T4 Flashcards
-T4 est parmi les ____ utilisés comme modèles pour étudier la virologie par le groupe de “Phage” de ___
7 phages d’E. coli
Delbrück
-on a donc découvert ____ , la ____ et la ____
la notion de gène
restriction de l’ADN
modification et réparation de l’ADN
-les virus ayant des propriétés similaires à T4 sont appelés phages ____
«T- pairs»
t4 lytique ou lysogénique
lytique
t4 , adn ???
double brin
-T4 se trouve dans_____ et dans _____
les intestins de mammifères
les eaux d’égouts
-des séquences ayant une homologie avec le génome de T4 sont réparties à l’échelle mondiale et se trouvent dans l’océan, dans le sol, dans les eaux usées et sont associées aux humains et aux animaux
ok
-les virus de type T4 («T4-like viruses») entrent dans l’un des 6 sous-familles et 39 genres de la famille____ dans l’ordre ____
Myoviridae
Caudovirales
-tous les phages des Caudovirales ont ___
des queues
-les phages des Myoviridae ont tous _____ etsont tous
de longues queues contractiles
virulents et ne sont capables que de cycle lytique
Le virion de T4 est une structure complexe qui est codée par plus de ____
40 gènes
fonction du col
Le col
-relie la tête au tube de la queue
Le tube de la queue:
-est
un tube creux à travers lequel l’ADN viral est injecté
_____
-agit comme un ressort -entoure le tube de la queue -est fixée à la plaque basale
La gaine contractile:
_______
- est impliquée dans la fixation du virus au récepteur de la cellule
- régule le flux de l’ADN
La plaque basale:
La plaque basale:
- est impliquée dans la fixation du virus au récepteur de la cellule
- régule le flux de l’ADN
Les crochets
-détectent la présence de cellules hôtes
-détectent la présence de cellules hôtes
Les crochets
les fibres de la queue (courtes et longues)
- détectent des cellules hôtes
- se lient de manière réversible à la surface de la cellule (longues)
- détectent des cellules hôtes
- se lient de manière réversible à la surface de la cellule (longues)
les fibres de la queue (courtes et longues)
combien de pb environ…
-il code pour ____ protéines avec des fonctions connues et il y a ___ cadres de lecture ouverts (CLO)(«ORF») dont la fonction est inconnue
170 000
160
120
multiple ori
ok
-décalage de façon circulaire («circularly permuted»):
Le point de départ du génome diffère pour chaque virus dans une même population.
Le point de départ du génome diffère pour chaque virus dans une même population.
décalage de facon circulaire
_____ : le génome contient des séquences répétées à chaque extrémité ~ 5000 pb de longueur. Ces extrémités se rejoignent pour former une molécule d’ADN circulaire
-les répétitions terminales («terminal redundancies»)
-le génome est décalé de façon circulaire avec les répétitions terminales de ____
~ 5000 pb
petite image 12
ok
L’ADN de T4 contient de la
5’-hydroxyméthylcytosine ( HMC )
La 5’-hydroxyméthylcytosine (HMC), est
un nucléotide modifié qui remplace la cytosine dans l’ADN de T4
Quels sont les avantages à avoir une base modifiée?
- protéger l’ADN viral de l’action des systèmes de restriction de l’hôte
- permettre de distinguer l’ADN viral de l’ADN hôte de sorte que l’ADN de l’hôte peut être dégradé et utilisé pour la réplication du phage
-pendant _____ , les cellules de l’hôte ne contiennent pas de virions matures
la phase d’éclipse
la phase d’éclipse
les cellules de l’hôte ne contiennent pas de virions matures
14-15
ok
-La période de lyse est caractérisée par
la lyse de la cellule hôte et la libération rapide de virions
la période ____ est caractérisé par la lyse de la cellule hôte et la libération rapide de virions
de llyse
-À 37 °C, le plateau de la croissance est atteint après____ . La période d’éclipse est de ___ , et la période de latence de ___ .
30 min
~12 min
~22 min
-le rendement de lyse («burst size») de T4 (le nombre de virus produits par cellule infectée) est
~100
le nombre de virus produits par cellule infectée on appelle ca comment
rendement de lyse
16
ok
La réplication de T4 peut être divisée en 4 phases:
- l’adsorption et la pénétration de la cellule hôte
- la synthèse des acides nucléiques des virions et celle des protéines
- l’assemblage des virions -la libération des virions
Au cours de l’adsorption:
- ____
- les extrémités des fibres se lient de manière ___ avec a) ____ , ou b) ____ .
- la protéine virale ____ se fixe à la surface de la cellule
- le virion____
- une fois que cela se produit, les ____ associées à la plaque basale sont libérées de leur position repliée et se lient de ____
et __
les fibres de la queue se décrochent de leur position fixe, à proximité des crochets
réversible
les lipopolysaccharide (LPS)
les protéines OmpC.
gp37
se déplace sur la surface de la cellule jusqu’à ce qu’au moins trois de ses fibres y soient fixées
fibres caudales courtes
manière irréversible avec les LPS de l’hôte
la plaque basale passe d’une forme hexagonale à une forme en étoile
Au cours de la pénétration:
-_________ initie la pénétration de la cellule
-____ de la gaine raccourcit le cylindre central
-le tube interne de la queue est poussé à travers ____ et ____ de l’hôte
-_____ facilite la pénétration
dans la cellule
une structure en forme d’aiguille en dessous de la plaque basale
la contraction
la plaque basale la couche de peptidoglycane
l’action lysozyme d’une protéine de plaque basale
Lors de l’injection:
- l’aiguille se détache
- la protéine___ («tail tape measure protein)» située dans le canal du tube de la queue se rétracte pour permettre à l’ADN viral de sortir
- l’ADN viral est libéré de la capside dans le tube puis dans le cytoplasme de la cellule
- la capside reste attachée à l’extérieur de la cellule
étalon de queue
Les caractéristiques générales de l’expression des gènes de T4:
-elle est très contrôlée et temporellement
ordonnée
-l’ARN polymérase de l’hôte est impliquée et est modifiée par T4 tout au long du cycle de réplication
26
ok
Dès que l’ADN de T4 pénètre dans la cellule, ____
l’ARN polymérase de l’hôte est modifiée pour favoriser les promoteurs de T4 par rapport à ceux de l’hôte
Dès que l’ADN de T4 pénètre dans la cellule, l’ARN polymérase de l’hôte est modifiée pour favoriser les promoteurs de T4 par rapport à ceux de l’hôte
Ceci est accompli par:
-__, une protéine injectée en même temps que l’ADN viral, qui modifie la sous-unité___ de l’ARN polymérase de l’hôte par ribosylation ADP-dépendante («ADP-dependent ribosylation»), ce qui _____
-la protéine ___ oblige l’ARN polymérase à arrêter la transcription de l’ADN contenant la cytosine (hôte), tout en ignorant l’HMC de l’ADN viral
Alt
alpha
améliore l’activité des promoteurs T4
Alc
Les gènes précoces sont transcrits en sens
anti-horaire
La transcription _____
Dès que l’ADN de T4 pénètre dans la cellule, l’ARN polymérase de l’hôte est modifiée pour favoriser les promoteurs de T4 par rapport à ceux de l’hôte
Ceci est accompli par:
-Alt, une protéine injectée en même temps que l’ADN viral, qui modifie la sous-unité alpha de l’ARN polymérase de l’hôte par ribosylation ADP-dépendante («ADP-dependent ribosylation»), ce qui améliore l’activité des promoteurs T4
-la protéine Alc oblige l’ARN polymérase à arrêter la transcription de l’ADN contenant la cytosine (hôte), tout en ignorant l’HMC de l’ADN viral
précoce
La transcription intermédiaire
Les produits de ces premières transcriptions comprennent ____ et ____
MotA et AsiA
-MotA et AsiA modifient ____ de l’ARN polymérase de l’hôte de sorte que celui-ci initie la transcription dans les promoteurs des gènes ___
le motif du facteur sigma
intermédiaires uniques de T4
Les gènes intermédiaires codent pour des fonctions de _____ , y compris:
- ____
- ____
- _____
métabolisme et de réplication
des nucléases qui dégradent l’ADN de l’hôte
l’ADN polymérase dépendante de l’ADN
des protéines supplémentaires qui modifient l’ARN polymérase de l’hôte ( défavorise transcription des genes précoses ( car phage a deja terminé gene precoce .. on veut pas continuer à transcrire ces genes car tache deja achevée ) )
La transition entre les gènes intermédiaires et tardifs nécessite les produits des gènes ____
33 et 55
-la protéine 55 est
un facteur sigma viral qui remplace celui de l’hôte et redirige l’ARN polymérase vers les séquences des promoteurs de gènes tardifs uniques de T4
-la protéine 33
modifie également l’ARN polymérase de sorte qu’elle ne peut plus se lier à l’ADN hôte ( La protéine 33 agit sur la sous-unité bêta de l’ARN polymérase )
les gènes tardifs codent pour ____ et sont transcrits dans le sens ___
les protéines structurales
horairegog
___ agit sur les sous-unités alpha de la polymérase tandis que___ et ___ agissent sur le facteur sigma
Alt
MotA
AsiA
Le génome de T4 code pour toutes
les sous-unités de son réplisome et toutes les enzymes nécessaires à la synthèse de l’ADN, la polymérase y compris
La réplication ne peut se réaliser que
lorsqu’il y a une accumulation suffisante de matériel (après expression des gènes tardifs)
meme si genome de t4 grand … code pas pour sa propre
arn pol
32
ok
Les fragments d’Okasaki ont besoin d’une amorce au début de chaque fragment.
L’amorce d’ARN est synthétisée par la ____ .
Les deux fragments sont reliés par une ____ après le retrait des bases d’ARN L’activité ___ déroule le double brin
Les simples brins d’ADN sont recouverts par de petites protéines, ___ , qui les protègent
primase d’ARN
ligase
hélicase
SSB
_____ sont plusieurs unités de génome reliées entre elles dans la même orientation
-les concatémères
-les concatémères
plusieurs unités de génome reliées entre elles dans la même orientation
-parce que _____ , les extrémités de chaque descendance virale ont des extrémités 3’ ADN sb (monocaténaires)
T4 ne peut pas initier la synthèse à l’extrémité 5’
34
ok
Le génome est intégré à la tête par
le mécanisme de la tête pleine
mécanisme de la tête pleine
Le concatémère va être poussé dans la tête jusqu’à ce qu’elle soit pleine et il est
alors coupé
36
ok
L’empaquetage de l’ADN est effectué par un complexe protéique appelé le
«packasome»
Le packasome se fixe à
la protéine-portail de la capside
L’assemblage se fait en 3 lignes de production:
- les protéines
- les protéines
- les protéines
de tête
de la plaque basale
des fibres de la queue
T4 lyse E. coli quand ___ virions se sont accumulés dans la cellule hôte
~ 150
Deux protéines sont impliquées dans la lyse:
____ : crée des trous dans la membrane plasmique de E. coli, ce qui permet au virus de se déplacer du cytoplasme à la paroi cellulaire
___ : dégrade le peptidoglycane, entraînant la destruction de la paroi cellulaire de l’hôte
Holine
Lysozyme de T4
crée des trous dans la membrane plasmique de E. coli, ce qui permet au virus de se déplacer du cytoplasme à la paroi cellulaire
holine
dégrade le peptidoglycane, entraînant la destruction de la paroi cellulaire de l’hôte
lysozyme de T4
