Transcriptómica y Transformación génica Flashcards
Qué es la transcriptómica
Estudia los transcritos (RNAs) de una célula, es decir estudia la expresión de los genes
Qué es la epigenómica?
Estudia el control de la expresión de los genes sin cambiar al DNA directamente
A través de qué métodos se estudia el transcriptoma?
Por hibridación y secuenciación
Qué es SAGE?
serial analysis of gene expression, cuantifica los mRNAs presentes
Qué es CAGE?
CAP analysis of gene expression, identifica y monitorea la actividad de sitios de inicio de la transcripción.
Qué es NGS?
next generation sequencing, secuencia cientos de mgs o gbs de nts
Qué es RNA-seq?
secuenciación masiva de RNA, cDNAs y permite el análisis cuantitativo de los transcritos.
beneficios de la plataforma de illumina?
permite realizar secuenciación (por síntesis) de tipo paired-end, donnde se lee un fragmento de ADN por los dos extremos. Se secuencia el fragmento amplificado por los dos extremos en vez de por uno solo.
En qué consiste la plataforma illumina?
preparación de la muestra, fragmentación, adición de adaptadores, amplificación, secuenciación por síntesis y alineamiento de los reads (mapeo a un genoma de referencia)
read
señal registrada de pbs secuenciadas de un fragmento de DNA
Qué significa que un read(s) no se alinien a nada?
el genoma de referencia no está completo
Qué es la inmunoprecipitación de cromatina?
es un método de inmunoprecipitación que se utiliza para determinar los sitios de unión en el genoma.
Qué significa que aparezca una banda en el análisis de un ChIP-seq?
la proteína está unida al sitio porque el anticuerpo (que se ve) se une a la proteína
Qué es el ChIP-seq?
Inmunoprecipitación de la Cromatina acoplada a Secuenciación, se utiliza para identificar varios sitios de unión de proteínas al DNA
Función de las enzimas de restricción tipo I
cortan y metilan DNA a distancia del sitio de reconocimiento
Restrictasas tipo II
cortan de manera predecible
Restrictasas tipo III
cortan y metilan DNA a corta distancia del sitio de reconocimiento
Qué producen extremos asimétricos?
cortes cohesivos por las restrictasas, permiten reconstituir de manera especifíca
Qué son los extremos romos?
cortes uniformes por las restrictasas
p3R322
primer vector creado por Bolivar y Rodriguez en 1977
pUC
vectores en bacterias
pET-15b
vectores de expresión
pcDNA
para expresión de células eucariotas
Bacteriófago
virus de las bacterias
Transformación génica
en bacterias
De qué manera se puede preparar una bacteria para la transformación génica?
- químicos
- shock térmico
- electrocompetencia
Transfección génica
en eucariotas
Transducción génica
en virus
Cómo se detectan los clones?
por resistencia a antibióticos
Cómo se seleccionan los clones?
por color, al añadir X-GAL
