Virologi Flashcards
Definitionen av virus
Virus= ”Obligata intracellulära parasiter utan egen metabolism”
Dom är absolut beroende av en levande cell för sin egen förökning.
Dom har ingen metabolism, de kan inte syntetisera saker (som bakterier kan), virus har inga ribosomer eller enzymer med egen aktivitet.
Kan man se virus i mikroskop?
Man kan inte se virus i ljus mikroskop, måste titta i ett elektron mikroskop.
Vad är Bakterievirusfager?
- bakterier kan också drabbas av virus
- finns väldigt många, kallas också bakteriefager.
- infekterar bakterier, och i vissa fall kan de döda bakteriern
Hur stora är virus?
- Virus ser olika ut och är olika stora 20nm(minst)- 360nm(störst förutom gigantiska)
- En del virus är väldigt komplexa ur en virussynvinkel, jämfört med bakterier och parasiter är de dock simpla
- finns väldigt små virus
- utseendet har betydelse för hur de fingerar, hur de smittar osv
Gigantiska virus: upptäckt på senare är, arvsmassan på gigantiskt virus är större än vissa bakterier.
Vad är virus uppbyggda av?
- Allra flesta är simpelt uppbyggda
- Består av små enheter som byggs ihop till en liten proteinboll packad med virusets arvsmassa
- Virusets arvsmassa är väldigt begränsad, så de använder sig av samma enheter
- Virusen är uppbyggd på ett specifikt sätt, tex genom att varje enhet omges av x antal andra enheter. Ju fler enheter, desto större virus
De fyra grundstrukturerna av virus
- Icosaherdral- “proteinboll”
- Naked capsid eller enveloped
- Helical
- Naked capsid eller enveloped
Virusen kan alltså vara icosahedral eller helical och aningen ha ett lipidhölje eller vara naken
Vad innebär Enveloped?
- När viruset har ett lipidmembran, innehållande matrix, lipid, glycoprotein
tre delar av som virus är uppbyggda av
Arvsmassa (alla har genom:arvsmassa,),
proteinskal,
vissa har lipidmembran
Proteinskalets uppbyggnad av “enheter”
- byggs upp av strukturella enheter.
- enheterna kan bygga upp stora, eller mindre virus bollar.
- olika virus bygger upp på olika sätt med arvsmassan innanför skalet
Helikala virus uppbyggnad
- byggs med enheter, men bygger helikala strukturer med arvsmassan packad inne i helixen.
- ex. rabies virus
Andra sorter av virus uppbyggnad
- Det finns mer komplicerade varianter som kallas Reovirus-flera lager
- uppbyggt av tre lager protin enheter.
Poxvirus uppbyggnad
- stora, väldigt komplicerade struktur
- arvsmassan i heilkala strukturer, men det finns flera stukturer
Exempel på poxvirus
koppor: Smittkoppor, kokoppor, apkoppor, getkoppor etc
Vad innebär Kapsid?
Kapsid: proteinsskalet
Vad innebär Nukleokapsid?
Nukleokapsid: med arvsmassan
Vad innebär Virion?
Virion: en infektiös viruspartikel
Vad innebär Kapsomer?
Kapsomer: enheterna som bygger upp skalet
Vad innebär hölje?
Hölje: lipidhölje som vissa virus har, samma princip som runt våra celler. Brukar sitta proteiner på som har olika funktioner
Vad betyder strukturella proteiner?
Strukturella proteiner: alla proteiner som finns i virionet
Vad betyder icke-strukturella?
Icke-strukturella: finns ej i virionet. det sin viruset ser till att produceras men som inte packas in i virionet utan har uppdrag i den infekterade cellen
Arvsmassans funktion
- Arvsmassan: ”ritning” som styr hela förökningsprocessen i cellen och värddjuret
- även om den har en liten arvmassa så fungerar dom i princip på samma sätt som för oss, ser till att viruset kan genomföra livscykeln.
Proteinskalets funktion
- Proteinskalet: skydd mot miljön, bindning till celler
- skydda arvsmassan så den inte bryts sönder av yttre miljöfaktorer (värme, uv ljus osv)
Vad är andra kapsidproteiners funktion?
- Andra kapsidproteiner: delta i infektionsprocessen på olika sätt
Vad är lipidhöljets funktion?
- Lipidhöljet: skydd och delta i virusets upptag
Två typer av arvsmassa hos virus?
Typ av arvsmassa varierar hos virus (vilket är unikt för virus)
- DNA
- Dubbelsträngad enligt klassisk modell, antingen Linjär (har en början och ett slut) eller cirkulär
- Enkelsträngad som arvmassa, unikt för virus. Kan vara linjär eller cirkulär
- RNA
- Enkelsträngad, Positiv eller negativ sense.
- Dubbelsträngad, vissa virus kan omvandla enkelstärngat till dubbelsträngat
Vad är ssDNA?
- Ett “enkelt virus” circovirus
- ssDNA = single stranded DNA
- väldigt små, enkla strukturer med få protein, producerar 2-4 proteiner. Finns i naturen och ger sjukdom.
Vad är Asfarvirus?
Superkomplexet (för ett virus)
- komplexa, många olika proteiner, kan producera uppåt 200.
Vad är ett Enkelt RNA virus?
Enkelt RNA virus- Picornavirus
- små rna virus, har väldigt liten dna, ca 7000baser
- ex polio
Vad är ett Komplext RNA virus?
Komplext RNA virus- coronavirus
- FIPV, SARS-CoV-2 och många mer
- det mest komplexa RNA virus som vi käner till, 30 000 baser
- många RNA virus har en poly A svans, och en UTR(region som inte transaleras)
- Liknar mRN (viktigt i försökningen)
Var kollar man efter virus klassificering?
International Committee on Taxonomy of Viruses
Händer mycket med klassificering och det uppdateras ständigt
Hur skrev klassificeringen av virus?
- Sekvensering av arvsmassa och släktskapsanalys
- Två stora grenar, RNA virus och DNA virus
- Sen tittar man på om de är enkel stärngade eller dubbelsträngade
- Dubbelstängade delas in i positiva eller negativa. - sen hur de ser ut.
- Delas in i olika familjer med liknande egenskaper
—-
Delar in i vilken typ av arvs massa, RNA eller DNA
RNA
- RNA virus delas in i enkelstärngade eller dubbelsträngade
2. - Tittar på hur dom ser ut, och delar in dom i familjer
Vilka virus får ingå i samma familj?
i en familj så är virus ganska lika, ungefär lika stora, samma typ av arvsassa, arvsmassan av generna är uppbyggda på liknande sätt.
Hur delas familjer in?
Delar in i virus i olika familjer, och familjerna delas de in i en ordning.
De familjer som ingår i en ordning har i stora drag liknande egenskaper, men i familjerna är de väldigt liknande egenskaper.
Ändelser på ordning samt familj
- virales: ording
- viridae: familj
Vad är Baltimoremetoden?
Metod för klassificering utifrån genom typer och hur dess mRNA bildas = Baltimoremetoden
- delas in i 7 olika delar utifrån mRNA
mRNA → DNA
- steget behövs inte om dnat kan användas direkt som mrna
Förklara serotyper och hur de bestäms
- Virus delas in serotyper, använder neutraliserande antikroppar
- Man isolerar viruset vid utbrott, gör neutralisationstester och då ser man vilka antikroppar som neutraliserar viruset och vilken serotyp det är
- Virus delas in serotyper, man tar virus och genererar antikroppar mot viruset. Antikropparna blandade man sedan med virus och såg hur dom binds till viruset. De virus som samma antikropparna binds till ingår i samma serotyp.
- Antikropparna kommer inte binda och kunna infektera celler från virus med annan serotyp.
- neutraliserar eller inte? = är den i den seotypen eller inte.
Hur kan man använda serotyper för vaccin?
- vaccin! måste veta vilket virus som cirkulerar innan man vacinerar. Man måste vaccinera med rätt serotyp för att ge skydd.
- olika mängd serotyper att ta hänsyn till beroende på virus. Ju fler serotyper= ju svårare att vaccinera mot. Fler leder till större risk att det kommer fram serotyper som man inte räknat med helt plötsligt.
Hur förökar sig virus?
Virus infektionscykel
- Virus förökar sig inte genom tillväxt och delning
- Virus kan inte tillväxa i livsmedel utan kräver en värd för att föröka sig
- Virus förökning är ungefär som ett löpande band, virusen ser till att komponera de olika komponenterna som finns i virus, sen sätts de ihop och lämnar “fabriken”
7 steg för virusförsökning
- Viruset måste binda till cellen. Hakar tag med cell receptorn
- Tar sig in i cellen och “klär av sig” proteinskalet
- Arvsmassan tar sig ut och ett antal gener börjar produceras. Det är här de skiljer sig åt mellan olika virustyper
- Arvsmassan kopieras
- Sena expressionen, de delar som bygger upp själva viruspartikeln produceras
- Delarna monteras ihop och tar sig ut
Detaljerna skiljer sig, men detta är en typexempel
Hur fungerar fastsättning/Attachment till cell-receptor och upptag i cellen?
- Nära kopplade händelser
- Binder snabbt ovh viruset tas omedelbart in via vesiklar
Hur använder virus receptorer?
Receptorer: molekyler som sitter på cellerna och har viktiga funktioner för cellerna. Virus kan använda dom genom att binda sig till dem och tar sig in i cellerna.
Vad betyder det att viruset kan binda till receptorn?
- Ett givet virus kan bara binda till celler som har de receptorer som behövs
- Finns inte receptorerna är cellen inte mottaglig mot viruset
- Stora konsekvenser utifrån populationen, vissa är resistenta mot vissa virus eftersom deras celler inte har receptorerna (bla)
Kan virus binda till fler receptorer?
Ja,
Eftersom celler är väldigt specifika har de olika receptorer → virus utvecklats till att infektera specifika typer av celler. (ofta övre luft vägar). Men vissa virus binder till flera olika typer av receptorer, vilket gör att de har en bredare repetuar av celler de kan infektera.
virus tar sig in i cellen genom två principer, vilka?
Direkt fusion
- Ett virus med lipidhölje, binder till cellens lipidmembran. lipodmembran och cellen cellmembran sammansmälter och arvsmassan kan ta sig in i cellen.
Receptormedierad endocytos-olika varianter
- Kan ske på olika sätt, finns olika varianter för dom att ta sig in på detta sätt
- Chlatrinberoende: Viruset tas in i en vesickel, viruset tar sig ur vesikeln och arvsmassan frisätts
- Caviolinberoende: Ett annan typ av upptag genom vesicklar
virus tar sig in i cellen genom två principer, vilka?
Direkt fusion
- Ett virus med lipidhölje, binder till cellens lipidmembran. lipodmembran och cellen cellmembran sammansmälter och arvsmassan kan ta sig in i cellen.
Receptormedierad endocytos-olika varianter
- Kan ske på olika sätt, finns olika varianter för dom att ta sig in på detta sätt
- Chlatrinberoende: Viruset tas in i en vesickel, viruset tar sig ur vesikeln och arvsmassan frisätts
- Caviolinberoende: Ett annan typ av upptag genom vesicklar
Oberoende av Chlatrin och Caviolin
- När vesicklarna väl har bildas måste viruset ta sig ur dessa. Vesicklarna transporteras med olika transportsystem, en bit eller ända in i cellkärnan
Vilka virus åker oftare in till cellkärnan?
DNA- virus
Hur går det till när viruset tar sig till cellkärnan?
Den transporteras på transportvägar en bit eller ända in i cellkärnan
- Vissa virus måste in i cellkärnan, oftast DNA virus
- Cellkärnan har ganska små porer och släpper inte in vad som helst så speciella egenskaper krävs för att ta sig in.