Susana Gallego (Oxidación De Aa, Prod De Urea, Metab De Proteínas, Reg De Expresión Genica)

Question 1

como se da el reconocimiento del codon de arnm por el arnt?

Answer 1

el arnt tiene un anticodon complementario al codon del arnm, con bases que forma puentes de hidrogeno con las bases del codon en un alineamiento antiparalelo

Question 2

que es la hipotesis del balanceo?

Answer 2

-las dos primeras bases del codon siempre forman enlaces fuertes con las bases correspondiente del anticodon, y confieren la especificidad de codificacion
-la primera base del anticodon (3ra del codon) es la posicion de balanceo, que permite que algunos arnt lea mas de un codon

Question 3

que bases puede leer el anticodon segun la base de la posicion de balanceo

Answer 3

-si la posicion de balanceo es C o A solo van a poder aparearse con G o U respectivamente (especifico, solo un codon)
-si la posicion de balanceo es U puede leer A y G, y si es G puede leer C y U
-si la posicion de balanceo es inosina (I) puede leer A, U y C

Question 4

que es el sesgo de fenomenos?

Answer 4

refiere a como cuando varios codones codifican para el mismo aminoacido y usan varios ARNt, no todos los codones se usan con la misma frecuencia

Question 5

como estan constituidos los ribosomas?

Answer 5

-dos subunidades desiguales, nombradas segun su coeficiente de sedimentacion, con un nucleo de arn ribosomales y proteinas globulares
-hendidura por donde pasa el arn m sin proteinas en el sitio activo–> es una ribozima

Question 6

como son los arn ribosomales?

Answer 6

son de una sola cadena y tienen una conformacion tridimensional dada por emparejamientos intracadena, con zonas altamente conservadas

Question 7

como son los arn de transferencia?

Answer 7

son una unica hebra de arn, con estructura 2ria y 3ria fuertes y muchas modificaciones post traduccionales. muchos son derivados metilados. la mayoria tienen un residuo guanilato en el extremo 5´, y todos tienen una secuencia CCA en el extremo 3´.

Question 8

cual es la funcion de cada estructura del ARN de transferencia??

Answer 8

-el brazo de aminoacido lleva al aminoacido esterificado
-el brazo del anticodon, los brazos D y los brazos TC contribuyen en el plegamiento de la molecula

Question 9

cuales son las etapas de la sintesis de proteinas?

Answer 9

-activacion de los aminoacidos
-iniciacion, el arnm y el arnt se unen al ribosoma
-elongacion, se dan ciclos efectivos de union del aminoacilarnt y el peptido
-terminacion de la traduccion al leer un codon stop
-plegamiento y procesos post traduccionales

Question 10

como se da la activacion de los aminoacidos? cual es la enzima encargada?

Answer 10

se dan en el citosol por la aminoacil ARNt sintetasa. hay una enzima al menos para cada aminoacido, y si hay menos se convierte el aa luego de ser cargado a un arnt. la reaccion tiene dos pasos:
aminoac + ATP–> aminoacil-AMP + PPi

aminoacil-AMP + tRNA–> aminoacil-tRNA + AMP

la posicion de adicion del aa a la ribosa depende del tipo de aminoacil arnt sintetasa:
tipo I: acila el hidroxilo 2 de la ribosa de la adenina terminal del arnt (mayormente enzima monomerica)
-tipo II: acila el hidroxilo 3 de la ribosa de la adenina terminal del arnt (mayormente enzima dimerica)

Question 11

como es la correccion de prueba de a aminoacil arnt sintetasa?

Answer 11

es una funcion propia de las enzimas que permite chequear la adicion correcta del aa al arnt. tiene dos filtros, uno que rechaza aa mas grandes que el correcto, y otro que cliva los aa mas pequeños que el correcto (ambos son edicion pre transferencia)
un tercer filtro hidroliza los aminoacil arnt incorrectamente cargados, en el lugar de revision (edicion post transferencia)

Question 12

como comienza iniciacion? como es la direccion de crecimiento de la cadena?

Answer 12

la sintesis empieza en el aminoterinal, y se van agregar aa al carboxilo terminal alargando la cadena.
el primer codon de una proteina siempre es AUG (metionina). en eucariotas el arnt es para metionina pero es especial para iniciacion, en bacterias la metionina de iniciacion es n-formilmetionina y tiene una arnt propio.

Question 13

como se da el proceso de iniciacion en procariontes?

Answer 13

los ribosomas bacterianos tienen 3 sitios de union a arnt: aminoacil, peptidil y exit.
los aminoacil arnt se unen a sitios A y P, mientras que al sitio E se unen los ARNt q ya cedieron el aa.
pasos de iniciacion:
1. los factores IF se unen a la subunidad 30s
2. una secuencia del arnm llamada Shine-Dalgano guia al AUG al sitio P, IF2 se une a la subunidad y recluta al arnt unido a formilmetionina, que ingresa directamente al sitio P.
3- 50s se asocia a 30s, por un proceso donde se hidroliza gtp y se disocian del complejo las IF

Question 14

como es la elongacion en procariontes?

Answer 14

el arnt ingresa al sitio A de la subunidad 30s, y luego debe ingresar el aminoacido correcto al sitio A de 50s. la responsable de que el aminoacido sea el correcto es EF-Tu
el aminoacil arnt entrante se une primero al complejo EF-Tu-GTP, ingresan al sitio A y si codon y anticodon son complementarios el ribosoma tiene un cambio de conformacion que envia una señal para que se hidrolice el GTP del complejo, permitiendo que el arnt ingrese al sitio A de la subunidad 50s.

Question 15

como es la formacion del enlace peptidico? cual es el responsable?

Answer 15

el ribosoma tiene un centro de actividad peptidil transferasa en el ARNr 23s de la subunidad 50s. una vez que se da la reaccion entre el aa en el sitio P y el del sitio A, el ribosoma debe moverse, y para eso requiere de una translocasa y energia de GTP. la translocasa permite que la translocacion se de con mayor rapidez

Question 16

como es la terminacion en bacterias?

Answer 16

los codones stop desencadenan la accion de los factores de terminacion/liberacion RF. liberan al peptido y el arnt y disocian las subunidades del ribosoma

Question 17

como se resuelve el caso donde un ribosoma dañado da un peptido incompleto o sin terminacion en las bacterias?

Answer 17

un arn mensajero de transferencia cumple la funcion de ambos y se encarga de liberar y degradar el arnm dañado, y marca al polipeptido para su degradacion

Question 18

como es la iniciacion en eucariontes?

Answer 18

se usan mas factores de iniciacion, incluidos los homologos de if.
1. los factores if se unen a los sitios E y A
2. IF2 unido a GTP y al arnt cargado con metionina se unen al sitio P del 40s, dando el complejo de preiniciacion

Question 19

como es la terminacion en eucariotas?

Answer 19

solo hay un factor de liberacion, eRF, que reconoce los tres codones de terminacion

Question 20

como se da el plegamiento de las cadenas?

Answer 20

el plegamiento puede darse en la sintesis, y otros requieren la interaccion con chaperonas y chaperoninas. las chaperonas se unen a ciertas areas de las proteinas y limitan las posibilidades de plegamiento, mientras que las chaperoninas facilitan el plegado. ambas requieren atp

Question 21

que son las modificaciones post traduccionales? cual es su beneficio?

Answer 21

son cambios quimicos que se dan en las moleculas proteicas luego de la sintesis, que permite aumentar la complejidad del proteoma a comparacion del transcriptoma. ejemplos: adiciones de grupos quimicos de forma reversuble, adicion de moleculas complejas, acidicion de polipeptidos, modificacion de aminoacidos o clivaje.

Question 22

que son los polisomas?

Answer 22

son grupos de ribosomas que pueden estar traduciendo simultaneamente al mismo arnm

Question 23

que es el expresoma?

Answer 23

es el conjunto de transcripcion y traduccion que se da de forma acoplada solo en bacterias

Question 24

como se dirigen a las proteinas desde el citosol a otra localizacion celular?

Answer 24

mediante una secuencia señal particular para cada organela

Question 25

como estan marcadas las proteinas dirigidas al RE?

Answer 25

las proteinas de secrecion, de membrana y lisosomales tienen una secuencia cercana al n terminal de 10 a 15 residuos aminoacidos hidrofobicos, un residuo cargado positivo cerca del aminoterminal, y un sitio de corte cerca del carboxilo terminal

Question 26

como se direccion los peptidos al RE?

Answer 26

la secuencia señal se une a la particula de reconocimiento de la señal (esto detiene momentaneamente la traduccion)–> el complejo se une a receptores en la cara externa del RE–> un complejo de translocacion de peptido transfiere la cadena que esta siendo sintetizada hacia dentro del RE–> se elonga el peptido hacia dentro, se disocia el SRP–> en la terminacion se libera el ribosoma, se elimina la sec señal y se libera el peptido

Question 27

como se transportan las proteinas desde el RE a otras organelas?

Answer 27

se desplazan al complejo de golgi por vesiculas de transporte, y en el golgi tendran mas modificaciones post traduccionales. en el lado trans del golgi las proteinas van a clasificarse segun su destino final: lisosomas, prot de secrecion o membrana

Question 28

como se direccionan los peptidos al nucleo?

Answer 28

tienen una secuencia de localizacion nuclear NLS que no es escinde luego de la translocacion, y que puede estar en cualquier porcion de la molecula. que no se escinda permite que vuelvan a ingresar al nucleo en ciertas situaciones.

Question 29

como es la translocacion de las proteinas con NLS?

Answer 29

se unen a complejos de alfa y beta importinas, que se unen al poro nuclear para translocar. dentro del nucleo las importinas se unen a ran-GTP, liberan a la proteina, y salen nuevamente del nucleo. se hidroliza el gtp de ran, se liberan las importinas y reingresa ran-gdp unido a un factor NTF2, y vuelve a ser ran-gtp

Question 30

como es el direccionamiento de peptidos a la mitocondria y cloroplastos?

Answer 30

la mayoria de sus proteinas son sintetizadas en el citosol. La direccion de las proteinas se dan solo cuando la traduccion finalizo y el ribosoma se disocio de la cadena peptidica. la cadena se une a chaperonas y asi interactuan a receptores en las organelas

Question 31

como se exporta al exterior de la membrana las proteinas en bacterias?

Answer 31

el polipeptido se une a la chaperona secB que lo transfiere a una SecA asociada a un complejo de exportacion SecYEG. por hidrolisis de atp y potencial electroquimico se da la energia para dar los cambios conformacionales que permiten la translocacion

Question 32

que metodologias se usan para confirmar la capacidad de direccionamiento por secuencias señales?

Answer 32

-se fusiona la secuencia a una proteina de fluorescencia, y luego por microscopia confocal se ubica la fluorescencia
-algoritmos de prediccion in silico

Question 33

como se diferencian el sistema de degradacion lisosomal y los sistemas de degradacion dependientes de atp?

Answer 33

-el sistema lisosomas no requiere de energia, mientras que los dependientes de atp si.
-el lisosomal es no selectivo y permite el reciclaje de aa, mientras que los dep de atp degradan selectivamente proteinas defectuosas
-el sist lisosomal degrada prot de vida media larga, y los dep de atp proteinas de vida media corta

Question 34

que sistemas de degradacion dependientes de atp son importantes?

Answer 34

-proteasa Lon en procariotas y organelas de eucariotas
-proteosoma en eucariotas, arqueas y actinobacterias

Question 35

Como esta conformada la proteasa lon?

Answer 35

es un homohexamero, con cada subunidad con un dominio n, otro dominio atpasa y un dominio peptidasa.

Question 36

como son marcadas las proteinas para su degradacion en el proteosoma?

Answer 36

se marcan con ubiquitina, una proteina pequeña que se une de forma covalente a la prot lanco por varios pasos.
Ubiq se une a E1, luego se transfiere a E2, y una E3 va a catalizar la transferencia de E2 a una lisina en la proteina blanco. E3 es una ligasa que da mayor la afinidad al sustrato.
esto se repite varias veces, para dar una cadena de minimo 3-4 ubiquitinas para la degradacion.
las ubiquitinas pueden ser modificadas cambiando el resultado de la señalizacion

Question 37

como se reconoce que una protiena debe ser ubiquitinizada?

Answer 37

podrian tener una señal intrinseca reconocida por E3. una es por ejemplo, un dominio N terminal desestabilizador reconocido por una E3 que reconoce N-degrones.

Question 38

que es el proteosoma?

Answer 38

es un compejo con forma de barril con dos tapas. tiene un proteosoma central 20s y en cada punta tiene un complejo regulador 19s.
el proteosoma 20a de eucariotas tiene 14 subunidades, 7 alfa y 7 beta.
la base de la particula 19s tiene la actividad atpasa
la estructura se ensambla por chaperonas