Taksonomi Flashcards
Prokaryot genom size
typisk 1-6 millioner baser
Typisk 1000-6000 ORFs
DNA I cellekernen for hhv prokaryoter og eukaryoter
Pro: nej
Eu: ja
DNA oftest i cirkulær form for hhv prokaryoter og eukaryoter?
Pro: ja
Eu: nej
Plasmider for hhv prokaryoter og eukaryoter?
Pro: ofte
Eu: Sjældent
Introns I de fleste gener for hhv prokaryoter og eukaryoter?
Pro: nej
Eu: ja
Operons for hhv prokaryoter og eukaryoter?
Pro: ja
Eu: sjældent
Polycitronisk mRNA for hhv prokaryoter og eukaryoter?
Pro: ja
Eu: sjældent
Poly-A hale på mRNA for hhv prokaryoter og eukaryoter?
Pro: nej
Eu: ja
Antal beskrevne arter af bakterier og archaea
Bakterier: 17.000+
Archaea: 450+
Hvordan kan man ikke definere prokaryote arter?
Seksuelt kriterium kan ikke benyttes
Hvordan kan man definere prokaryote arter?
- stammer med mange fælles egenskaber, som adskiller sig tilstrækkeligt fra andre stammer, udgør en art
- Stammer med >70% ens DNA er en art
- Stammer med >97% ens 16S rDNA er en operational taxonomic unit (OTU) nogenlunde svarende til en art
Hvad er mikrobielle stammer?
Organismer der kan genkendes inden for en art
Nedstammer fra en enkelt organisme
Stammer kan være forskellige med hensyn til biokemi, fysiologi og/eller patogenese
Fx 190 E.coli serotyper
Vigtige gram positive rækker og slægter
Række: Firmicutes
- Bacillus
- Clostridium
- Staphylococcus
- Streptococcus
- Lactobacillus
Række: Actinobacteria
- Streptomyces
- Mycobacterium
- Corynebacterium
Bacillus og Clostridium spore og growth
Kan danne endosporer
Bacillus er aerobe eller fakultativt anaerobe
Clostridium er anaerobe
- mester-forgærere
B. mycoides
Fredelig jordbakterie
B. cereus
Fødevareforgiftning
Hæmolytisk
B.anthracis
Miltbrand
To plasmider
C. butyricum
Danner smørsyre i colon
C. perfringens
Fødevareforgiftning
Koldbrand
C.botulinum
Botulisme
C.tetani
Stivkrampe
Gram positive kokker
Streptococcus - mælkesyreforgærende
- I forgærede fødevarer, i mundhulen og adskillige sygdomsvoldere
Staphylococcus - oxidativ og forgæring
- kommensaler på huden og enkelte sygdomsvoldere
Staphylococcus aureus
Kommensal på slimhinder i næsen
Patogen overalt på og i kroppen
Mælkesyrebakterier
Obligat forgærende
Aerotolerante anaerobe
Homofermentative (danner mælkesyre)
Streptococcus (de fleste arter)
Lactobacillus (de fleste arter)
Heterofermentative (danner mælkesyre, etanol, CO2)
Lactobacillus (nogle arter)
Række: Actinobacteria (Vigtige slægter)
Corynebacterium:
- C. diphtheriae
Mycobacterium
- M. tuberculosis og M. leprae
- Kapsel af mycolinsyre
Streptomyces
Streptomyces
800+ arter
Mest almindelige i jord, hvor de nedbryder komplekse polysakkarider
Aerobe og filaments
Danner sprednings-spore (ikke endospore)
Danner mange vigtige antibiotika
Proteobacteria (alfa, beta, gamma…..)
Fx.
Alfa: Rhizobium
Beta: Nitrosomonas
Gamma: Pseudomonas, vibrio og Enterobakterier
Delta: Desulfovibrio
Epsilon: Campylobacter
Enterobakterier
Mange arter er symbionter, kommensaler eller patogene på dyr
Fakultativt anaerob; respirerende og/eller forgærende
Vigtige slægter:
Escherichia
Salmonella
Enterobacter
Pseudomonas
Alsidige oxidative chemoorganoheterotrofe
Kan nedbryde mange simple organiske forbindelser
Vibrioer (familie: Vibrionaceae)
Gamma-proteobakterier
Akvatiske bakterier
Vibrio cholera:
- forårsager kolera
Aliivibrio fischerii
- producerer lys
Andre vigtige bakteriegrupper
Cyanobakteria (række)
Chlamydia (række)
Spirochaetae (række)
- snoede
- fx treponema og Borrelia
Mycoplasma (slægt i Firmicutes)
- uden cellevæg
Cellevæg hos hhv bakterier og archaea
Bakterier: peptidoglycan
Archaea: S-lag, pseudomurein eller andet
Archaea
Crenarchaeota (række)
Euryarchaeota (række)
- metanogener
- halofile
- ekstremt termofile svovlreducenter
- acidofile
