Cytogénétique moléculaire Flashcards
2 techniques de cytogénétique moléculaire ?
FISH (ciblée)
ACPA (pangénomique) ou cgh array ?
Technique FISH ?
Dénaturation ADN
Hybridation grace à sondes fluo (reco d’une partie précise de l’ADN)
Renaturation
Microscope à épifluorescence ?
Lumière blanche => filtre excitation => miroir dichromatique =>autre longueur d’onde d’émission => filtre d’arrêt => analyse
2 types de FISH
métaphasique (chr en mitose)
interphasique (pour observer les noyaux)
Différences d’interprétation des 2 techniques FISH (meta ou interphasique )
meta : donne localisation
inter : permet juste de compter les spots
différents types de sonde FISH ?
adn répété (petite taille <1kb) => signaux ponctuels de forte ingtensité
séquence unique (loci, spécifique d’un bras de chr ou chr entier)
Sondes spécifiques de loci ?
100-150kb : séquences de génome humain de bactéries ???
Sondes de peinture chromosomique
Hybridation avec paire chromosome donnee , uniquement en métaphase
Limites de FISH
Approche ciblée , résolution limitée (1,5Mb)
ACPA?
Analyse chromosomique par puce à ADN (haute résolution, pangénomique)
Principe ACPA?
Hybridation ADN patient /témoin, puis on compare la quantité d ADN
ACPA, on voit uniquement anomalies déséquilibrées ?
Vrai
CNV c’est quoi ?
Déséquilibre génomique > 1kb
Etapes ACPA
Dénaturation
Normalisation quantité ADN
Hybridation patient témoin
Images couleurs (vert et rouge)
Photos scanner
Ex amylasd salivaire (cnv bénins)
Si beaucoup de copies : individus plus minces
(Car activité ++ de l ‘amylase)
CNV patho
> 300kb,
phénotypes anormaux,
de novo++ ,
délétion à 70%,
Grande taille
LCR?
Low Copy Repeat = duplication segmentaire
Exemple de remaniements génétiques de grande taille ?
Recombinaison alleique homologue
Crossing over
LCR paralogues
Mésappariement
Ex genes PMP22, effet si délétion ? Effet si duplication
Délétion : hypersensibilité à la pression
Duplication : maladie de Charcot
PIEV ?
Classe VI
Nécessaires à la patho mais pas suffisants ( autres facteurs)
VOUS?
Difficultés d interprétation
Duplications dans 70% des cas
Stade temporaire (devient bénin ou patho)
Indication prénatale ACPA?
Clarté nucale >= 3,5mm
RCU
Sd polymalfirmatifs
prévalence mucoviscidose dans la population générale ?
1/34
Que fait un isochromosome 15 ?
déficience intellectuelle + épilepsie
Que signifie TAD ?
Typology Associated Domain
= séquences régulatrices à distance du gène
Taille TAD (Typology Associated Domain) ?
1mb
