week 4

Question 1

post-transcriptional controls

Answer 1

na binding RNA polymerase aan de promotor en RNA synthese is begonnen

Question 2

transcription attenuation

Answer 2

het RNA vouwt zich in een 3d structuur tijdens trtanscriptie om RNA-pol II te hinderen

Question 3

riboswitch

Answer 3

korte RNA-sequenties die van vorm veranderen door de binding van een klein molecuul. Promoten of blokkeren dan rna-polymerase. Meestal aan de 5’ kant van het mRNA.

Question 4

intron sequence ambiguity

Answer 4

spliceosoom kan verschillende alternatieve paren van splice sites niet goed van elkaar onderscheiden omdat het werkt met consensussequenties. Deze manier van alternatieve splicing is ongereguleerd en transcripten zijn dus in gelijke hoeveelheden aanwezig.

Question 5

negatieve regulatie van alternatieve splicing

Answer 5

binden van een repressor waardoor de splicing-machinerie niet kan binden op het pre-mrna

Question 6

positieve regulatie van alternatieve splicing

Answer 6

binden van een activator zorgt ervoor dat de splicing machinerie kan binden op een splice-site die anders overgeslagen zou worden

Question 7

eiwit-coderend gen

Answer 7

DNA- sequentie die wordt afgeschreven als één eenheid en codeert voor een set nauwverwante polypeptideketens

Question 8

back splicing

Answer 8

er kan circulair RNA ontstaan ter grootte van 1 exon (200 nt) doordat een 3’splice site verbindt met een 5’site die al uit het RNA-polymerase gekomen is

Question 9

directed transport

Answer 9

transport mRNA over het cytoskelet met motoreiwitten, vervolgens vast aan ankereiwitten

Question 10

random diffusion and trapping

Answer 10

mRNA bindt random aan ankereiwitten als ze ze tegen komen

Question 11

local protection by trapping

Answer 11

mRNA wordt standaard overal afgebroken behalve bij de ankereiwitten

Question 12

werking elF2

Answer 12

gebonden aan GTP gaat het samenmet tRNA binden aan de kleine ribosomale subunit. Deze bindt aan de 5’ kant van het mRNA en begint met scannen tot de AUG. Dan wordt GTP door elf2B vervangen door GDP en elF2 dissocieert. vervolgens kan de grote subunit binden –> translatie

Question 13

regulatie elF2

Answer 13

door fosforylatie gaat elF2 met hoge affiniteit binden aan elF2B waardoor er geen GDP in GTP omgezet kan worden –> weinig actief elF2 –> minder overall translatie

Question 14

uORF

Answer 14

upstream open reading frames in de 5’UTR zorgen ervoor dat de ORF minder wordt getransleerd omdat een aantal ribosomen vanaf het uORF start en van het mRNA afvalt

Question 15

leaky scanning

Answer 15

wanneer de recognition site rondom het AUG te veel afwijkt wordt de volgende AUG gebruikt –> kortere eiwitten, soms zonder transportsignaal

Question 16

IRES

Answer 16

internal ribosome entry sites zijn mRNA sequenties die 3d structuren vormen waar translatie-initiatie eiwitten direct aan kunnen binden.

Question 17

mechanismen voor eukaryote mRNA afbraak

Answer 17

na inkorten poly-A staart: 1. 5’-3’ verwijderen cap en afbraak, 2. 3’-5’ afbraak

Question 18

P-bodies

Answer 18

afbraak mRNA dat al gedeeltelijke poly-A shortening heeft gehad. Bewaren sommige intacte RNA’s

Question 19

stress-granules

Answer 19

hier worden mRNA’s tijdelijk opgeslagen bij cellulaire stress

Question 20

RNAi

Answer 20

RNA interferentie door base-paring van miRNA, siRNA of piRNA

Question 21

miRNA regulator genexpressie

Answer 21

vormt samen met eiwitten RISC. drie kenmerken maken het een goede regulator:
1. één miRNA kan meerdere mRNA’s reguleren
2. miRNA’s werken combinatorial (er kunnen er meerdere binden als één niet genoeg is
3. miRNA neemt minder ruimte in het genoom in dan eiwitten

Question 22

siRNA

Answer 22

small interfering RNA ontstaat door (viraal) dsRNA dicing in kleine fragmenten en vervolgens klieving van de strengen door Argonaute. Het kan binden aan RISC en dan kan Argonaute viraal RNA of transposable element RNA vinden en afbreken

Question 23

RITS

Answer 23

RNA-induced transcriptional silencing complex bestaat uit siRNA en eiwitten zoals argonaute. Dit remt transcriptie door tijdens de transcriptie te binden aan het target RNA en vervolgens histon-modificerende eiwitten aan te trekken die zorgen voor heterochromatinevorming. Zo remt siRNA transcriptie.

Question 24

lncRNA

Answer 24

langer dan 200nc
functies:
1. scaffold: eiwitten bij elkaar brengen (bijv, telomerase)
2. guide sequences: eiwitten naar specifieke sequenties brengen waar ze aan kunnen binden
3. antisense RNA’s: soms afgeschreven in de verkeerde richting waardoor ze kunnen binden aan het mRNA van de goede richting
4. biomoleculaire cindensaten formatie
- ze werken meestal in trans maar kan ook in cis als ze aan de RNA-pol blijven zitten

Question 25

allosterische regulatie van eiwitactiviteit

Answer 25

twee bindingsplaatsen: een active site voor substraat en een regulatory site voor een ligand

Question 26

fosforylering

Answer 26

covalent binden van de derde fosfaatgroep van atp aan hydroxylgroep van serine, threonine of tyrosine

Question 27

monoubiquitinering

Answer 27

histonregulatie

Question 28

multiubiquitinering

Answer 28

endocytose

Question 29

polyubiquitinering

Answer 29

afbraak in proteasoom of DNA repair

Question 30

proteasoom

Answer 30

cilinder waarin eiwitten met ubiquitine aan de cap worden herkend en in het core door proteases wordt afgebroken

Question 31

SRP

Answer 31

signal recognition particle

Question 32

shuttling proteins

Answer 32

hebben zowel NLS als NES en shuttelen steeds op en neer tussen de nucleus en het cytosol