T2: aa y estructura primaria Flashcards
Glutatión (GSH)
Tripéptido (Glu-Cys-Gly) que tiene un papel fundamental en el mantenimiento de los residuos cisteína en su forma reducida, evitando que se formen puentes disulfuro no deseados.
Hormona estimulante de los melanocitos
Inhibidor del apetito y estimula el gasto energético.
Galanina y Neuropéptido GAMMA
Estimulador del apetito.
Colecistoquinina
Estimula la secreción de enzimas digestivos.
Sustancia P y bradiquinina
Perceptor del dolor, actúan como mensajeros intermediarios entre el estímulo y el cerebro.
Características del enlace peptídico
- ES POLAR: La carga negativa del grupo carbonilo y la positiva del grupo amina forman un dipolo. La presencia de estos átomos EN en la molécula favorece la formación de puentes de H entre los enlaces peptídicos.
- TIENE CARÁCTER PARCIAL DE DOBLE ENLACE (40%): No existe rotación libre en torno al enlace C-N.
- ES PLANO: Al no existir rotación, los 4 átomos del enlace (O-C-N-H) están en un mismo plano. No obstante, los enlaces N-Calfa y Calfa-C son enlaces simples y pueden rotar.
¿Dónde se sitúan los sustituyentes más voluminosos?
Los sustituyentes más voluminosos se colocan a cada lado del plano en conformación trans. No obstante, la prolina puede presentar conformación cis o trans, lo que permite la formación de giros beta o plegamientos en la cadena a medida que se forma la estructura secundaria y terciaria.
CONFORMACIÓN
Disposición espacial de los átomos de una proteína. No es una estructura rígida, puede intercambiarse con otras formas sin romper enlaces covalentes. De todas las conformaciones posibles, predomina la más estable.
Ej. rotación de enlaces simples, ruptura de interacciones débiles y/o formación de otras nuevas.
ESTRUCTURA PRIMARIA
Secuencia lineal de aa unidos por enlace peptídico y la localización de puentes S-S (en caso de que los haya). Es específica de cada proteína.
ESTRUCTURA SECUNDARIA
Ordenamiento espacial de los aa próximos entre sí en la estructura primaria, sumado a las interacciones que se forman entre ellos.
MOTIVO o ESTRUCTURA SUPERSECUNDARIA
Combinación específica de estructuras secundarias con una topología particular, organizados en una estructura tridimensional característica.
DOMINIO
Nivel de estructuración más complejo que el motivo. Es una región relativamente grande de una proteína que presenta diferentes combinaciones de estructuras secundarias y/o supersecundarias. Pueden tener funciones específicas y separadas dentro de la proteína.
Ej. La DNA polimerasa presenta un dominio de síntesis y otro de corrección.
¿Cómo determinar una secuencia de aa?
1- Eliminar los posibles puentes disulfuro con un agente reductor - DTT/beta-mercaptoetanol
2- Determinar la composición de aa por hidrolisis ácida con HCl (6N) a 110ºC.
3- Identificar el N-terminal con FDNB
4- Identificar el C-terminal con Carboxipeptidasa-A
5- Fragmentación de la cadena polipeptídica.
5- Determinación de la secuencia de los fragmentos
6- Ordenación de los fragmentos. (se trata la proteína con diferentes agentes de fragmentación para formar fragmentos de diferente longitud que nos permitan ordenarlos en base a sus coincidencias)
Repitiendo el proceso sin romper los puentes di sulfuro se obtienen fragmentos mucho más largo producto de la unión por ese enlace.
¿Cómo podemos evitar que se vuelvan a formar los puentes S-S en la determinación de una secuencia de aa?
Para evitar la reformación de los enlaces disulfuro los péptidos se tratan con yodoacético para alcalinizar los sulfihidrilos libres.
¿Qué agentes se emplean para fragmentar la cadena petídica?
- TRIPSINA: Rompe el enlace peptídico que une Lys o Arg con el siguiente aa.
- QUIMIOTRIPSINA: Rompe el enlace peptídico que une Tyr, Trp, y Phe con el siguiente aa.
- BROMURO DE CIANÓGENO (BrCN): Rompe el enlace peptídico que une Met con el siguiente aa.
