions pour le R de IP3
R d’IP3 sur le compartiment de rétention du Ca2+, R s’ouvre et ne laisse que passer Ca2+ dans le cytoplasme (car seul ion présent dans le cytoplasme)
que remarque-t-on lorsqu’on isole un R d’ACH et qu’on ajoute de l’ACH ?
courant qui passe à des temps aléatoires mais avec toujours la même quantité (R s’ouvre toujours du même diamètre)
décrire les R liés à des protéines G
R qui active une protéine G côté cytoplasme
décrire une protéine G
intermédiaire entre le R et le système qui génère l’activation ou la production d’un 2nd messager
décrire un 2nd messager
molécule (généralement AMPc ou Ca2+) trouvée à de basses concentrations en conditions normales mais permet la cellule d’activer quelque chose quand en haute concentration
décrire l’AMPc
molécule instable produite à partir de l’ATP
décrire la structure du R lié à la protéine G (2)
- protéine qui traverse la membrane 7 fois
- domaine cytoplasmique active une protéine G en présence d’une molécule de signalisation
décrire la structure de la protéine G (4)
- complexe de 3 protéines (α, β et 𝛾)
- α est une GTPase donc peut lier un GTP et l’hydrolyser en GDP
- grande variété de α vs β et 𝛾 très conservés
- protéine membranaire donc α et 𝛾 sont attachés à un acide gras dans la membrane
que se passe-t-il quand la sous unité α de la protéine G est liée à un GTP ?
se détache de β et 𝛾 puis hydrolyse le GTP en GDP donc se rattache
quelle est la conséquence de la grande variété de la sous unité α de la protéine G ?
pour un même R peut y avoir des effets différents dans une cellule différente car l’ID de α est différente (donc active autre chose dans la cellule)
donner un exemple de protéine G activatrice avec la voie de signalisation de l’adrénaline
R activé par l’adrénaline qui active la protéine Ga donc α se sépare et se lie à l’adénine cyclase qui produit de l’AMPc à partir de l’ATP qui active la PKA qui va phosphoryler sa cible
comment est-ce que le R, l’enzyme cible et la protéine G font pour se trouver facilement dans le cytoplasme ?
sont des protéines membranaires
donner un exemple de protéine G inhibitrice avec la voie de signalisation de la prostaglandine
R lie sont ligand donc active protéine Gi qui inhibe l’adénine cyclase donc baisse le niveau d’AMPc cytcoplamsique
quel type de protéine G est celle liée au R d’ACH muscarinique (différent du R d’ACH qui était un canal ionique)
protéine Gq : active une phospholipase
décrire la voie de signalisation de l’ACH pour un R lié à une protéine G
molécule signal se lie au R qui active la protéine G donc α se sépare et active la phospholipase qui enlève les phospholipides liés en inositol triphosphate (IP3) du diacylglycérol donc IP3 ouvrele canal Ca2+ donc Ca2+ se libère dans le cytoplasme puis Ca2+ active la PKC qui devient partiellement puis pleinement active quand se lie au diacylglycérol
donner la 2e cible du Ca2+ libéré par IP3
calmoduline (CaM)
décrire la calmoduline
protéine très réactive au Ca2+
que fait CaM quand activée par le Ca2+ ?
active CaMK
décrire CaMK
protéine à 12 sous unités dont chaque sous unités a 2 domaines normalement inactifs mais dont les séquences régulatrice et active peuvent se séparer ce qui expose la séquence de liaison à CaM
qu’advient-il de CaMK quand liée à CaM ? pourquoi CaMK est-elle sensible aux niveaux de Ca2+ ?
activée partiellement puis s’ajoute un P grâce à la liaison avec CaM pour devenir pleinement active
sur les 12, 1 CaM n’active qu’1 sous unités donc plus il y a de Ca2+ plus CaMK sera active
un R lié à une protéine G continue d’activer une protéine G tant que le ligand est là, comment arrêter le processus ?
arrestine attirée et empêche l’activation d’une protéine G même si R toujours lié à sa molécule de signalisation
est-il possible qu’une enzyme soit activée par les sous unités β et 𝛾 ? si oui donner un exemple
oui
ex : R d’ACH cardiaque
