11.Diseño de primer Flashcards
es un oligonucleotido corto de cadena sencilla complementario al adn diana que provee de un extremo 3’oh libre a la adn polimerasa para que lleve a cabo la sintesis/extensuin de and
primero cebador
son usualmente de 18 a 25 nucleotidos (nt) de longitud y son capaces de un reconocimiento altamente especifico e un sitio unico en un genoma de millones de pb
primers o cebadores
si el genoma humano tiene un longitud arox de 3.2x10*9 pb es poco probable que
esta secuencia este simplemente al azar
en la pcr los primers
flanquean y definen la region que ser amplificada
factor mas importante que determina la amplificacion especifica de la secuencia blanco
diseño de primer
diferentes partes de los cromosomas pueden compartir cierta similitud de nucleotidos debido a regiones homologas o coincidencias fortuitas, no se deben
emplear estas regiones para el diseño de primers evitando asi amplificaciones inespecificas
un polimorfismo de nucleotido sencilo (snp) puede
originar una falta de complementariedad, es recomensable usar primers que hibriden fuera de estas regiones
la falta de complentariedad perfecta de la secuencia blanco con los extremos 3’ de los primers afecta mas la especificidad de amplificacion que los
malos apareamientos en el extremo 5’ de los primers
temperatura a la cual una doble caden de and se desnaturaliza
tm
para evitar autocomplementariedad y auto complementariedad 3’ son primers deben
tener tm similares y contenido de gc equilibrado
es la probabilidad de que el cebador se una a si mismo y al otro cebador del par de cualquier punto a lo largo de su secuencia, es un predictor de la formacion de estructuras secundarias de horquilla
auto complementariedad
es la probabilidad de que el cebador se una a si mismo y al otro cebador del par en el extremos 3’, es un predictor de la formacion de dimeros de primers
auto complementariedad 3’
una secuencia en forma fasta comienza con una descripcion de una sola linea seguida de lineas
de datos de secuencia
la linea de descripcion (defline) se distingue de los datos de secuencia por un simbolor mayor que
(>) al principio
se recomienda que todas las lienas de texto tengan menos de
80 caracteres
