Thema 2 Nucleïnzuren en eiwitten Flashcards
Hoe heten de bouwstenen van DNA?
Desoxy-ribonucleotiden
In welke richting vindt de transcriptie plaats?
Van 5’ naar 3’
Hoeveel fouten worden er gemaakt met de DNA-replicatie?
1 op 10^7
Hoe worden de eerste fouten hersteld?
DNA-polymerase herkent zijn eigen fouten. Exonuclease (van 3’naar 5’) verwijdert de verkeerde nucleotiden en DNA-polymerase maakt er een nieuwe nucleotide aan vast.
Noem een aantal belangrijke eiwitten voor replicatie.
HELICASE: het trekt de dubbele helix uit elkaar, waardoor de replicatiebubbel ontstaat.
TOPOISOMERASE: het stabiliseert en beschermt het DNA, zorgt dat twee losse strengen in de replicatiebubbel niet weer dicht gaan.
PRIMASE: het synthetiseert een RNA-primer
NUCLEASE: het zorgt voor de afbraak van nucleotiden van bijvoorbeeld RNA-primers.
DNA-REPAIR POLYMERASE: het vult de gaten van de RNA-primers en de gaten na proofreading op.
LIGASE: het plakt de DNA-fragmenten aan elkaar, dit kost ATP.
SLIDING CLAMP: eiwit wat om het DNA heen vouwt en het DNA-polymerase vasthoudt om het DNA.
Noem de drie stappen van PCR (poly-chain reaction)
94 graden: denaturatie, uit elkaar vallen van de dubbele helix.
55 graden: hybridisatie, tijd om mobiele primers in de oplossing te hybridiseren
72 graden: elongatie, polymerase begint vanaf de primers, het enkelstrengs DNA weer aan te vullen tot dubbelstrengs DNA.
Hoe vindt de transcriptie in prokaryote cellen plaats?
Specifieke DNA-volgordes geven door aan het RNA-polymerase waar de transcriptie begint (promotor) en stopt (terminator) Dit wordt herkend door de sigmafactor. Bij de promotor wordt het DNA-polymerase op de streng geplakt en bij de terminator valt het eraf.
Hoe vindt de transcriptie in eukaryote cellen plaats?
De transcriptie begint bij de promotor. De binding van een aantal transcriptiefactoren (TBP: Tata-Binding-Protein, onderdeel van TFIID) aan het promotergebied (TATA-box) is nodig, voordat het RNA-polymerase II transcriptiecomplex. Door de complexe structuur van het DNA kan de activator de mediator (een ander eiwit) helpen, zodat het transcriptieproces sneller gaat.
Noem twee manieren waarop transcriptie gereguleerd kan worden.
Door histon-modificerende enzymen: die zijn in staat de staarten van de histonen te modificeren, waardoor de nucleosomen losser komen te zitten.
Chromatine remodeling complexen: in staat de nucleosomen te remodelleren. De structuur van het DNA wordt hierdoor losser.
Welke posttranslationele modificaties ondergaat het mRNA na transcriptie.
5’capping: het aanbrengen van een speciale nucleotide aan de 5’-fosfaatgroep, het dient als bescherming tegen afbraak door nucleases en als herkenning voor het ribosoom.
splicing: het verwijderen van de intronen, die zich bevinden in het pre-mRNA
3’polyadenylering: polymerase transcribeert en er ontstaat pre-mRNA. Op het pre-mRNA zit een pol-A complex, dat het pre-mRNA doet splijten. op die plaats wordt er dan een poly(A) staart gesynthetiseerd.
Door wat voor eiwitten wordt de splicing uitgevoerd.
Door snRNPs, deze eiwitten kunnen de overgang tussen exon en intron herkennen.
Wat zijn de stopcodons?
UAA, UAG, UCA
Wat is de startcodon?
AUG
Aan welke uiteinde van het tRNA zit het aminozuur?
Aan de 3’kant.
Welk enzym koppelt het aminozuur aan het correcte tRNA.
(Aminoacyl)-tRNA synthetase.
