week 3 Flashcards
Hoe kunnen mutaties ontstaan waaruit uiteindelijk leukemie uit voort komt?
- radioactieve straling
- mutagene stoffen
- erfelijke factoren
- toeval
Wat is de reactie van een cel op DNA-schade?
- Aanzetten van DNA herstel-mechanisme
- incorrect DNA schade herstel: Cel gaat dood
- incorrect DNA schade herstel/Cel gaat niet dood: mutaties gevolgd door transformaties
Hoe kunnen we DNA-schade waarnemen? en zijn alle DNA schades waarneembaar?
niet alle DNA-schades zijn waarneembaar –> 40% kunnen we waarnemen mbv een microscoop. Hierin kunnen we chromosoom afwijkingen herkennen.
Hoe heet de medicatie die als vervanging dient voor ATP zodat de functie van het Bcr-Abl eiwit wordt geblokkeerd –> chronische myeloide leukemie niet meer optreed
hoe kan het dan dat de ziekte toch terug kan komen?
Imatinib
mutatie van de opening waardoor imatinib niet meer past –> alternatieve ontwikkeld zoals
- Dasatinib, nilotinib
- stamceltransplantatie
Wat gebeurt er bij mensen met leukemie?
ophoping van niet functionele cellen (meestal blasten) vind plaats die de normale bloedcelvorming ernstig onderdrukken
Hoe ontstaat leukemie?
het wordt veroorzaakt door mutaties in het DNA
Wat voor mutatie is in 95% van de gevallen bij chronische myeloide leukemie vast te stellen?
een translocatie t(9;22) –> Philadelphia chromosoom
hoeveel meter DNA bevat iedere cel ongeveer?
2 meter in een kern van ongeveer 10 micrometer doorsnede
benoem de celcyclus
G1: celgroei
S: verdubbeling van het DNA
G2: klaarmaken voor mitose
M: uitverdeling van de chromosomen over de dochtercellen
benoem alle fases van de mitose in volgorde
- profase
- prometafase
- metafase
- anafase
- telofase
- cytokinese
Welke technieken worden gebruikt om chromosomen te kunnen zien.
- alle chromosomen (bijv. R bandering)
- een gen (FISH)
- een chromosoom (FISH)
- spectrale karyotypering (SKY)
benoem de verschillende mogelijke afwijkingen van chromosomen.
- translocatie
- deletie
- dicentrische chromosomen (twee centromeren)
Wat gebeurt er bij 50% van de dicentrische chromosomen?
er wordt in tegenovergestelde richting aan getrokken waardoor ze uiteindelijk kapot zullen gaan –> verdwijnen uiteindelijk
Wat is het annafase checkpoint en wat heeft dit te maken met non-disjunctie?
In de metafase worden alle chromosomen vastgemaakt. Als een chromosoom niet vast zit (anafase checkpoint doet het niet) voordat de uitverdeling begint, dan kan er een chromosoom te veel of te weinig in de dochtercel komen.
hoe ontstaat een deletie?
hoe noemen we de situatie wanneer er in het midden van een chromosoom een deel verdwijnt?
- eerst een dubbelstrengs breuk in het DNA
- dan mitose
- het stukje chromosoom zonder centromeer wordt niet goed uitverdeeld
- er ontstaat een cel die een chromosoomarm mist
interstitiele deletie
Wat houd chromotripsis precies in?
chromosomen kunnen in kleine stukjes breken en weer aan elkaar gezet worden
Dit kan gebeuren met 1 chromosoom of met meerdere
Wat is genamplificatie?
heel veel celdeling van genen in een chromosoom waardoor ze extreem groot worden.
hoe vind activering van oncogenen plaats?
inactiveren van tumor supressor genen door?
- translocaties
- verdubbeling van chromosomen
- genamplificatie
- deletie
- verlies van chromosomen
Hoe worden telomeren beschermt?
Doormiddel van een T-loop, wanneer dat niet goed verlopen is ontstaat er een dicentrisch chromosoom –> chromosomale instabiliteit
Op welke twee manieren kunnen tumoren blijven door delen?
85-90% van elle tumoren brengt telomerase tot expressie
10-15% via alternatieve wijze (snappen we nog niet)
Hoe kunnen we verschillende afwijkingen detecteren?
- klassieke cytogenetica (banderingsmethode)
- moleculaire cytogenetica
- fluorescente in situ hybridisatie (FISH)
- Array (SNP array)
- moleculaire diagnostiek
– RG-PCR (fusie genen)
– Q-PCR
– sequencing (Sanger => next generation Seq)
Welke soorten banderingen zijn er?
- R-bandering
- Q-bandering
- G-bandering
Wat is het verschil tussen gebalanceerde afwijking en een niet-gebalanceerde afwijking?
gebalanceerd: het DNA is nog aanwezig maar niet meer op de juiste plek in het chromosoom
niet gebalanceerd: sprake van verlies of winst van een deel van een chromosoom
Wat bedoelen we met een p en een q arm? Waar zit het centromeer?
met P bedoelen we altijd de kleine arm en staat voor petit in het frans, q is de letter die daarna komt in het alfabet en betekent grote arm in het chromosoom. centromeer zit tussen p en q.
Wat wordt bedoeld met een complex caryotype? (dit komt voor bij mensen met AML)
wil zeggen dat er meer als drie chromosoom afwijkingen zitten in de tumorcellen. –> slechte prognose
in 2008 werd een nieuwe risicogroep gevonden bij mensen met leukemie, welke?
monosomaal karyotype
- een monosomie en een structurele afwijking
Benoem wat er gebeurd bij onderstaande fase van de celcyclus
G1: fase:
S fase:
G2 fase:
M fase:
G1: fase: fysieke groei van de cel
restrictiepunt: besluit om replicatie te starten
S fase: duplicatie van de chromosomen
G2 fase: voorbereiding op celdeling
M fase: celdeling
Waar staan de volgende Cyclines voor?
cycline A
cycline B
cycline D
cycline E
afbeelding bureaublad
cycline A: progressie door S fase –> bind aan CDK2
cycline B: overgang naar M fase –> bind aan CDK1
cycline D: activatie van de celcyclus in G1 (na groeisignaal) –> bind aan CDK4 met als remmer CKI: p16ink4a
cycline E: overgang naar, en voorgang van S-fase –> bind aan CDK2 met als remmer CKI: p21
welke cycline complexen hebben remmers? wat is de naam van deze twee?
CDK D (p16ink4a) en E (p21)
Waar in de cyclus zitten checkpointen om te kijken of alles oké is? in welk eiwitten kunnen mutaties zorgen voor het beïnvloeden van deze checkpoints?
- van de G1 naar de S fase –> checkpoint (geen DNA schade) P53
- intra S ATM
- G2/M
- anafase (chromosomen goed gerangschikt) BUB1
4 checkpoints en 1 restrictiepunt RB
Wat zijn de gevolgen van de eiwitmutatie in het eiwit ATM?
- overgevoelig voor röntgenstraling
- kankerpredispositie (een verhoogde genetische aanleg of gevoeligheid voor het ontwikkelen van kanker)
- progressieve ataxia (motorische coördinatie defecten)
Hoe noem je de mutaties die ontstaan door een mutant in de ATM cel? welke fase past hierbij?
radioresistente DNA Synthese (RDS) fenotype
- intra S fase (zijn betrokken bij de dubbelstrengs breuken)
Wat gebeurt er als de anafase checkpoint defect is?
dit leidt tot aneuploidie (genetische afwijking waarbij een cel een abnormaal aantal chromosomen bevat)
Welke genen kunnen spanningen voelen tijdens de mitose?
MAD1, BUB1 –> wanneer hier een defect aan is kan het zorgen dat het chromosomen paar samen naar een kant wordt getrokken, hierdoor ontstaat aneuploidie.
Waar zit bij zoogdieren de interne klok?
in de suprachiasmatische nucleus (SCN)
welke genen zijn belangrijke klokgenen?
Cry1-2 zijn belangrijke klokgenen
in welke delen van ons lichaam is de klok aanwezig die dag/nacht ritme bepalen?
centrale klok:
- in de neuronen van de SCN
- iedere dag gelijk gezet met licht-donker cyclus door licht
perifere klok
- overige weefsels en cellen
- ongevoelig voor lichtprikkels
- iedere dag gelijk gezet door de SCN
–humorale factoren (bijv. hormonen)
– neurale stimuli
- zelfde set klokgenen als SCN
iedere cel in lichaam heeft een klok
Mensen die in ploegendiensten werken hebben te maken met een heel ander ritme. Hoe noemen we het verschil in lichaamstijd en geografische tijd? en welke klachten passen hierbij?
circadiane desynchronie
Klachten:
- slaaptekort
- vermoeidheid
- verminderde alertheid
- verminder prestatievermogen
Wat zijn de langertermijn effecten van regelmatige circadiane verstoring? (ploegendienst)
- cardiovasculaire ziekten
- metabole aandoeningen
- kanker
Wat wordt bedoeld met chronotoxiciteit?
toxisch effect is afhankelijk van het tijdstip van blootstelling
Wat kunnen we doen dmv chronotherapie/chronofitness?
Door een robuustheid circadiane ritmiek geassocieerd met een hogere kans op overleving –> betere prognose.
chronotherapie: toediening op momenten van de dag waarbij de medicatie beter kan worden opgenomen –> lagere dosis nodig –> minder bijwerkingen.
wat ontstaat er in het DNA als het gevolg van de blootstellen van cellen aan ioniserende straling.
dubbelstrengs breuken
tijdens welke fase(n) van de celcyclus vind homologe recombinatie (HR) plaats?
S-fase
Waar kan de humane genoomsequentie gebruikt voor worden? noem er drie
- identificeren en kloneren van ziektegenen.
- identificeren van nieuwe genen die verwant zijn aan de bekende drug targets –> dit bied de kans nieuwe farmacologische stoffen te ontwikkelen
- het vinden van mutaties die overgevoeligheid voor medicijnen veroorzaken. –> aanpassing dosis en terugdringen van bijwerkingen
Hoe werkt microarray analyse? benoem de drie mogelijke uitkomsten
welke soort weefsel word hier vergeleken?
- geen oplichting: de genen komen niet tot expressie
- gele uitslag: de genen komen even hard tot expressie in beide weefsels.
- rode of groene uitslag: de genen komen in het ene weefsel meer tot expressie dan in het ander weefsel.
er word een vergelijking gemaakt tussen gezond en tumorweefsel.
Waarom is de toepassing van microarray analyse zo belangrijk bij mensen met DLBCL? (diffuse large B cell lymphoma)
Deze is zeer belangrijk omdat hiermee onderscheid gemaakt kan worden tussen Germinal Centre B-like DLBCL en activated B-like DLBCL –> ze geven twee verschillende prognoses
Benoem de voordelen van next generation sequencing van RNA?
- enorm dynamisch bereik
- gebruik van alternatieve promotoren
- alternatieve splicing
- allel-specifieke gen expressie
welke vorm van cytogenetica wordt gebruikt bij het opsporen van deleties en welke bij het opsporen van translocaties?
opsporen translocatie: SKY (spectrale karyotypering)
opsporen kleine deleties: FISH (fluorescente in situ hybridisatie) –> wordt gebruikt bij familiare afwijkingen waarbij het deletie gedeelte al bekend is.
Wat is een ander woord voor HeLa-cel?
tumorcel
Kunnen we beter naar de hoeveelheid eiwit kijken of beter naar mRNA als we het hebben over genexpressie.
De hoeveelheid eiwit is een betere maat voor genexpressie dan mRNA
Hoe kunnen we bepalen welke eiwitten er in bepaalde mengsels zitten? wat kunnen we nog meer meten met dit hulpmiddel?
Dit doen we met behulp van massa spectrometrie
- eiwit identificeren
- eiwit kwantificeren
- bindende eiwitten identificeren
- eiwitmodificaties identificeren
Welk enzym wordt gebruikt om het uiteindelijke sample te vormen dat gebruikt wordt bij massaspectrometrie?
trypsine knipt het mengsel in peptides die uiteindelijk gebruikt worden.
het knipt op de plek van Arginine (R) of lysine (K)
Hoe kunnen we in bloed kijken of er wellicht een tumor aanwezig is?
Dit kan met behulp van metabolieten, deze in de massa spectromtrie stoppen.
Waarom is mRNA niet altijd voorspellend voor eiwit (activiteit)?
- regulatie
- regulatie van eiwitstabiliteit
- regulatie van eiwitmodificatie
benoem de regulatie van translatie?
Pri-miRNA wordt doormiddel van dorsha in de kern geknipt –> pre-miRNA
2. transport naar cytoplasma
3. dicer knipt het tot miRNA
4. 1 streng wordt ingebouwd in RISC complex
Geef een beschrijving van de volgende woorden:
genoom:
transcriptoom:
proteoom:
metaboloom:
genoom: complete set van het DNA
transcriptoom: complete set van het RNA
proteoom: complete set van de eiwitten
metaboloom: complete set van metabolieten
Wat is het gevolg van een verlaagde expressie van het MiR-16 gen? (kankergen)
als er minder MiR-16 is wordt BCL2 verhoogd, hierdoor wordt apoptose geremd. Daarnaast zorgt verlaging van MiR-16 ook voor verhoging van CDC25A, wat weer leidt tot celcyclus progressie.
