week 4 Flashcards
post-transcriptional controls
na binding RNA polymerase aan de promotor en RNA synthese is begonnen
transcription attenuation
het RNA vouwt zich in een 3d structuur tijdens trtanscriptie om RNA-pol II te hinderen
riboswitch
korte RNA-sequenties die van vorm veranderen door de binding van een klein molecuul. Promoten of blokkeren dan rna-polymerase. Meestal aan de 5’ kant van het mRNA.
intron sequence ambiguity
spliceosoom kan verschillende alternatieve paren van splice sites niet goed van elkaar onderscheiden omdat het werkt met consensussequenties. Deze manier van alternatieve splicing is ongereguleerd en transcripten zijn dus in gelijke hoeveelheden aanwezig.
negatieve regulatie van alternatieve splicing
binden van een repressor waardoor de splicing-machinerie niet kan binden op het pre-mrna
positieve regulatie van alternatieve splicing
binden van een activator zorgt ervoor dat de splicing machinerie kan binden op een splice-site die anders overgeslagen zou worden
eiwit-coderend gen
DNA- sequentie die wordt afgeschreven als één eenheid en codeert voor een set nauwverwante polypeptideketens
back splicing
er kan circulair RNA ontstaan ter grootte van 1 exon (200 nt) doordat een 3’splice site verbindt met een 5’site die al uit het RNA-polymerase gekomen is
directed transport
transport mRNA over het cytoskelet met motoreiwitten, vervolgens vast aan ankereiwitten
random diffusion and trapping
mRNA bindt random aan ankereiwitten als ze ze tegen komen
local protection by trapping
mRNA wordt standaard overal afgebroken behalve bij de ankereiwitten
werking elF2
gebonden aan GTP gaat het samenmet tRNA binden aan de kleine ribosomale subunit. Deze bindt aan de 5’ kant van het mRNA en begint met scannen tot de AUG. Dan wordt GTP door elf2B vervangen door GDP en elF2 dissocieert. vervolgens kan de grote subunit binden –> translatie
regulatie elF2
door fosforylatie gaat elF2 met hoge affiniteit binden aan elF2B waardoor er geen GDP in GTP omgezet kan worden –> weinig actief elF2 –> minder overall translatie
uORF
upstream open reading frames in de 5’UTR zorgen ervoor dat de ORF minder wordt getransleerd omdat een aantal ribosomen vanaf het uORF start en van het mRNA afvalt
leaky scanning
wanneer de recognition site rondom het AUG te veel afwijkt wordt de volgende AUG gebruikt –> kortere eiwitten, soms zonder transportsignaal
IRES
internal ribosome entry sites zijn mRNA sequenties die 3d structuren vormen waar translatie-initiatie eiwitten direct aan kunnen binden.
mechanismen voor eukaryote mRNA afbraak
na inkorten poly-A staart: 1. 5’-3’ verwijderen cap en afbraak, 2. 3’-5’ afbraak
P-bodies
afbraak mRNA dat al gedeeltelijke poly-A shortening heeft gehad. Bewaren sommige intacte RNA’s
stress-granules
hier worden mRNA’s tijdelijk opgeslagen bij cellulaire stress
RNAi
RNA interferentie door base-paring van miRNA, siRNA of piRNA
miRNA regulator genexpressie
vormt samen met eiwitten RISC. drie kenmerken maken het een goede regulator:
1. één miRNA kan meerdere mRNA’s reguleren
2. miRNA’s werken combinatorial (er kunnen er meerdere binden als één niet genoeg is
3. miRNA neemt minder ruimte in het genoom in dan eiwitten
siRNA
small interfering RNA ontstaat door (viraal) dsRNA dicing in kleine fragmenten en vervolgens klieving van de strengen door Argonaute. Het kan binden aan RISC en dan kan Argonaute viraal RNA of transposable element RNA vinden en afbreken
RITS
RNA-induced transcriptional silencing complex bestaat uit siRNA en eiwitten zoals argonaute. Dit remt transcriptie door tijdens de transcriptie te binden aan het target RNA en vervolgens histon-modificerende eiwitten aan te trekken die zorgen voor heterochromatinevorming. Zo remt siRNA transcriptie.
lncRNA
langer dan 200nc
functies:
1. scaffold: eiwitten bij elkaar brengen (bijv, telomerase)
2. guide sequences: eiwitten naar specifieke sequenties brengen waar ze aan kunnen binden
3. antisense RNA’s: soms afgeschreven in de verkeerde richting waardoor ze kunnen binden aan het mRNA van de goede richting
4. biomoleculaire cindensaten formatie
- ze werken meestal in trans maar kan ook in cis als ze aan de RNA-pol blijven zitten
