deel 2

Question 1

Li-Fraumeni syndroom

Answer 1

autosomaal dominante mutatie op p53 zorgt voor een hogere kans op kanker

Question 2

Welke mutatie in de casus?

Answer 2

AAC–>AAA, aspargine naar lysine, naar een positief aminozuur

Question 3

loss of function

Answer 3

helemaal geen eiwit meer

Question 4

conditional loss of function

Answer 4

grootte van het eiwit maakt dat het zijn functie verliest (door verkeerde vouwing?)

Question 5

GOF

Answer 5

heeft invloed op het downstream effect van het eiwit

Question 6

p53 activeert transcriptie van …

Answer 6

p21

Question 7

qPCR

Answer 7

quantitative polymerase chain reaction, gen voor gen kijken of mRNA van p21 in de cel aanwezig is, goedkoop, je moet al weten wat de functie van het eiwit is

Question 8

Next generation sequencing

Answer 8

Totale mRNA samenstelling bepalen van de cel, kost veel, veel data, duurt lang

Question 9

western blot

Answer 9

eiwit voor eiwit het level bepalen, kost weinig

Question 10

proteomics

Answer 10

grote screening van veel eiwitten tegelijk, kost veel

Question 11

gen-expressie verlagen

Answer 11

RNAi (knockdown TP53), genomisch DNA aanpassen (CRISPR/Cas9)

Question 12

genexpressie verhogen

Answer 12

1. RNA in cel brengen
2. plasmide met gen in cel brengen
3. virus met gen in cel brengen
4. genomisch DNA aanpassen (extra kopie van het gen/mutant)

Question 13

mutant RNA in de cel brengen

Answer 13

1. plasmide met mutant gen
2. genomisch DNA aanpassen naar mutant met CRISPR

Question 14

transfectie

Answer 14

het overbrengen van een nucleotidensequentie naar een cel

Question 15

plasmiden

Answer 15

circulair DNA dat zich buiten het genomische DNA bevindt in bijvoorbeeld bacteriën

Question 16

Cloning vector/expressievector

Answer 16

1. promotor zodat transcriptie plaats kan vinden
2. restrictie sites (hier komt het gen te zitten)
3. ORI voor replicatie van de plasmide
4. poly-a site
5. ampicillin resistentie zodat alleen cellen met het gen overleven

Question 17

restriction sites

Answer 17

endonuclease, dubbelstrengs, symmetrisch, 6-8 nt

Question 18

restrictie-enzym

Answer 18

knipt in een hoek waardoor er een overhang ontstaat (sticky end)

Question 19

sticky end

Answer 19

geknipt uiteinde met overhang

Question 20

blunt end

Answer 20

recht afgeknipt door restrictie-enzym

Question 21

polylinker

Answer 21

heel veel restrictiesites bij elkaar

Question 22

insert uit het genomisch DNA

Answer 22

inclusief introns

Question 23

insert uit cDNA bank

Answer 23

gen zoals het voorkomt in het mRNA door reverse transcriptase

Question 24

Insert vector

Answer 24

geen promotor etc. maar echt allen het DNA geisoleerd

Question 25

PAM sequence

Answer 25

photospacer adjacent motif, NGG, cas knipt 3 nt upstream hiervan

Question 26

wat onderzoek je met qpcr?

Answer 26

de expressie van mRNA per gen

Question 27

wat onderzoek je met next gen seq?

Answer 27

alle mRNA’s uit een cel (voorbeeld)

Question 28

hoe kan je eiwit-levels bestuderen?

Answer 28

western-blot, proteomics, bekijken celbiologisch effect

Question 29

4 stappen van RNA isoleren

Answer 29

1. kweken van je cellen
2. verzamelen in vloeistof
3. lyseren (zeep/zout)
4. RNA isoleren (kolommetje)

Question 30

waarom wordt er cDNA gemaakt van mRNA bij qpcr?

Answer 30

RNA is heel instabiel en wordt constant afgebroken door nucleases.

Question 31

3 stappen van qPCR

Answer 31

1. RNA isoleren
2. cDNA synthese
3. qPCR

Question 32

benodigdheden bij cDNA synthese

Answer 32

geisoleerd mRNA, reverse transcriptase, (poly-T) primers, Buffer

Question 33

CT-waarde

Answer 33

aantal qPCR cycles tot de threshold

Question 34

coverage

Answer 34

de mate waarin het hele referentiegenoom bedekt is door de korte seq reads

Question 35

variant calling

Answer 35

vergelijken van je sample met het referentiegenoom

Question 36

sequencing depth

Answer 36

hoeveel reads van 1 nucleotide op 1 plek

Question 37

single nucleotide variant

Answer 37

‘mutatie’ als 10x een T voorkomt op een plek waarin op het RefGen een A zit