Techniques (NGS) en génétique, interprétation des variants

Question 1

Séquencage SANGER ?

Answer 1

sur ADN simple brin, avec polymérases, dNTPs (en excès), et ddNTPS (en faible quantité) marqué par un fluorochrome

Question 2

limites SANGER?

Answer 2

taille (1000pb max)
mosaïque : faiblement réprésentées à cause du bruit de fond

Question 3

3 principales apporches en NGS ?

Answer 3

panel de gènes
exome
génome

Question 4

5 classes de variants ou 6

Answer 4

1 : patho
2 : probablement patho
3 : signification incertaine (VOUS)
4 : probablement bénin
5 : bénin
6 : PIEV

Question 4

grands principes du NGS ?

Answer 4

phase humide (multiplexage)

phase sèche (démultiplexage)

Question 5

% de rendement diagnostique de l’éxome ?

Answer 5

40%

Question 6

coût du séquencage d’un génome ?

Answer 6

500euros

Question 7

Nomenclature nature des variants ? (c,p,g)

Answer 7

g : génome
c : au niveau codant (exon)
p : au niveau des protéines

Question 8

% limites mosaïque visible

Answer 8

on les voit pas si < à 20%

Question 9

si anomalies dans 50% des lectures, quel % d’anomalies dans les cellules ?

Answer 9

100% (on fait x2)

Question 10

Quelle profondeur est nécessaire si anomalie dans 1% des cellules ?

Answer 10

1000x avec NGS

Question 11

Sd de Portée ?

Answer 11

mutation AKT1, mutation très activatrice ! viable uniquement en mosaïque, active voie PI3K
proflifération +++++ des tissus !