Technieken en genoomdiagnostiek 1 en 2

Question 1

Beschrijf het eiwitsynthese process

Answer 1

Er vindt eerst transcriptie van DNA naar RNA plaats. Vervolgens ontstaat er mRNA door splicing –> de introns worden eruit gehaald en de exons blijven over. Dit wordt door ribosomen in het cytoplasma getransleert waardoor er een polypeptideketen wordt gevormd

Question 2

Hoeveel reading frames bestaan er en hoeveel worden er gebruikt?

Answer 2

3 bestaande en maar 1 gebruikte

Question 3

Welke soorten punt mutaties zijn er?

Answer 3

Silent mutatie, missense mutatie en nonsense mutatie

Question 4

Wat gebeurd er bij een silent mutatie?

Answer 4

Het gemuteerde triplet codeert nog voor hetzelfde aminozuur er vindt dus geen verandering in eiwit plaats.

Question 5

Wat gebeurd er bij een missense mutatie?

Answer 5

Het codon is zo veranderd dat er een ander aminozuur wordt gevormd. Dit zorgt wel voor eiwit verandering maar is niet altijd pathogeen.

Question 6

Wat gebeurd er bij een nonsense mutatie?

Answer 6

Het aminozuur veranderd in een stopcodon. Deze mutatie is wel pathogeen

Question 7

Wat gebeurd er als een insertie of deletie in frame gebeurd?

Answer 7

Er wordt een heel aminozuur toegevoegd of verwijderd.

Question 8

Wat is frameshift?

Answer 8

Er vindt insertie of deletie plaats van maar 1 of 2 nucleotiden. Dit is vrijwel altijd pathogeen.

Question 9

Wat gebeurd er bij splice-site mutaties?

Answer 9

Er wordt een exon niet opgenomen in het mRNA of een stuk van de intron wordt juist opgenomen. Deze mutaties zijn vrijwel altijd pathogeen.

Question 10

Welke 2 type splice- site mutaties bestaan er en leg ze uit

Answer 10

1. Splice donor variant: Het volgende stukje exon wordt niet opgenomen, zit altijd voor een exon
2. Splice acceptor variant: Het vorige stukje exon wordt niet opgenomen. Zit altijd achter het exon.

Question 11

Wanneer is een mutatie pathogeen?

Answer 11

1. De mutatie van een gen vermindert de functie van het eiwit waar het voor codeert
2. De mutatie is niet in gezonde personen te vinden
3. Patienten met de mutatie hebben dezelfde symptonen of klinische kenmerken als familieleden met de mutatie.

Question 12

Wat is alternatieve splicing?

Answer 12

Van dezelfde exonen worden verschillende mRNA’s gemaakt die coderen voor verschillende eiwitten.

Question 13

Wat is de gouden standaard?

Answer 13

De Human genome sequence reference. Dat is een perfecte DNA sequentie waarbij zonder pathogene varianten. Het wordt gebruikt om bij mogelijk zieke mensen de pathogene varianten te herkennen

Question 14

Wanneer wordt een genomische variant pathogenetisch beschouwd?

Answer 14

1. Patienten met dezelfe genetische variant hebben allemaal dezelfde klinische kenmerken
2. De variant erft over en is in alle zieken van de familie te vinden
3. De variant is niet te vinden in de gezonde populatie
4. De variant verstoort de functie van het eiwit waar het gen voor codeert.

Question 15

Wat is co-segretatie?

Answer 15

Een pathogenetische variant die in alle zieke familie leden te vinden is.

Question 16

Wat zijn single nucleotide polymophisms?

Answer 16

Zijn nucleotiden die variabel zijn tussen individuen. Komen voor in exons maar zorgen in 98% van de gevallen niet terug te vinden in aminozuur volgorde van eiwitten. Bij silent mutation zorgen ze niet voor pathogene veranderingen. Maar SNP’s buiten exons kunnen zorgen voor pathogene veranderingen omdat ze aanwezig kunnen zijn in een promotor/suppressor en hier missens of non sense mutaties veroorzaken.

Question 17

Wat is non-invasie prenetal testing?

Answer 17

NIPT wordt gebruikt om te kijken of een foetus chomosoomafwijkingen heeft.

Question 18

Benoem het process van PCR

Answer 18

1. Degeneratie van het template DNA in enkele strengen
2. Binden van primers aan de orginele strengen, dit heet annealing
3. Taq polymerase kopieert de DNA strengen nu vanaf primers

Question 19

Want is Sanger sequencing

Answer 19

Je kan de precieze volghorde van nucleotiden in het DNA hiermee bepalen. Dideoxynucleotiden binden zich aan het template DNA zodat deze zich niet meer kan verlengen. Hierdoor krijg je allemaal losse fragmenten. ddNTP’s geven een verschillende kleur af, afhankelijk aan het aminozuur waar ze aan vast zitten.