Tumor Bioinformatik Flashcards
Was sind die sechs charakteristischen Merkmale (Hallmarks) von Krebs laut Hanahan und Weinberg?
Die Hallmarks of Cancer umfassen: kontinuierliches Wachstumssignal, Ignorieren von Wachstumshemmung, Vermeidung der Apoptose, unbegrenztes Replikationspotenzial, anhaltende Angiogenese und Gewebeinvasion sowie Metastasierung
Was ist der Unterschied zwischen Proto-Onkogenen und Tumorsuppressor-Genen?
Proto-Onkogene sind Gene, die durch Mutationen zu Onkogenen werden können, welche das Zellwachstum fördern (Gain-of-function). Tumorsuppressor-Gene verhindern unkontrolliertes Zellwachstum, und Mutationen, die ihre Funktion verlieren (Loss-of-function), können zur Tumorentstehung beitragen
Welche Mechanismen tragen zur chromosomalen Instabilität in Tumoren bei?
Mechanismen wie Defekte der DNA-Reparatur, Fehler an Mitose- und Segregations-Checkpoints, Chromothripsis, Defekte der chromosomalen Kohäsion, Aneuploidie, Defekte bei der DNA-Replikation, transkriptioneller Stress und Telomer-Dysfunktion
Welche Funktionen hat der TP53-Signalweg und wie beeinflusst eine TP53-Mutation das Überleben von Patienten?
Der TP53-Signalweg aktiviert DNA-Reparaturproteine, unterbricht den Zellzyklus und induziert programmierten Zelltod. Eine Mutation in TP53 führt zu einem signifikant verkürzten Gesamtüberleben der Patienten
Was ist der Unterschied zwischen Keimbahn- und somatischen Mutationen?
Keimbahnmutationen sind in allen Zellen des Organismus und werden vererbt, während somatische Mutationen nur in bestimmten Zellen vorhanden sind und nicht vererbt werden
Was besagt Knudsons 2-Hit-Hypothese?
Die Hypothese besagt, dass zur Tumorentstehung in einem Tumorsuppressor-Gen zwei mutative Ereignisse nötig sind: ein ererbter Funktionsverlust (1st Hit) und ein somatischer Verlust der verbliebenen intakten Kopie (2nd Hit)
Was ist der Zweck der Genpanel-Sequenzierung und der Ganzgenom-Sequenzierung in der Tumor-Bioinformatik?
Die Genpanel-Sequenzierung dient der Identifikation bekannter Mutationen für zielgerichtete Therapien, während die Ganzgenom-Sequenzierung auch seltene Krebserkrankungen und experimentelle Therapien abdeckt
Was ist die Tumor Mutational Burden (TMB) und welche Bedeutung hat sie?
TMB ist die Anzahl der somatischen Mutationen pro 1 Million Basenpaare. Sie ist ein Biomarker für das Ansprechen auf Immuncheckpoint-Inhibitoren, da eine hohe TMB mit erhöhter Neoantigen-Produktion des Tumors zusammenhängt
Welche Herausforderungen bestehen bei der Identifikation somatischer Mutationen mit Tumor/Normal-Paaren?
Herausforderungen sind die adäquate Festlegung von Schwellenwerten für Allelfrequenzen, die Unterscheidung subklonaler Mutationen von technischen Mismatches, die Bestimmung des prozentualen Tumorgehalts und die Rekonstruktion des Mutationsprozesses
Welche Aufgaben hat das Molekulare Tumorboard (MTB)
Das MTB zeigt zielgerichtete Therapien für Tumorpatienten auf, insbesondere für solche ohne weitere leitliniengerechte Therapieoptionen, ohne Aussicht auf Erfolg durch vorhandene Optionen oder mit seltenen Tumorerkrankungen
Was ist der G-Score in der GISTIC-Analyse und wozu dient er?
Der G-Score kombiniert die Amplitude und Häufigkeit von Genom-Aberrationen, um signifikant amplifizierte oder deletierte Regionen in Tumoren zu identifizieren. Die Signifikanz wird durch Vergleich mit Simulationen zufälliger CNA getestet
Welche Modelle für das Tumorwachstum werden beschrieben und was charakterisiert sie?
Es gibt die Modelle der neutralen Evolution (zufällige Mutationsakkumulation), der klonalen Evolution (parallele Entwicklung aus einem Vorfahren) und der punktuellen Evolution (rasche genomische Aberrationen im Frühstadium)
