Evolution

Question 1

Homologe

Answer 1

Gener som har en fælles “forfar”

Question 2

Orthologe

Answer 2

Homologe gener som har bevaret samme funktion

Question 3

rRNA genet som kronometer

Answer 3

Universielt udbredt til alle levende organismer
Passende størrelse 16S = ca 1500 baser
Har samme funktion i alle organsimer (orthologe)
Både meget konserverede og mere variable regioner

Question 4

Woese: 3 domæner/ 6 riger

Answer 4

Domæner:
- Bacteria
- Archaea
- Eukarya

Riger:
- Bacteria
- Archaea
- Protist
- Plantae
- Fungi
- Animalia

Question 5

Archaea er på flere punkter forskellige fra bakterier

Answer 5

Ingen peptidoglycan i cellevæg
Specielle membran lipider
Histone proteins

Question 6

Lenski’s Long-term evolution experiment

Answer 6

Serial transfer
30 years - 74000 generations

Question 7

Identifikations teknikker

Answer 7

Fysiologiske test - klassisk mikrobiologi
Sekventering af 16S rRNA - 97%
MLST (multi-locus sequence typing)
Fuld genom sekventering

Question 8

Mikroorganismer i naturlige miljøer, hvordan kan vi studere dem?

Answer 8

Vi kan kun dyrke 1-10% af bakterier i naturlige miljøer

–> Dyrknings uafhængige metoder
–> Large-scale sekventering

Question 9

Analyser har hele mikrobielle samfund

Answer 9

Mixed microbial community –> DNA extraction –> Amplicon sequencing or metagenomics sequencing

Question 10

Amplicon sequencing

Answer 10

Multiple copies of fragments from 1 target gene (DNA extraction from mixed microbial community)

Question 11

Metagenomics sequencing

Answer 11

Short sequence fragments form “all” DNA (DNA extraction from mixed microbial community)

Question 12

FISH forkortelse

Answer 12

“Fluorescent In Situ Hybridization”

Tarmbakterier hos mus
Biofilm på tænder

Question 13

“The full cycle”

Answer 13

Environmental samples –> community DNA –> Sequencing –> Bioinformatic analysis