Transport vésiculaire Flashcards
Pourquoi le transport vésiculaire existe?
Les cellules doivent s’alimenter, communiquer avec l’extérieur et répondre rapidement à leur environnement.
Quelles sont les deux voies majeures du transport vésiculaire?
Par exocytose: voie de
biosynthèse et de sécrétion allant
de l’intérieur (à partir du RE) vers
l’extérieur. Il y a sécrétion extracellulaire ou
ajout de molécules dans la MP.
Par endocytose: voie allant de la
membrane vers les endosomes et
les lysosomes (dégradation). Il y a captage de molécules du milieu extérieur
ou recirculation de molécules de la MP.
Vrai ou faux? Les vésicules peuvent être n’importe où dans la cellule.
Faux. C’est très organisé.
Quels sont les deux facteurs pourquoi la vésicule est sélective?
Chaque vésicule est sélective envers la cargaison qu’elle transporte ainsi qu’envers la membrane cible avec laquelle elle fusionne.
Les vésiucles maintiennent leur identidé grâce à quoi?
À la composition de leur membrane.
Les marqueurs à la surface cytosolique des membrane des vésicules servent à quoi?
Ils constituent un signal de guidage, ils assurent la fusion avec le bon compartiment.
Les vésicules bourgeonnent recouvertent de quoi?
D’un manteau qui est une cage protéique qui se situe sur la face cytosolique.
Le manteau des vésicule est-il conservé? Nommez ses fonctions
Il est éliminé avant la fusion avec la membrane cible.
Ses fonctions sont les suivantes : il concentre les protéines membranaires spécifiques, il facilite la sélection des molcules pour le transport et il moule lavésicule en un treillis en forme de panier.
Quelle est la première spécificité des vésicule?
Ce sont les protéines de leur manteau.
Quelles sont les 3 classes majeures de vésicules selon les protéines du manteau?
- Clathrine : partent de la membrane plasmique vers les endosomes ou entre Golgi et les endosomes.
2 et 3 : COPI et COPII qui partent du Golgi ou du RE.
Vrai ou faux? Différents manteaux protéiques choississent différents chargements.
Vrai.
Quelle est le composant principal du manteau des vésicules à clathrine?
La clathrine.
Comment les vésicules à clathrine sont-elles formées? Quelle est leur composition détaillée?
Elles sont composées de 3 peptides qui forment une structure à 3 bras (triskelion) assemblée en forme de panier sur la surface externe de la membrane.
Les trois bras sont chacun formé d’une chaîne lourde et d’une chaîne légère. Ils ont comme fonction de lier l’actine du cytosquelette et contribuent au bourgeonnement de la membrane.
Comment les molécules de clathrine intéragissent ensembles?
Elles intéragissent entre-elles pour former une cage fermée.
Que sont les protéines adaptatrices? Qu’est-ce qu’elles forment? Quel est leur rôle?
Ce sont des protéines consituées d’adaptine qui forment une deuxième couche entre la clathrine et la membrane. Elle lient la clathrine à la membrane de la vésicule.
Leur rôle est de piéger les protéines transmembranaires. Ces protéines transmembranaires sont composées de récepteurs de chargement (cargo receptors) qui peuvent lier les protéines de chargement (cargo molecules) qui sont solubles à l’intérieur de la vésicule.
Expliquez les étapes de formation des vésicules à clathrine.
- Les récepteurs de chargement intéragissent avec une molécule de chargement.
- Cette intéraction les amène à être empaquetés dans des vésicules de transport recouvertent de clathrine.
- Plus les molécules de chargement se lient à un récepteur de chargement, plus il y a de récepteurs qui sont empaquetés dans une vésicule. L’assemblage successif génère des forces qui permettent la formation de vésicules.
- La vésicule est libérée.
- Le manteau est éliminé après que la vésicule soit complètement formée et libérée.
Comment expliquer la spécificité des protéines adaptatrices?
Il en existe plusieurs. Chacune est spécifique d’un groupe différent de récepteurs de chargement, il y a donc la formation de différents types de vésicules à clathrine.
Comment l’assemblage des adaptines est-il contrôlé?
Cet assemblage est très contrôlé via l’intéraction avec d’autres protéines membranaires.
Donnez le fonctionnement de l’adaptine AP2. Qu’est-ce que AP2 requiert?
La molécule libre de AP2 ne peut pas lier les adaptines. Quand AP2 lie un PIP, il y a exposition du site de liaison de l’adaptine pour le récepteur de chargement. Ce récepteur de chargement possède des siganux d’endocytose. Grâce à ceux-ci, la liaison de AP2 à la membrane est amplifiée lorsque AP2 se lie au récepteur de chargement. Cela stimule aussi la courbure de la membrane (avec clathrine).
AP2 requiert des PIP.
Quelles sont les fonctions des phospho-inositides membranaires? Comment leur strucutre peut-elle être changée? Quelle est leur fonction?
Le PI peut être phosphorylé et déphosphorylé ce qui génère différents PIP phosphorylées en différentes positions (positions : 3, 4 ou 5 de l’inositol). Les différents endroits où on peut ajouter le phosphate ainsi que le nombre de ceux-ci qui sont ajoutés donne une certaine spécificité.
Ils servent de marqueurs d’identité pour la cellule.
Comment les différents PIP sont organisés dans les organites? Comment on fait pour s’assurer qu’un certain PIP est produit à un certain endroit? Qu’est-ce que cela permet?
La distribution des PIP varie d’un organite à l’autre.
Il existe plusieurs PI et PIP kinases et phosphatses sur différents orgnaites. C’est la distribution ainsi que la régulation de ces enzymes qui déterminent la distribution de chaque sorte de PIP dans l’organel ou dans la région de l’organel.
Vrai ou faux? Les PIP sont dépendants de l’ajout et du retrait d’un ou des phosphates.
Vrai
Comment les PIP sont-ils reconnus? Qu’est-ce que cela permet?
Les groupements de tête des PIP sont reconnus par des protéines spécifiques. Cela permet le recrutement de protéines (adaptines) spécifiques dans des régions spécifiques.
Le contrôle local du phosphatidylinositol (PI) et des kinases/phosphatases permet quoi?
Le contrôle local du phosphatidylinositol (PI) et des kinases/phosphatases permet un contrôle du recrutement des protéines (adaptines) à un type de membrane. La sélection d’une adaptine spécifique permet la sélection d’une sorte de vésicule.
Comment expliquer la fonction de la dynamine?
La dynamine continent un domaine de liaison avec PI(4,5)P2. Elle s’assemble en anneau avec d’autres protéines cytosoliques autour du col du bourgeon.
Il y a ensuite des feuillets non cytosoliques et séparation par pincement. Cela permet de libérer la vésicule.
Une fois la vésicule libérée, qu’est-ce qui se passe avec le PIP? Qu’est-ce qui fournit de l’énergie à ça?
Une fois la vésicule libérée, une PIP phosphatase élimine le PI(4,5)P2. Cela cause la destabilisation de l’accrochage entre l’adaptine et le récepteur de chargement. Il y a donc perte des protéines adaptines et la vésicule perd son manteau de clathrine.
C’est une chaperonne HSP70 ATPase qui fournit l’énergie à la dissociation du manteau de clathrine.
Les protéines du manteau doivent s’assembler au bon moment et au bon endroit. Plusieurs voies de régulation sont présentes pour cela. Quelles sont-elles?
- Les PIP contrôlent l’assemblage de clathrine sur la membrane plasmique et sur le Golgi
- Des GTPases de recrutement du manteau
controlent l’assemblage du manteau:
* De clathrine sur endosomes
* De COPI et COPII sur Golgi et RE
Les GTPases de recrutement font partie de quelle famille?
De la famille des GTPases monomériques.
Quelles sont les caractéristiques des GTPases de recrutement? Par quoi sont-elles régulées?
Se sont des commutateurs moléculaires, passant
d’un état actif lié au GTP, à un état inactif lié au GDP
Les GEF activent les protéines en catalysant l’échange du GDP en GTP.
Les GAP inactivent les protéines par l’hydrolyse du GTP en GDP.
Les GTPases de recrutement incluent quoi? Quelles sont leurs fonctions?
- Les Arf: assemblent les vésicules COPI et clathrine sur le Golgi
- Sar1: assemble les vésicules COPII sur le RE
Contrôlent les aspects spatiaux et temporels des échanges membranaires et sont présentes à hautes concentrations dans
cytosol, inactives liées au GDP.
Comment se fomre une vésicule COPII?
- Signal
- Le GDP est libéré et le GTP se fixe.
- Cela entraîne un changement de conformation de Sar, ce qui expose une hélice amphiphile. Cela permet l’insertion
dans la membrane de Sar1 - Recrutement des protéines du complexe COPII
(Sec23/24 et Sec13/31), et formation d’un bourgeonnement membranaires avec le récepteur et sa charge. - Puis, séparation par pincement et libération de la
vésicule.
Quelle est la différence au niveau du manteau de COPI et COPII?
Les vésicules COPII ne perdent PAS leur manteau immédiatement après leur libération.
Comment le manteau de COPII est-il dissocié? Comment on fait pour avoir un manteau alors?
Les GTPases Sar1 jouent un rôle dans la dissociation du manteau via hydrolyse par GAP du GTP en GDP sur Sar1 induisant une sortie de Sar1 de la membrane
Les GTPases elles mêmes agissent comme de minuteurs qui hydrolysent le GTP lentement mais surement. Pour avoir formation de vésicules: il faut que recrutement Sar1-GTP par GEF soit plus rapide que dissociation.
S’il y a moins de GTP, le manteau va se dissocier tandis que s’il y en a plus, il va rester.
Comment expliquer l’arrimage des vésicules?
- Les protéines et effecteurs Rab dirigent vers la cible spécifique
- Les protéines et régulateurs SNARE: intermédiaire de fusion des bicouches lipidiques
La spécificité de reconnaissance est assurée par quoi pour les vésicules?
Spécificité de reconnaissance assurée par marqueurs de surface sur les vésicules selon l’origine et la cargaison et sur membrane cibles: récepteurs complémentaires.
Comment caractériser la spécificité des Rab?
Les Rab : GTPases monomériques ont une spécificité du transport vésiculaires: existe plus de 60 membres
Chaque Rab est associé au moins à 1 organite
Chaque organite possède au moins une Rab sur sa face cytosolique
Très spécifique
En quoi les Rab peuvent être utiles pour la recherche?
Leur distribution sélective en fait des marqueurs efficaces pour identifier les différentes membranes et pour guider le transport vésiculaire.
Comment décrire l’activation et l’inactivation des Rab?
Les protéines Rab font la navette entre le cytosol et une membrane:
1.Liées au GDP: inactives et liées à GDI, un inhibiteur, qui les gardent sous forme soluble
2.Liées au GTP: actives et liées à une membrane (à la fois sur les membranes de transport et les membranes cibles) et aux effecteurs Rab (tethering protein)
Les effecteurs Rab facilitent quoi?
Le transport vésiculaire, l’arrimage et la fusion.
Quelles sont les 3 fonctions des effecteurs Rab?
- Protéines motrices: propulsent vésicules sur MF ou MT
- Complexes reliant 2 membranes proche
- Peuvent aussi interagir avec les SNARES (fusions)
Vrai ou faux? Ce sont les effecteurs Rab qui permettent aux vésicules de se promener.
Vrai.
Où sont situées les protéines SNARE? Quelles sont leurs fonctions?
Elles sont attachées à la cible, la vésicule décharge sa cargaison par fusion membranaire.
Les protéines SNARE catalysent la fusion membranaire.
Quelles sont les limites pour la fusion de deux membranes?
Il y a une distance maximale entre les membranes de 1,5 nm.
De plus, l’eau doit être déplacée de la surface membranaire ce qui est très défavorable sur le plan énergétique.
Qu’est-ce que les protéines SNARE catalysent?
La fusion des vésicules.
Comment les SNARE contribuent à la spécificité?
Il y a 35 SNARE, associées à un organite particulier:
contribuent à la spécificité de fusion des vésicules
Quelles sont les deux types de SNARE? Quelle est leur structure?
SNARE-v: habituellement sur les vésicules, elle est composée d’une chaine unique
SNARE-t: habituellement sur les cibles, elle est composé de 3 protéines (3 chaînes).
Comment expliquer la structure des protéines SNARE? Que se passe-t-il quand les SNARE interagissent entre elles? Comment caractériser la spécificité?
Les protéines SNARE possèdent des domaines hélicoïdaux particuliers: quand SNARE-v et SNARE-t interagissent, le domaine en hélice de l’une s’enroule autour de l’hélice de l’autre pour former un faisceau de 4 hélices.
Le complexe trans-SNARE verrouille les 2 membranes ensemble
L’appariement SNARE-v et –t est très spécifique ce qui permet que les vésicules fusionnent les bonnes cibles
Quelles sont les étapes de la fusion des membranes?
- Appariement des SNARE force les bicouches à s’apposer, expulsant ainsi l’eau.
- Les lipides de bicouches fusionnent pour former un pédicule de connexion et ultimement la fusion.
- Le complexe trans-SNARE catalyse la fusion avec l’énergie libérée lorsque les hélices s’enroulent pour tirer les 2 membranes l’une vers l’autre.
La fusion de deux membranes peut être retardée par quoi?
La fusion est parfois retardée jusqu’à l’arrivée d’un signal extracellulaire. Ex: le Ca dans le cas de l’influx. La fusion est parfois retardée au niveau des synapses.
Comment les SNARE et les Rab sont incorporées sur les vésicules de transport?
L’incorporation des SNARE et des Rab sur les vésicules de transport doit être contrôlée
Par contre, les mécanismes sont largement inconnus
On sait seulement qu’il y a l’Intervention de la protéine NSF, une ATPase qui défait les enroulements entre les SNARE. Il y a donc une réactivation contrôlée.
Expliquez par un exemple l’amarrage d’une vésicule à une membrane cible.
Une Rab-GEF active les Rab-GDP en Rab-GTP.
Les effecteurs Rab interagissent avec les Rab actives (Rab-GTP), situées sur la vésicule, la cible ou les 2, pour établir la 1er connexion entre les 2 membranes qui vont fusionner.
Ensuite, les SNARE sur les 2 membranes (en rouge et bleu) s’apparient pour amarrer la vésicule sur la membrane cible, et catalyser la fusion des 2 bi- couches.
Une Rab-GAP (non montrée) induit Rab à hydrolyser GTP en GDP. Cela cause Rab à se détacher et retourne au cytosol lié à GDI.
Comment caractériser le transport du RE vers le Golgi?
Lors du transport du RE vers le Golgi, les protéines passent par divers compartiments où elles sont modifiées.
Il existe un transport rétrograde (dans le sens inverse) donc de Golgi vers le RE.
Certaines vésicules transportent les molécules vers le compartiment suivant tandis que d’autres récupèrent les molécules qui se sont échappées et les retournent dans le compartiment précédent (rétrograde)
Qu’est-ce que le Golgi? C’est le site de synthèse de quoi et d’addition de quoi? Où est-il situé?
C’est une station de tri pour les protéines venant du RE vers les lysosomes ou vers d’autres destinations
Un site de synthèse des glucides (GAG entre autres)
Un site d’addition d’oligosaccharides sur les protéines et les lipides (glycosylation)
Situé près du noyau
Quelles sont les 3 étapes du transport depuis le RE et à travers l’appareil de Golgi?
1e étape: Au départ du RE – Vésicules COPII * 2e étape: Formation d’agrégats tubulaires vésiculaires
3e étape: Transport à travers le Golgi
Expliquez la première étape du transport du RE vers Golgi.
Premièrement, il y a formation de vésicules COPII nées de sites de sortie du RE qui sont dépourvues de ribosomes.
Ces vésicules de sortie sont formées lorsqu’une protéine de cargaison contient un signal de sortie qui est reconnu par le récepteur de chargement. Le signal de sortie présent sur les récepteurs de chargement ainsi que sur les protéines de chargement est reconnu par des composantes de COPII. Les protéines de chargement se lient à COPII.
À la sortie du RE, il y a un contrôle de qualité pour s’assurer que les protéines soient bien repliées dans les vésicules.
Comment expliquer que pour sortir du RE, les protéines subissent un contrpole?
Pour vérifier qu’elles sont bien assemblées et repliées, il y a un contrôle qualité des protéines. Si elles ne sont pas correctement repliées ou assemblées, elles restent dans le RE liées à des chaperones (BiP, calnexine) et puis dégradées au protéasome.
90% des récepteurs de acétylcholine et des récepteurs des lymphocytes T sont dégradés
Mucoviscidose (cystic fibrosis): avoir trop de contrôle peut être préjudiciable. Production d’une protéine fonctionnelle, mais elle ne se replie pas correctement, elle ne sort donc pas du RE et ne peut pas exercer sa fonction.
Quels sont les types de protéines qui sont exportées du RE lors de la 1ère étape du transport du RE vers le Golgi?
- Protéines membranaires qui agissent comme:
a) Des protéines de chargement, «cargoproteins» : possèdent un signal de sortie sur le coté cytosolique, reconnus par des composantes COPII
b) Des récepteurs de chargement, « cargo receptor). Sont retournées au RE une fois leur cargaison livrée au Golgi - Protéines cargaison (cargo) solubles:
* Situées dans la lumière du RE
* Possèdent des signaux de sortie qui les attachent aux récepteurs de chargement membranaires qui se lient aux composantes du manteau de COPII - Protéines résidente du RE
* Ne possèdent pas de signaux de sortie
* Exportées beaucoup plus lentement via
mécanisme non spécifique (pas de récepteurs) * Seront retournées au RE
Dans la première étape du transport du RE vers Golgi, quels sont les composées qui retournent et ceux qui ne retournent pas au RE?
Les récepteurs de chargement sont retournés au RE une fois le cargo libéré.
Les protéines de chargement ne retournent pas au RE.
Le récepteur de chargement lie quel type de protéines?
Les protéines solubles.
Expliquez en détail la 2ème étape du transport du RE vers Golgi.
Une fois les vésicules du RE formées et débarrassées de leur manteau, elles commencent à fusionner pour former des agrégats tubulaires vésiculaires
Elles peuvent maintenant se déplacer le long des MT jusqu’au Golgi avec lequel elles fusionnent et libèrent leur contenu.
Aussitôt les agrégats tubulaires vésiculaires formées, il y a formation de vésicules recouvertes de COPI
Ces vésicules COPI ramènent au RE les protéines échappées ainsi que celles participant au bourgeonnement du RE. C’est le transport de recapture ou rétrograde.
Comment se passe la formation d’agrégats tubulaires vésiculaires?
C’est la fusion homotypique (issues d’un même compartiment).
La fusion nécessite les SNARE. Les SNARE vont avoir des intéractions symétriques, car elles sont sur les deux vésicules qui vont fusionner. En effet, les SNARE sont apportées par les deux membranes.
Interaction des SNARE sur membranes adjacentes
Il y a formation d’agrégats tubulaires vésiculaire qui est un nouveau compartiment différent du RE. C’est un système à part du RE et du Golgi, ne fait pas partie de l’un ni de l’autre.
Servent au transport de matériel vers le Golgi, et à concentrer les protéines cargaison.
Comment les agrégats tubulaires vésiculaires peuvent concentrer les protéines de cargaison?
C’est grâce au transport de recapture via les protéines COP1 qui commence au niveau des agrégats tubulaires. Les vésicules de recapture vont en effet diminuer le volume interne des agrégats en transportant les protéines qui doivent revenir au RE, mais en laissant les protéines de cargaison. Ça permet donc de concentrer ces protéines.
Qu’est-ce qui sépare les SNARE-v des SNARE-t?
NSF
Qu’est-ce que la voie rétrograde? De quoi dépend-t-elle? Quels sont les différents signaux de recapture?
La voie rétrograde dépend de signaux de recapture: les protéines résidentes du RE contiennent des signaux liant les manteaux de COPI, elles se retrouvent ainsi dans les vésicules COPI et retournent au RE (+ SNARE, récepteurs de chargement)
Signaux de recapture:
1. Protéines membranaires: contiennent KKXX en C-terminal. Deux lysines suivies de deux
autres aa. Elles lient directement le manteau de COPI
2. Protéines solubles (ex:BiP): KDEL (en C-terminal). Elles lient le récepteur KDEL qui fait la navette RE-Golgi. Ce dernier place toutes protéines KDEL dans les vésicules de transport rétrograde COPI qui vont vers le RE.
Quelle est la 3ème étape du transport vésiculaire du RE vers le Golgi?
C’est le transport à travers le Golgi.