Technieken en genoomdiagnostiek 1 en 2 Flashcards
Beschrijf het eiwitsynthese process
Er vindt eerst transcriptie van DNA naar RNA plaats. Vervolgens ontstaat er mRNA door splicing –> de introns worden eruit gehaald en de exons blijven over. Dit wordt door ribosomen in het cytoplasma getransleert waardoor er een polypeptideketen wordt gevormd
Hoeveel reading frames bestaan er en hoeveel worden er gebruikt?
3 bestaande en maar 1 gebruikte
Welke soorten punt mutaties zijn er?
Silent mutatie, missense mutatie en nonsense mutatie
Wat gebeurd er bij een silent mutatie?
Het gemuteerde triplet codeert nog voor hetzelfde aminozuur er vindt dus geen verandering in eiwit plaats.
Wat gebeurd er bij een missense mutatie?
Het codon is zo veranderd dat er een ander aminozuur wordt gevormd. Dit zorgt wel voor eiwit verandering maar is niet altijd pathogeen.
Wat gebeurd er bij een nonsense mutatie?
Het aminozuur veranderd in een stopcodon. Deze mutatie is wel pathogeen
Wat gebeurd er als een insertie of deletie in frame gebeurd?
Er wordt een heel aminozuur toegevoegd of verwijderd.
Wat is frameshift?
Er vindt insertie of deletie plaats van maar 1 of 2 nucleotiden. Dit is vrijwel altijd pathogeen.
Wat gebeurd er bij splice-site mutaties?
Er wordt een exon niet opgenomen in het mRNA of een stuk van de intron wordt juist opgenomen. Deze mutaties zijn vrijwel altijd pathogeen.
Welke 2 type splice- site mutaties bestaan er en leg ze uit
- Splice donor variant: Het volgende stukje exon wordt niet opgenomen, zit altijd voor een exon
- Splice acceptor variant: Het vorige stukje exon wordt niet opgenomen. Zit altijd achter het exon.
Wanneer is een mutatie pathogeen?
- De mutatie van een gen vermindert de functie van het eiwit waar het voor codeert
- De mutatie is niet in gezonde personen te vinden
- Patienten met de mutatie hebben dezelfde symptonen of klinische kenmerken als familieleden met de mutatie.
Wat is alternatieve splicing?
Van dezelfde exonen worden verschillende mRNA’s gemaakt die coderen voor verschillende eiwitten.
Wat is de gouden standaard?
De Human genome sequence reference. Dat is een perfecte DNA sequentie waarbij zonder pathogene varianten. Het wordt gebruikt om bij mogelijk zieke mensen de pathogene varianten te herkennen
Wanneer wordt een genomische variant pathogenetisch beschouwd?
- Patienten met dezelfe genetische variant hebben allemaal dezelfde klinische kenmerken
- De variant erft over en is in alle zieken van de familie te vinden
- De variant is niet te vinden in de gezonde populatie
- De variant verstoort de functie van het eiwit waar het gen voor codeert.
Wat is co-segretatie?
Een pathogenetische variant die in alle zieke familie leden te vinden is.
Wat zijn single nucleotide polymophisms?
Zijn nucleotiden die variabel zijn tussen individuen. Komen voor in exons maar zorgen in 98% van de gevallen niet terug te vinden in aminozuur volgorde van eiwitten. Bij silent mutation zorgen ze niet voor pathogene veranderingen. Maar SNP’s buiten exons kunnen zorgen voor pathogene veranderingen omdat ze aanwezig kunnen zijn in een promotor/suppressor en hier missens of non sense mutaties veroorzaken.
Wat is non-invasie prenetal testing?
NIPT wordt gebruikt om te kijken of een foetus chomosoomafwijkingen heeft.
Benoem het process van PCR
- Degeneratie van het template DNA in enkele strengen
- Binden van primers aan de orginele strengen, dit heet annealing
- Taq polymerase kopieert de DNA strengen nu vanaf primers
Want is Sanger sequencing
Je kan de precieze volghorde van nucleotiden in het DNA hiermee bepalen. Dideoxynucleotiden binden zich aan het template DNA zodat deze zich niet meer kan verlengen. Hierdoor krijg je allemaal losse fragmenten. ddNTP’s geven een verschillende kleur af, afhankelijk aan het aminozuur waar ze aan vast zitten.
