week 5

Question 1

P site DNA-pol

Answer 1

polymerisatie

Question 2

E-site dna pol

Answer 2

editing

Question 3

primase vs dna pol

Answer 3

primase kan de novo en dna pol niet primase maakt een RNA primer en dna pol vervangt dit door dna

Question 4

vervangen primer

Answer 4

verwijderd door nuclease, repair dna pol zet dna in de gap, ligase lijmt de 3’oh en 5’ phosphate backbone. ligase gebruikt ATP hydrolyse om de 5’phosphate te activeren voor de lijming

Question 5

DNA helicase

Answer 5

glijdt over 1 van de twee strengen.
energieverbruik:
1. 1 ATP om te binden aan DNA
2. 1 ATP om te beginnen met bewegen
3. 1 ATP om de zooi open te breken

Question 6

polymerase alfa

Answer 6

heeft een primase subunit. maakt primer op de lagging strand, dan 20 nt en dissocieert

Question 7

polimerase epsilon

Answer 7

synthetiseert de okazaki fragmenten op de lagging strand

Question 8

polymerase delta

Answer 8

doet de leading strand synthetiseren

Question 9

topoisomerase 1

Answer 9

elnkelstrengsbreuk, kost geen ATP want bindt reversibel aan fosfaatgroep van DNA

Question 10

topoisomerase 2

Answer 10

dubbelstrengsbreuk bij 2 helices in elkaar, kost 2 ATP

Question 11

reverse transcriptase

Answer 11

proteins that synthesize DNA using an RNA template

Question 12

BER

Answer 12

glycosylase herkent base-flipping en verwijdert de base, AP endonuclease en fosfodiesterase verwijderen de suikerfosfaat

Question 13

NER

Answer 13

enzymcomplex herkent pyrimidine dimer, knipje aan weerszijden en helicase verwijdert het hele stuk strand, NER is gekoppeld aan transcriptie zodat belangrijk, veel getranscribeerd DNA snel/efficient gerepareerd wordt

Question 14

RecA

Answer 14

begeleidt de inkomende streng bij strand invasion om de juiste baseparing tot stand te brengen dmv sampling met triplets

Question 15

crossover

Answer 15

hele stukken chromosoom uitwisselen met homologe chromosoom

Question 16

gene conversion

Answer 16

een allel inwisselen met het homologe chromosoom

Question 17

branch migration

Answer 17

het vergroten van de regio van heteroduplex dna door het maken en verbreken van baseparen door eiwitten die aan Holliday junctions binden

Question 18

gene conversion

Answer 18

na homologe recombinatie zijn er mismatches. deze worden gerepareerd door mismatch repair maar omdat er geen nieuw gesynthetiseerde streng is gaat 1 van de twee sequenties van de heteroduplex verloren. dit kan leiden tot 2 chromosomen met de paternale of alleen de maternale sequentie

Question 19

transposons

Answer 19

stukken DNA die naar andere delen van het genoom kunnen verplaatsen zonder dat daar grote sequentie homologie voor nodig is. drie groepen: DNA-only transposons, retroviral-like transposons en nonretroviral retrotransposons

Question 20

transposase

Answer 20

meestal voor gecodeerd door een transposon zelf. herkent specifieke sequenties aan het uiteinde van de transposon en insert deze in het target DNA

Question 21

DNA-only transposon

Answer 21

gebruikt transposase om uit het DNA te knippen en in het target DNA te plakken. AAn de zijkanten korte inverted repeat sequences zodat ie een loop kan maken

Question 22

Helitrons

Answer 22

(DNA-only) coderen voor een transposase dat werkt als seq-specifiek nuclease en helicase.

Question 23

retrovirussen zoals HIV

Answer 23

hebben eigen reverse transcriptase, coderen voor een integrase dat het DNA integreert in het gastheergenoom

Question 24

integrase

Answer 24

virus-gecodeerde transposase

Question 25

retroviral-like retrotransposons

Answer 25

coderen voor een eigen integrase en een reverse transcriptase, die eerst een dubbelstrengs DNA-kopie maakt van het RNA transcript van het transposon. Dit wordt door een integrase geintegreerd in het genoom.

Question 26

nonretroviral retrotransposons

Answer 26

coderen voor een reverse transcriptase/endonuclease complex. targetDNA wordt geknipt door endonuclease en het 3’OH einde wordt als primer gebruikt voor de reverse transcriptase