STS CM 6.2

Question 1

Est ce que les données récupéré dans les différentes classes d’-omiques sont homogènes /hétérogènes ?

Answer 1

Elles sont hétérogènes et massives (LOGIQUE)

Question 2

Comment a évolué le coût du séquençage ?

Answer 2

Très Bas de nos jours (0,1 $)

Question 3

Quelle est la capacité de Séquençage de ces exemples et quel est leur génération :

Life
Illumina
Roche

Answer 3

Life : faible débit
Illumina : Moyen «
Roche : haut «

Question 4

Qu’est ce que la loi de Moore

Answer 4

La capacité informatique augmente x 2 tout les 24 mois

Question 5

Quelles sont les étape du séquencage

Answer 5

RAW Data Processing, Mapping genome, variant calling, Annotation, report , Archive

Question 6

Quelles impacts a cette de Moore sur les technologies informatiques (hormis augmentation du stockage)

Answer 6

Avantages : Baisse coût, Augmentation efficacité
Inconvénient : Besoin (Bio)informatique,

Nécessite donc formation de Biologistes qualifiés

Question 7

Problématique lié au stockage

Cas du HiSeq2500

Answer 7

beaucoup trop de données à stocker

Si 2 Runs /mois = 360To
Si 2 Runs // semaine = 28To

Question 8

Comment évolue le stockage du NGS au HUS

Answer 8

Il augmente beaucoup

Question 9

Quelle peuvent être les problématiques lié au transport de données ?
Et quelle est la solution :

Answer 9

Le temps de transfert lié à la quantité astronomique de données
L’intégrité des données

AVOIR LA FIBRE ptn

Question 10

Comment vérifie t -on l’intégrité des données

Answer 10

Sommes des contrôles

Question 11

Est ce que l’analyse d’un exome peut être très long

Answer 11

Oui c’est possible chaque étape dure plusieurs heures, répartition optimal des CPU pour un temps d’analyse correct ( je suppose )

Question 12

Quelles sont les recommandations professionnelles pour savoir que stocker,… , …

Answer 12

ANPGM (Nationale) + groupe de travail

Question 13

Que stocke t on ?

Answer 13

Dans le cadre légal on doit stocker le contre rendu de l’analyse biologique + le commentaire explicatifs pendant 30 ans

Contraintes des Labo = norme ISO 15189

Question 14

Définir les 3 types de données

Answer 14

Brutes : données extraites
Primaires : séquences et valeurs de qualité
Secondaires : Analyse additionnelle

Question 15

Quelles données recommande t on de stocker

Answer 15

Données primaires et secondaires

Question 16

Quelle impact ont les recommandations de stockage :

Answer 16

Optimisation d’un facteur 10x

Question 17

Quelles sont les caractéristiques du stockage et de l’archivage ?

Answer 17

Stockage = Bonne performance, sécurité ok et bonne disponibilité

Archivage : se concentre surtout sur la sécurité +++

Question 18

Quelles sont les solutions locales de stockage (et archivage ) ?

Answer 18

Matériel fourni par fabricant
- adapté au débit faible
- Stockage NAS

Intégration au système de l’institution
-Mutualisation des coûts
-Collaboration interne

Question 19

Quelles sont les solutions externes ?

Answer 19

CLOUD Computing (permet de certifier que les données sont protégés et pas stocker chez des entreprises américaines Ex : Amazon)

CLOUD Publique (solutions commerciales, payé des temps de calcul ou du stockage)

CLOUD privée (centre de données internes dans bâtiment en gros = mutualisation des données)

Plan assurance sécurité (permet de garantir l’intégrité des données la sécurité et la restitution des données en 3 points) :
- Transfert des données intégrité
-Exploitation : sécurité des données
-Réversibilité : restitution

Question 20

Le dialogue est important pour certaines raisons comme :

Answer 20

-Toujours savoir si le projet est bien priorisé
-Connaître la ligne budgétaire
-Développer des partenariats avec des personnes qualifiées
- Mutualisation de différents servies pour entraide en gros