Week 2

Question 1

mRNA

Answer 1

codeert voor eiwit

Question 2

rRNA

Answer 2

vormen de structuur van het ribosoom

Question 3

tRNA

Answer 3

transfer RNA als adaptor tussen mRNA en aminozuren

Question 4

Telomerase RNA

Answer 4

template voor het telomerase enzym

Question 5

snRNA

Answer 5

small nuclear RNA speelt een rol bij processen in de kern zoals splicing van pre mRNA

Question 6

snoRNA

Answer 6

small nucleolar RNA helpt met processen en chemisch modificeren van rRNA

Question 7

lncRNA

Answer 7

long noncoding RNA speelt o.a. een rol bij x-chromosoom inactivatie

Question 8

miRNA

Answer 8

micro RNA reguleert genexpressie door de translatie van mRNA te blokkeren en hun afbraak te verzorgen

Question 9

siRNA

Answer 9

small interfering RNA schakelen genexpressie uit door mRNA af te breken en te zorgen voor onderdrukkende chromatinestructuur

Question 10

piRNA

Answer 10

piwi interacting RNA bindt aan piwi eiwitten en beschermen de germ line cellen voor transposons

Question 11

polymerase holo-enzym

Answer 11

complex van sigmafactor en polymerase bij transcriptie initiatie van prokaryoten

Question 12

abortive initation

Answer 12

aan het begin van de transcriptie bij prokaryoten zit de sigma factor aan de ene streng en polymerase begint met transcriptie van de ander e streng wat ervoor kan zorgen dat het losbreekt van de sugmafactor maar als dat niet gebeurt worden er steeds kleine stukjes RNA gemaakt

Question 13

terminator sequentie

Answer 13

transcriptie: codeert voor een stukje RNA dat een haarspeld kan vormen dmv base-paring met zichzelf

Question 14

RNA polymerase 1

Answer 14

5.8S, 18S en 28S rRNA genen (ribosomaal)

Question 15

RNA polymerase II

Answer 15

de meeste genen (sno, mi, si, lnc) incl. eiwitcoderend

Question 16

RNA polymerase III

Answer 16

tRNA, 5S RNA, sommige snRNA en kleine RNA’s zoals tRNA

Question 17

general transcription factors

Answer 17

zijn bij eukaryoten nodig voor initiatie en dealen met de verpakking in nucleosomen

Question 18

elongatiefactoren

Answer 18

helpen op 3 manieren om door een nucleosoom te transcriberen: 1. vormen een wig om het DNA weg te wrikken van de histonkern, 2. ze destabiliseren de interacties van DNA met het histon door een positief geladen oppervlak voor het RNA pol uit te duwen, 3. ze verminderen de intrinsieke kleverigheid van RNA pol voor nucleosomen

Question 19

capping

Answer 19

methylguanosine aan de 5’ kant van het primaire transcript

Question 20

snRNA bij processing

Answer 20

herkent bij splicing de 5’ en 3’ splice site en het branchpoint, U1,U2, U4, U5, U6

Question 21

snRNP

Answer 21

small nuclear ribonucleoproteins bestaan uit een complex van snRNA met minimaal 7 eiwitten, samen vormen snRNP’s de core van het spliceosoom

Question 22

U1 snRNP

Answer 22

bindt met 5’splice site

Question 23

BBP

Answer 23

branchpoint binding protein herkent samen met U2AF de branchpoint

Question 24

EJC

Answer 24

exon junction complex voor verbinden mRNA waar eerst introns zaten

Question 25

polyadenylering

Answer 25

de consensussequentie in het RNA wordt herkend door CPSF en CSTF aan het CTD, hierdoor klieving en vervolgens polyadenylering door PAP

Question 26

herkenning mature mRNA

Answer 26

afwezigheid snRNP, aanwezigheid cap-binding proteins en poly-a binding proteins

Question 27

exosoom

Answer 27

hier worden verkeerde mRNA's en bijv exons afgebroken

Question 28

NPC

Answer 28

hierdoor verlaat mature mRNA de nucleus

Question 29

vier typen rRNA

Answer 29

18s, 5.8s en 28s worden als 1 45s-precursor rRNA getranscribeerd door RNA polymerase I en later geknipt en geprocessed door snoRNP's. 5S rRNA wordt getranscribeerd door RNA polymerase III.

Question 30

wobble

Answer 30

wanneer op de derde positie van het anticodon een willekeurige base gepositioneerd kan zijn

Question 31

aminoacyl-tRNA synthetase

Answer 31

koppelt een aminozuur aan het juiste tRNA

Question 32

selectie juiste aminozuur door aminoacyl-tRNA

Answer 32

- juiste aminozuur heeft de grootste affiniteit voor het actieve centrum van de synthetase - aminozuur gebonden aan AMP bindt tRNA --> in editing pocket geduwd waar alleen de juiste NIET in past, verkeerde worden van AMP af geknipt

Question 33

peptidyl-tRNA

Answer 33

aminoacyl tRNA dat vastzit aan de eiwitketen

Question 34

kleine ribosomale subunit

Answer 34

tRNA's gematcht met het mRNA

Question 35

grote ribsosomale subunit

Answer 35

aminozuren aan de peptideketens gezet

Question 36

EF-Tu

Answer 36

elongatiefactor die zorgt dat het juiste tRNA bindt aan het ribosoom. Ribosoom vouwt er omheen (conformatieverandering) en als het een match is: GTP-->GDP en EF-Tu dissocieert

Question 37

EF-G

Answer 37

elongatiefactor die bindt in de A-site en ervoor zorgt dat de kleine subunit opschuift na de grote subunit

Question 38

induced fit

Answer 38

het ribosoom en RNA polymerase vouwen zich om de codon-anticodon en om het DNA-RNA. Match --> conformatieverandering --> nucleotide/aminozuur aan de keten

Question 39

kinetic proofreading

Answer 39

na de conformatieverandering beweegt het tRNA naar de enzymatische pocket van het ribosoom waarbij het tRNA eruit kan vallen als het geen match is omdat het langzamer door het ribosoom beweegt en losser aan het codon vastzit

Question 40

energieverbruik bij koppeling van aminozuren

Answer 40

1 ATP: om een az aan een tRNA te koppelen 2 GTP: de elongatiefactoren EF-Tu en EF-G

Question 41

release factor bij translatie

Answer 41

bindt in de A site en zorgt ervoor dat het peptidyl-transferase een watermolecuul toevoegt aan het peptidyl-tRNA ipv een aminozuur

Question 42

Translatie-initiatie bij eukaryoten

Answer 42

Met-tRNAi bindt aan de kleine subunit in de P site, de kleine subunit bindt aan de 5' cap van het mRNA en begint te scannen naar de Kozak sequentie

Question 43

Translatie initiatie bij prokaryoten

Answer 43

geen 5' cap maar een Shine-Dalgarno sequentie waar het ribosoom aan bindt

Question 44

Nonsense-mediated mRNA decay

Answer 44

verwijdering van incorrect mRNA zodra het uit de kernporie komt

Question 45

TFIIH

Answer 45

gebruikt ATP om DNA helix open te maken en fosforyleert de CTD van RNA pol

Question 46

TFIID

Answer 46

herkent samen met zijn subunit tbp de tatabox